genome.fa.s6023.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01006023.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00014213_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1315283

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7440--7484	6	7.5	6	85	9	65	31	2	31	35	1.70
9217--9275	21	2.8	21	72	10	57	32	25	20	22	1.98
9263--9446	20	9.5	20	80	8	184	39	21	20	18	1.93
9263--9404	74	1.9	74	88	0	212	40	21	20	17	1.92
12891--12958	14	4.5	14	72	16	55	44	19	23	13	1.85
12904--13016	19	6.7	19	70	22	85	46	18	22	13	1.83
12933--13012	33	2.4	33	93	4	135	46	18	22	12	1.83
12891--12991	47	2.2	46	89	7	150	45	18	22	12	1.84
13012--13074	19	3.3	19	90	0	90	15	14	23	46	1.83
13029--13106	19	4.4	19	75	18	78	14	19	20	46	1.84
13213--13249	14	2.6	14	91	0	65	45	21	0	32	1.52
14601--14667	21	3.2	21	68	4	55	19	20	35	23	1.95
14601--14723	42	2.9	41	79	7	113	22	18	36	21	1.95
15894--15938	21	2.1	21	87	0	63	31	28	24	15	1.96
16299--16341	18	2.4	18	81	14	54	30	6	25	37	1.82
17615--17681	22	3.0	22	95	2	116	19	26	28	25	1.99
20800--20844	21	2.1	21	87	0	63	31	28	24	15	1.96
22533--22599	22	3.0	22	95	2	116	19	26	28	25	1.99
24730--24788	20	3.0	20	78	9	66	47	18	22	11	1.81
24724--24850	19	6.8	19	76	12	129	48	19	19	11	1.79
24853--24931	33	2.4	33	91	0	122	11	21	20	46	1.81
24908--24986	20	3.8	20	83	8	88	11	17	17	53	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25510--25679	20	8.4	20	77	5	171	20	17	24	38	1.93
25510--25679	40	4.2	40	87	1	241	20	17	24	38	1.93
25511--25721	81	2.6	80	85	4	255	19	17	24	38	1.93
25688--25740	20	2.7	20	88	5	72	15	18	24	41	1.89
25510--25740	40	5.7	40	78	8	200	19	17	24	38	1.93
26031--26066	17	2.1	17	94	0	63	25	0	44	30	1.54
26524--26568	19	2.4	19	96	0	81	37	24	8	28	1.86
26419--26587	20	8.6	20	74	15	122	35	24	13	26	1.92
27333--27366	12	2.8	12	90	0	50	55	29	0	14	1.40
27487--27533	24	2.0	24	91	0	76	25	21	19	34	1.96
27492--27545	24	2.2	24	93	0	90	20	18	20	40	1.91
27720--27744	3	8.3	3	100	0	50	64	0	36	0	0.94
29807--29847	12	3.4	12	86	0	55	56	24	2	17	1.53
29806--29840	6	5.8	6	86	0	52	60	20	2	17	1.49
30166--30203	20	1.9	20	100	0	76	15	23	21	39	1.92
30244--30293	25	2.0	25	96	0	91	26	8	22	44	1.80
30711--30854	65	2.2	65	86	7	195	52	16	0	30	1.49
32224--32319	21	4.6	21	71	8	79	23	16	35	23	1.95
32224--32319	42	2.3	42	80	7	113	23	16	35	23	1.95
32463--32508	4	11.5	4	80	0	56	67	4	2	26	1.21
34467--34521	19	2.8	20	80	5	67	47	20	14	18	1.83
34810--34860	22	2.3	22	89	0	75	23	11	41	23	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34988--35036	20	2.5	20	82	0	62	22	16	18	42	1.88
35055--35108	20	2.7	20	77	11	74	25	14	31	27	1.95
36316--36359	20	2.2	20	83	0	52	43	25	20	11	1.85
36335--36391	30	1.9	30	88	0	87	42	26	24	7	1.80
37494--37573	40	2.0	40	85	4	108	15	27	12	45	1.82
37960--38074	41	2.8	42	88	4	153	32	24	20	22	1.98
37960--38074	21	5.5	21	86	6	153	32	24	20	22	1.98
38214--38240	6	4.5	6	100	0	54	33	51	14	0	1.43
38736--38761	6	4.3	6	100	0	52	0	15	53	30	1.42
39324--39385	18	3.3	18	76	8	52	43	1	0	54	1.09
39013--39384	185	2.0	185	93	2	631	46	8	2	41	1.49
41094--41144	21	2.4	21	81	15	61	58	13	11	15	1.63
45802--45830	13	2.1	14	93	6	51	41	48	0	10	1.37
46580--46630	3	17.0	3	76	15	52	62	3	0	33	1.13
46582--46649	13	5.2	12	77	18	57	60	2	0	36	1.12
