genome.fa.s480.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01000480.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00000910_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  869251

Tables:   1   2   3   4   5   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1320--2350	182	5.7	184	95	1	1864	35	15	15	34	1.89
1320--2350	366	2.8	368	97	1	1936	35	15	15	34	1.89
4832--4878	21	2.2	22	84	3	60	46	10	10	31	1.73
4888--4950	22	2.8	23	82	4	83	34	6	20	38	1.78
4888--4959	23	3.2	23	78	11	76	33	5	20	40	1.76
5314--5371	23	2.5	23	91	0	89	36	6	18	37	1.78
5314--5381	23	3.0	23	86	4	84	35	5	19	39	1.76
5741--5798	23	2.5	23	91	0	89	36	6	18	37	1.78
5741--5808	23	3.0	23	86	4	84	35	5	19	39	1.76
5811--5849	20	2.0	20	89	0	60	25	15	10	48	1.76
4791--6652	426	4.4	430	97	2	3514	39	8	13	38	1.74
6169--6223	21	2.5	22	88	2	76	36	7	20	36	1.80
6169--6232	22	3.0	22	84	6	69	35	6	20	37	1.78
6590--6654	23	2.8	23	85	0	85	36	7	16	38	1.78
6858--6894	18	2.1	18	89	0	56	32	5	10	51	1.60
17305--17336	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
21693--21739	23	2.0	23	92	8	78	53	0	0	46	1.00
22961--23005	22	2.0	22	87	8	65	51	0	0	48	1.00
22964--23012	23	2.2	22	82	10	55	48	2	0	48	1.12
23742--23787	6	7.7	6	100	0	92	32	34	17	15	1.91
25575--25610	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
29680--29710	16	2.0	15	93	6	53	77	3	0	19	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
31207--31268	7	9.4	7	96	3	96	83	0	0	16	0.64
31210--31265	6	8.8	6	96	3	85	85	0	0	14	0.59
31213--31319	3	38.3	3	76	12	72	73	0	0	25	0.89
31787--31904	32	3.6	32	67	13	96	25	14	25	34	1.94
31783--31941	66	2.4	66	93	0	273	27	15	23	34	1.94
31854--32332	124	3.9	124	86	3	626	27	17	23	31	1.97
32395--32612	34	6.5	34	82	6	216	20	17	27	34	1.95
32429--32510	32	2.6	32	92	0	128	20	19	29	30	1.97
32395--32721	166	1.9	172	85	9	463	22	17	25	34	1.96
35521--35563	18	2.4	18	77	22	54	72	0	16	11	1.13
35526--35562	16	2.2	18	90	9	60	72	0	16	10	1.10
35525--35566	17	2.4	18	84	15	61	71	0	19	9	1.13
36591--36672	10	8.7	9	71	17	51	70	1	4	23	1.13
36630--36670	4	9.8	4	84	10	55	73	0	4	21	1.02
40555--40594	21	1.9	21	89	0	62	10	25	40	25	1.86
40577--40638	21	2.9	21	87	4	79	20	24	33	20	1.97
47394--47454	3	21.3	3	77	15	51	72	0	0	27	0.85
47381--47454	25	2.8	26	84	12	89	74	0	0	25	0.82
47381--47449	16	4.1	16	80	12	68	75	0	0	24	0.81
47411--47455	5	9.4	5	81	13	51	66	0	0	33	0.92
54048--54083	4	9.2	4	93	6	65	22	0	25	52	1.47
56648--57016	20	18.5	20	85	4	458	34	26	18	20	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57689--57735	24	2.0	24	87	8	69	25	14	21	38	1.92
57910--57934	12	2.1	12	100	0	50	72	0	28	0	0.86
60238--60511	19	15.4	19	81	15	345	47	17	20	14	1.82
60238--60533	33	8.5	35	82	14	282	46	17	20	14	1.83
60266--60533	109	2.5	104	90	6	446	47	16	21	14	1.83
60266--60533	52	5.0	52	91	4	446	47	16	21	14	1.83
60540--60641	19	5.6	19	82	12	142	14	22	17	45	1.85
60748--60784	14	2.6	14	91	0	65	45	21	0	32	1.52
60779--60851	12	6.0	12	67	20	53	57	16	1	24	1.47
60765--60837	38	1.9	38	97	0	137	53	16	1	28	1.51
62708--62764	14	3.7	14	77	20	60	45	22	21	10	1.82
62689--62781	33	2.8	33	95	0	168	47	21	20	10	1.80
62652--62786	19	7.6	19	75	16	119	46	22	19	11	1.81
62782--62910	19	7.3	19	75	17	125	8	17	28	45	1.77
