genome.fa.s4846.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01004846.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00010927_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1467214

Tables:   1   2   3   4   5   6   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12701--12752	20	2.6	20	100	0	104	46	9	9	34	1.69
14729--14776	16	3.0	16	90	0	69	41	20	2	35	1.64
20130--20184	24	2.3	24	83	0	65	40	18	23	18	1.91
20171--20298	24	5.3	24	70	4	78	43	12	19	24	1.85
26057--26136	40	2.0	42	90	5	128	22	12	8	56	1.63
31334--31683	41	8.5	41	76	6	253	32	10	18	39	1.84
31390--31639	123	2.0	123	80	4	281	32	11	20	36	1.88
31407--31683	82	3.4	82	83	3	308	31	11	19	38	1.87
37836--37896	24	2.5	24	92	5	97	42	3	14	39	1.62
39581--39885	82	3.7	82	82	0	315	31	11	20	36	1.89
39504--39885	41	9.3	41	77	4	268	30	11	19	38	1.88
46530--46631	34	3.0	34	100	0	204	41	14	8	35	1.77
48697--48731	13	2.6	13	90	4	52	82	0	0	17	0.66
48720--48783	25	2.5	25	80	7	58	65	1	9	23	1.30
48765--48794	10	3.0	10	95	0	51	63	0	6	30	1.20
49910--49949	20	2.1	19	90	4	62	60	2	0	37	1.11
51237--51296	31	2.0	30	93	3	102	36	1	25	36	1.66
51519--51572	23	2.3	23	84	6	65	22	27	22	27	1.99
51531--51578	23	2.1	23	96	0	87	18	29	25	27	1.98
52233--52304	21	3.3	22	76	11	76	38	12	2	45	1.56
59126--59159	15	2.3	15	94	0	59	20	8	20	50	1.75
61915--61963	22	2.2	22	100	0	98	8	28	14	48	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63433--63509	40	1.9	39	84	2	100	20	31	9	38	1.84
66276--66677	81	5.0	80	88	3	522	35	11	21	31	1.89
66276--66677	161	2.5	162	88	3	571	35	11	21	31	1.89
66702--66960	45	5.8	45	89	0	376	42	12	22	22	1.87
66752--66833	26	3.4	26	68	22	79	43	13	20	21	1.86
76222--76411	81	2.4	80	87	2	274	35	11	22	31	1.90
76864--77327	81	5.7	81	91	0	694	33	11	22	32	1.90
77713--77768	20	2.8	20	94	0	94	28	21	21	28	1.99
83702--83793	20	4.3	22	75	14	86	25	23	21	29	1.99
83679--83769	43	2.1	43	87	4	130	28	24	20	26	1.99
86422--86577	64	2.4	65	88	5	219	28	22	19	29	1.98
93685--94174	81	6.1	81	82	4	542	36	11	22	29	1.89
93715--94174	160	2.8	159	83	3	528	36	11	22	29	1.89
96049--96343	146	2.0	146	81	4	344	40	7	9	43	1.65
98760--99004	136	1.8	136	97	0	463	31	15	16	36	1.90
99009--99122	35	3.2	35	86	4	158	31	3	19	45	1.67
103384--103500	35	3.3	37	85	5	154	32	4	17	45	1.68
106891--106941	15	3.5	15	84	5	70	35	25	9	29	1.88
109895--109936	21	2.0	22	90	4	68	16	28	23	30	1.96
110033--110084	15	3.3	15	79	10	59	40	11	11	36	1.78
110034--110067	17	2.0	17	100	0	68	35	11	11	41	1.78
110138--110230	33	2.8	33	91	1	152	45	16	7	31	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
110225--110266	21	2.0	21	90	0	66	45	7	14	33	1.72
112686--112743	28	2.1	28	84	9	75	22	17	13	46	1.83
115382--115432	17	3.0	17	75	16	52	19	19	9	50	1.75
115600--115787	92	2.1	91	80	4	209	35	20	15	28	1.93
115641--115787	45	3.2	43	76	13	125	37	19	14	28	1.91
115595--115758	45	3.6	45	76	8	145	35	18	16	29	1.93
117734--117788	26	2.1	26	83	12	69	41	12	5	40	1.66
118963--119040	39	2.0	39	87	0	111	29	25	15	29	1.96
123753--123860	39	2.8	39	84	0	126	22	22	25	29	1.99
126782--126820	18	2.1	18	85	9	51	41	5	10	43	1.61
132007--132086	36	2.2	36	100	0	160	28	5	25	41	1.76
135951--135986	15	2.4	15	90	0	54	27	11	27	33	1.91
137529--137567	18	2.1	18	85	9	51	41	5	10	43	1.61
141232--141279	16	3.3	15	77	16	57	60	2	0	37	1.09
142680--142729	21	2.3	22	93	6	93	30	0	0	70	0.88
