genome.fa.s7113.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007113.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00018586_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  836039

Tables:   1   2   3   4   5   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1483--1601	21	5.7	20	81	6	121	22	35	18	23	1.96
1483--1601	42	2.8	42	87	2	159	22	35	18	23	1.96
6592--6629	15	2.4	16	86	4	51	63	2	5	28	1.30
6824--6876	19	2.7	19	88	5	79	28	7	24	39	1.82
6905--6949	20	2.2	21	92	4	74	20	17	22	40	1.92
8776--9357	85	6.8	85	84	0	671	26	16	20	36	1.94
9433--9735	86	3.5	86	87	0	408	21	20	26	32	1.98
10689--10732	22	2.0	22	95	0	79	15	31	13	38	1.87
10845--11041	99	2.0	99	92	0	331	30	18	16	34	1.93
15205--15283	31	2.5	30	76	15	81	79	3	5	11	1.01
15538--15570	2	16.5	2	93	0	57	54	0	0	45	0.99
15538--15584	10	4.4	11	84	12	53	57	0	0	42	0.98
15562--15610	21	2.2	23	78	7	57	69	0	2	28	1.00
24248--24298	22	2.4	21	80	6	66	56	0	0	43	0.99
24811--24877	30	2.3	28	82	5	80	61	0	0	38	0.96
24834--24942	33	3.2	35	80	14	106	56	2	0	40	1.13
26603--26673	31	2.3	31	95	0	124	29	8	8	53	1.60
26640--26891	124	2.0	123	90	0	396	37	12	14	35	1.84
31983--32017	3	12.0	3	93	6	63	34	0	0	65	0.93
32075--32111	18	2.1	18	94	0	65	40	48	5	5	1.49
33045--33124	23	3.4	23	79	3	79	57	18	12	11	1.64
33001--33124	24	5.3	23	76	4	86	58	16	12	12	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33563--33661	24	4.3	23	83	8	112	59	15	12	13	1.61
33625--33661	10	3.6	10	85	7	56	62	13	8	16	1.54
35882--35956	35	2.1	36	85	7	100	25	4	2	68	1.21
43714--43762	19	2.6	19	78	15	57	12	16	0	71	1.14
46021--46114	3	31.3	3	100	0	188	67	0	0	32	0.91
49310--49353	20	2.2	20	100	0	88	40	22	27	9	1.84
53326--53462	32	4.3	32	77	9	131	31	20	17	30	1.96
53348--53480	32	4.2	32	74	13	123	32	18	18	31	1.94
56567--56616	23	2.1	24	81	3	57	22	10	2	66	1.32
58007--58054	20	2.4	20	77	19	55	25	8	0	66	1.19
67594--67661	17	4.0	17	74	18	61	73	0	14	11	1.10
67603--67649	9	5.1	10	78	21	50	80	0	10	8	0.89
68683--68905	118	1.9	118	91	1	367	37	15	22	24	1.93
71667--71744	20	3.7	21	77	9	70	24	35	25	14	1.93
73667--73705	17	2.2	18	86	4	53	25	0	23	51	1.49
78188--78264	37	2.1	37	85	9	104	48	1	2	48	1.23
81972--82009	18	2.1	18	85	9	51	47	7	21	23	1.77
85762--85818	29	2.0	29	92	0	96	43	21	5	29	1.74
88266--88349	2	42.0	2	100	0	168	50	0	0	50	1.00
96885--96994	55	2.0	55	91	3	177	25	19	15	40	1.90
97920--97984	32	2.0	32	100	0	130	30	27	6	35	1.81
100416--100603	96	2.0	95	88	2	279	36	11	10	42	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101477--101530	24	2.2	24	93	0	90	20	18	20	40	1.91
103963--104051	20	4.4	20	87	2	126	35	24	21	17	1.95
104023--104118	33	2.8	33	88	3	129	42	20	22	13	1.87
104133--104217	33	2.5	33	92	1	134	14	23	18	43	1.87
104330--104366	14	2.6	14	86	0	56	48	21	0	29	1.50
106290--106463	20	9.4	20	75	16	142	40	21	18	18	1.91
106472--106633	20	8.8	20	78	14	154	19	19	20	40	1.92
106472--106633	74	2.2	73	88	3	236	19	19	20	40	1.92
106489--106601	34	3.1	34	81	14	145	17	21	20	40	1.91
108504--108550	19	2.4	20	78	3	60	46	23	17	12	1.82
108565--108611	20	2.3	20	88	0	67	21	19	23	36	1.95
109199--109350	20	7.7	20	89	1	234	18	20	23	38	1.94
109201--109343	40	3.6	40	96	1	261	17	20	23	38	1.93
109347--109392	21	2.2	21	88	0	65	36	17	28	17	1.92
114552--114597	18	2.5	19	75	10	51	30	4	34	30	1.77
