genome.fa.s4846.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01004846.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00010927_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1467214

Tables:   1   2   3   4   5   6   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
824859--825029	76	2.2	77	84	1	218	29	16	16	36	1.92
824991--825564	34	17.1	34	86	1	665	26	17	17	39	1.91
824993--825564	135	4.2	136	84	2	681	26	17	17	39	1.91
827593--827657	22	2.9	23	82	8	64	1	7	7	83	0.88
827608--827649	19	2.2	19	95	0	75	0	7	9	83	0.81
827606--827660	23	2.4	23	87	6	76	0	7	9	83	0.81
827614--827658	19	2.4	19	92	3	74	0	4	11	84	0.76
835366--835488	33	3.7	34	88	2	187	35	21	17	25	1.95
836973--837018	23	2.0	24	95	4	85	30	0	30	39	1.57
842114--842160	24	2.0	24	95	0	85	29	2	31	36	1.70
842206--842244	18	2.1	19	85	4	53	30	7	38	23	1.83
844653--844713	20	3.0	20	95	0	113	26	19	22	31	1.98
846544--846617	16	4.6	16	93	0	130	33	24	17	24	1.96
846608--846647	16	2.5	16	83	0	53	22	25	17	35	1.95
846544--846617	32	2.3	32	100	0	148	33	24	17	24	1.96
846922--846968	14	3.7	14	71	26	50	44	0	4	51	1.21
846921--846970	23	2.1	24	96	3	93	48	0	4	48	1.20
847523--847624	10	11.1	10	66	17	69	46	27	23	2	1.67
847523--847592	17	4.1	17	90	0	104	44	27	25	2	1.68
847554--847626	20	3.8	20	89	5	107	45	27	23	4	1.71
850467--850514	25	1.9	25	82	0	60	18	6	25	50	1.70
850513--850617	6	17.3	6	82	2	111	5	3	42	47	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
854328--854401	16	4.6	16	93	0	130	33	24	17	24	1.96
854392--854431	16	2.5	16	83	0	53	22	25	17	35	1.95
854328--854401	32	2.3	32	100	0	148	33	24	17	24	1.96
854706--854752	14	3.7	14	71	26	50	44	0	4	51	1.21
854705--854754	23	2.1	24	96	3	93	48	0	4	48	1.20
855285--855386	17	5.6	17	92	3	123	44	28	24	2	1.68
855288--855386	20	5.2	20	89	6	79	44	29	23	3	1.68
855285--855386	10	11.1	10	66	17	69	44	28	24	2	1.68
855316--855388	20	3.8	20	92	5	116	43	28	23	4	1.72
858271--858374	6	17.2	6	79	2	109	5	2	42	49	1.41
861982--862026	23	2.0	23	95	0	81	24	15	22	37	1.93
861966--862056	47	1.9	48	84	2	121	24	17	18	39	1.92
861966--862058	24	3.9	24	81	2	98	23	18	18	39	1.92
866517--866601	24	3.6	23	82	1	98	22	15	22	40	1.91
867680--867835	21	7.4	21	81	15	180	51	0	1	46	1.13
867688--867787	6	17.8	6	76	23	103	53	0	0	47	1.00
867680--867835	61	2.5	64	82	14	184	51	0	1	46	1.13
867851--867912	14	4.4	14	76	11	63	43	1	4	50	1.33
867859--867919	14	4.3	14	76	12	52	45	3	4	45	1.41
867844--867965	65	1.9	64	84	5	165	48	3	4	44	1.38
867955--868057	22	4.8	22	76	11	88	47	8	5	37	1.59
867984--868036	21	2.5	21	84	0	70	45	5	7	41	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
868079--868167	2	45.5	2	76	12	78	47	3	3	46	1.36
868264--868319	7	8.0	7	80	7	51	19	1	32	46	1.61
868265--868323	21	2.8	21	80	10	75	20	1	28	49	1.59
868265--868323	14	4.2	14	80	8	57	20	1	28	49	1.59
868398--868432	17	2.0	18	94	5	63	40	0	8	51	1.33
868425--868464	20	2.0	20	85	0	53	40	10	10	40	1.72
868450--868523	37	2.1	36	84	5	96	39	10	9	40	1.73
868565--868595	16	1.9	16	100	0	62	45	6	0	48	1.28
868634--868672	7	5.6	7	81	0	51	15	2	35	46	1.60
870831--870865	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
876583--876734	29	5.2	28	81	8	135	38	7	5	48	1.55
877182--877217	18	2.1	17	89	5	54	52	0	2	44	1.15
880783--880834	24	2.2	24	77	16	56	51	3	1	42	1.31
880843--880887	14	3.1	14	81	15	56	42	0	2	55	1.12
880920--880980	14	4.0	16	72	20	51	44	0	0	55	0.99
