genome.fa.s7703.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007703.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00109916_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1017536

Tables:   1   2   3   4   5   6   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
811821--811892	36	2.0	36	88	0	108	45	2	18	33	1.63
812241--812305	31	2.1	30	83	11	78	52	3	13	30	1.56
814411--814474	27	2.4	27	97	0	119	43	6	12	37	1.68
815168--815228	17	3.6	16	80	14	61	40	9	8	40	1.68
815133--815228	35	2.8	36	78	9	101	38	9	9	42	1.69
815329--815416	43	2.1	42	86	2	122	28	14	13	43	1.84
821957--822019	17	3.7	17	78	16	67	38	9	9	42	1.70
821954--822030	34	2.2	34	84	6	102	37	10	10	41	1.74
823608--823697	44	2.0	44	100	0	180	32	21	20	26	1.97
824100--824203	37	2.8	36	84	5	111	50	26	11	10	1.71
826377--826417	10	4.1	10	84	12	57	31	29	0	39	1.57
826438--826466	14	2.1	14	93	6	51	27	6	0	65	1.18
832400--832522	49	2.5	51	86	5	171	26	21	24	26	2.00
832546--832661	51	2.3	51	86	1	153	18	31	33	15	1.93
842258--842308	16	3.1	16	71	15	50	50	0	1	47	1.12
848904--848994	24	3.9	24	92	1	132	30	14	8	46	1.75
848904--848994	47	1.9	47	88	4	139	30	14	8	46	1.75
860376--860445	32	2.2	32	82	7	79	67	2	7	22	1.29
862509--862573	24	2.9	22	76	17	62	52	1	3	43	1.26
862561--862613	23	2.3	23	81	15	65	49	1	0	49	1.12
862726--862780	23	2.4	23	93	3	94	60	1	0	38	1.08
862712--862777	23	2.6	25	77	20	75	60	1	0	37	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
862799--862866	31	2.2	33	86	7	97	50	2	1	45	1.26
877623--877675	27	1.9	28	84	3	72	50	1	0	47	1.12
878244--878317	38	2.0	38	97	2	141	12	10	37	39	1.78
878489--878586	38	2.4	41	83	11	132	12	12	37	37	1.80
878020--878625	249	2.4	250	88	9	873	24	12	28	35	1.91
878493--878579	37	2.4	37	92	3	140	13	11	36	37	1.81
883697--883761	12	5.4	12	72	20	55	27	1	0	70	0.96
884251--884284	11	3.0	11	91	4	50	47	11	0	41	1.40
885264--885296	15	2.1	16	88	5	50	18	6	0	75	1.00
885272--885339	21	3.2	21	78	14	59	16	4	4	75	1.13
885445--885487	2	21.5	2	100	0	86	48	0	0	51	1.00
885588--885633	20	2.2	21	77	11	51	13	15	4	67	1.38
888723--888806	16	5.3	15	74	14	62	75	8	15	1	1.10
889449--889491	22	1.9	22	85	4	59	39	23	13	23	1.90
890450--891297	106	8.0	106	91	3	1309	33	24	19	22	1.97
893127--893159	15	2.1	16	88	5	50	18	6	0	75	1.00
893118--893182	22	2.9	22	77	13	62	16	6	1	75	1.08
893103--893172	22	3.0	21	78	14	59	21	5	1	71	1.15
893131--893272	44	3.2	43	70	21	112	18	7	2	71	1.23
895062--895124	24	2.6	25	74	20	62	20	4	1	73	1.11
899593--899643	23	2.2	23	85	0	66	27	21	27	23	1.99
899672--899889	103	2.1	103	97	0	409	36	24	13	24	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
900338--900465	64	2.0	67	89	7	201	27	18	19	34	1.95
900350--900510	64	2.5	63	82	5	180	27	19	18	34	1.95
906615--906678	23	2.8	22	74	9	65	29	23	26	20	1.99
906694--906911	103	2.1	103	97	0	409	36	24	13	25	1.92
907437--907487	19	2.7	19	100	0	102	23	29	17	29	1.97
907371--907552	83	2.2	83	83	6	217	26	21	17	34	1.95
909536--909605	30	2.3	30	100	0	140	44	7	21	27	1.78
910796--910997	58	3.3	58	66	20	160	31	25	17	25	1.97
910710--911773	124	8.6	124	89	1	1593	32	23	17	26	1.96
910710--911773	490	2.2	494	90	2	1654	32	23	17	26	1.96
912011--912061	3	16.7	3	88	11	61	29	0	0	70	0.87
912697--912772	39	1.9	39	97	0	143	38	38	6	17	1.75
913672--913777	39	2.6	39	80	14	101	18	4	2	73	1.13
919662--919845	82	2.3	82	82	6	205	36	18	16	27	1.93
