genome.fa.s480.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01000480.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00000910_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  869251

Tables:   1   2   3   4   5   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
651819--652087	134	2.0	137	85	6	368	42	10	18	28	1.83
658985--659033	4	12.0	4	89	8	73	73	0	2	24	0.94
659041--659323	39	7.9	36	80	12	257	49	7	1	42	1.39
659178--659233	13	4.0	13	76	17	58	46	10	1	41	1.49
659179--659236	30	1.9	30	100	0	116	44	10	1	43	1.48
659095--659302	107	2.0	101	85	7	274	48	7	0	43	1.37
659134--659326	68	2.8	68	79	13	202	47	7	1	43	1.39
659237--659323	33	2.6	32	82	12	95	48	6	1	43	1.37
659202--659282	38	2.1	39	86	8	114	44	6	2	46	1.41
659290--659346	24	2.5	23	88	8	82	49	8	0	42	1.34
659259--659382	56	2.2	58	86	7	173	48	8	0	42	1.34
659221--659406	92	2.0	91	82	12	220	46	9	1	43	1.42
661803--661844	20	2.1	20	100	0	84	35	23	4	35	1.76
662222--662274	25	2.1	26	85	3	72	41	28	9	20	1.83
665105--665133	14	2.1	14	93	6	51	51	0	6	41	1.28
665831--665863	16	2.1	16	100	0	66	57	24	12	6	1.57
665932--665988	16	3.7	16	83	9	82	56	21	12	10	1.65
665931--665988	30	1.9	30	92	0	98	56	20	12	10	1.64
665924--665994	16	4.7	16	81	10	78	57	19	9	12	1.63
667079--667130	10	4.8	10	80	17	59	55	21	11	11	1.66
667086--667116	14	2.2	14	94	0	53	54	22	12	9	1.67
667066--667126	24	2.5	24	89	5	88	55	19	11	13	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
673467--673514	25	1.9	25	86	0	69	68	12	2	16	1.29
681809--681840	15	2.1	15	94	0	55	53	15	25	6	1.65
681808--681846	15	2.7	14	84	7	51	53	12	25	7	1.65
683650--683734	37	2.3	36	80	11	102	35	4	18	41	1.72
700272--700410	23	6.3	23	83	11	123	33	28	15	23	1.94
700258--700368	23	4.9	23	83	4	145	32	27	16	24	1.96
700258--700389	46	3.0	44	83	4	156	32	27	15	24	1.96
707709--707781	34	2.2	34	87	4	105	27	16	4	52	1.62
707751--707809	26	2.3	26	93	0	100	22	15	3	59	1.51
707775--707840	33	2.0	34	84	3	89	30	18	3	48	1.63
708265--708326	17	3.6	17	97	0	115	12	19	17	50	1.78
712262--712314	11	4.6	11	86	9	79	81	3	15	0	0.83
712253--712314	24	2.6	24	87	10	83	79	4	16	0	0.90
715555--716137	122	4.8	123	80	4	570	35	22	14	28	1.93
716833--716862	16	1.9	15	93	6	51	20	0	6	73	1.05
716933--716973	13	3.2	13	86	10	57	19	0	2	78	0.87
717067--717174	26	3.7	30	70	24	88	24	12	3	59	1.50
717069--717153	26	3.3	26	77	9	93	23	14	3	58	1.51
717119--717184	33	2.0	34	84	3	89	30	15	3	51	1.58
724975--725013	19	2.0	20	90	5	62	58	10	0	30	1.31
725430--725700	46	5.9	46	89	2	359	24	21	9	43	1.83
725470--725687	20	9.7	20	67	23	105	22	23	11	42	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
725539--725664	26	5.3	25	69	21	83	24	21	9	44	1.82
725430--725699	138	2.0	138	89	2	418	24	21	9	43	1.83
726269--726320	20	2.6	19	88	11	70	17	28	19	34	1.94
727551--727587	8	4.5	8	89	3	56	35	2	13	48	1.57
731404--731480	21	3.6	21	74	6	82	33	29	16	19	1.94
738638--738707	21	3.2	21	82	7	95	38	24	18	18	1.93
740774--740811	18	2.1	18	90	0	58	47	0	15	36	1.46
740934--741016	39	2.1	39	90	0	130	28	6	14	50	1.66
740932--740996	18	3.4	18	70	12	58	30	6	13	49	1.67
748158--748301	65	2.2	65	82	0	171	32	21	15	30	1.94
750814--750956	4	35.8	4	82	0	151	51	9	23	16	1.72
750814--750955	8	17.8	8	92	0	194	52	9	23	15	1.71
751056--751337	66	4.3	66	89	0	413	37	13	17	31	1.88
758091--758121	4	7.8	4	100	0	62	51	0	22	25	1.48
