genome.fa.s6023.2.7.7.80.10.50.1000.6.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01006023.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00014213_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1315283

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
817330--817400	2	35.5	2	100	0	142	50	0	0	49	1.00
818987--819272	38	7.6	38	89	1	423	45	4	7	43	1.52
818987--819272	112	2.5	111	88	3	419	45	4	7	43	1.52
819320--819375	18	3.2	17	80	12	62	28	1	0	69	0.98
819324--819378	4	13.2	4	80	19	60	27	1	0	70	0.97
826193--826316	46	2.8	45	83	9	155	28	23	8	40	1.83
826416--826537	40	3.0	40	96	0	226	33	26	16	23	1.96
830327--830385	2	29.5	2	86	13	86	45	0	3	50	1.18
830333--830385	25	2.1	26	96	3	99	47	0	1	50	1.12
830776--830829	2	25.5	2	89	10	81	46	0	5	48	1.25
829988--830874	443	2.0	438	95	4	1579	32	15	15	36	1.89
831100--831150	19	2.6	20	90	3	77	43	23	17	15	1.88
831100--831294	20	9.6	20	75	9	90	40	21	21	16	1.91
831400--831473	6	12.5	6	98	1	141	32	51	16	0	1.45
832158--832207	6	8.7	6	97	2	86	0	18	52	30	1.46
832284--832327	20	2.2	20	91	0	70	9	18	18	54	1.69
832294--832651	20	17.6	20	81	5	180	17	22	19	40	1.91
832316--832526	40	5.2	40	88	3	260	18	26	18	36	1.94
832351--832506	83	1.9	83	87	0	231	18	26	18	35	1.94
832324--832547	103	2.2	103	91	0	358	19	26	18	36	1.94
832601--832651	19	2.6	20	90	3	77	15	17	23	43	1.88
835529--835647	36	3.3	36	87	6	163	45	20	5	29	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
835548--835647	34	2.8	35	90	7	148	46	19	6	29	1.73
840170--840276	35	2.9	36	91	5	171	43	19	5	30	1.74
840208--840268	21	3.2	21	65	29	64	42	21	4	31	1.74
840175--840303	35	3.6	36	85	9	142	41	18	6	32	1.77
843560--843589	15	1.9	15	93	6	51	6	30	20	43	1.77
844778--844897	35	3.3	36	88	5	172	43	20	5	30	1.73
844829--844889	21	3.2	20	65	29	53	42	22	4	29	1.75
847807--847875	3	23.0	3	100	0	138	33	0	0	66	0.92
848892--848945	20	2.7	20	77	11	56	75	3	18	1	1.03
849016--849070	3	18.3	3	100	0	110	32	0	0	67	0.91
849194--849250	3	19.0	3	100	0	114	33	0	0	66	0.92
849436--849464	3	9.7	3	100	0	58	31	0	0	68	0.89
849717--849807	46	2.0	46	97	2	175	15	4	8	71	1.27
856416--856489	30	2.4	32	82	13	93	55	9	8	27	1.60
860971--861073	20	5.1	20	85	5	136	12	15	19	52	1.74
860969--861073	40	2.6	40	86	11	153	13	15	20	51	1.76
863129--863189	21	2.9	21	83	11	72	21	36	21	21	1.96
863154--863203	21	2.4	21	83	12	75	26	36	18	20	1.95
864723--864775	20	2.7	20	96	0	97	43	22	15	18	1.87
864679--864861	74	2.5	74	83	0	240	32	18	19	29	1.96
864864--864933	20	3.5	20	84	3	79	20	12	18	48	1.80
865196--865231	18	2.0	18	94	0	63	16	2	25	55	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
868348--868507	29	5.7	28	84	5	182	34	6	18	40	1.77
868348--868555	29	7.3	29	78	11	178	34	5	17	42	1.73
868348--868537	55	3.4	55	80	6	186	33	6	17	42	1.74
875844--876055	29	7.3	29	80	10	202	35	2	18	42	1.65
875843--876045	85	2.4	87	82	9	256	36	2	18	41	1.66
875843--876055	58	3.7	57	82	9	227	35	2	18	42	1.65
878709--878775	20	3.3	20	95	0	116	16	11	26	44	1.82
878670--878800	40	3.3	41	80	7	128	23	12	23	39	1.90
883042--883120	26	3.2	26	82	12	103	53	3	0	43	1.19
883068--883108	8	4.7	9	82	11	50	51	7	0	41	1.30
883047--883210	18	8.6	18	69	20	84	50	4	2	42	1.37
883037--883364	15	22.3	15	68	19	101	49	4	3	42	1.41
883302--883417	2	59.0	2	72	16	82	46	1	4	47	1.32
883470--883506	15	2.4	15	95	4	65	40	2	5	51	1.39
