genome.fa.s4123.2.7.7.80.10.50.1000.8.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01004123.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00009023_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1596068

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   

This is table  8  of  9  ( 1036 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1246875--1246956	42	2.0	42	82	4	103	51	1	2	45	1.22
1250206--1250247	5	8.2	5	94	5	75	57	0	0	42	0.99
1251078--1251116	2	21.5	2	80	19	50	48	0	0	51	1.00
1252650--1252695	18	2.7	17	90	6	67	34	6	30	28	1.82
1253220--1253313	38	2.5	38	91	6	147	38	37	11	12	1.80
1253179--1253797	230	2.7	223	85	7	826	36	28	11	23	1.90
1253457--1253534	33	2.4	32	91	4	129	42	35	10	11	1.75
1253678--1253761	37	2.3	37	89	0	132	36	38	11	13	1.81
1257355--1257405	2	25.5	2	100	0	102	49	0	0	50	1.00
1262553--1262604	23	2.3	23	77	6	63	23	40	19	17	1.91
1269997--1270030	14	2.4	14	100	0	68	26	14	29	29	1.95
1270518--1270575	20	2.8	20	82	7	64	31	6	32	29	1.84
1271783--1271829	24	1.9	25	91	4	78	55	0	0	44	0.99
1271783--1271838	24	2.3	26	85	11	75	53	0	1	44	1.11
1274748--1274808	24	2.6	22	75	14	59	44	1	1	52	1.20
1274923--1274949	3	9.0	3	100	0	54	33	0	0	66	0.92
1276247--1276282	16	2.3	16	90	4	56	52	5	0	41	1.24
1276877--1277012	60	2.3	60	83	6	177	30	18	3	47	1.66
1277178--1277268	29	3.2	27	70	13	76	35	5	26	32	1.80
1277176--1277285	57	1.9	56	85	5	150	37	4	23	34	1.75
1280979--1281007	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
1287478--1287525	26	2.0	23	88	12	69	22	14	8	54	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1290730--1290771	22	2.0	21	85	4	57	21	23	33	21	1.97
1294000--1294077	31	2.5	31	91	0	120	17	15	23	43	1.87
1294739--1294772	12	2.8	12	81	0	50	17	26	20	35	1.95
1299202--1299267	23	2.9	23	90	0	105	28	18	16	36	1.93
1314429--1314467	18	2.2	18	85	0	51	20	35	2	41	1.66
1324185--1324245	16	3.8	16	84	0	86	55	19	14	9	1.67
1325804--1325834	14	2.2	14	94	0	53	54	22	12	9	1.67
1325799--1325845	24	2.0	24	95	0	85	53	23	12	10	1.70
1330680--1330719	2	20.5	2	94	5	73	47	0	0	52	1.00
1330702--1331008	37	8.4	37	81	9	346	41	8	4	44	1.56
1330861--1330958	12	8.0	12	66	13	56	42	8	5	43	1.56
1331409--1331989	201	2.9	200	83	2	682	28	19	18	33	1.96
1349646--1349696	21	2.5	21	84	15	63	35	3	9	50	1.54
1351801--1351832	2	16.5	2	93	6	57	46	0	0	53	1.00
1351821--1352005	35	5.3	32	71	18	97	42	8	4	44	1.55
1351821--1352005	34	5.4	33	72	15	108	42	8	4	44	1.55
1351832--1352080	37	6.9	37	78	8	232	42	8	4	44	1.55
1351892--1352080	74	2.6	75	87	3	269	43	7	3	44	1.51
1358430--1358516	2	43.5	2	100	0	174	0	49	0	50	1.00
1359073--1359154	30	2.8	29	74	20	80	59	9	4	25	1.49
1363666--1363713	21	2.2	21	85	7	60	39	6	0	54	1.26
1364214--1364240	10	2.7	10	100	0	54	59	0	0	40	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1368059--1368122	30	2.2	30	88	8	96	50	1	4	43	1.32
1368130--1368178	11	4.6	11	76	19	59	48	2	0	48	1.12
1368120--1368181	20	3.0	21	81	11	65	50	1	0	48	1.10
1368743--1368827	23	3.7	23	77	13	77	58	1	0	40	1.05
1372084--1372137	27	2.0	27	88	0	81	37	5	3	53	1.42
1378487--1378511	3	8.3	3	100	0	50	68	32	0	0	0.90
1384513--1384562	19	2.6	19	76	20	50	28	6	0	66	1.15
1384628--1384663	2	18.5	2	94	5	65	47	0	0	52	1.00
1384685--1384724	8	5.2	8	90	3	57	12	7	2	77	1.07
1384827--1384896	31	2.3	31	83	11	92	12	8	2	75	1.13
1388765--1388969	99	2.1	99	87	1	295	33	16	17	33	1.92
1389904--1390391	64	7.6	64	91	0	751	34	20	13	30	1.92
1390415--1391725	121	10.8	121	90	0	1938	34	25	16	23	1.95
1390726--1390928	55	3.5	55	66	19	151	34	25	17	22	1.96
