genome.fa.s6071.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01006071.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00014370_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  851632

Tables:   1   2   3   4   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6346--6375	14	2.1	15	93	6	53	16	0	0	83	0.65
11774--11828	10	5.8	9	79	12	56	20	27	25	27	1.99
11831--11858	9	3.1	9	100	0	56	21	53	25	0	1.46
11847--11879	17	1.9	17	100	0	66	18	45	24	12	1.83
19065--19139	29	2.5	30	87	8	109	16	24	28	32	1.96
19066--19145	9	8.3	9	76	13	61	15	26	27	31	1.95
19142--19201	22	2.7	22	81	2	75	23	45	21	10	1.82
27209--27260	18	2.8	18	72	13	52	40	1	3	53	1.30
31686--31718	16	2.1	16	88	11	50	81	3	12	3	0.91
36384--36426	12	3.3	12	79	17	50	44	2	20	32	1.65
38693--38734	21	2.0	21	90	0	66	30	11	7	50	1.66
38729--38827	33	3.0	33	94	1	164	32	7	15	45	1.73
42852--42921	23	3.2	23	60	15	58	51	12	11	24	1.73
42849--42960	42	2.7	42	97	0	206	50	13	10	25	1.74
43035--43323	157	1.8	157	94	0	515	29	16	21	32	1.95
45213--45239	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
50696--50736	18	2.3	18	91	4	66	24	12	21	41	1.87
54675--54717	16	2.7	16	81	0	59	41	2	4	51	1.35
55712--55744	13	2.5	13	95	0	57	9	18	3	69	1.28
56394--56437	20	2.2	20	84	8	54	54	2	4	38	1.33
58562--58593	16	1.9	17	93	6	57	43	0	18	37	1.51
58667--58743	30	2.7	28	78	6	82	32	2	16	48	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60474--60528	27	2.0	28	82	3	67	58	10	1	29	1.43
61264--61289	12	2.2	12	100	0	52	23	19	26	30	1.98
62373--62441	37	1.9	36	85	5	95	28	4	20	46	1.70
67197--67264	30	2.4	28	81	11	86	17	33	26	22	1.96
69823--69869	21	2.2	21	84	0	58	38	21	8	31	1.83
69831--69877	21	2.2	22	92	3	78	38	14	8	38	1.77
79980--80008	15	1.9	15	100	0	58	20	20	27	31	1.98
91467--91545	40	2.0	40	100	0	158	46	10	0	43	1.37
91469--91535	23	3.2	23	62	37	60	44	10	0	44	1.38
92177--92233	19	2.7	22	82	12	68	54	1	5	38	1.33
93925--94021	41	2.4	41	80	0	113	34	19	19	26	1.96
93947--94014	20	3.3	20	77	4	82	38	19	22	20	1.94
94197--94262	22	3.0	22	90	0	105	24	39	15	21	1.91
94579--94651	33	2.2	34	85	7	96	15	20	24	39	1.91
94623--94671	20	2.5	20	89	0	71	18	18	26	36	1.94
96541--96592	20	2.6	20	90	0	77	40	23	17	19	1.91
96631--96704	20	3.7	20	88	0	112	37	20	20	21	1.94
96728--96796	20	3.5	20	89	0	102	18	20	23	37	1.94
96744--96806	20	3.2	20	88	0	63	15	19	22	42	1.88
97280--97384	21	5.0	20	68	12	68	20	36	19	23	1.95
97305--97387	42	2.0	42	81	9	98	21	37	19	21	1.94
98763--98798	14	2.6	14	90	0	54	30	0	22	47	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99006--99101	33	2.9	34	88	3	140	13	23	20	41	1.88
99073--99166	20	4.7	20	85	2	127	21	22	22	34	1.97
99075--99166	40	2.3	40	90	3	150	21	21	21	34	1.97
102469--102515	20	2.3	20	88	0	67	21	19	25	34	1.96
102501--102612	20	5.6	20	86	2	161	19	19	20	40	1.92
102614--102657	21	2.1	21	91	0	70	40	15	25	18	1.90
108488--108512	3	8.3	3	100	0	50	64	0	0	36	0.94
110038--110087	6	8.2	6	84	4	55	18	0	4	78	0.91
111068--111122	6	9.2	6	97	0	101	0	14	49	36	1.44
117469--117557	42	2.1	42	100	0	178	37	0	6	56	1.26
121522--121662	59	2.4	59	73	4	131	32	17	16	33	1.92
122801--122832	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
130645--130712	29	2.3	29	79	0	73	29	16	20	33	1.94
132883--132908	3	8.7	3	100	0	52	34	0	0	65	0.93
