genome.fa.s6573.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01006573.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00016106_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1218788

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
791101--791180	29	2.8	29	90	0	133	23	17	10	48	1.77
791383--791883	54	9.3	54	86	1	664	29	19	18	32	1.96
792300--792353	22	2.5	22	85	5	76	27	20	18	33	1.96
792220--792430	95	2.2	95	84	5	284	24	22	17	35	1.95
793557--793596	20	2.1	19	86	9	55	40	30	2	27	1.70
794034--794073	20	2.0	20	90	4	64	37	0	5	57	1.21
794261--794302	20	2.1	20	90	0	66	23	40	23	11	1.88
796233--796270	19	2.0	20	89	5	60	47	5	13	34	1.65
797479--797518	20	2.0	20	90	4	64	37	0	7	55	1.29
798850--798927	40	2.1	34	76	24	102	39	21	2	35	1.67
800159--800222	2	32.0	2	100	0	128	50	0	0	50	1.00
800599--801099	54	9.3	53	81	7	351	28	18	18	33	1.95
800599--801103	108	4.7	109	83	5	591	28	18	19	34	1.95
800625--801095	162	2.9	161	84	2	588	28	18	18	34	1.95
800676--801103	162	2.6	162	86	1	599	28	18	18	34	1.95
801411--801634	95	2.4	95	86	1	306	26	25	15	32	1.95
801504--801577	22	3.7	20	79	13	80	27	27	14	31	1.95
802754--802814	13	4.3	13	77	18	59	16	44	21	18	1.87
802771--802807	18	2.1	18	94	0	65	16	40	27	16	1.89
802805--802833	10	3.0	10	95	5	51	17	31	20	31	1.96
805291--805382	24	3.8	24	87	5	132	23	17	19	39	1.92
805291--805406	48	2.4	48	82	5	119	24	17	18	40	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
808257--808372	24	4.8	24	88	6	164	23	17	18	40	1.91
810534--810584	20	2.5	20	96	0	93	35	9	13	41	1.78
816304--816380	35	2.2	35	97	0	145	24	7	27	40	1.82
817898--817948	21	2.6	21	79	14	56	54	7	13	23	1.65
818471--818646	60	2.9	58	78	6	174	46	5	13	34	1.66
822094--822119	12	2.2	12	100	0	52	46	11	34	7	1.69
826757--826823	2	34.5	2	91	5	111	49	1	0	49	1.10
826755--826882	10	14.0	8	78	13	51	51	0	0	46	1.11
826820--826886	18	3.8	18	81	18	79	55	0	1	43	1.09
827032--827590	76	7.4	76	94	1	973	35	22	19	22	1.96
828262--828316	22	2.5	22	93	0	101	40	14	10	34	1.81
829660--829813	76	2.0	76	82	2	184	30	21	17	30	1.96
835255--835293	14	2.8	14	85	11	53	58	7	17	15	1.59
837560--837610	15	3.2	15	81	10	57	70	0	1	27	0.98
837555--837607	17	2.8	19	77	16	65	69	0	1	28	0.99
837560--837608	16	3.1	16	85	8	57	71	0	2	26	0.97
837555--837609	18	3.0	17	77	15	56	70	0	1	27	0.97
838100--838306	111	1.9	111	87	2	308	44	8	8	38	1.65
839804--839858	2	28.5	2	92	7	96	50	0	0	49	1.00
839841--839929	3	28.3	3	82	4	88	57	0	1	41	1.06
847707--847940	38	6.2	36	77	13	213	45	4	4	45	1.44
847906--847981	31	2.6	29	85	8	116	44	3	5	46	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
847918--847983	31	2.1	31	97	0	123	48	4	6	40	1.48
848063--848119	3	19.7	3	79	16	59	26	3	0	70	1.03
848056--848109	13	4.1	13	83	9	65	27	3	0	68	1.06
848051--848118	22	3.3	21	82	13	79	26	2	0	70	1.01
849305--849348	20	2.3	20	84	7	56	22	2	4	70	1.17
849312--849358	20	2.3	22	78	14	55	23	4	4	68	1.26
853813--854180	106	3.5	106	88	1	506	24	18	23	33	1.96
855318--855365	17	2.9	16	88	11	71	2	12	6	79	1.01
855319--855371	25	2.1	25	82	3	61	3	15	3	77	1.06
865730--865785	13	4.4	13	71	13	53	78	0	8	12	0.96
865738--865787	20	2.5	20	83	3	55	78	0	8	14	0.97
865834--865999	37	4.3	38	78	9	149	42	8	4	44	1.54
865835--866014	76	2.3	79	84	7	224	43	7	3	45	1.51
865864--866079	39	5.5	38	70	17	131	41	7	4	46	1.52