1391266--1391598	66	5.4	66	64	18	212	33	24	17	24	1.96
1392520--1392544	11	2.3	11	100	0	50	44	0	0	56	0.99
1393286--1393352	30	2.2	30	91	0	107	19	20	41	17	1.90
1393873--1393929	28	2.1	27	83	9	71	28	0	0	71	0.86
1393876--1393931	9	6.1	9	83	8	60	32	0	0	67	0.91
1393898--1393939	18	2.3	18	83	4	57	23	0	2	73	0.94
1393877--1393939	28	2.2	28	81	10	67	26	0	1	71	0.95
1393941--1394006	31	2.1	31	86	5	89	10	12	3	74	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1394809--1394863	30	1.9	27	82	10	65	41	1	1	54	1.21
1394858--1394910	22	2.3	22	83	6	61	50	1	0	47	1.12
1394869--1394932	22	2.9	23	83	4	69	48	4	0	46	1.23
1395009--1395073	28	2.3	29	79	12	73	52	0	3	44	1.16
1395234--1395280	14	3.3	14	77	14	51	57	0	2	40	1.11
1396323--1396356	3	11.3	3	100	0	68	32	0	0	67	0.91
1397275--1397302	14	2.0	14	100	0	56	42	7	7	42	1.59
1403204--1403369	22	7.5	22	96	0	287	27	28	27	16	1.97
1409130--1409229	22	4.5	22	92	0	173	25	31	28	16	1.96
1421133--1421161	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
1421947--1422040	44	2.2	43	80	1	107	37	12	23	26	1.91
1422626--1422703	23	3.4	22	79	8	84	19	20	21	38	1.94
1428170--1428200	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
1428988--1429082	44	2.2	44	88	0	145	34	15	22	27	1.94
1429567--1429618	21	2.5	19	80	17	59	25	19	19	36	1.95
1429567--1429630	21	3.0	20	74	17	58	25	15	20	39	1.92
1429625--1429667	23	2.0	21	81	9	50	20	11	20	46	1.82
1429675--1429740	23	2.9	23	88	0	96	18	27	22	31	1.97
1432615--1432706	40	2.3	39	83	7	114	32	9	4	53	1.54
1433302--1433362	28	2.2	28	85	5	79	16	4	8	70	1.29
1433460--1433506	16	2.9	16	81	9	60	31	2	2	63	1.18
1446149--1446226	2	39.5	2	97	2	149	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1446519--1446573	8	7.6	7	75	20	51	83	0	16	0	0.64
1446525--1446575	14	3.6	14	86	2	75	82	0	17	0	0.67
1446517--1446571	28	2.0	28	89	7	85	81	0	18	0	0.68
1447918--1448525	33	18.2	33	86	1	777	39	19	19	21	1.93
1447918--1448525	100	6.1	100	86	1	799	39	19	19	21	1.93
1449058--1449133	39	1.9	40	86	2	109	35	10	6	47	1.64
1449910--1449949	16	2.5	16	88	8	55	30	2	2	65	1.19
1449910--1449986	18	4.6	16	81	13	59	24	1	2	71	1.06
1449921--1449986	18	3.7	18	84	11	82	21	1	3	74	1.04
1449940--1450012	9	8.3	9	71	14	55	20	0	4	75	0.97
1449945--1450016	10	8.1	9	69	18	53	20	0	4	75	0.97
1454994--1455097	29	3.6	29	96	1	192	18	20	16	45	1.86
1454994--1455114	29	4.2	29	90	3	120	19	19	15	45	1.85
1454994--1455114	58	2.1	57	87	4	172	19	19	15	45	1.85
1457103--1457145	18	2.4	18	100	0	86	32	11	39	16	1.84
1458814--1458846	2	17.5	2	87	12	52	45	0	0	54	0.99
1458814--1458847	9	3.7	9	92	7	59	44	0	0	55	0.99
1461158--1461930	33	23.2	33	87	2	1010	39	19	19	21	1.92
1461158--1461930	166	4.6	165	87	2	994	39	19	19	21	1.92
1463335--1463391	28	2.1	27	79	20	66	22	0	5	71	1.05
1473044--1473068	13	1.9	13	100	0	50	16	24	24	36	1.94
1473939--1473990	21	2.5	21	81	3	61	38	19	25	17	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1473979--1474032	20	2.7	20	100	0	108	31	24	16	27	1.96
1473976--1474092	61	1.9	61	83	0	153	33	24	17	24	1.96
1473979--1474112	40	3.3	40	79	6	126	29	26	17	26	1.98
1474041--1474113	20	3.7	20	96	0	128	23	28	20	27	1.99
1474619--1474683	19	3.5	18	85	6	85	46	26	16	10	1.80
1474679--1474863	19	10.1	19	75	16	158	12	22	21	43	1.86
1474750--1474838	33	2.6	33	89	3	124	12	24	23	39	1.89
1474802--1474861	20	3.0	20	80	4	66	13	23	18	45	1.84
1474969--1475287	159	2.0	159	98	1	622	27	17	20	34	1.95
1476942--1477034	42	2.2	42	82	0	114	22	37	15	24	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9