genome.fa.s5946.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01005946.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00013960_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2465359

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
132181--133006	167	5.0	167	82	4	920	30	24	20	24	1.99
133565--133605	2	20.5	2	100	0	82	48	0	0	51	1.00
133676--133984	36	8.8	36	77	15	224	44	3	7	44	1.47
133680--133810	63	2.1	63	87	7	185	42	3	6	47	1.46
133719--133773	27	2.0	27	92	0	92	41	3	5	49	1.43
133733--133985	37	6.9	37	85	8	297	43	4	7	44	1.51
133952--134010	24	2.5	24	100	0	118	44	5	8	42	1.57
133987--134069	31	2.5	33	88	7	116	43	1	6	49	1.35
141270--141390	36	3.4	36	82	2	127	51	21	11	15	1.75
143909--143938	15	1.9	16	93	6	53	40	6	0	53	1.27
145009--145049	21	2.0	20	86	13	57	70	2	4	21	1.18
156291--158045	4	452.5	4	92	7	2975	49	25	0	24	1.52
163210--163583	187	2.0	187	95	0	667	24	22	18	34	1.96
169376--169474	44	2.2	44	96	0	189	32	23	5	39	1.76
169660--169685	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
172222--172253	15	2.1	15	100	0	64	15	6	59	18	1.57
173960--174034	3	26.0	3	84	12	104	33	0	0	66	0.92
175180--175219	17	2.4	17	95	0	71	55	0	10	35	1.34
175317--175394	25	3.3	24	78	13	65	24	6	3	65	1.33
175582--175638	2	29.5	2	89	7	91	50	0	0	49	1.00
180342--180398	29	2.0	29	80	12	66	45	3	0	50	1.18
184457--184514	6	10.0	6	87	7	84	36	31	32	0	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
184460--184512	16	3.2	16	91	5	79	37	30	32	0	1.58
186093--186131	18	2.2	18	85	0	51	20	48	20	10	1.78
188580--188670	24	3.8	24	91	5	132	23	14	19	42	1.88
188583--188687	24	4.4	24	87	4	115	24	11	20	42	1.85
189598--189718	59	2.1	56	87	4	170	33	9	10	45	1.72
191041--191151	37	3.0	37	98	0	213	44	16	18	21	1.87
191493--191521	6	5.0	6	95	4	51	17	17	17	48	1.82
194399--194506	34	3.0	36	83	6	148	32	4	16	46	1.68
196599--196696	38	2.5	39	90	5	144	20	18	23	37	1.94
196629--196693	20	3.2	20	73	4	67	16	20	23	40	1.92
196685--196797	22	5.4	21	69	12	90	19	17	22	40	1.91
196686--196819	41	3.3	41	95	0	241	20	17	21	41	1.91
196708--196816	19	5.4	19	67	12	74	20	17	20	42	1.90
197598--197669	20	3.6	20	98	0	135	45	22	22	9	1.81
197658--197711	21	2.6	21	96	0	99	27	29	16	25	1.97
200282--200342	21	3.2	20	65	29	53	32	4	19	42	1.73
200274--200373	35	2.8	36	89	6	157	32	6	18	44	1.74
200609--200831	113	2.0	113	93	0	383	22	16	17	43	1.87
204293--204331	17	2.3	17	90	0	60	35	2	0	61	1.10
204848--204933	16	5.5	15	75	17	68	30	0	3	66	1.08
204856--204934	19	4.4	18	72	18	58	27	0	3	68	1.07
207525--208011	229	2.1	228	94	0	857	44	7	7	40	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
208290--208336	20	2.4	19	89	10	76	55	10	17	17	1.69
208078--208550	181	2.6	182	90	1	707	42	14	17	26	1.87
208471--208517	20	2.4	19	82	10	67	53	10	17	19	1.72
208480--208522	20	2.3	19	88	11	63	51	11	16	20	1.75
210747--210799	21	2.5	21	78	0	61	41	13	30	15	1.85
210845--210910	33	2.0	33	85	5	89	30	0	45	24	1.53
212702--212750	19	2.6	19	93	0	80	30	2	10	57	1.43
213085--213816	199	3.7	199	97	1	1384	36	15	16	31	1.90
215275--215363	6	14.3	6	74	6	61	37	7	34	20	1.82
215290--215367	3	26.0	3	74	0	66	35	6	34	23	1.80
215278--215359	39	2.2	39	89	6	125	35	8	35	20	1.83
215278--215363	12	6.9	12	79	7	91	36	8	34	20	1.83
215278--215367	18	4.8	18	76	8	81	35	7	34	22	1.83
216865--217348	178	2.7	182	91	4	816	34	14	17	33	1.90
219820--219884	25	2.6	25	77	0	76	35	7	13	43	1.73
