genome.fa.s4123.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01004123.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00009023_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1596068

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
155566--155629	29	2.2	29	100	0	128	43	10	25	20	1.84
159450--159485	11	3.4	11	96	3	65	58	8	25	8	1.55
168291--173446	233	22.2	233	85	2	6771	33	16	16	33	1.91
169768--169868	42	2.4	41	79	8	114	32	21	20	24	1.98
171196--171264	20	3.3	20	67	15	59	34	23	20	21	1.96
176256--176303	18	2.7	18	93	0	87	29	10	25	35	1.89
176292--176491	94	2.1	95	86	6	289	39	13	22	25	1.90
176840--177038	54	3.7	54	87	2	276	33	14	17	34	1.90
179661--179805	68	2.1	68	94	0	254	35	17	9	36	1.83
194506--194535	15	2.0	15	93	0	51	26	10	13	50	1.73
199882--199907	7	3.7	7	100	0	52	53	0	0	46	1.00
200700--200733	11	3.2	10	88	12	50	44	2	0	52	1.16
201577--201673	20	4.8	20	81	5	99	43	19	17	19	1.88
201578--201673	40	2.4	40	86	6	124	42	19	17	19	1.89
201811--201849	20	2.0	20	95	5	71	46	25	12	15	1.81
202247--202299	20	2.7	19	74	8	61	20	16	32	30	1.95
204352--204388	17	2.2	17	100	0	74	16	0	37	45	1.47
205067--205272	75	2.8	73	80	8	199	45	5	3	45	1.44
205046--205309	38	7.2	37	77	13	190	44	6	3	45	1.46
205055--205307	111	2.3	106	78	13	264	44	6	3	45	1.47
205297--205393	2	51.0	2	72	17	55	49	4	1	45	1.28
205936--207047	84	13.4	83	78	6	1030	25	20	24	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
205968--207055	249	4.4	248	86	3	1340	25	20	24	30	1.98
205933--207054	165	6.8	164	83	4	1190	24	20	24	30	1.98
208227--208422	95	2.1	94	86	5	279	33	18	16	32	1.93
211883--211912	8	3.8	8	90	0	51	70	0	3	26	1.03
211857--211919	30	2.1	31	80	16	71	66	0	3	30	1.07
211879--211961	22	3.7	22	72	13	62	72	3	3	20	1.15
211994--212029	19	1.9	19	88	5	56	63	13	0	22	1.29
213303--213500	71	2.8	68	76	12	195	43	6	4	45	1.48
213282--213588	36	8.2	37	77	9	220	44	6	3	45	1.46
213580--213605	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
213933--213962	13	2.4	13	94	5	53	50	3	0	46	1.18
217836--217900	34	1.9	34	100	0	130	27	16	26	29	1.97
219932--219987	20	2.8	20	81	10	78	37	28	16	17	1.91
219995--220047	19	2.9	17	78	13	61	16	30	20	32	1.95
225034--225091	27	2.1	28	84	9	75	39	24	5	31	1.77
228766--228828	33	1.9	33	96	0	117	38	22	1	38	1.64
230852--230902	20	2.5	20	84	6	68	27	29	11	31	1.92
231496--231544	4	12.5	4	80	4	55	6	16	0	77	0.96
234610--234678	33	2.1	33	100	0	138	36	21	2	39	1.69
235709--235768	24	2.5	24	86	0	84	33	23	11	31	1.91
235762--235833	24	3.0	24	66	8	56	26	26	23	23	2.00
239681--239743	33	1.9	33	93	0	108	34	17	6	41	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
240910--240967	24	2.4	24	85	0	80	31	22	13	32	1.93
241211--241262	27	1.9	27	88	7	79	38	21	7	32	1.82
245569--245599	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
247181--247213	3	11.3	3	93	6	59	63	0	0	36	0.95
248116--248181	30	2.2	31	84	10	93	54	12	7	25	1.63
248901--249013	60	1.9	59	81	5	138	38	19	11	30	1.87
248901--249026	60	2.1	59	80	4	137	37	19	13	30	1.90
254036--254077	21	2.0	20	86	4	57	38	14	7	40	1.73
259253--259294	19	2.2	19	95	0	75	26	26	26	21	1.99
264134--264187	19	2.8	19	82	0	72	33	16	25	24	1.96
265919--265959	20	2.0	20	85	0	55	26	7	9	56	1.58
280324--280539	108	2.0	108	98	0	414	38	17	17	26	1.91
282485--282548	23	2.8	23	97	0	119	18	29	7	43	1.78
285234--285420	94	2.0	93	86	3	259	33	17	24	25	1.96
285405--285460	20	2.7	21	77	5	60	30	14	26	28	1.95
