genome.fa.s3696.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01003696.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00007902_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  251402

Tables:   1   2   3   4   

This is table  4  of  4  ( 468 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
189631--189678	21	2.3	20	75	10	51	18	14	22	43	1.87
189617--189696	28	2.9	28	83	3	99	18	12	23	45	1.84
189666--189745	21	3.8	21	76	11	67	10	7	28	53	1.61
189688--189783	35	2.7	35	79	3	104	14	6	25	54	1.63
189736--189775	14	2.9	14	92	0	71	17	2	22	57	1.52
189727--189861	28	5.1	28	72	13	97	16	4	28	51	1.64
189750--189796	21	2.2	21	84	0	58	17	6	25	51	1.69
189806--189853	21	2.3	21	74	0	51	12	6	27	54	1.61
189812--189937	28	4.5	28	77	4	92	14	10	27	47	1.76
189903--189963	14	4.4	14	80	0	68	16	9	24	49	1.76
189883--190065	35	5.0	35	72	15	120	15	8	24	51	1.70
189995--190053	28	2.1	27	84	3	73	15	5	25	54	1.61
190104--190255	28	5.5	28	70	4	110	17	6	24	51	1.68
190197--190290	35	2.7	35	85	1	109	13	6	27	52	1.65
190212--190318	35	3.1	35	83	1	99	14	6	27	52	1.65
190191--190311	7	17.4	7	67	1	55	11	4	29	53	1.58
190321--190432	36	3.1	36	71	10	93	20	2	23	53	1.58
190407--190509	28	3.7	28	72	3	75	12	5	26	55	1.59
190493--190551	28	2.1	28	90	6	93	15	6	22	55	1.63
190448--190553	49	2.2	49	79	6	117	15	6	24	53	1.65
190507--190567	28	2.2	28	84	0	77	21	6	19	52	1.68
190500--190567	14	4.9	14	72	0	64	20	5	19	54	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
190650--190719	21	3.3	20	76	7	77	8	4	32	54	1.50
190650--190719	7	10.0	7	71	0	50	8	4	32	54	1.50
190721--190767	21	2.3	21	85	10	62	27	6	14	51	1.67
190708--190845	63	2.2	64	76	6	138	21	4	17	57	1.57
190861--190925	32	2.0	33	82	8	80	16	6	24	52	1.67
190951--191016	14	4.7	14	77	7	62	10	9	27	53	1.65
190921--191016	21	4.6	21	68	5	68	13	8	27	51	1.69
191006--191046	14	2.9	14	88	0	64	0	0	29	70	0.87
191171--191229	21	2.8	21	81	0	73	10	8	25	55	1.61
191218--191355	35	3.9	35	78	5	127	17	4	28	49	1.66
191168--191271	49	2.1	49	85	3	138	13	6	28	50	1.66
191241--191417	21	8.5	21	65	6	54	19	5	27	48	1.70
191401--191501	42	2.4	41	79	9	114	14	3	24	56	1.56
191498--191532	14	2.5	14	90	0	61	14	8	28	48	1.73
191478--191593	28	4.4	28	71	20	88	17	7	25	50	1.72
191513--191572	21	2.9	21	92	0	93	18	10	21	50	1.76
191534--191571	14	2.7	14	83	0	58	18	7	21	52	1.70
191511--191572	7	8.9	7	70	0	52	17	9	24	48	1.77
191547--191613	28	2.4	28	82	5	82	25	8	17	47	1.77
191682--191727	21	2.2	21	88	0	65	4	2	32	60	1.28
191682--191728	7	6.7	7	82	0	58	4	2	34	59	1.29
191695--191747	21	2.5	20	82	11	54	11	3	28	56	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
191668--191809	35	4.1	35	74	12	105	12	5	25	56	1.58
191793--191851	21	2.8	21	89	0	91	13	11	25	49	1.76
191849--191891	20	2.2	20	86	0	59	16	4	20	58	1.56
191876--191926	14	3.6	14	83	0	75	13	7	25	52	1.67
191821--191913	34	2.7	34	80	5	107	12	8	25	52	1.68
191862--191904	20	2.2	20	86	0	59	16	9	23	51	1.73
191889--191948	21	2.9	21	71	0	57	10	10	26	53	1.66
