genome.fa.s5946.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01005946.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00013960_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2465359

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1--3582	7	525.7	7	90	9	5583	28	57	14	0	1.37
3581--3664	7	12.6	7	94	3	131	15	30	39	14	1.87
8657--9329	10	66.9	10	72	6	216	44	28	6	19	1.77
8657--9329	30	22.0	30	73	8	311	44	28	6	19	1.77
9365--9875	7	73.6	7	97	1	769	16	39	29	14	1.88
9322--9967	7	92.7	7	96	0	380	20	41	24	13	1.89
9949--9989	7	5.9	7	97	0	55	21	58	19	0	1.39
9949--9989	14	2.9	14	92	0	64	21	58	19	0	1.39
9950--9989	21	1.9	21	89	0	62	20	60	20	0	1.37
14958--19015	10	407.9	10	73	5	1869	42	28	5	23	1.77
14958--19015	30	135.6	30	74	6	2098	42	28	5	23	1.77
15321--15410	32	2.8	32	89	1	128	50	31	5	13	1.64
14958--19014	20	203.4	20	74	8	2235	42	28	5	23	1.77
23545--23578	17	1.9	17	88	5	50	61	2	2	32	1.26
23782--23962	21	8.8	19	76	12	146	22	20	21	35	1.96
23782--23961	42	4.3	41	87	8	251	22	20	21	35	1.96
23782--23954	63	2.8	62	75	20	164	21	20	21	36	1.95
24480--24597	21	5.7	21	88	5	150	22	36	16	23	1.94
24480--24597	63	1.9	62	85	5	166	22	36	16	23	1.94
26007--26124	29	4.1	29	93	0	191	25	12	25	36	1.91
26119--26161	20	2.2	20	86	0	59	13	16	18	51	1.77
26589--26652	7	9.1	7	100	0	128	43	42	0	14	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26654--26881	7	33.4	7	95	3	297	5	65	28	0	1.15
26934--27335	7	57.6	7	97	0	617	15	39	30	14	1.87
26879--27413	7	76.4	7	96	0	298	20	41	23	14	1.89
26885--27434	14	39.3	14	94	1	440	20	42	24	13	1.88
27396--27441	7	6.7	7	92	5	67	19	58	21	0	1.39
32418--36474	10	407.9	10	73	5	1885	42	28	5	23	1.77
32418--36474	30	135.6	30	74	6	2138	42	28	5	23	1.77
34903--35026	49	2.5	49	79	10	126	43	27	4	25	1.72
32418--36473	20	204.4	20	74	8	2230	42	28	5	23	1.77
41002--41035	17	1.9	17	88	5	50	61	2	2	32	1.26
41239--41419	21	8.8	19	76	12	146	22	20	21	35	1.96
41239--41418	42	4.3	41	87	8	251	22	20	21	35	1.96
41239--41411	63	2.8	62	75	20	164	21	20	21	36	1.95
41936--42054	21	5.7	21	88	4	150	22	36	16	23	1.94
41936--42054	63	1.9	63	85	3	168	22	36	16	23	1.94
43465--43582	29	4.1	29	93	0	191	25	12	25	36	1.91
43577--43619	20	2.2	20	86	0	59	13	16	18	51	1.77
44048--44117	7	9.6	7	87	9	104	41	44	0	14	1.45
44055--44116	31	2.0	31	96	0	115	41	43	0	14	1.45
44115--44447	7	51.5	6	82	11	232	8	62	27	0	1.29
44115--44384	12	20.2	13	78	15	195	7	63	27	0	1.27
49412--53469	20	204.9	20	74	8	2213	42	28	5	23	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
49412--53469	10	407.9	10	73	5	1901	42	28	5	23	1.77
49412--53469	30	136.0	30	74	6	2093	42	28	5	23	1.77
49467--49572	39	2.7	40	88	1	142	46	31	4	17	1.69
56916--56949	17	1.9	17	88	5	50	61	2	2	32	1.26
57153--57333	21	8.8	19	76	12	146	22	20	21	35	1.96
57153--57332	42	4.3	41	87	8	251	22	20	21	35	1.96
57153--57325	63	2.8	62	75	20	164	21	20	21	36	1.95
57851--57969	21	5.7	21	88	4	150	22	36	16	23	1.94
57851--57969	63	1.9	63	85	3	168	22	36	16	23	1.94
59383--59500	29	4.1	29	93	0	191	25	12	25	36	1.91
59495--59537	20	2.2	20	86	0	59	13	16	18	51	1.77
62098--62152	24	2.3	24	84	6	67	38	14	18	29	1.90
63062--63126	20	3.2	20	72	20	64	35	10	21	32	1.88
63064--63141	40	2.0	40	87	5	113	38	11	19	30	1.87
63069--63153	40	2.1	41	84	2	109	41	10	17	30	1.83
