genome.fa.s4920.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01004920.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00011079_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1590857

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   

This is table  1  of  7  ( 832 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
795--889	18	5.2	18	84	1	118	32	32	13	21	1.92
793--889	36	2.7	36	85	1	131	31	31	14	21	1.93
12540--12592	21	2.5	21	75	6	54	22	22	18	35	1.95
12582--12633	21	2.5	21	87	3	70	38	17	23	21	1.93
12622--12740	20	5.9	20	85	5	123	29	27	18	24	1.98
12619--12735	41	2.9	42	85	3	141	31	27	17	23	1.97
12599--12749	20	7.4	20	80	6	99	33	25	18	23	1.97
12618--12749	40	3.3	40	83	1	165	32	26	18	22	1.97
13484--13517	12	2.9	12	95	4	61	55	0	0	44	0.99
13557--13605	19	2.7	18	90	9	82	73	4	4	18	1.15
14391--14485	38	2.5	38	79	14	97	4	21	6	68	1.29
14919--15031	3	37.7	3	92	0	190	62	0	1	35	1.05
15344--16010	113	5.9	113	96	0	1185	29	20	12	37	1.89
16757--17242	84	5.8	84	97	0	897	37	21	13	27	1.91
18363--18431	15	4.9	15	77	10	67	2	18	0	78	0.88
18364--18429	26	2.5	26	83	11	82	3	16	0	80	0.84
29021--29057	15	2.7	15	88	12	53	62	8	5	24	1.44
29757--29829	13	5.8	12	73	10	56	57	1	0	41	1.07
29769--29832	12	5.1	12	72	10	56	56	1	0	42	1.09
29872--29920	19	2.7	18	90	9	82	73	4	4	18	1.15
32479--32539	21	2.9	21	71	9	61	21	11	42	24	1.86
32452--32543	42	2.2	42	86	1	132	20	14	42	22	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
32881--32933	20	2.7	20	87	0	70	33	28	13	24	1.93
32907--33021	20	5.8	20	93	1	187	32	23	27	16	1.96
33059--33142	19	4.6	19	77	15	88	15	22	20	41	1.89
33107--33150	20	2.2	20	92	4	72	20	25	18	36	1.95
33218--33252	6	5.7	6	89	3	52	77	20	2	0	0.90
33704--33749	18	2.6	18	92	0	83	13	13	45	28	1.80
35068--35126	20	3.0	20	87	0	73	44	22	18	15	1.87
35639--35756	61	1.9	61	91	0	191	22	17	26	33	1.96
35599--35733	41	3.3	41	84	6	184	22	17	25	33	1.96
35599--35752	81	1.9	81	89	0	236	23	18	25	32	1.97
35619--35753	20	6.7	20	87	5	164	22	18	26	31	1.97
35745--35794	21	2.4	21	89	0	73	24	22	14	40	1.90
35646--35774	61	2.1	61	82	2	152	24	18	24	33	1.97
35784--35836	21	2.5	20	76	8	61	32	18	26	22	1.97
47363--47405	18	2.5	17	85	7	61	25	4	2	67	1.22
47466--47499	2	17.5	2	93	6	61	47	0	0	52	1.00
47890--47965	38	2.1	38	85	9	104	30	5	7	56	1.50
48021--48091	21	3.3	21	69	11	54	14	11	1	73	1.17
52442--52497	16	3.2	16	72	18	58	78	7	12	1	1.02
52439--52510	29	2.5	30	75	11	78	75	8	13	2	1.15
52443--52503	20	2.9	21	78	14	63	77	8	11	3	1.11
53560--53594	18	2.0	18	88	5	54	17	8	31	42	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54081--54157	36	2.1	38	87	4	113	27	22	14	36	1.92
55001--56074	106	10.0	106	89	2	1499	35	23	17	23	1.96
57364--57406	18	2.5	17	85	7	61	25	4	2	67	1.22
57466--57498	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
57676--57704	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
57904--57997	38	2.5	36	75	16	100	29	5	5	59	1.42
61505--61563	28	2.0	30	84	12	79	67	1	13	16	1.30
62080--62120	18	2.3	18	87	4	57	31	4	2	60	1.30
64284--64355	26	3.0	24	68	27	62	26	6	4	62	1.39
68385--68453	3	22.3	3	76	8	59	62	4	0	33	1.15
68664--68711	22	2.3	21	78	7	53	22	29	18	29	1.98
68664--68809	20	7.3	20	76	9	93	30	23	18	28	1.98
69623--69676	24	2.2	24	93	0	90	20	18	20	40	1.91
69866--69902	14	2.5	15	86	8	58	54	21	18	5	1.64
