genome.fa.s4920.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01004920.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00011079_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1590857

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   

This is table  4  of  7  ( 832 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
748485--748575	23	3.8	23	76	13	78	40	1	1	57	1.13
748513--748554	15	2.8	15	82	7	50	40	0	0	59	0.97
750957--751010	26	2.1	26	82	6	65	31	1	1	64	1.14
755944--756029	29	3.0	30	85	8	108	31	27	20	19	1.97
756953--756997	21	2.1	21	87	0	63	15	24	28	31	1.96
757003--757042	22	1.9	20	85	10	53	32	20	7	40	1.80
758332--758393	28	2.3	27	83	13	74	62	3	3	30	1.26
762533--762589	29	2.0	29	89	0	87	21	31	26	21	1.98
763169--763199	7	4.4	7	95	0	53	19	0	35	45	1.51
763209--763252	21	2.1	21	91	0	70	29	0	15	54	1.42
763229--763282	28	1.9	28	96	0	99	29	0	12	57	1.36
763627--763653	14	1.9	14	100	0	54	7	3	14	74	1.18
763718--763756	17	2.3	17	86	8	53	41	0	12	46	1.42
763675--763837	83	2.0	83	92	0	272	38	3	9	49	1.50
765627--765704	14	5.7	14	73	20	58	41	1	6	51	1.36
765655--765700	17	2.7	17	100	0	92	41	0	4	54	1.20
765609--765763	76	2.1	70	83	7	184	40	2	7	49	1.44
765658--765710	14	3.6	14	79	18	54	39	0	3	56	1.17
765653--765710	17	3.4	17	90	0	80	41	0	3	55	1.17
768044--768082	11	3.5	11	80	13	53	38	12	0	48	1.42
768029--768115	30	3.2	30	81	15	100	42	13	0	43	1.44
768037--768085	22	2.2	22	100	0	98	38	14	0	46	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
768058--768108	15	3.3	16	72	10	61	41	13	0	45	1.44
768059--768123	30	2.2	30	94	0	112	47	13	0	38	1.43
768029--768130	52	2.0	52	82	3	125	45	13	0	41	1.44
768179--768292	40	2.9	38	75	14	115	44	13	1	40	1.53
768511--768575	28	2.3	29	82	10	82	46	15	1	36	1.55
768698--768761	27	2.5	25	75	7	65	3	35	3	57	1.30
768871--768906	11	3.2	11	84	7	54	38	19	22	19	1.93
769419--769562	49	2.9	49	90	0	234	18	36	29	15	1.92
780767--780814	18	2.8	16	78	15	51	52	4	0	43	1.20
781798--781875	23	3.3	23	78	3	75	25	12	15	46	1.81
781831--781877	23	2.0	23	91	0	76	29	12	12	44	1.80
783989--784065	33	2.4	32	76	8	77	55	5	0	38	1.22
784593--784636	20	2.3	19	92	7	79	40	4	0	54	1.21
784683--784722	20	1.9	22	85	10	57	50	10	0	40	1.36
786484--786510	11	2.5	11	100	0	54	7	0	7	85	0.75
809203--809273	31	2.2	32	85	2	90	53	2	1	42	1.24
809203--809254	16	3.3	16	75	5	52	53	1	1	42	1.23
811945--812212	42	6.4	42	96	0	448	50	21	15	13	1.78
820206--820253	19	2.5	19	93	3	78	35	29	14	20	1.93
820486--820536	22	2.3	22	93	0	84	21	45	15	17	1.86
820953--820999	20	2.3	20	88	0	67	21	14	23	40	1.90
820984--821022	20	2.0	20	100	0	78	10	10	20	58	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
820986--821029	20	2.2	20	91	0	70	11	11	20	56	1.64
822941--822989	20	2.5	20	86	0	62	38	26	16	18	1.91
823056--823100	19	2.4	19	85	3	65	13	15	26	44	1.83
823061--823114	19	2.8	19	80	2	63	11	16	22	50	1.77
823144--823191	20	2.4	20	89	0	69	14	16	27	41	1.87
823178--823221	20	2.2	20	95	0	79	15	11	20	52	1.74
823704--823797	42	2.2	42	87	7	129	23	36	18	22	1.95
823730--823797	21	3.2	21	72	4	66	25	35	19	20	1.96
825167--825203	14	2.6	14	100	0	74	29	0	21	48	1.50
825419--825535	20	5.8	20	85	0	153	29	17	20	32	1.95
827765--827792	14	2.0	14	100	0	56	14	14	28	42	1.84
828809--828915	20	5.3	20	84	4	144	25	18	27	28	1.98
829390--829546	59	2.7	60	75	13	153	41	2	19	36	1.65
833379--833437	29	2.1	28	84	12	77	47	13	5	33	1.65
