genome.fa.s480.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01000480.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00000910_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  869251

Tables:   1   2   3   4   5   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
143041--143070	6	5.0	6	95	0	51	46	0	20	33	1.51
148696--148729	15	2.2	16	89	5	52	70	2	5	20	1.21
148845--148892	2	24.0	2	100	0	96	50	0	0	50	1.00
152712--152773	22	2.8	22	85	0	70	29	19	24	27	1.98
161646--161751	22	4.8	22	78	2	95	21	23	33	21	1.98
161691--161754	23	2.8	24	79	9	80	20	25	28	26	1.99
165505--165544	21	1.9	21	90	10	64	32	7	5	55	1.50
169319--169380	22	2.8	22	82	0	70	27	20	24	27	1.99
171586--171856	44	6.2	43	76	10	151	26	20	6	47	1.73
171476--171856	43	8.8	43	75	8	285	26	18	6	47	1.74
171903--171938	16	2.2	16	95	0	63	30	5	8	55	1.52
174695--174755	27	2.2	28	86	11	83	44	1	0	54	1.10
177691--177734	18	2.4	18	96	0	79	63	11	13	11	1.52
185506--185545	20	2.0	21	90	5	64	35	22	17	25	1.95
188498--188608	29	3.9	29	85	5	163	39	4	5	50	1.46
188497--188649	29	5.0	33	80	17	147	39	4	5	50	1.45
188630--188675	23	2.0	22	87	4	65	23	2	6	67	1.25
191676--191711	18	2.1	17	89	5	54	36	5	0	58	1.22
192296--192346	21	2.4	21	83	0	66	49	9	15	25	1.75
195485--195518	15	2.3	15	94	0	59	0	29	0	70	0.87
196540--196588	19	2.7	17	84	9	53	26	20	28	24	1.99
196560--196769	65	3.2	64	76	9	212	26	19	24	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
198859--198897	13	3.1	13	88	3	53	48	2	7	41	1.45
203276--203318	21	2.0	22	86	4	61	30	6	9	53	1.59
205227--205274	18	2.7	18	87	6	62	27	20	27	25	1.99
205255--205363	57	1.9	56	83	5	139	26	19	23	30	1.98
207727--207778	22	2.4	21	87	6	86	36	13	15	34	1.87
217181--217344	20	8.2	20	77	9	156	31	25	18	25	1.98
217220--217367	41	3.7	41	81	7	178	33	25	16	23	1.96
217936--217983	20	2.4	20	100	0	96	27	18	20	33	1.96
217981--218021	20	2.0	20	90	0	64	12	12	17	58	1.63
217985--218028	20	2.2	20	83	0	52	13	11	18	56	1.66
219993--220030	20	1.9	20	100	0	76	47	15	21	15	1.82
220106--220174	20	3.5	20	84	7	95	17	20	26	36	1.94
220274--220377	21	5.0	20	80	3	100	21	34	18	25	1.96
220297--220392	42	2.3	42	85	3	122	23	36	17	21	1.95
221774--221826	14	3.9	14	80	2	63	32	0	22	45	1.53
221774--221826	27	1.9	28	88	3	81	32	0	22	45	1.53
221930--222005	20	3.8	20	85	0	107	42	23	18	15	1.89
222047--222225	20	9.6	20	78	15	87	24	16	23	35	1.94
222013--222159	74	2.0	74	84	5	190	23	17	23	36	1.95
222067--222213	54	2.7	54	93	0	249	21	17	25	35	1.95
222196--222478	140	2.0	140	97	0	539	43	14	13	28	1.83
224598--224634	14	2.6	14	91	4	56	5	21	21	51	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
224821--224874	24	2.2	24	93	0	90	40	20	18	20	1.91
224821--224888	24	2.8	24	84	0	64	38	20	17	23	1.93
225695--225843	20	7.3	20	75	11	88	24	16	26	32	1.96
225750--225804	21	2.6	21	88	0	74	20	12	23	43	1.86
229418--229459	18	2.3	18	95	0	75	21	2	42	33	1.66
229706--229813	49	2.2	49	84	12	136	32	16	20	30	1.95
229846--230217	48	7.8	48	90	0	550	33	15	22	28	1.95
230613--230954	149	2.3	150	86	3	458	34	15	14	35	1.88
238921--238947	11	2.5	11	100	0	54	51	33	0	14	1.43
241893--241922	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
243125--243264	60	2.3	59	77	9	140	33	13	17	35	1.89
244689--244732	16	2.8	16	86	3	63	47	2	0	50	1.13
244839--244882	16	2.8	16	86	3	63	47	2	0	50	1.13
244619--244924	150	2.0	151	98	1	598	44	5	3	46	1.44