72027--72296	140	1.9	140	97	0	513	28	13	15	42	1.85
72267--72580	20	16.6	20	74	13	272	32	22	19	25	1.97
72275--72490	54	3.9	53	79	10	236	34	23	17	24	1.96
72329--72511	74	2.4	74	82	10	217	32	23	19	24	1.97
72267--72531	114	2.3	115	86	3	349	32	22	18	26	1.97
72349--72580	94	2.5	94	85	3	317	32	22	20	24	1.98
72570--72627	20	2.9	20	81	0	62	12	15	25	46	1.80
73819--73853	12	2.9	12	100	0	70	65	0	17	17	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74784--74870	20	4.5	19	88	5	113	37	26	18	17	1.92
74795--74870	20	3.8	20	92	0	125	38	25	18	18	1.93
74912--74959	20	2.4	20	92	0	78	18	20	27	33	1.96
75107--75156	18	2.8	18	100	0	100	42	6	20	32	1.76
76880--76972	19	4.8	19	80	9	107	48	21	15	15	1.81
77349--77405	22	2.6	22	82	0	78	17	19	40	22	1.91
77577--77725	20	7.3	20	79	7	129	27	20	26	24	1.99
77568--77727	40	3.9	39	77	6	158	29	20	25	25	1.99
77652--77710	21	2.7	22	81	5	84	32	18	25	23	1.97
79708--79748	21	2.0	21	90	0	64	43	12	17	26	1.84
79769--80132	36	10.4	36	65	15	163	39	11	18	31	1.86
79870--79957	37	2.4	36	84	1	104	40	11	20	27	1.86
79723--80058	102	3.3	102	92	0	539	39	11	17	31	1.84
79974--80131	73	2.2	73	89	0	235	39	13	17	29	1.87
80268--80487	36	6.2	36	74	14	181	40	13	18	28	1.88
80268--80487	37	6.2	37	73	12	176	40	13	18	28	1.88
80190--80478	139	2.1	138	88	1	418	42	13	18	24	1.87
84399--84435	16	2.3	17	90	9	60	72	5	16	5	1.21
85340--85364	13	1.9	13	100	0	50	24	32	24	20	1.98
85546--85580	18	1.9	19	88	11	56	71	0	17	11	1.14
85885--85936	21	2.5	20	81	12	59	53	1	3	40	1.30
85923--85947	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86022--86046	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
87719--87759	21	2.0	21	90	9	66	46	14	17	21	1.84
87783--88142	36	10.3	36	68	14	225	38	12	19	29	1.89
87881--88142	37	7.4	37	71	12	208	38	13	19	29	1.90
87734--88069	102	3.3	102	94	0	584	38	12	18	30	1.87
87883--88198	175	1.8	174	93	0	551	37	12	18	31	1.89
87985--88142	73	2.2	73	95	0	280	38	14	19	27	1.91
88290--88385	35	2.6	37	83	9	126	45	12	17	23	1.83
88435--88521	36	2.4	36	90	1	138	41	8	16	34	1.77
88435--88535	36	2.8	35	81	13	123	40	7	16	34	1.78
89756--89937	95	1.9	94	87	4	267	29	18	19	32	1.96
93444--93478	18	1.9	19	88	11	56	71	0	17	11	1.14
93819--93870	26	2.0	26	84	0	68	53	1	5	38	1.36
108206--108232	13	2.1	13	100	0	54	22	14	18	44	1.86
114552--114779	36	6.5	34	72	18	159	46	2	5	45	1.39
114580--114641	27	2.4	25	72	5	61	46	3	3	46	1.35
114619--114776	37	4.4	35	76	16	135	46	1	5	46	1.37
114610--114779	39	4.6	37	77	13	154	47	1	5	45	1.37
114556--114754	66	3.0	63	79	13	188	45	2	5	46	1.40
114555--114839	139	2.1	139	81	6	328	45	2	5	46	1.40
124076--124105	15	1.9	16	93	6	53	0	16	3	80	0.85
124602--124681	3	26.7	3	89	0	124	63	0	1	35	1.02
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
124927--125377	119	3.8	119	100	0	902	28	21	14	35	1.93
125939--126392	136	3.4	136	96	1	828	36	19	13	30	1.91
126122--126540	219	1.9	221	95	2	754	35	19	13	31	1.91
126258--126477	83	2.6	86	91	5	349	34	20	13	31	1.92
127651--127704	6	9.2	6	73	18	51	0	18	1	79	0.82
127651--127709	16	3.5	17	80	13	68	0	18	1	79	0.81
127653--127700	8	5.8	8	83	9	53	0	18	2	79	0.84
139984--140014	16	1.9	16	93	0	53	0	16	3	80	0.83
140510--140583	3	24.7	3	88	0	103	62	0	1	36	1.04
154685--154710	5	5.2	5	100	0	52	0	19	57	23	1.40

Tables:   1   2   3   4   5   6   7