142690--142725	10	3.5	10	85	7	54	27	0	0	72	0.85
142744--142799	3	19.0	3	92	3	96	66	0	1	32	1.03
143059--144697	562	2.9	557	85	4	1992	28	19	13	37	1.90
144206--144269	19	3.3	19	65	26	53	18	26	7	46	1.76
144186--144360	39	4.5	39	97	0	332	20	24	7	48	1.75
144264--144326	17	3.4	17	68	19	54	19	23	6	50	1.70
143059--144697	113	14.5	113	85	4	1906	28	19	13	37	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
144303--144734	112	3.8	113	83	4	493	26	19	15	38	1.91
153900--153952	18	2.9	18	81	13	63	77	0	1	20	0.87
153894--153941	22	2.2	22	85	7	62	77	0	0	22	0.78
156092--156171	3	27.0	3	94	2	144	66	0	1	32	1.00
157675--157723	25	1.9	26	87	4	73	51	2	0	46	1.12
162159--162194	15	2.4	15	90	0	54	27	11	27	33	1.91
163238--163273	3	12.0	3	93	0	63	63	2	33	0	1.08
167590--167645	21	2.5	22	83	13	62	16	21	44	17	1.86
167590--167636	24	1.9	25	95	4	87	12	23	46	17	1.82
176824--178047	271	4.5	273	91	1	1897	29	16	19	34	1.94
184153--184181	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
189820--189865	13	3.8	13	75	24	55	36	0	0	63	0.95
193322--193360	2	19.5	2	94	0	69	48	2	0	48	1.15
194593--194633	22	1.9	21	90	5	64	41	36	2	19	1.65
198609--198751	29	4.9	29	70	10	94	37	6	14	41	1.71
207460--207509	24	2.1	24	100	0	100	32	26	6	36	1.81
208059--208179	29	4.1	29	81	7	138	34	3	19	42	1.67
209163--209204	8	5.2	8	85	0	57	33	21	19	26	1.97
209962--210059	43	2.3	42	80	15	96	41	5	8	44	1.56
217729--217761	10	3.3	10	91	0	57	45	9	21	24	1.80
227037--227309	45	6.0	45	88	2	361	23	20	12	43	1.86
227880--227930	18	2.8	18	94	5	86	33	23	3	39	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
228031--228100	21	3.6	19	81	13	63	30	18	12	38	1.88
228050--228100	21	2.6	20	87	9	70	33	17	13	35	1.89
229315--229358	22	2.0	23	82	8	56	9	27	2	61	1.38
234777--234825	23	2.1	23	85	11	64	38	2	0	59	1.09
235302--235346	13	3.5	13	78	9	56	42	2	4	51	1.34
236957--237230	60	4.6	59	81	5	307	36	25	22	15	1.93
236954--237230	120	2.3	119	83	3	342	36	24	23	15	1.94
236957--237271	120	2.6	120	80	5	289	35	25	22	16	1.94
239428--239482	15	3.7	15	87	4	76	21	12	29	36	1.91
249229--249281	18	3.0	18	86	2	63	18	43	22	15	1.87
249289--249370	29	2.8	30	88	5	123	26	8	19	45	1.79
249349--249414	29	2.3	29	86	5	89	30	7	18	43	1.77
251392--251439	17	2.8	18	81	12	64	27	6	20	45	1.75
251394--251471	34	2.3	35	84	6	97	30	11	15	42	1.82
251483--251532	17	3.0	17	85	2	66	36	18	6	40	1.75
252538--252580	18	2.4	18	84	0	59	32	39	13	13	1.85
253874--253983	45	2.5	45	84	1	141	38	30	17	14	1.89
256307--256359	17	3.1	16	86	5	70	37	15	5	41	1.70
257386--257426	18	2.3	18	86	0	55	36	41	7	14	1.74
262050--262101	2	26.0	2	100	0	104	50	0	0	50	1.00
262679--262729	22	2.3	22	100	0	102	17	23	37	21	1.94
265365--265409	21	2.2	20	92	7	74	46	4	11	37	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
267227--267271	21	2.2	20	92	7	74	46	4	11	37	1.60
271292--271420	61	2.1	61	98	0	249	48	7	13	30	1.70
272968--273007	16	2.5	17	80	19	50	32	2	0	65	1.06
278558--278599	21	2.0	20	86	13	59	23	19	4	52	1.65
278562--278626	18	3.5	18	83	10	78	29	15	6	49	1.68
278681--278773	34	2.7	34	81	3	98	41	19	16	22	1.89
279300--279385	2	43.0	2	97	0	163	48	1	0	50	1.08
281476--281532	23	2.5	21	71	15	51	38	3	5	52	1.41
283210--283276	29	2.3	28	82	5	80	56	5	7	29	1.51
295334--295367	17	1.9	18	94	5	61	35	5	5	52	1.50

Tables:   1   2   3   4   5   6