46580--46628	26	1.9	26	88	12	75	61	4	0	34	1.15
46854--47371	66	7.8	67	83	5	572	40	13	20	26	1.88
46955--47205	30	7.8	31	64	24	101	38	13	20	27	1.91
46854--47310	132	3.5	132	89	2	659	40	13	20	25	1.89
48874--49111	81	2.9	81	90	0	359	36	10	22	30	1.88
48873--49143	81	3.3	80	84	4	312	36	10	22	30	1.88
49658--49815	65	2.4	67	82	3	203	39	13	20	26	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51340--51371	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
52013--52072	29	2.0	30	90	6	95	33	6	18	41	1.76
52162--52239	20	4.0	21	79	17	89	23	37	26	12	1.91
52180--52239	15	3.3	19	76	23	74	23	41	25	10	1.85
52168--52238	36	2.0	35	91	2	115	23	35	26	14	1.93
52273--52316	21	2.1	21	100	0	88	13	45	27	13	1.81
52352--52394	21	2.0	21	95	0	77	23	20	27	27	1.99
52422--52461	20	1.9	22	90	10	66	37	40	10	12	1.77
54917--54976	30	2.0	30	87	6	86	31	6	20	41	1.78
55066--55129	21	3.0	21	82	8	85	21	35	28	14	1.92
55066--55129	20	3.1	20	88	6	92	21	35	28	14	1.92
55163--55206	21	2.1	21	100	0	88	13	45	27	13	1.81
55242--55284	21	2.0	21	95	0	77	23	20	27	27	1.99
55566--55635	34	2.1	32	89	5	104	31	15	31	21	1.95
59752--59795	3	15.3	3	81	9	56	63	2	2	31	1.19
59784--59823	18	2.2	19	86	4	55	55	2	0	42	1.13
60018--60048	12	2.6	12	94	0	53	41	0	38	19	1.51
61991--62030	20	2.0	21	90	5	64	30	20	20	30	1.97
75042--75126	26	3.2	26	66	9	73	43	16	4	35	1.69
75042--75150	53	2.1	53	98	0	209	42	15	3	38	1.65
75997--76022	13	2.0	13	100	0	52	38	0	23	38	1.55
77913--77965	18	2.8	19	80	5	63	26	7	5	60	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79260--79770	255	2.0	255	98	0	977	32	15	22	29	1.94
83507--83552	14	3.2	14	81	6	56	36	8	17	36	1.81
83818--83850	14	2.4	14	100	0	66	42	0	6	51	1.26
84087--84137	23	2.2	23	89	0	75	43	1	0	54	1.11
84101--84135	18	1.9	18	88	0	52	40	0	0	60	0.97
84127--84173	22	2.1	23	92	4	78	55	0	0	44	0.99
84128--84205	23	3.3	24	84	7	90	52	0	0	47	1.00
84134--84190	22	2.6	22	81	10	64	54	0	0	45	0.99
85237--85265	8	3.6	8	100	0	58	13	0	0	86	0.58
90538--90575	18	2.1	19	90	5	60	10	7	13	68	1.39
94336--94370	18	1.9	18	100	0	70	17	45	22	14	1.84
94376--94740	29	12.6	29	81	6	400	35	5	22	36	1.77
94376--94740	144	2.5	144	86	3	500	35	5	22	36	1.77
95756--95808	25	2.1	25	85	0	70	26	7	16	49	1.73
97272--98064	54	14.8	54	90	2	1129	33	17	25	23	1.97
97587--97676	29	3.2	29	63	28	77	33	17	24	24	1.96
97857--97946	29	3.2	29	63	28	77	32	17	25	24	1.97
98025--98231	55	3.8	53	90	2	317	31	14	23	29	1.94
98023--98227	107	1.9	108	91	3	340	31	14	23	30	1.94
97272--98230	162	5.9	162	84	5	1053	32	17	25	24	1.96
97390--98231	54	15.5	55	85	7	439	33	17	25	24	1.96
98022--98258	110	2.2	107	85	5	298	32	14	22	30	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
113327--113383	21	2.8	20	91	2	87	63	0	1	35	1.05
113328--113383	10	5.5	10	87	4	76	62	0	1	35	1.06
113418--113893	82	5.8	82	84	2	587	35	10	18	36	1.84
113931--113984	25	2.2	25	93	0	90	27	35	0	37	1.57
115009--115053	21	2.1	21	84	8	56	33	28	22	15	1.95
115906--116046	31	4.5	31	95	0	246	19	19	21	39	1.93
119537--119659	55	2.3	54	81	4	140	24	30	22	22	1.99
125371--125429	23	2.9	19	85	12	66	22	33	27	16	1.95
127410--127453	17	2.6	17	82	7	54	15	0	27	56	1.40
128026--128232	75	2.8	76	85	4	267	24	30	23	21	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8