191953--192004	21	2.5	21	87	12	72	9	3	23	63	1.41
192079--192179	7	14.4	7	85	0	103	7	0	32	58	1.34
192079--192179	14	7.2	14	78	8	116	7	0	32	58	1.34
192079--192179	21	4.8	21	79	4	114	7	0	32	58	1.34
192243--192302	20	3.0	20	78	7	68	15	3	31	50	1.60
192243--192304	21	3.0	20	76	4	61	16	3	30	50	1.61
192341--192495	20	7.6	20	75	8	82	14	5	25	54	1.61
192451--192491	21	2.0	21	90	0	64	21	2	19	56	1.54
192619--192649	14	2.2	14	100	0	62	19	6	19	54	1.65
192695--192780	42	2.0	42	84	4	111	13	8	25	52	1.68
192640--192810	21	8.1	21	70	2	83	16	7	23	52	1.68
192950--193038	28	3.2	28	78	9	76	17	11	21	49	1.78
192963--193134	69	2.5	70	79	4	177	17	9	23	50	1.75
193102--193132	14	2.2	14	100	0	62	6	0	32	61	1.21
193116--193231	21	5.9	21	67	13	75	19	5	22	52	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
193296--193358	28	2.2	28	83	5	83	17	4	22	55	1.60
193270--193335	7	9.4	7	77	6	53	12	4	24	59	1.52
193339--193412	28	2.6	28	84	0	76	20	10	21	47	1.80
193361--193408	21	2.3	20	75	10	51	18	14	22	43	1.87
193352--193393	14	3.0	14	82	0	57	21	14	21	42	1.88
193351--193412	28	2.2	28	88	0	88	19	12	24	43	1.86
193396--193475	21	3.8	21	76	11	67	10	7	28	53	1.61
193466--193591	14	9.5	14	70	16	72	16	3	26	52	1.61
193457--193591	28	5.1	28	72	13	106	16	3	28	51	1.61
193436--193538	49	2.1	49	85	3	136	17	3	25	53	1.61
193459--193545	35	2.5	35	84	3	95	19	2	24	54	1.56
193536--193583	21	2.3	21	74	0	51	12	6	27	54	1.61
193542--193667	28	4.5	28	77	4	92	14	10	27	47	1.76
193633--193693	14	4.4	14	80	0	68	16	9	24	49	1.76
193613--193795	35	5.0	35	72	15	120	15	8	24	51	1.70
193725--193783	28	2.1	27	84	3	73	15	5	25	54	1.61
193860--193938	28	2.8	28	78	0	77	16	7	24	51	1.70
193947--194050	35	3.0	35	80	2	111	15	8	27	48	1.74
193949--193986	14	2.7	14	100	0	76	15	7	23	52	1.69
194052--194163	36	3.1	36	71	10	93	20	2	23	53	1.58
194138--194240	28	3.7	28	72	3	75	12	5	26	55	1.59
194225--194280	27	2.1	27	90	6	87	16	7	23	53	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
194231--194297	14	4.9	14	68	3	55	20	5	19	53	1.66
194379--194428	21	2.4	21	86	0	64	10	8	32	50	1.65
194412--194450	7	5.6	7	87	0	60	2	0	33	64	1.08
194599--194663	33	2.0	32	84	3	85	16	4	24	53	1.62
194659--194754	21	4.6	21	75	5	86	13	8	27	51	1.69
194694--194754	14	4.4	14	73	8	52	9	8	29	52	1.63
194744--194784	14	2.9	14	88	0	64	0	0	29	70	0.87
194792--194892	35	2.9	35	81	8	102	14	9	20	54	1.69
194793--194914	35	3.5	35	79	9	101	15	9	19	54	1.68
194909--195012	49	2.1	49	87	3	147	13	7	28	50	1.69
194959--195096	35	3.9	35	74	5	109	17	4	28	49	1.66
194912--195159	21	11.8	21	69	3	95	18	6	26	48	1.72
195002--195075	14	5.3	14	77	3	60	14	1	31	52	1.50
195143--195243	42	2.4	41	79	9	114	14	3	24	56	1.56
195240--195273	14	2.5	14	85	4	52	14	5	29	50	1.67
195246--195272	14	1.9	14	100	0	54	7	7	33	51	1.58
195254--195296	19	2.2	19	87	8	59	20	9	20	48	1.77
195269--195309	19	2.1	19	86	4	55	26	9	19	43	1.82
195384--195461	7	11.1	7	100	0	156	0	14	57	28	1.37
198914--251402	7	7652.4	7	93	5	83528	2	11	43	42	1.52

Tables:   1   2   3   4

The End!