758229--758506	66	4.2	66	91	1	425	36	14	18	30	1.90
760448--760565	6	19.7	6	86	0	155	0	55	0	44	0.99
760448--760565	10	11.8	10	87	0	155	0	55	0	44	0.99
760448--760565	14	8.4	14	90	0	155	0	55	0	44	0.99
762784--762829	23	2.0	24	82	4	58	19	4	10	65	1.41
762966--763010	20	2.3	20	80	3	56	46	4	2	46	1.35
763611--763686	37	2.1	37	97	0	143	32	26	23	17	1.96
767922--768095	76	2.2	77	78	11	187	29	24	12	33	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
769560--769587	13	2.2	13	100	0	56	42	0	0	57	0.99
770979--771073	22	4.3	22	78	8	77	43	3	5	48	1.41
770957--771057	52	1.9	52	84	7	134	42	2	4	49	1.39
771296--771435	2	69.5	2	68	19	78	46	4	2	47	1.34
771307--771443	9	14.9	9	69	20	63	45	4	2	48	1.34
771296--772142	20	41.8	20	69	20	224	45	4	3	45	1.42
771296--771449	11	14.3	11	70	16	72	46	4	2	46	1.37
771404--771449	24	1.9	24	90	0	74	47	6	2	43	1.41
771536--771587	21	2.4	22	84	9	63	46	3	1	48	1.31
771538--771616	32	2.5	32	77	16	85	45	2	2	49	1.29
771492--771660	11	16.1	11	65	15	72	45	3	2	47	1.35
771652--771846	70	2.8	70	81	9	188	51	3	6	38	1.44
771597--771810	18	11.9	18	69	23	75	50	3	4	42	1.38
771644--771854	68	3.1	67	78	15	172	52	4	5	37	1.45
771867--772116	44	5.4	45	74	14	192	41	5	1	51	1.33
771670--772125	2	230.5	2	66	21	162	45	4	3	45	1.41
773312--773350	14	2.7	15	80	8	53	58	5	15	20	1.55
774138--774187	25	2.0	25	92	0	82	16	12	48	24	1.79
776527--776607	14	5.9	14	79	13	71	41	2	1	54	1.21
776534--776597	11	5.9	11	75	8	51	39	3	1	56	1.25
776534--776618	3	29.7	3	74	9	61	40	2	2	55	1.26
786404--786436	10	3.2	10	95	4	57	78	0	12	9	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
786415--786467	17	3.2	17	78	5	56	75	0	11	13	1.05
787446--787907	55	8.4	55	91	0	730	31	14	23	30	1.94
787500--788314	110	7.4	109	85	5	600	32	16	25	25	1.96
787446--788314	165	5.2	164	83	6	682	32	16	25	25	1.96
787892--788321	56	7.8	55	88	4	598	33	19	26	21	1.97
788486--788530	20	2.2	20	88	0	63	42	2	0	55	1.12
788493--788580	3	30.7	3	73	8	58	39	2	2	55	1.25
790762--790797	17	2.1	18	89	5	56	36	2	5	55	1.38
793912--793958	10	4.7	10	75	19	53	76	2	2	19	0.99
794375--794413	14	2.7	15	80	8	53	58	5	15	20	1.55
795197--795246	19	2.6	19	96	0	91	20	6	48	26	1.72
795219--795268	25	2.0	25	92	0	82	16	10	50	24	1.75
795329--795363	16	2.2	16	89	0	52	31	17	22	28	1.96
795976--796022	5	9.4	5	80	17	53	0	14	0	85	0.61
795979--796023	16	2.9	15	87	9	63	0	13	0	86	0.57
795973--796024	11	4.8	11	86	13	65	0	17	0	82	0.66
796767--796814	20	2.4	20	85	0	60	41	2	2	54	1.24
796765--796815	19	2.6	20	81	3	59	45	1	1	50	1.24
797046--797097	24	2.2	24	96	0	95	28	9	21	40	1.84
798013--798053	16	2.6	16	92	7	66	26	9	4	58	1.50
799905--799929	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
800087--800155	16	4.5	15	71	18	52	76	10	0	13	1.01
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
801125--801154	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
801566--801688	50	2.5	50	84	2	151	15	35	29	19	1.93
801967--802299	111	3.0	111	98	0	639	35	8	11	44	1.71
804172--804211	21	1.9	21	84	0	53	35	20	35	10	1.86
812205--812364	65	2.5	65	83	7	202	28	18	22	30	1.98
812750--812811	21	3.2	21	66	29	64	20	41	0	37	1.53
812744--812820	37	2.1	37	97	0	145	27	35	1	36	1.65
815092--815173	23	3.6	22	75	8	85	25	23	26	24	2.00
818463--818878	204	2.0	204	95	0	742	25	26	18	29	1.98
823765--823850	22	3.9	22	83	3	109	22	29	26	22	1.99

Tables:   1   2   3   4   5