883524--883595	7	10.4	7	78	3	65	22	0	30	47	1.52
883524--883595	21	3.5	21	82	1	83	22	0	30	47	1.52
897099--897162	8	8.6	7	83	10	65	81	0	6	12	0.87
897098--897173	8	9.5	8	76	13	59	81	0	6	11	0.86
897098--897162	15	4.3	15	78	3	76	81	0	6	12	0.86
897095--897173	32	2.5	31	81	8	88	81	0	6	12	0.88
898445--898520	37	2.1	37	95	5	136	36	19	21	22	1.95
898535--899224	55	12.6	55	82	6	710	28	16	23	31	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
898535--899112	164	3.5	165	85	5	755	28	16	23	32	1.96
906511--906552	20	2.2	19	91	4	66	23	33	0	42	1.55
906511--906565	17	2.9	19	86	7	69	25	30	0	43	1.55
906898--906947	23	2.1	24	92	3	84	50	2	0	48	1.12
907207--907241	16	2.2	16	89	0	52	37	14	25	22	1.92
907476--907628	7	21.7	7	77	15	147	75	0	12	11	1.04
907477--907581	23	4.4	25	77	11	73	74	0	13	12	1.08
907455--907614	30	5.2	31	82	16	169	74	0	13	12	1.08
907457--907629	44	4.0	43	76	19	107	74	0	13	12	1.07
907498--907627	37	3.5	36	73	19	115	76	0	11	12	1.03
908899--908974	37	2.1	37	92	5	127	36	18	21	23	1.95
908985--909738	55	13.7	55	85	3	815	29	15	23	32	1.95
912483--912535	19	2.8	20	88	5	74	26	24	0	49	1.51
912498--912548	17	2.8	17	85	8	57	27	25	0	47	1.53
913162--913211	16	3.2	16	80	2	57	44	12	22	22	1.85
916370--916422	27	2.0	26	85	3	70	33	20	18	26	1.96
916652--916713	19	3.3	19	77	4	63	17	8	4	69	1.31
926380--926417	16	2.4	16	100	0	76	13	10	0	76	1.02
927131--927196	20	3.3	20	93	0	105	42	24	12	21	1.86
927188--927366	20	9.0	19	80	11	191	40	24	16	18	1.90
927200--927353	60	2.6	59	88	7	224	40	24	15	18	1.90
930112--930179	21	3.2	20	72	13	57	22	36	23	17	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
932041--932076	18	2.0	18	94	0	63	16	2	25	55	1.55
934316--934369	24	2.2	24	93	0	90	40	16	18	24	1.90
934490--934528	12	3.2	12	92	3	60	12	0	28	58	1.34
935277--935366	19	4.6	19	73	17	85	25	14	21	38	1.91
936093--936139	17	2.8	17	90	0	67	68	2	6	23	1.24
936328--936356	8	3.6	8	100	0	58	27	0	13	58	1.36
937176--937274	42	2.4	42	78	10	112	23	34	19	23	1.97
937182--937294	21	5.4	21	76	6	86	21	36	21	21	1.95
939155--939190	18	2.0	18	88	0	54	16	5	25	52	1.65
939942--939991	24	2.1	24	92	0	82	38	20	20	22	1.94
940121--940154	12	2.8	12	90	0	50	14	0	29	55	1.40
940706--940743	16	2.5	15	84	12	51	65	0	5	28	1.14
940876--940927	19	2.7	19	90	0	77	30	11	19	38	1.87
940920--940956	19	1.9	19	94	0	65	32	10	13	43	1.79
940961--941071	20	5.6	19	75	16	109	18	17	25	38	1.92
940915--941052	60	2.3	61	78	12	142	23	15	21	39	1.92
940961--941071	40	2.8	39	76	14	127	18	17	25	38	1.92
942927--942959	17	1.9	17	100	0	66	60	3	6	30	1.36
943405--943499	31	3.0	33	78	7	99	24	20	11	44	1.84
945978--946006	14	2.1	14	100	0	58	13	13	6	65	1.45
946550--946583	2	17.5	2	93	6	61	50	0	0	50	1.00
946596--946749	37	4.1	37	83	12	165	42	2	7	47	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
946610--946705	36	2.6	36	91	4	149	46	3	4	45	1.38
946610--946750	73	1.9	73	84	8	187	43	2	6	47	1.40
946610--946749	36	3.8	36	84	10	146	43	2	6	47	1.40
946744--946777	5	6.8	5	87	12	52	23	0	0	76	0.79
946744--946789	15	3.4	14	82	11	60	23	0	0	76	0.79
946744--946794	20	2.6	19	82	17	68	25	0	0	74	0.82
946747--946794	13	3.5	15	71	23	52	25	0	0	75	0.81
946743--946799	25	2.3	25	84	6	80	24	0	1	73	0.92
947823--947847	13	1.9	13	100	0	50	16	0	0	84	0.63
947888--947929	8	5.1	8	85	5	57	9	11	0	78	0.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8