285781--286184	54	7.5	54	85	3	483	28	20	20	30	1.98
285898--286220	54	6.0	54	85	3	215	29	21	21	28	1.98
286339--286532	106	1.8	105	81	6	237	42	9	21	27	1.83
286424--286613	81	2.4	77	85	3	245	41	10	22	26	1.86
286582--286642	29	2.1	29	87	6	88	49	3	19	27	1.64
286501--286708	110	1.9	110	81	4	249	43	8	21	26	1.81
289503--289558	20	2.8	20	94	0	94	46	19	17	16	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
291459--291491	15	2.2	15	100	0	66	48	0	33	18	1.48
296599--297717	200	5.6	200	88	2	1522	40	12	15	31	1.84
298978--299014	19	1.9	19	88	0	56	43	24	24	8	1.81
302471--303554	425	2.5	425	85	5	1352	39	13	14	31	1.85
305438--305463	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
305866--306570	226	3.1	224	91	1	1108	31	17	13	37	1.89
306421--306681	118	2.2	117	90	2	398	29	18	15	36	1.92
306950--306979	13	2.4	13	94	5	53	50	3	0	46	1.18
309559--309706	77	1.9	77	84	5	201	29	19	19	31	1.97
311268--311298	14	2.2	14	100	0	62	48	22	6	22	1.73
313346--313388	18	2.4	18	100	0	86	32	20	6	39	1.80
314649--314698	23	2.2	22	82	13	57	66	14	6	14	1.43
315737--315794	20	2.9	20	94	0	98	22	27	10	39	1.86
316805--316889	6	13.7	6	82	11	91	65	0	2	31	1.05
316810--316891	9	8.8	9	82	6	65	65	0	2	31	1.05
316809--316892	16	5.2	16	76	18	54	65	0	2	32	1.05
316826--316889	3	20.7	3	87	6	92	64	0	3	32	1.10
317107--317443	134	2.5	133	84	4	419	28	13	22	35	1.92
324738--324777	21	1.9	21	89	0	62	55	2	7	35	1.42
328858--328953	44	2.2	44	81	10	117	28	26	20	25	1.99
330552--330593	22	1.9	22	85	0	57	26	0	0	73	0.83
330601--330649	23	2.1	24	84	3	64	32	4	0	63	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
330602--330682	28	2.9	28	80	9	67	27	6	1	65	1.24
330612--330756	75	1.9	75	81	14	176	26	8	1	64	1.30
330788--330881	13	6.4	14	68	22	52	27	2	2	68	1.13
330855--330903	5	9.8	5	76	24	50	24	2	0	73	0.94
330848--330903	13	4.1	14	79	9	71	25	1	0	73	0.93
330787--330902	22	4.9	23	72	18	80	28	2	1	67	1.14
330855--330905	18	2.9	18	80	13	70	25	1	0	72	0.95
330848--330903	27	2.1	27	83	6	69	25	1	0	73	0.93
330962--331014	26	2.0	26	82	13	65	18	5	1	73	1.12
332196--332231	18	1.9	19	88	5	56	8	25	0	66	1.19
336271--336325	22	2.5	22	96	0	101	38	27	10	23	1.88
337270--338015	106	7.0	106	91	2	1115	34	24	18	21	1.96
339257--339320	33	2.1	33	82	11	82	28	1	0	70	0.97
341738--341897	65	2.5	64	84	10	202	31	21	19	26	1.97
341880--341916	18	2.0	19	89	5	58	24	27	18	29	1.98
355812--355860	23	2.1	23	81	7	55	69	12	4	14	1.33
356231--356427	107	1.8	109	83	3	256	44	19	16	19	1.87
356840--356868	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
357371--357435	3	21.7	3	76	14	55	67	0	3	29	1.05
360204--360233	15	1.9	15	93	6	51	6	36	0	56	1.26
360959--361002	20	2.4	18	85	14	63	61	0	0	38	0.96
360962--361004	18	2.2	20	92	8	72	60	0	0	39	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
361390--362089	123	5.7	123	84	3	867	25	19	15	39	1.91
361399--362089	245	2.8	242	83	4	879	25	19	14	39	1.90
361390--362072	368	1.9	368	86	4	993	25	19	15	39	1.91
362483--362559	22	3.5	22	77	7	93	41	10	12	35	1.78
363835--364089	75	3.4	75	86	1	341	28	23	15	32	1.95
366442--366479	17	2.3	17	90	4	60	0	15	0	84	0.63
373164--373211	13	3.5	13	80	8	51	72	4	4	18	1.17
373228--373252	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
373759--373798	12	3.6	11	87	9	55	65	5	5	25	1.34
373817--373868	25	2.0	28	88	11	83	69	1	0	28	0.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9