132907--132963	29	2.0	29	86	13	82	43	8	3	43	1.52
135482--135520	16	2.4	16	91	4	60	33	7	23	35	1.83
135482--135515	16	2.1	17	94	5	61	35	5	23	35	1.79
137613--137967	177	2.0	177	98	1	694	39	18	21	21	1.93
139534--139677	71	2.0	71	100	0	288	29	19	25	26	1.99
139562--139672	35	3.1	35	61	16	84	29	19	27	23	1.98
153441--153473	2	17.0	2	93	6	59	51	0	0	48	1.00
161256--161412	81	2.0	78	93	6	273	27	16	21	34	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
167834--167905	32	2.3	32	85	7	94	43	8	6	41	1.62
169698--169860	60	2.9	53	84	9	184	46	4	16	33	1.67
175617--176025	190	2.1	192	86	3	592	44	10	5	39	1.61
186978--187019	20	2.2	19	87	12	59	45	2	0	52	1.13
194932--195011	23	3.5	22	77	5	88	23	22	37	16	1.93
195094--195184	23	4.0	23	80	0	119	23	24	38	14	1.91
195091--195191	46	2.2	46	87	0	148	22	24	36	15	1.94
200491--200523	9	3.8	9	96	4	59	21	0	0	78	0.75
208759--209130	185	2.0	183	92	2	620	40	3	9	46	1.53
211727--211767	20	2.0	20	100	0	82	46	24	4	24	1.72
218330--218403	19	3.8	19	73	7	58	35	6	17	40	1.76
223474--223576	29	3.4	29	70	12	91	37	9	10	41	1.73
228573--228612	20	2.0	20	85	0	53	35	10	7	47	1.65
236576--236602	2	13.5	2	100	0	54	48	0	51	0	1.00
237190--237427	118	2.0	118	92	1	397	38	10	8	42	1.71
239879--239944	32	2.1	32	88	2	98	57	3	6	33	1.38
240568--240652	34	2.5	33	92	3	134	57	0	1	41	1.06
240596--240660	2	35.5	2	76	17	52	58	0	0	41	0.98
240589--240660	23	3.1	25	67	18	57	59	0	0	40	0.97
240707--240733	13	2.1	13	100	0	54	62	22	0	14	1.31
244499--244569	19	3.7	19	98	0	133	49	0	5	45	1.26
248876--248954	2	39.5	2	100	0	158	49	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
251442--251509	34	2.0	34	91	5	111	29	8	19	42	1.81
258834--258948	60	1.9	60	80	3	133	35	14	13	36	1.85
259986--260016	13	2.5	13	94	5	55	77	0	0	22	0.77
261236--261276	19	2.0	20	86	9	57	24	21	21	31	1.98
261697--261786	19	4.3	20	76	18	103	30	28	5	35	1.80
261789--261849	21	3.0	21	87	2	79	22	19	26	31	1.98
265290--265323	17	2.0	17	94	0	59	44	5	14	35	1.70
265501--265644	36	3.8	36	74	18	146	18	24	19	37	1.94
266827--266860	17	2.0	17	94	0	59	44	5	14	35	1.70
269115--269360	130	1.9	133	90	2	399	50	14	11	23	1.75
269229--269479	111	2.3	108	89	6	386	49	13	13	23	1.77
269491--269834	181	1.9	178	90	4	548	43	11	15	29	1.82
270540--270892	172	2.1	171	94	5	615	34	14	15	35	1.87
272802--272846	24	1.9	23	86	4	63	64	2	0	33	1.06
273171--273206	2	18.5	2	94	5	65	52	0	0	47	1.00
274314--274346	16	2.0	17	94	5	59	27	0	6	66	1.15
276757--276799	6	7.8	5	85	10	50	20	20	37	20	1.95
276757--276801	17	2.6	17	96	0	81	20	22	35	22	1.96
277340--277660	159	2.0	162	84	6	420	33	15	5	45	1.68
278515--278629	61	1.9	61	83	0	149	42	14	15	26	1.86
286888--286918	4	7.8	4	92	0	53	0	22	0	77	0.77
287129--287182	22	2.5	22	90	0	90	24	12	20	42	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
293852--293904	23	2.3	23	83	3	61	11	22	16	49	1.78
297337--297735	39	9.7	39	74	13	241	39	14	6	39	1.72
297424--297604	50	3.9	49	79	10	168	40	12	7	39	1.72
297461--297604	50	2.9	49	83	2	189	39	13	8	38	1.75
297560--297654	40	2.4	40	83	1	111	41	12	6	40	1.68
297844--297955	57	1.9	59	85	7	158	47	10	6	35	1.64
298119--298267	45	3.3	44	78	9	167	38	15	10	34	1.82
298843--298904	30	2.1	30	96	0	115	35	11	6	46	1.65
309867--309900	16	2.1	16	88	0	50	35	23	5	35	1.79
315019--315057	2	19.5	2	94	0	69	46	0	53	0	1.00

Tables:   1   2   3   4