genome.fa.s5946.2.7.7.80.10.50.1000.10.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01005946.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00013960_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2465359

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2065380--2065421	20	2.2	19	91	4	66	23	33	0	42	1.55
2065351--2065421	19	3.7	19	72	10	72	25	29	0	45	1.54
2065600--2065719	13	9.2	13	73	15	79	44	3	5	47	1.41
2065673--2065708	18	1.9	19	94	5	65	47	0	5	47	1.25
2065648--2065739	31	2.9	32	79	19	97	44	2	3	50	1.30
2065711--2065745	17	2.1	16	89	5	52	42	2	0	54	1.15
2067760--2067824	30	2.2	31	86	5	89	29	15	6	49	1.68
2082692--2082746	21	2.6	22	94	2	87	30	9	5	54	1.54
2082699--2082746	21	2.3	21	100	0	96	33	8	4	54	1.50
2082832--2082891	2	32.0	2	80	12	65	51	5	0	43	1.23
2089562--2089587	4	6.5	4	100	0	52	23	0	0	76	0.78
2089737--2089777	18	2.3	19	80	20	52	14	7	4	73	1.22
2090012--2090068	26	2.2	26	81	12	64	15	3	8	71	1.24
2097535--2097569	18	1.9	18	88	0	52	20	17	31	31	1.95
2102910--2102944	18	1.9	18	100	0	70	22	22	28	25	1.99
2105969--2106018	20	2.5	19	78	9	55	24	6	2	68	1.23
2107540--2107609	22	3.1	23	78	8	81	78	0	15	5	0.93
2107559--2107608	10	4.6	10	83	14	55	78	0	18	4	0.91
2107557--2107609	11	4.6	11	80	15	54	79	0	16	3	0.88
2117815--2117867	26	2.0	26	85	0	70	26	18	26	28	1.98
2120836--2121008	65	2.6	66	78	8	158	32	16	12	39	1.85
2122432--2122500	29	2.4	29	80	9	79	18	17	7	56	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2123006--2123036	16	1.9	16	93	0	53	32	6	6	54	1.51
2125621--2125654	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
2126418--2126466	11	4.7	10	87	7	53	22	6	4	67	1.30
2126417--2126474	10	5.6	10	84	8	71	22	5	3	68	1.24
2126417--2126474	21	2.8	20	84	7	71	22	5	3	68	1.24
2129542--2129574	17	1.9	17	88	11	50	51	0	0	48	1.00
2131172--2131419	125	2.0	122	84	3	318	34	15	25	25	1.95
2133860--2133898	21	1.9	19	90	10	60	56	2	2	38	1.27
2134062--2134094	2	17.0	2	93	6	59	48	0	0	51	1.00
2138318--2138387	21	3.4	21	72	7	81	18	18	28	34	1.95
2138310--2138412	40	2.5	42	93	3	183	21	19	23	35	1.96
2138291--2138412	19	6.1	19	73	11	109	22	19	22	35	1.96
2139012--2139038	6	4.5	6	100	0	54	0	14	51	33	1.43
2139131--2139597	42	11.3	42	86	6	484	35	24	19	20	1.96
2139469--2139597	40	3.2	40	92	2	195	34	26	20	19	1.96
2139128--2139603	21	23.0	21	76	12	398	35	24	19	20	1.96
2144771--2144828	31	1.9	29	86	6	80	50	5	0	44	1.24
2144785--2144830	17	2.8	17	78	18	53	50	2	0	47	1.13
2146045--2146153	29	3.7	29	81	6	112	40	6	0	52	1.33
2146195--2146268	31	2.4	31	86	4	96	54	1	8	36	1.39
2146226--2146283	24	2.3	25	77	17	66	51	0	8	39	1.33
2146233--2146283	24	2.1	25	85	10	70	50	0	7	41	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2146318--2146423	30	3.5	30	80	5	99	50	0	10	39	1.37
2146530--2146578	18	2.7	18	83	3	53	42	0	12	44	1.41
2147476--2147514	17	2.3	17	95	0	69	46	2	0	51	1.14
2148499--2148550	24	2.1	26	89	7	81	17	13	17	51	1.76
2148587--2148635	19	2.5	19	90	3	80	26	4	24	44	1.71
2149002--2149063	20	3.1	20	75	11	56	45	1	3	50	1.27
2150116--2150146	12	2.7	11	90	9	53	3	41	0	54	1.16
2150985--2151028	22	2.0	22	81	4	52	25	15	22	36	1.94
2152105--2152166	29	2.2	29	91	2	99	30	27	8	33	1.86
2152337--2152387	26	2.0	26	84	0	66	25	3	13	56	1.54
2157408--2157437	13	2.3	13	94	0	51	43	0	3	53	1.17
2157735--2157787	25	2.3	22	80	9	61	35	1	3	58	1.27
2159652--2159721	29	2.4	28	79	13	70	11	7	2	78	1.05
2159731--2159755	13	1.9	13	100	0	50	8	8	0	84	0.79
2159767--2159825	30	2.0	30	90	9	95	13	6	3	76	1.12
