genome.fa.s4123.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01004123.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00009023_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1596068

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
790877--790990	33	3.2	33	73	17	95	43	24	18	13	1.85
791313--791378	22	3.0	22	90	0	105	21	15	39	24	1.91
791577--791649	20	3.7	20	94	0	128	19	19	21	39	1.92
791646--791690	20	2.2	20	88	4	63	40	17	24	17	1.91
800055--800368	123	2.5	123	87	6	440	25	19	14	40	1.90
800314--800378	20	3.3	19	68	20	53	16	21	7	53	1.68
800312--800410	40	2.5	40	93	1	173	19	21	10	49	1.77
800351--800635	113	2.5	113	93	0	462	27	21	14	37	1.91
801422--801479	22	2.6	22	94	0	98	36	12	17	34	1.87
817904--817964	31	2.0	31	83	3	79	34	11	19	34	1.88
826231--826269	17	2.2	18	90	4	62	33	0	2	64	1.08
826286--826369	14	6.5	13	67	25	54	44	0	1	54	1.07
826261--826336	26	3.0	27	83	12	90	42	0	1	56	1.07
826236--826396	63	2.6	63	88	7	226	40	0	1	57	1.14
826383--826444	19	3.3	19	78	15	58	37	1	0	61	1.06
829283--829374	44	2.0	44	85	4	121	32	26	6	34	1.82
829540--829666	23	5.2	25	66	30	94	31	31	15	21	1.94
829570--829648	24	3.2	26	67	29	80	31	27	17	22	1.97
829529--829676	49	3.0	49	98	0	287	29	30	16	23	1.96
833207--833247	6	6.8	6	100	0	82	31	0	51	17	1.46
834171--834325	65	2.4	65	81	4	161	29	18	23	28	1.98
837179--837294	23	5.2	22	69	8	92	25	23	24	26	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
837180--837321	44	3.2	44	87	3	198	26	22	23	27	1.99
841035--841076	21	2.0	21	85	0	57	33	7	4	54	1.49
850611--850656	12	3.7	12	83	11	56	80	6	6	6	1.02
850607--850667	13	4.4	13	71	15	50	78	4	6	9	1.07
850758--850829	3	23.7	3	79	10	67	65	0	4	30	1.12
852573--852726	34	4.3	34	64	23	91	24	16	25	33	1.95
852567--852968	119	3.5	117	86	7	511	23	16	25	34	1.95
852930--853105	65	2.8	64	85	5	234	26	17	21	35	1.95
853970--854021	8	6.2	8	80	6	50	0	13	3	82	0.80
855130--855181	19	2.7	19	77	16	54	73	7	5	13	1.24
855161--855210	11	4.6	11	78	11	50	78	6	6	10	1.10
855148--855221	21	3.5	21	76	10	71	75	5	6	12	1.16
855149--855213	29	2.2	29	79	15	73	76	6	7	9	1.14
855310--855385	3	24.7	3	73	17	50	65	0	5	28	1.14
855308--855364	24	2.6	21	81	15	62	68	0	3	28	1.06
855355--855385	11	2.7	12	90	10	55	64	0	6	29	1.18
855449--855496	14	3.0	16	85	11	55	77	4	4	14	1.08
855471--855507	14	2.6	14	88	12	58	81	0	5	13	0.86
855698--855731	1	34.0	1	93	0	59	97	0	0	2	0.19
860160--860192	14	2.3	15	89	5	50	48	0	3	48	1.17
860193--860274	4	20.5	4	87	0	74	25	13	25	35	1.93
860201--860701	16	32.4	16	78	7	185	29	5	20	45	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
860338--860846	4	128.8	4	84	3	476	29	4	20	46	1.69
860907--860996	2	45.5	2	77	14	89	47	2	5	44	1.38
861058--861122	21	3.2	21	91	4	98	47	29	0	23	1.52
861298--861431	16	7.6	20	73	18	79	47	5	4	41	1.48
861314--861392	2	39.0	2	86	7	106	49	3	1	45	1.28
861602--861679	2	39.0	2	85	5	104	48	2	2	46	1.29
861751--861892	21	6.6	21	68	15	67	40	6	4	47	1.50
862020--862067	21	2.3	21	82	3	53	47	27	0	25	1.52
862263--862304	15	2.7	15	92	3	66	45	0	4	50	1.23
863055--863102	13	3.8	13	78	13	55	43	27	6	22	1.77
863094--863180	6	14.3	6	87	2	102	49	43	3	3	1.36
863173--863209	19	2.0	18	89	5	56	40	35	10	13	1.80
865232--865274	21	2.0	21	81	0	50	20	9	4	65	1.40
866679--866705	13	2.1	13	100	0	54	44	0	0	55	0.99
866844--866886	16	2.7	16	85	7	61	48	9	13	27	1.73