63176--63297	20	6.0	20	69	19	74	23	16	21	38	1.93
63261--63300	21	1.9	21	89	0	62	25	15	27	32	1.95
67260--67318	21	2.8	21	78	0	64	25	13	20	40	1.89
67253--67348	42	2.3	42	83	0	120	22	12	21	42	1.87
67353--67412	23	2.7	22	89	5	86	15	25	30	30	1.95
69903--70024	32	3.8	32	78	8	106	20	27	27	25	1.99
75687--75741	2	27.5	2	100	0	110	0	50	0	49	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79243--79295	21	2.5	21	87	0	79	20	24	18	35	1.95
79304--79390	20	4.3	20	78	5	86	33	25	16	25	1.96
79285--79371	40	2.2	40	83	8	106	33	24	18	24	1.97
79304--79390	40	2.2	40	87	4	122	33	25	16	25	1.96
79317--79393	20	3.8	20	83	6	102	31	24	15	28	1.96
80287--80360	35	2.1	35	100	0	148	27	18	24	29	1.98
81623--81698	20	3.8	20	87	0	107	38	23	22	15	1.93
81711--81806	33	2.9	34	90	3	149	12	23	20	42	1.86
81733--81786	14	3.5	14	73	22	54	11	24	20	44	1.83
81778--81829	20	2.7	20	96	3	97	15	23	26	34	1.94
81931--81967	14	2.6	14	86	0	56	48	21	0	29	1.50
83352--83454	21	4.9	22	74	11	65	23	19	35	21	1.96
83350--83454	42	2.5	42	78	3	113	23	19	36	20	1.95
83938--84006	20	3.5	20	87	0	102	37	24	18	18	1.94
84051--84173	20	6.5	20	80	11	116	17	20	21	39	1.92
86057--86124	20	3.4	20	87	0	91	44	23	14	17	1.86
86494--86559	22	3.0	22	90	0	105	21	12	39	27	1.88
86738--86826	20	4.4	20	88	2	117	22	20	19	38	1.94
86828--86870	21	2.0	21	90	0	68	41	16	23	18	1.89
87843--87880	19	2.1	19	90	5	60	34	5	0	60	1.19
88584--88608	13	1.9	13	100	0	50	52	0	8	40	1.31
89427--89460	17	2.1	17	88	5	52	17	8	0	73	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90026--90324	139	2.2	138	91	0	499	35	18	21	24	1.96
91219--91247	14	2.1	14	93	6	51	89	3	6	0	0.57
92653--92837	98	1.9	100	86	2	266	39	16	20	23	1.92
92753--93066	139	2.3	139	89	0	477	36	17	20	24	1.94
93380--93411	3	10.3	3	93	6	55	34	0	0	65	0.93
93986--94016	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
94453--94492	17	2.4	17	91	8	64	82	0	7	10	0.84
98027--98063	19	1.9	19	89	10	58	5	24	10	59	1.52
98487--98569	3	27.7	3	82	4	105	61	0	0	38	0.96
98892--99532	112	5.7	112	89	2	944	27	18	14	38	1.90
98892--99532	225	2.8	225	91	0	1034	27	18	14	38	1.90
100256--100882	83	7.6	83	95	1	1082	36	22	13	27	1.92
102052--102097	1	46.0	1	82	0	56	0	8	0	91	0.43
102035--102100	13	4.7	14	83	12	66	0	13	1	84	0.68
102036--102095	15	3.8	16	82	17	72	0	11	1	86	0.64
102053--102100	13	3.8	13	88	5	80	0	10	0	89	0.48
102036--102100	18	3.5	18	79	8	67	0	12	1	86	0.65
112201--112225	9	2.8	9	100	0	50	52	0	0	48	1.00
112732--112804	28	2.6	29	78	6	78	61	0	6	31	1.22
114413--114449	19	1.9	19	89	10	58	5	24	10	59	1.52
114653--114688	15	2.4	15	95	0	63	22	27	47	2	1.65
114887--114980	3	31.7	3	84	6	120	61	0	0	38	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
120446--120484	19	2.1	19	100	0	78	35	15	15	33	1.89
120496--120541	4	11.5	4	95	0	65	30	0	0	69	0.89
120645--120697	27	2.0	27	92	0	88	43	3	7	45	1.50
120609--120734	63	2.0	64	81	4	148	43	4	8	42	1.56
120659--120973	36	8.8	37	81	11	297	42	3	7	46	1.50
120866--120924	24	2.5	22	74	15	57	42	5	5	47	1.47
120889--120971	31	2.5	33	88	7	116	43	1	6	49	1.35
122262--122340	21	3.5	22	75	17	63	20	7	2	69	1.25
124122--124167	19	2.4	19	96	0	83	13	10	10	65	1.48
132160--133026	84	10.4	83	80	5	890	30	24	20	24	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11