836533--836572	6	6.7	6	88	0	53	67	12	0	20	1.22
853145--853279	59	2.3	58	81	7	139	34	16	4	45	1.67
853431--853620	60	3.2	57	79	9	179	44	4	17	33	1.69
853504--853583	29	2.8	28	73	16	83	48	3	12	35	1.59
853908--853967	31	1.9	32	89	3	95	35	23	20	21	1.96
861116--861168	21	2.5	21	81	6	72	20	26	18	33	1.96
861158--861209	21	2.5	21	81	3	61	40	17	21	21	1.91
861198--861292	20	4.7	20	79	7	102	34	25	18	21	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
861446--861479	12	2.9	12	86	4	52	17	41	5	35	1.74
862020--862087	24	2.8	24	84	0	82	26	16	19	38	1.92
862262--862286	12	2.1	12	100	0	50	72	0	28	0	0.86
864546--864639	20	4.7	20	71	13	68	35	23	20	21	1.96
864630--864684	14	3.6	14	73	21	56	45	21	23	9	1.80
864612--864703	33	2.8	33	94	0	157	47	19	22	9	1.78
864592--864709	19	6.7	18	71	20	81	44	20	23	11	1.83
864713--864771	19	3.4	19	73	22	74	13	22	18	45	1.84
864721--864771	17	3.1	17	69	25	54	13	23	17	45	1.84
864878--864914	14	2.6	14	91	0	65	45	21	0	32	1.52
866263--866329	21	3.2	21	68	4	55	19	19	35	25	1.95
866263--866381	42	2.8	41	80	9	107	22	17	35	24	1.95
868337--868482	33	4.1	38	78	16	141	43	19	23	13	1.86
868346--868435	20	4.9	19	76	16	91	41	22	23	13	1.89
868337--868482	19	8.1	19	72	17	123	43	19	23	13	1.86
868345--868482	52	2.6	52	87	2	195	42	21	23	13	1.87
868508--868562	20	2.8	20	86	2	85	12	21	21	43	1.86
868508--868555	19	2.5	19	89	3	69	12	22	25	39	1.89
869106--869199	20	4.7	20	82	2	116	21	19	19	40	1.92
869196--869252	20	2.8	21	78	5	62	43	17	19	19	1.88
869195--869261	21	3.2	21	76	4	64	40	17	19	22	1.92
872118--872281	55	2.8	59	76	6	167	40	6	21	31	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
872688--872747	13	4.8	12	78	10	57	46	5	0	48	1.24
874759--874877	60	2.0	60	86	3	168	35	10	16	37	1.83
875093--875206	60	1.9	60	85	3	158	35	15	14	33	1.89
875093--875229	60	2.3	60	76	12	138	34	15	16	34	1.90
881872--882001	60	2.2	57	82	9	147	36	15	14	33	1.88
893369--893393	11	2.3	11	100	0	50	0	16	8	76	1.02
896060--896109	24	2.1	24	92	0	82	36	24	10	30	1.88
899497--899544	21	2.3	21	85	0	60	16	12	29	41	1.85
902015--902050	18	2.0	18	94	0	63	16	2	22	58	1.51
904308--904361	24	2.2	24	90	0	81	44	18	14	22	1.86
904326--904375	24	2.1	24	81	7	57	40	20	16	24	1.91
904487--904520	12	2.8	12	90	0	50	14	0	29	55	1.40
905073--905110	16	2.5	15	84	12	51	65	0	5	28	1.14
905278--905332	19	2.8	20	83	5	76	25	16	23	34	1.95
915860--916138	32	8.2	33	73	20	161	44	3	4	46	1.42
915781--916140	35	10.2	35	73	16	187	44	3	6	45	1.47
915773--915943	76	2.2	79	77	16	187	42	2	8	46	1.48
915781--916148	33	10.4	34	73	17	202	44	4	5	45	1.47
916164--916204	19	2.1	20	86	13	59	19	2	4	73	1.13
917060--917148	3	29.7	3	77	18	80	25	4	2	67	1.21
917112--917159	25	1.9	25	86	0	69	29	4	2	64	1.23
920158--920235	23	3.3	23	85	1	102	33	23	19	24	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
921832--921891	20	2.9	21	87	7	86	20	26	23	30	1.98
925450--925527	23	3.3	23	81	1	84	34	21	17	25	1.96
925526--925751	103	2.2	103	90	1	364	36	22	12	27	1.91
927121--927180	20	2.9	21	87	7	86	20	26	23	30	1.98
930722--930799	23	3.3	23	85	1	102	33	23	19	24	1.97
930809--931021	103	2.1	101	91	1	345	36	23	12	28	1.90
932374--932433	20	2.9	21	90	7	95	18	26	25	30	1.98
935142--935196	24	2.3	24	87	0	74	32	12	30	23	1.92
936774--936821	21	2.3	20	79	10	60	22	27	16	33	1.96
937101--937152	27	2.0	26	85	7	70	40	32	9	17	1.82

Tables:   1   2   3   4   5   6   7