genome.fa.s6936.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01006936.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00017808_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2176229

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   

This is table  1  of  9  ( 982 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5209--5258	3	17.3	3	77	8	50	58	2	2	38	1.21
5220--5258	20	2.0	20	94	0	69	58	0	2	38	1.12
5434--5903	53	8.9	53	83	1	577	21	26	19	32	1.97
5414--5903	159	3.1	159	84	3	666	22	26	19	31	1.98
6422--6503	42	2.0	41	85	2	110	35	20	15	28	1.94
6533--6626	42	2.2	42	83	3	109	32	22	17	27	1.96
6550--6632	42	2.0	42	92	0	139	28	24	21	25	1.99
6640--6765	37	3.4	37	80	1	153	25	19	20	34	1.96
9762--9809	21	2.2	21	85	10	62	22	27	22	27	1.99
10492--10725	31	7.5	31	93	0	387	40	21	17	20	1.91
17908--17954	3	16.3	3	78	8	53	59	0	2	38	1.09
17908--17961	14	3.8	14	85	11	74	57	0	1	40	1.09
17916--17954	20	2.0	20	94	0	69	58	0	2	38	1.12
19642--19940	79	3.8	79	86	2	422	36	13	23	26	1.92
19780--19919	34	3.8	34	72	18	118	33	12	25	27	1.93
20322--20536	68	3.2	68	92	0	358	29	16	24	30	1.96
20322--20574	136	1.9	136	86	0	344	30	15	23	30	1.95
20573--20719	29	5.0	29	92	1	222	44	10	22	22	1.84
22728--22759	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
24613--24648	18	2.0	18	89	10	56	38	16	22	22	1.93
25146--25233	45	2.0	45	95	0	158	30	13	28	27	1.94
25170--25424	79	3.2	79	87	3	352	34	13	23	28	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25373--25458	34	2.5	34	94	0	145	33	13	23	29	1.93
25846--26031	68	2.7	68	89	1	266	31	16	24	27	1.97
26025--26143	29	4.1	29	91	0	184	47	10	22	20	1.80
28127--28162	4	9.0	4	100	0	72	25	0	25	50	1.50
28490--28536	19	2.6	18	75	18	53	46	0	4	48	1.21
32076--32164	45	1.9	47	93	4	155	28	11	23	37	1.89
41790--41892	19	5.6	18	75	19	72	72	0	20	5	1.10
41800--41900	44	2.2	44	80	16	109	73	0	20	4	1.08
41878--41919	19	2.2	19	83	8	50	71	0	21	7	1.09
41800--41920	26	4.6	26	74	16	115	71	0	21	5	1.11
43114--43507	55	7.3	54	88	3	426	29	15	24	29	1.96
53183--53517	30	11.2	30	81	3	286	36	4	33	25	1.77
53208--53541	120	2.8	120	83	4	352	36	5	32	25	1.78
53379--53532	15	10.3	15	64	9	64	38	3	32	24	1.74
55315--55394	10	7.5	10	73	13	61	35	5	21	38	1.75
56596--56636	22	1.9	21	85	5	55	60	9	12	17	1.57
56715--56745	15	2.1	15	93	0	53	48	22	0	29	1.51
58461--58504	18	2.4	18	84	0	61	38	9	27	25	1.86
59969--60032	21	3.0	22	84	11	96	29	21	23	25	1.99
61604--61647	19	2.1	21	84	16	56	45	9	0	45	1.35
62070--62109	17	2.3	18	86	4	55	55	0	0	45	0.99
65444--65483	21	1.9	21	90	10	64	57	7	5	30	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
69288--69350	23	2.8	23	80	2	74	26	30	20	22	1.98
70969--71012	17	2.6	17	92	3	72	65	22	4	6	1.35
77684--77724	11	3.5	11	81	12	55	51	2	0	46	1.14
79101--79239	35	3.9	35	91	1	233	18	23	20	38	1.94
79101--79244	71	2.0	71	95	0	261	18	22	19	39	1.92
80603--80644	22	1.9	22	90	9	68	42	4	14	38	1.66
82327--82501	30	5.9	29	75	4	136	55	10	14	19	1.68
82391--82504	59	1.9	59	83	0	147	56	13	12	18	1.67
82408--82533	59	2.2	58	81	8	150	58	11	11	18	1.62
84014--84055	13	3.2	13	81	18	52	61	2	0	35	1.09
84614--84707	28	3.2	29	79	10	95	43	14	14	26	1.85
84900--85052	65	2.3	67	81	9	181	45	16	13	24	1.84
84933--85055	65	1.9	65	90	3	196	44	17	13	24	1.85
84951--85281	120	2.7	118	76	13	291	40	14	16	29	1.87