919653--919852	41	4.9	41	79	6	176	36	18	17	28	1.93
919744--919882	41	3.4	41	80	7	115	37	17	15	29	1.91
919948--920024	41	1.9	40	86	2	109	36	20	16	25	1.94
926485--926549	32	2.0	32	96	0	121	33	13	9	43	1.76
927797--927838	22	1.9	22	90	0	66	16	9	0	73	1.08
933393--933511	60	2.0	60	88	0	175	39	17	11	31	1.86
934023--934085	29	2.2	29	82	0	72	66	1	12	19	1.32
934150--934184	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
934188--934229	18	2.3	18	84	8	50	71	4	4	19	1.22
934205--934289	20	4.4	19	73	17	59	71	3	7	17	1.23
934242--934272	14	2.2	14	94	0	53	77	0	9	12	0.99
934275--934430	18	9.4	17	77	16	91	58	1	2	37	1.20
934275--934401	10	13.0	9	77	16	60	57	0	1	40	1.14
934277--934402	31	4.1	29	84	10	103	56	0	1	41	1.14
934324--934403	2	40.5	2	90	7	119	53	0	1	45	1.08
934455--934480	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
935896--936094	110	1.8	110	87	0	299	22	18	22	36	1.95
937069--937104	16	2.3	16	90	4	56	0	13	5	80	0.88
943829--943871	22	2.0	22	81	9	52	23	9	20	46	1.79
947472--947534	29	2.2	29	82	5	74	68	1	12	17	1.29
947592--947650	2	29.5	2	100	0	118	50	0	0	49	1.00
947694--947724	15	2.1	15	93	0	53	77	0	9	12	0.99
947728--947862	16	8.8	15	72	20	59	58	0	3	37	1.21
947813--947858	2	23.0	2	100	0	92	50	0	0	50	1.00
950407--950462	20	2.6	21	88	8	78	37	23	21	17	1.94
950449--950515	20	3.3	20	91	0	107	31	25	19	23	1.98
951357--951410	24	2.2	24	90	0	81	22	18	18	40	1.91
953843--953936	20	4.7	20	89	0	134	37	24	21	17	1.94
954001--954094	33	2.8	33	90	3	134	13	23	19	43	1.86
954200--954236	14	2.6	14	86	0	56	48	21	0	29	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
955636--955717	42	2.0	42	82	4	103	20	18	39	21	1.93
956209--956277	20	3.5	20	91	0	111	36	24	20	18	1.95
956322--956408	20	4.3	20	89	0	111	24	18	20	36	1.95
956320--956498	40	4.8	40	72	13	134	18	18	21	41	1.91
956447--956498	20	2.6	20	93	0	86	17	19	23	40	1.91
958383--958422	20	2.0	20	90	0	62	57	17	12	12	1.65
958822--958881	22	2.7	22	89	0	93	21	15	36	26	1.93
959068--959146	26	3.1	26	92	3	135	20	17	22	39	1.92
959109--959150	20	2.1	20	91	8	68	19	19	23	38	1.93
960793--960825	3	11.0	3	93	0	57	3	33	0	63	1.10
968415--968465	18	2.8	18	81	0	66	41	17	1	39	1.61
973257--973313	10	5.6	10	76	2	60	84	8	3	3	0.86
973255--973285	11	2.8	11	100	0	62	90	9	0	0	0.46
978217--978262	12	4.0	12	75	11	51	41	23	15	19	1.89
978291--978337	21	2.2	22	96	3	87	25	34	19	21	1.96
979058--979101	23	1.9	23	85	0	61	29	25	27	18	1.98
979179--979249	31	2.3	31	92	2	126	32	25	4	38	1.75
980833--981211	199	1.9	199	83	3	496	30	15	12	41	1.84
981184--981258	19	3.8	20	84	7	91	32	14	9	44	1.77
988867--988939	29	2.6	28	78	6	76	43	26	8	21	1.80
996124--996170	13	3.8	13	75	16	55	14	17	48	19	1.81
998951--998996	23	2.0	23	84	12	60	69	0	2	28	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
998948--999066	22	5.1	23	68	14	57	57	0	0	41	1.10
1000474--1000522	3	16.7	3	87	12	75	67	0	0	32	0.91
1000782--1000861	38	2.1	38	97	0	151	15	18	11	55	1.69
1000802--1001546	112	6.6	111	83	4	883	30	18	13	37	1.90
1000802--1001717	225	4.0	225	87	5	1120	30	18	13	37	1.90
1002478--1002692	113	1.9	114	92	0	360	30	20	16	33	1.95
1003860--1003908	16	2.8	17	81	12	64	48	6	8	36	1.58
1004260--1004310	16	3.6	15	78	21	65	0	15	0	84	0.63
1004267--1004307	9	4.4	9	96	3	73	0	12	0	87	0.53
1014806--1014859	26	2.2	25	77	9	67	62	3	5	27	1.34

Tables:   1   2   3   4   5   6