865945--866071	42	3.0	42	70	11	107	42	8	4	44	1.56
869362--869413	19	2.6	21	79	11	65	34	11	30	23	1.90
869444--869494	22	2.5	20	87	9	68	45	15	9	29	1.79
869766--869794	15	1.9	15	100	0	58	27	6	17	48	1.72
869848--870131	54	5.3	54	85	3	360	32	15	20	31	1.94
869848--870131	106	2.7	107	81	5	313	32	15	20	31	1.94
869850--870145	160	1.9	160	89	1	468	32	16	18	31	1.94
869850--870165	54	5.9	53	81	4	233	32	16	19	31	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
874688--874743	29	1.9	29	85	0	76	58	12	3	25	1.50
876072--876850	139	5.7	138	84	5	1056	25	21	17	34	1.96
876074--876850	275	2.8	275	94	1	1346	25	22	17	34	1.96
877581--877750	54	3.2	52	81	5	155	44	17	10	27	1.81
877631--877987	54	6.6	54	82	6	348	41	17	10	31	1.83
877644--877987	108	3.2	106	83	4	386	40	16	10	31	1.83
879895--879992	51	1.9	51	85	8	137	4	15	2	78	0.99
879896--879990	18	5.6	17	73	19	74	3	15	2	78	0.96
879917--879996	13	6.2	13	77	18	78	2	16	2	78	0.96
879920--879994	19	3.9	19	68	13	55	2	17	2	77	1.00
881381--881431	21	2.3	23	80	9	63	60	7	15	15	1.56
885544--885609	28	2.4	28	97	2	125	13	9	36	40	1.76
886187--886233	18	2.7	18	86	3	60	29	27	8	34	1.87
888264--888337	2	37.5	2	78	17	75	51	0	5	43	1.24
888335--888428	3	32.3	3	72	23	60	70	1	1	27	1.01
888335--888396	21	3.0	21	90	7	99	74	0	0	25	0.82
888313--888433	12	10.4	11	73	17	70	66	0	0	32	1.04
888314--888453	28	5.1	27	70	20	69	66	1	0	31	1.06
888473--888512	2	20.0	2	94	0	71	52	0	0	47	1.00
893993--894017	6	4.2	6	100	0	50	0	48	0	52	1.00
897588--897646	20	2.9	21	87	5	93	23	37	16	22	1.94
898986--899033	19	2.5	20	82	3	62	52	6	12	29	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
900407--900506	42	2.4	41	84	1	119	24	34	16	26	1.95
900407--900506	21	4.8	21	83	2	103	24	34	16	26	1.95
900659--900698	20	1.9	22	90	10	66	37	40	10	12	1.77
902333--902380	19	2.6	18	74	6	51	75	4	12	8	1.18
902333--902463	9	14.8	9	69	19	62	74	1	11	12	1.15
902399--902445	24	2.0	24	83	8	60	72	0	12	14	1.13
902679--902724	3	15.3	3	100	0	92	67	0	0	32	0.91
902782--902822	2	21.0	2	95	5	75	51	0	0	48	1.00
902820--902925	10	10.7	10	72	23	50	70	0	3	25	1.03
902657--902927	16	17.8	16	70	17	66	62	1	4	32	1.22
902864--902947	28	2.9	28	76	11	73	65	1	2	30	1.13
908842--908888	22	2.0	24	88	8	71	48	2	0	48	1.13
908845--908899	24	2.4	22	84	6	65	49	3	0	47	1.19
909381--909423	22	2.0	21	86	4	59	34	0	0	65	0.93
911493--911532	19	2.1	19	86	9	55	37	2	0	60	1.11
913331--913516	95	2.0	95	88	2	275	33	16	26	24	1.96
913372--913554	95	1.9	95	82	6	228	33	15	25	25	1.95
913878--914355	55	8.7	55	86	2	606	33	19	19	28	1.96
914557--914774	81	2.7	81	88	0	301	37	11	22	28	1.89
914743--914803	29	2.1	29	84	0	77	47	6	22	22	1.74
915305--915347	22	2.0	22	81	9	52	34	4	16	44	1.68
916775--916818	2	22.5	2	95	4	81	52	0	0	47	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
924778--924885	6	17.5	6	96	3	189	84	0	0	15	0.63
924782--924886	1	105.0	1	69	0	66	84	0	0	15	0.62
926877--927185	153	2.0	154	99	0	611	40	12	14	32	1.84
927229--927267	19	2.1	19	90	0	60	35	17	15	30	1.91
927355--927405	21	2.5	21	87	3	77	31	41	7	19	1.80
939762--939872	55	2.0	56	98	1	215	14	27	9	49	1.73
939767--939891	55	2.3	54	87	5	153	16	25	10	47	1.79
942530--942794	103	2.6	103	81	7	306	37	12	17	32	1.88
942740--942923	66	2.8	66	73	12	166	42	8	15	33	1.78
947772--947816	23	2.0	22	82	4	54	53	4	15	26	1.61

Tables:   1   2   3   4   5   6   7