2159760--2159837	31	2.6	30	78	8	86	17	5	2	74	1.12
2164441--2164528	24	3.7	24	84	0	113	20	12	18	48	1.80
2164464--2164532	12	5.8	12	76	6	68	15	14	17	52	1.75
2168408--2168468	29	2.1	29	100	0	122	36	9	13	40	1.77
2168645--2168694	22	2.3	21	80	19	59	24	2	0	74	0.93
2169994--2170090	44	2.2	44	85	3	126	32	16	15	35	1.90
2184123--2184160	6	6.5	6	90	3	51	26	13	60	0	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2184115--2184161	12	3.9	12	77	8	51	27	12	59	0	1.34
2184115--2184161	18	2.6	17	83	6	58	27	12	59	0	1.34
2186935--2187145	44	4.7	44	86	8	302	21	4	6	67	1.32
2187022--2187153	16	8.6	14	66	15	57	22	2	6	68	1.22
2187045--2187125	23	3.6	22	71	14	76	24	2	6	66	1.27
2186935--2187153	46	4.9	47	91	4	303	22	4	6	67	1.31
2187067--2187149	23	3.5	25	68	14	77	20	3	6	69	1.25
2195476--2195561	39	2.2	39	97	0	163	22	17	9	51	1.73
2204068--2204105	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
2204649--2204766	60	2.0	59	85	5	157	51	3	9	35	1.51
2210709--2210881	93	1.9	93	86	0	247	24	31	8	35	1.86
2241119--2241431	160	2.0	158	85	2	430	49	6	17	26	1.72
2243164--2243205	7	5.9	7	88	5	66	11	2	0	85	0.68
2243165--2243207	22	2.0	22	100	0	86	13	2	0	83	0.74
2243163--2243205	15	2.9	15	89	3	70	11	2	0	86	0.67
2243500--2243537	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
2244472--2244519	24	2.0	25	83	4	62	18	6	12	62	1.50
2246575--2246613	17	2.4	17	95	4	71	51	5	0	43	1.24
2249408--2249581	85	2.0	85	100	0	348	29	13	16	40	1.86
2250789--2250840	23	2.3	23	96	0	95	32	5	23	38	1.78
2256311--2256354	21	2.1	21	100	0	88	59	22	4	13	1.53
2259644--2259688	18	2.5	18	100	0	90	37	6	20	35	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2260065--2260144	30	2.7	30	82	0	97	52	10	8	28	1.64
2260171--2260203	17	2.0	16	94	5	57	60	0	12	27	1.32
2261977--2262028	24	2.2	24	86	3	70	59	25	11	3	1.49
2264949--2265003	25	2.2	24	82	17	69	49	0	14	36	1.44
2265595--2265626	14	2.3	14	94	0	55	21	3	31	43	1.68
2271121--2271184	20	3.2	20	63	12	51	39	10	25	25	1.88
2270988--2271204	116	1.9	113	83	6	276	34	17	23	25	1.96
2271195--2271309	42	2.7	42	82	0	140	35	23	13	27	1.92
2272293--2272418	42	3.0	42	85	4	155	30	20	15	34	1.93
2273203--2273234	16	2.0	16	100	0	64	18	37	25	18	1.94
2278138--2278183	2	23.0	2	100	0	92	50	0	0	50	1.00
2278400--2278431	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
2279434--2279458	13	1.9	13	100	0	50	44	0	0	56	0.99
2280921--2280985	32	2.0	33	84	3	87	30	26	33	9	1.88
2281671--2281712	22	1.9	22	85	9	59	54	0	0	45	0.99
2281648--2281719	27	2.6	28	82	10	78	50	0	0	50	1.00
2282513--2282562	23	2.2	23	96	0	91	14	32	0	54	1.40
2289154--2289239	42	2.0	41	82	8	102	20	16	12	50	1.78
2289449--2289503	25	2.0	29	86	13	82	49	0	0	50	1.00
2289835--2289877	20	2.2	20	83	4	52	48	2	0	48	1.14
2292162--2292201	18	2.3	18	91	4	64	37	0	2	60	1.11
2292951--2293015	10	6.7	10	68	25	50	55	21	13	9	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2292955--2293015	16	3.8	16	91	0	104	54	22	14	8	1.67
2294455--2294555	53	1.9	51	88	4	148	54	4	3	36	1.41
2294552--2294585	17	2.1	17	88	5	52	64	2	0	32	1.08
2294551--2294592	19	2.3	18	80	11	50	64	2	0	33	1.07
2294646--2294670	13	1.9	13	100	0	50	64	0	0	36	0.94
2296906--2296983	33	2.4	33	85	8	97	38	0	1	60	1.05
2297122--2297175	17	3.2	17	72	0	54	31	0	3	64	1.11
2298756--2298849	21	4.5	21	92	5	129	18	35	26	20	1.95
2299371--2299467	33	2.9	34	85	3	133	55	4	3	37	1.35
2299369--2299474	34	3.2	33	82	8	133	54	4	2	37	1.36

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11