245477--245553	29	2.6	30	85	8	104	42	5	12	38	1.66
245477--245577	29	3.4	29	77	8	96	40	7	13	37	1.74
245702--245761	2	31.0	2	90	6	97	46	0	0	53	1.00
245703--245759	19	3.0	19	97	0	105	45	0	0	54	0.99
247745--247788	17	2.4	18	81	11	54	54	0	0	45	0.99
253016--253044	2	14.5	2	100	0	58	0	48	0	51	1.00
253044--253100	4	14.2	4	88	0	60	38	10	0	50	1.37
257122--257157	2	17.5	2	94	5	63	50	2	0	47	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
260470--260507	20	1.9	20	100	0	76	44	10	21	23	1.83
260711--260757	2	23.5	2	95	0	85	53	0	0	46	1.00
264357--264394	20	1.9	20	84	10	51	21	10	34	34	1.87
265344--265386	18	2.4	18	96	0	77	39	4	20	34	1.74
265978--266024	22	2.2	21	88	7	69	27	10	6	55	1.58
274187--274232	21	2.1	22	84	11	60	28	8	6	56	1.54
278827--278874	20	2.4	20	96	0	87	47	6	10	35	1.63
282283--282501	46	4.8	46	84	3	253	24	20	12	43	1.86
282273--282501	91	2.5	92	83	2	264	25	20	11	42	1.85
282506--283304	81	9.9	81	86	0	1037	31	19	11	37	1.88
283817--283878	21	3.0	21	83	4	83	30	17	16	35	1.92
288463--288515	23	2.3	23	86	0	70	56	18	7	16	1.63
291769--291868	22	4.5	22	76	13	107	47	1	7	45	1.37
291767--291990	72	3.2	67	74	18	195	45	1	6	45	1.38
291833--291894	29	2.1	30	84	3	81	51	1	4	41	1.33
291933--291993	27	2.2	28	88	8	90	40	0	8	50	1.32
293205--293475	45	6.0	45	86	0	355	32	19	8	39	1.82
293218--293475	134	1.9	135	92	2	430	31	19	8	40	1.82
293227--293514	134	2.2	134	86	4	395	31	20	9	38	1.84
299220--299527	45	6.8	45	84	5	381	30	21	9	39	1.84
299209--299527	90	3.6	89	84	1	431	30	21	8	39	1.84
299217--299526	135	2.3	135	92	0	494	30	21	9	39	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
299231--299566	45	7.5	45	85	2	228	30	22	9	37	1.87
299217--299566	135	2.6	135	88	1	434	29	22	9	38	1.86
299977--300029	20	2.5	20	82	11	54	30	26	15	28	1.96
300080--300123	22	2.0	22	81	0	52	31	27	11	29	1.91
303501--303570	32	2.2	32	84	5	88	32	5	5	55	1.47
313706--313744	13	3.0	13	84	0	60	30	17	23	28	1.97
313620--313801	97	1.9	97	85	0	256	28	17	21	32	1.96
316637--316711	3	25.0	3	84	10	100	64	0	0	36	0.94
324016--324063	21	2.3	21	82	10	64	22	8	8	60	1.52
327983--328093	18	6.5	17	82	10	120	86	1	10	0	0.69
327984--328093	17	6.8	16	79	17	104	86	1	10	0	0.70
327995--328093	10	8.7	11	81	12	96	87	1	10	1	0.63
327968--328093	30	4.2	29	77	16	116	84	3	10	0	0.78
327982--328093	28	3.9	28	80	10	118	86	1	10	0	0.69
327994--328075	1	82.0	1	82	0	92	90	1	7	1	0.56
329625--329660	12	3.0	12	87	0	54	30	8	25	36	1.85
336009--336130	64	1.9	64	84	3	165	33	20	20	25	1.97
336457--336501	19	2.3	20	88	7	67	35	2	20	42	1.64
336658--336686	15	1.9	15	100	0	58	13	20	31	34	1.92
339060--339228	55	3.2	53	78	9	186	37	8	13	40	1.75
339338--339505	85	2.0	85	92	1	284	23	28	16	31	1.96
339479--339513	15	2.2	16	90	5	54	31	42	8	17	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
340657--340792	39	3.5	40	83	4	170	46	11	22	19	1.81
340736--341254	139	3.8	137	82	7	602	34	18	21	25	1.96
356303--356396	33	2.8	33	90	0	134	35	21	12	30	1.91
366101--366172	20	3.6	20	82	10	78	29	18	20	31	1.96
369997--370054	20	2.9	21	79	7	75	20	13	25	39	1.90
370090--370140	21	2.4	21	96	0	93	29	27	19	23	1.98
372200--372241	19	2.2	19	87	8	59	42	19	2	35	1.64
378378--379041	328	2.0	328	98	0	1292	28	12	16	42	1.85
384513--384628	51	2.3	51	90	0	187	26	11	31	31	1.91
392358--392654	147	2.0	147	100	0	594	34	18	19	27	1.95

Tables:   1   2   3   4   5