62782--62873	33	2.8	33	93	3	150	7	18	28	45	1.76
62954--63240	93	3.1	93	98	1	567	46	18	12	22	1.83
64937--65048	33	3.4	33	94	0	206	44	20	25	9	1.82
64944--65044	14	6.2	18	71	25	82	44	21	24	8	1.81
65068--65122	14	3.6	14	73	21	56	9	25	23	41	1.83
65052--65122	33	2.2	33	94	0	124	8	22	25	43	1.81
65063--65144	33	2.5	33	89	2	119	9	25	21	42	1.84
65075--65163	20	4.8	20	72	19	75	12	24	19	43	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65243--65313	33	2.2	33	92	0	115	47	18	22	11	1.80
65495--65549	22	2.5	22	81	0	74	20	16	40	23	1.91
65695--65889	40	4.8	40	82	1	212	19	19	25	35	1.95
65696--65850	20	7.7	20	84	4	213	21	20	25	32	1.97
65696--65889	60	3.2	60	82	0	244	19	19	25	35	1.95
65876--65954	21	3.8	20	70	6	59	22	18	22	35	1.96
65944--65995	20	2.6	20	96	0	95	21	13	26	38	1.90
67539--67569	16	1.9	16	93	0	53	25	6	16	51	1.68
67632--67684	18	2.8	19	80	8	63	43	9	0	47	1.36
67648--67684	9	4.1	9	96	0	65	45	8	0	45	1.32
73621--73713	24	3.9	24	88	0	123	26	11	20	40	1.87
73612--73703	48	1.9	48	90	0	148	26	11	19	42	1.86
74055--74117	29	2.2	29	97	0	117	42	9	20	26	1.83
75031--75075	18	2.6	18	80	16	58	44	4	0	51	1.21
77290--77446	21	7.8	20	72	7	84	38	24	17	19	1.92
77413--77657	20	12.2	20	83	5	246	36	24	18	20	1.95
78369--78415	24	2.0	24	87	8	69	25	14	21	38	1.92
80931--81171	19	13.7	19	78	17	279	46	17	20	15	1.84
80931--81165	52	4.5	51	84	7	305	46	17	20	14	1.83
80917--81171	71	3.6	71	89	6	337	45	18	21	14	1.84
81161--81277	53	2.2	53	96	1	218	13	23	17	45	1.84
81180--81277	19	5.4	19	82	13	134	14	21	17	46	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81384--81420	14	2.6	14	91	0	65	45	21	0	32	1.52
81553--81656	19	5.7	19	80	12	110	9	17	25	47	1.78
81704--82079	93	4.1	93	99	0	736	45	19	12	22	1.84
83784--83873	14	5.7	14	72	23	72	43	23	24	8	1.82
83776--83890	33	3.5	33	97	0	221	46	20	23	9	1.80
83798--83895	19	5.7	19	71	22	90	43	22	23	10	1.83
83906--83962	14	3.7	14	75	20	60	8	24	22	43	1.81
83901--83970	33	2.1	33	100	0	140	8	24	20	47	1.78
83946--84002	21	2.8	20	86	5	78	12	28	17	42	1.85
84298--84352	22	2.5	22	75	0	65	21	14	40	23	1.90
84499--84691	20	9.6	20	84	4	228	18	20	25	35	1.95
86126--86165	21	2.0	20	85	5	53	25	32	25	17	1.97
97442--97505	23	2.8	23	88	4	85	21	31	21	25	1.98
99606--99630	11	2.3	11	100	0	50	52	0	0	48	1.00
103601--103668	14	4.9	14	76	5	66	47	30	2	19	1.64
103601--103668	28	2.4	28	82	4	75	47	30	2	19	1.64
103601--103668	7	9.7	7	79	6	57	47	30	2	19	1.64
104865--104939	11	6.6	11	74	6	60	32	4	25	38	1.74
104867--104923	23	2.5	23	97	0	105	33	3	26	36	1.74
104878--104918	12	3.5	12	80	6	57	34	2	26	36	1.70
114127--114178	20	2.6	20	100	0	104	34	23	17	25	1.96
123695--123734	21	2.0	20	90	5	62	25	17	20	37	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
130684--130724	2	20.5	2	84	0	55	48	4	0	46	1.23
131174--131253	24	3.4	24	73	3	72	32	21	23	22	1.98
131369--131409	16	2.7	15	82	10	57	34	19	7	39	1.80
137138--137206	20	3.7	18	79	15	70	37	18	21	21	1.94
137230--137268	19	2.0	20	90	5	62	35	10	25	28	1.89
137699--137795	44	2.2	45	83	5	117	31	12	22	32	1.91
137907--137994	46	1.9	46	83	4	115	19	21	22	36	1.95
142611--142742	45	3.0	45	84	1	131	34	9	21	34	1.85
142814--142910	46	2.1	46	88	0	140	17	25	22	34	1.96
142813--142915	23	4.5	23	83	0	125	17	24	24	33	1.96

Tables:   1   2   3   4   5