115929--115967	20	2.0	20	89	0	60	33	23	10	33	1.88
124411--124449	20	2.0	20	89	0	60	33	23	10	33	1.88
125117--125401	100	2.9	98	77	8	287	40	15	11	32	1.82
130281--130323	21	2.0	21	90	4	68	65	0	18	16	1.28
130263--130355	26	3.6	24	76	15	71	63	0	22	13	1.30
134490--134535	21	2.2	21	100	0	92	17	26	21	34	1.95
137146--137191	23	2.0	23	83	8	58	56	15	2	26	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
141095--141126	16	1.9	17	93	6	57	37	3	21	37	1.70
153800--153831	2	17.0	2	87	12	50	50	0	0	50	1.00
153799--153829	16	1.9	16	100	0	62	51	0	0	48	1.00
157408--157437	14	2.1	14	100	0	60	20	0	0	80	0.72
162197--162732	180	3.0	179	87	2	722	32	18	15	33	1.92
167046--167093	19	2.5	20	76	6	55	20	6	0	72	1.05
186531--186691	64	2.5	63	85	7	191	34	18	21	26	1.96
187666--187761	31	3.1	30	75	12	88	27	18	20	33	1.96
187717--187816	30	3.3	30	85	1	110	23	18	24	35	1.96
188698--188798	42	2.4	41	78	10	116	30	22	20	25	1.98
188572--189360	215	3.7	215	90	2	1201	31	20	14	33	1.93
192964--193000	10	3.5	11	85	14	51	5	10	0	83	0.79
192965--193045	9	8.7	9	82	9	83	2	17	0	80	0.82
192994--193041	3	16.3	3	80	4	53	0	22	0	77	0.78
192964--193053	20	4.3	20	83	8	83	2	17	0	80	0.82
192970--193045	29	2.7	27	84	11	100	1	18	0	80	0.79
192987--193057	9	8.4	8	84	10	72	0	21	0	78	0.74
192972--193056	11	8.2	11	80	13	83	1	20	0	78	0.81
196158--196244	2	46.0	2	71	11	58	52	0	0	47	1.00
196242--196295	12	4.6	12	79	4	65	24	46	16	12	1.82
199831--199868	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
200136--200188	21	2.5	21	84	0	70	20	26	20	32	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
200178--200264	20	4.3	20	77	11	97	37	19	19	22	1.94
200178--200264	41	2.2	40	87	2	120	37	19	19	22	1.94
200193--200274	20	4.1	20	75	10	69	36	18	20	24	1.95
201126--201179	24	2.2	24	86	0	72	22	14	20	42	1.88
203623--203696	20	3.7	20	88	0	121	37	25	18	17	1.93
203612--203697	40	2.2	40	93	4	147	37	25	20	16	1.93
203689--203764	33	2.3	34	95	2	136	44	19	22	13	1.85
203702--203769	20	3.8	20	70	23	69	47	19	20	13	1.82
203779--203874	33	2.8	33	85	3	111	15	20	18	44	1.86
205389--205470	42	2.0	42	82	4	103	23	18	36	21	1.95
205960--206066	20	5.3	20	94	0	169	40	21	17	20	1.92
206113--206217	20	5.5	20	77	15	123	18	20	20	41	1.90
206102--206209	55	2.0	55	92	0	180	16	20	18	44	1.87
208094--208143	20	2.5	20	86	0	64	38	26	18	18	1.93
208565--208626	18	3.0	22	69	26	62	17	16	38	27	1.91
208821--208995	20	8.6	20	82	2	224	21	20	19	38	1.94
208803--208957	40	3.9	41	81	3	181	21	20	20	38	1.94
208848--208995	61	2.4	61	97	0	278	20	20	20	37	1.94
208803--208957	81	1.9	80	90	1	247	21	20	20	38	1.94
208823--208995	41	4.3	40	86	2	229	21	20	19	38	1.94
208985--209037	21	2.5	21	81	0	61	33	16	26	22	1.96
215736--216063	111	3.0	110	92	5	549	44	11	8	35	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
216731--216776	2	23.0	2	100	0	92	50	0	0	50	1.00
234000--234041	19	2.2	19	91	0	66	14	9	11	64	1.50
244227--244260	17	1.9	18	88	5	52	67	0	0	32	0.91
244478--244529	23	2.3	22	80	12	70	57	0	0	42	0.98
246406--246448	6	7.3	6	97	2	79	34	51	0	13	1.42
249802--249869	29	2.3	29	97	0	127	20	20	33	25	1.97
249806--249878	29	2.5	29	90	0	101	20	20	34	24	1.97
256168--256205	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
260704--260774	20	3.5	20	83	7	90	30	21	21	26	1.98
261590--261649	24	2.5	24	78	10	77	26	18	16	38	1.92

Tables:   1   2   3   4   5