871208--871269	23	2.7	23	78	9	72	62	4	4	27	1.36
872553--872618	3	21.3	3	84	6	87	59	0	0	40	0.98
872540--872612	22	3.2	22	74	14	67	53	0	0	46	1.00
872553--872616	25	2.5	26	90	7	105	59	0	0	40	0.97
872552--872618	22	3.0	21	83	16	89	58	0	0	41	0.98
872552--872630	22	3.5	22	80	13	88	58	0	0	41	0.98
872553--872630	19	4.2	19	85	3	61	58	0	0	41	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
872553--872630	28	3.0	25	82	10	93	58	0	0	41	0.98
872599--872641	22	2.0	22	81	9	52	60	0	2	37	1.10
872793--873501	45	15.8	45	92	0	1116	34	20	22	22	1.97
873327--873400	25	3.2	25	64	18	68	36	17	22	22	1.95
874084--874136	20	2.5	22	75	12	65	33	13	15	37	1.86
874504--874607	54	1.9	54	94	0	181	27	25	12	34	1.92
875752--875839	41	2.1	40	80	14	90	29	21	14	34	1.93
879701--879736	19	1.9	18	88	5	54	33	16	2	47	1.61
880745--880796	12	4.1	12	74	13	50	55	3	15	25	1.57
884095--884158	12	5.6	11	70	17	51	65	3	4	26	1.27
884094--884158	23	2.8	23	79	9	78	64	3	6	26	1.32
885441--885515	3	25.3	3	91	2	125	62	0	0	37	0.95
887939--887969	16	1.9	16	93	0	53	58	3	29	9	1.46
892101--892192	30	3.0	30	74	12	80	34	18	20	26	1.96
892101--892191	31	3.0	30	76	7	85	35	17	20	26	1.95
895372--895498	61	2.0	63	86	8	181	58	13	0	28	1.36
895470--895532	32	2.0	32	84	12	85	63	11	0	25	1.27
895445--895587	77	1.9	75	84	8	191	58	11	1	28	1.42
900361--900386	13	2.0	13	100	0	52	46	7	23	23	1.78
904870--904943	31	2.5	30	82	8	89	50	6	4	39	1.48
904903--904995	39	2.3	38	80	10	98	47	6	2	44	1.41
908156--908189	15	2.3	15	94	0	59	61	14	14	8	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
908425--908456	11	2.9	11	100	0	64	6	37	0	56	1.25
908843--908890	23	2.1	23	100	0	96	16	8	25	50	1.73
909391--909634	131	1.9	132	83	6	325	29	15	21	32	1.95
916800--916976	88	2.0	88	100	0	354	21	6	18	53	1.67
917788--917954	21	8.0	21	83	9	157	21	21	22	34	1.97
917813--917954	63	2.3	62	90	4	214	21	21	21	35	1.96
917794--917947	84	1.8	84	97	0	290	20	20	22	35	1.96
918640--918825	21	8.9	20	70	14	119	36	22	20	21	1.96
918643--918819	42	4.3	42	93	1	295	36	22	19	20	1.95
918882--918936	21	2.6	21	80	11	67	34	23	20	21	1.97
918738--919127	132	3.0	133	80	9	401	32	19	23	24	1.98
918801--919047	111	2.2	111	96	0	449	32	19	23	25	1.97
918993--919068	21	3.6	21	89	0	107	32	22	19	25	1.97
919081--919127	21	2.2	21	100	0	94	19	19	34	27	1.96
922097--922146	23	2.2	23	89	7	75	40	8	10	42	1.68
927360--927409	23	2.2	23	92	0	82	40	10	10	40	1.72
927366--927417	23	2.2	23	82	3	59	46	13	7	32	1.72
927499--927563	31	2.1	31	94	0	112	40	21	0	38	1.54
929440--929561	65	1.9	65	88	5	185	29	18	22	30	1.97
929412--929575	64	2.6	62	76	10	161	29	19	21	29	1.98
932269--932346	21	3.6	22	77	6	72	26	24	23	25	2.00
936173--936212	21	1.9	21	85	10	55	35	10	2	52	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
938134--938185	19	2.7	19	90	0	86	26	21	32	19	1.97
938173--938374	65	3.1	64	82	10	241	25	17	24	32	1.97
938639--938677	20	1.9	21	84	5	53	51	12	15	20	1.76
940840--940896	24	2.5	23	77	8	62	45	0	5	49	1.24
943100--943148	19	2.6	19	93	0	80	32	2	8	57	1.40
943593--944755	198	5.8	198	88	2	1467	38	15	15	30	1.89
946381--946428	19	2.5	19	93	0	78	29	6	10	54	1.59
948988--949029	19	2.2	20	86	4	59	52	2	11	33	1.51
948988--949034	20	2.4	19	85	3	58	48	4	14	31	1.63
948996--949441	199	2.3	198	83	3	549	39	13	16	30	1.87

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9