85636--85667	4	8.5	4	86	13	50	21	0	28	50	1.49
89517--89629	32	3.5	32	96	0	208	38	24	7	30	1.82
91380--91534	30	5.2	30	72	12	99	56	9	14	20	1.65
91380--91546	29	5.7	30	77	4	126	58	8	14	19	1.61
92427--92464	19	2.1	18	90	5	58	5	10	15	68	1.36
93043--93096	13	4.2	13	80	15	60	64	1	0	33	1.04
93056--93087	16	1.9	16	93	6	55	68	3	0	28	1.04
93052--93096	20	2.3	19	81	11	54	68	2	0	28	1.01
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
94426--94479	20	2.7	20	91	5	83	40	9	22	27	1.84
94428--94493	20	3.6	18	84	11	64	42	9	22	25	1.83
94633--94705	36	2.0	37	84	5	96	50	4	0	45	1.20
98468--98514	24	2.0	24	86	0	67	53	12	2	31	1.51
98688--98722	17	2.1	18	89	10	56	54	0	0	45	0.99
98790--98828	18	2.2	18	86	9	53	69	0	0	30	0.89
99209--99242	16	2.1	16	100	0	68	44	5	0	50	1.26
100082--100133	20	2.6	20	100	0	104	53	3	9	32	1.51
100082--100133	10	5.2	10	80	0	68	53	3	9	32	1.51
103347--103379	14	2.4	14	89	0	57	42	0	0	57	0.98
103441--103475	17	2.1	17	94	5	63	42	0	0	57	0.99
103360--103541	79	2.3	76	80	7	231	38	6	1	53	1.37
104700--104734	17	2.0	17	88	5	52	57	0	2	40	1.14
106851--106919	34	2.0	34	100	0	138	30	23	20	26	1.98
108300--108329	14	2.1	15	93	6	53	56	6	3	33	1.42
111058--111096	19	1.9	19	85	10	51	38	10	7	43	1.67
112177--112207	12	2.7	11	90	9	53	45	0	29	25	1.54
115645--115873	116	2.0	116	98	0	440	33	9	17	38	1.83
119687--119732	18	2.6	18	100	0	92	28	19	28	23	1.98
120303--120368	22	3.0	22	82	4	53	22	21	25	30	1.99
123931--124018	44	2.0	45	90	4	142	29	22	7	39	1.83
124119--124232	60	1.9	59	85	7	158	29	28	18	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
133615--133702	44	2.0	45	90	4	142	29	22	7	39	1.83
133808--133924	61	1.9	61	82	3	146	29	29	15	24	1.96
137827--137881	28	2.0	28	82	10	69	56	5	20	18	1.61
138224--138258	14	2.5	14	90	0	52	51	22	17	8	1.72
139016--139058	22	2.0	22	85	0	59	23	16	27	32	1.96
145958--146181	114	2.0	114	84	7	294	32	13	23	30	1.93
152914--152960	22	2.1	22	84	7	60	31	2	8	57	1.41
156641--156688	24	2.0	24	91	0	78	25	16	25	33	1.96
162016--162060	17	2.6	17	85	0	72	46	11	0	42	1.39
161505--163030	821	1.9	818	87	2	2263	32	11	17	38	1.86
171869--172402	45	11.8	45	81	3	545	25	19	12	42	1.87
171874--172402	135	3.9	135	81	4	618	25	19	12	42	1.87
172927--172977	21	2.4	21	100	0	102	33	17	15	33	1.92
174876--174908	11	3.0	11	95	0	57	33	12	0	54	1.37
186232--186270	11	3.6	11	86	6	53	84	7	5	2	0.84
186231--186261	12	2.7	11	95	5	53	90	6	3	0	0.55
186228--186270	21	2.0	20	91	8	68	86	6	4	2	0.79
198935--198973	18	2.2	18	95	0	69	30	46	12	10	1.75
205694--205729	2	18.5	2	88	5	56	50	0	2	47	1.15
208573--208630	30	1.9	30	86	6	82	8	13	5	72	1.26
209953--210002	2	25.5	2	91	4	84	50	0	2	48	1.12
217122--217177	25	2.4	22	81	16	76	32	14	16	37	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
218618--218663	19	2.4	19	100	0	92	28	8	4	58	1.47
224485--224513	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
225952--226002	21	2.4	22	83	6	68	19	39	23	17	1.92
227276--227322	20	2.5	19	80	10	60	51	6	12	29	1.65
228471--228522	23	2.3	23	90	3	79	34	11	13	40	1.81
228794--228840	20	2.3	21	79	17	55	36	17	8	38	1.80
229142--229332	96	2.0	97	86	5	271	43	13	20	22	1.87
229705--229760	14	3.9	14	75	11	51	48	1	0	50	1.11
230815--230867	22	2.4	22	81	15	65	24	0	7	67	1.16
232772--232885	30	3.8	29	74	13	99	62	12	8	16	1.54

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9