220219--220291	23	3.2	23	88	0	101	34	4	21	39	1.73
220989--221075	39	2.2	39	91	0	147	48	19	13	18	1.81
222689--222829	65	2.1	67	89	2	214	34	27	8	29	1.87
227015--227156	55	2.6	55	82	0	176	42	14	20	22	1.87
227485--227510	6	4.3	6	100	0	52	15	15	15	53	1.73
237100--237128	2	15.0	2	92	7	51	51	0	0	48	1.00
239183--239369	37	5.1	37	85	0	243	37	24	15	22	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
239365--240279	215	4.3	214	94	0	1544	33	15	18	32	1.93
239995--240101	42	2.6	41	76	10	110	28	21	19	30	1.98
239365--240279	429	2.1	429	93	1	1564	33	15	18	32	1.93
242754--242779	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
242870--242908	2	19.5	2	100	0	78	48	0	0	51	1.00
243463--243494	16	2.0	16	93	0	55	34	0	0	65	0.93
246685--246732	2	24.0	2	100	0	96	50	0	0	50	1.00
249510--249567	29	2.0	29	86	0	80	39	8	15	36	1.78
249715--249778	32	2.0	32	93	0	110	23	26	15	34	1.95
259106--259185	40	2.0	40	100	0	160	32	12	22	32	1.91
260819--260850	14	2.3	14	100	0	64	6	15	28	50	1.68
260820--260870	24	2.1	24	85	0	66	11	11	21	54	1.68
261378--261443	11	5.9	11	87	3	96	30	18	25	25	1.98
261369--261442	23	3.3	23	84	7	98	29	20	25	24	1.99
261655--261705	16	3.3	15	84	10	68	11	7	17	62	1.51
267926--268226	150	2.0	150	100	0	602	28	28	17	25	1.97
269349--269378	15	2.0	15	100	0	60	13	46	26	13	1.80
270478--270530	26	2.0	26	100	0	106	41	7	22	28	1.81
280070--280333	21	12.7	20	76	12	155	22	18	21	36	1.95
280089--280277	42	4.5	42	84	5	256	22	19	21	37	1.95
280090--280326	84	2.8	83	80	9	270	22	18	21	37	1.94
283785--283938	59	2.6	60	82	5	197	31	23	4	40	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
283751--283934	60	3.1	59	82	5	194	31	23	4	40	1.74
286474--286503	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
290492--290551	27	2.2	27	85	8	77	46	6	1	45	1.39
292826--292914	3	29.7	3	93	0	151	34	2	0	62	1.07
294312--294350	19	2.0	20	85	14	55	41	2	0	56	1.13
294990--295014	7	3.6	7	100	0	50	68	0	0	32	0.90
298432--298464	15	2.3	15	89	5	50	48	0	3	48	1.17
305208--305256	19	2.6	19	96	0	89	48	14	10	26	1.75
305750--305824	9	8.3	9	76	15	66	84	0	12	4	0.76
305758--305800	22	2.0	22	90	9	70	83	0	13	2	0.74
305750--305824	31	2.5	31	86	6	109	84	0	12	4	0.76
305747--305825	26	3.1	25	79	18	76	82	0	13	3	0.81
305751--305824	22	3.3	22	72	12	53	83	0	12	4	0.77
306861--307237	83	4.6	82	94	0	655	27	12	23	36	1.92
306861--307237	165	2.3	165	94	0	657	27	12	23	36	1.92
308081--308865	113	7.0	113	96	1	1378	37	14	19	28	1.90
309184--309278	3	31.7	3	95	0	172	33	2	0	64	1.06
310725--310765	20	2.0	20	86	13	57	39	2	0	58	1.11
313335--313375	21	2.0	20	90	4	64	31	31	7	29	1.85
323768--323993	43	5.3	43	80	4	206	28	21	22	26	1.99
323895--324034	43	3.3	43	79	7	117	32	23	19	25	1.98
324146--324204	21	2.8	21	84	0	73	55	20	5	18	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
326901--326988	39	2.3	39	95	0	158	37	27	0	35	1.57
329729--329756	2	14.0	2	100	0	56	50	0	50	0	1.00
330552--330632	41	1.9	44	85	12	116	35	14	13	35	1.86
330900--331058	52	3.1	52	96	0	291	44	16	6	32	1.72
331252--331302	24	2.1	24	100	0	102	37	35	11	15	1.84
332156--332293	42	3.3	42	73	12	131	28	21	15	34	1.94
336249--336316	23	3.0	23	88	0	91	22	27	25	25	1.99
342513--342619	24	4.5	24	74	0	97	47	16	14	21	1.82
342513--342621	48	2.3	48	77	0	119	47	16	14	21	1.82
343748--343783	18	2.0	18	88	0	54	30	16	0	52	1.44

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11