881321--881351	14	2.1	15	94	5	55	61	12	12	12	1.58
881583--881740	21	7.8	20	72	7	86	38	24	17	18	1.93
881708--881936	20	11.4	20	81	5	230	37	25	17	19	1.94
882629--882675	24	2.0	24	87	8	69	25	14	21	38	1.92
882850--882874	12	2.1	12	100	0	50	72	0	28	0	0.86
885148--885394	33	7.2	34	76	17	176	46	18	21	13	1.84
885162--885400	19	13.7	19	75	20	254	45	17	21	14	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
885162--885394	52	4.5	51	75	18	223	46	18	21	14	1.84
885148--885344	104	1.9	104	86	8	285	46	18	21	13	1.83
885286--885376	32	2.8	32	93	6	150	45	18	23	13	1.84
885390--885507	54	2.2	52	95	4	218	13	24	17	44	1.85
885409--885507	19	5.4	19	84	12	136	14	23	17	45	1.84
885614--885650	14	2.6	14	91	0	65	45	21	0	32	1.52
887575--887747	19	9.6	19	76	12	150	45	23	20	10	1.82
887669--887725	14	3.7	14	75	20	51	43	22	22	10	1.84
887650--887742	33	2.8	33	93	0	159	46	20	21	11	1.82
887609--887747	52	2.7	52	74	8	147	46	22	21	10	1.81
887743--887834	19	5.4	18	72	24	74	8	17	27	46	1.77
887759--887817	14	3.9	14	76	20	64	6	16	28	47	1.72
887743--887866	33	3.7	33	89	1	167	9	17	25	46	1.79
887964--888279	93	3.4	93	99	0	623	45	18	13	22	1.85
889797--889861	21	3.1	21	77	4	78	49	12	26	12	1.75
889860--889910	19	2.7	19	96	0	93	45	21	21	11	1.84
889922--889978	14	3.7	14	70	20	51	10	24	21	43	1.83
889906--889985	33	2.4	33	93	0	133	10	21	21	47	1.79
889966--890037	21	3.4	21	79	7	92	13	20	16	48	1.80
890119--890189	33	2.2	33	92	0	115	47	15	23	12	1.80
890568--890760	20	9.6	20	86	5	255	18	19	27	34	1.95
891063--891131	24	2.9	25	75	18	67	53	2	1	42	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
891149--891235	28	3.2	28	70	8	72	49	1	1	48	1.16
891175--891243	30	2.3	31	82	9	81	49	0	1	49	1.09
891464--891502	20	2.0	20	94	0	69	12	5	12	69	1.35
891921--892023	14	7.2	14	69	12	50	49	0	1	47	1.19
891948--892034	33	2.8	32	79	14	87	50	1	1	47	1.16
891965--892030	31	2.1	31	83	5	80	50	0	1	48	1.10
891965--892034	30	2.3	32	82	7	83	50	0	1	48	1.09
892135--892621	196	2.5	197	82	5	606	40	13	15	30	1.87
892699--892743	23	2.0	23	86	0	63	37	17	11	33	1.85
892776--892824	23	2.1	23	92	0	80	32	20	8	38	1.82
892873--892917	23	2.0	23	95	0	81	37	20	8	33	1.83
892616--892950	87	3.9	87	94	0	600	31	14	11	41	1.82
892974--893009	16	2.2	17	95	5	65	16	22	19	41	1.90
894223--894249	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
895002--895030	12	2.3	13	94	5	51	31	0	0	68	0.89
897523--897700	95	1.9	95	88	4	270	34	17	19	28	1.95
898735--899379	240	2.7	238	88	3	891	34	22	17	26	1.96
899270--899627	124	2.9	122	87	4	486	32	25	16	25	1.96
899544--899669	34	3.7	34	65	13	89	33	26	15	24	1.95
899540--899697	66	2.4	65	90	1	244	32	25	16	25	1.96
899726--900615	84	10.8	84	74	8	601	32	24	18	24	1.97
899702--900615	168	5.5	168	82	4	964	32	24	18	24	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
899742--900550	406	2.0	405	86	1	1136	32	24	18	24	1.97
902234--902363	7	16.8	8	65	20	53	29	3	2	65	1.20
902258--902296	20	2.0	20	84	0	51	30	5	5	58	1.41
902330--902364	5	7.0	5	100	0	70	20	0	0	80	0.72
905449--905513	32	2.1	32	86	8	91	12	3	4	80	0.99
905716--905742	6	4.5	6	100	0	54	44	0	0	55	0.99
909134--909246	53	2.2	52	83	4	138	51	20	7	20	1.72
919726--919777	20	2.6	19	82	11	61	28	23	19	28	1.98
928946--928988	20	2.1	21	86	4	61	34	9	25	30	1.87
930682--930727	17	2.5	19	82	10	60	28	23	21	26	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6