genome.fa.s7724.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007724.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00109971_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1221931

Tables:   1   2   3   4   5   6   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
202304--202419	36	3.2	36	90	0	187	35	12	25	25	1.92
202285--202455	72	2.4	68	71	22	163	35	12	26	25	1.92
202304--202547	128	1.9	127	93	0	416	35	13	25	25	1.92
202427--202693	36	7.4	36	77	14	273	38	12	22	25	1.90
202427--202816	65	5.6	68	79	13	286	38	11	21	27	1.88
202590--202816	65	3.5	65	88	3	314	40	10	19	29	1.85
202850--202964	36	3.2	35	71	6	97	33	11	16	39	1.84
203062--203319	37	7.2	37	79	13	258	39	8	20	31	1.83
203395--203480	42	2.1	41	97	2	163	30	18	11	39	1.86
204524--204574	14	3.4	15	84	15	70	1	19	7	70	1.21
207949--208057	57	1.9	57	86	1	157	28	16	23	31	1.96
208043--208089	19	2.5	19	83	10	62	25	17	31	25	1.97
216294--216362	19	3.6	19	98	0	129	21	26	30	21	1.99
216347--216510	65	2.6	63	82	7	206	27	15	25	31	1.96
216461--216507	19	2.6	17	78	21	51	27	17	29	25	1.97
217408--217450	15	2.9	15	75	0	50	53	11	2	32	1.50
217444--217487	21	2.1	21	91	0	70	36	13	2	47	1.56
219222--219265	14	3.2	13	81	18	54	43	0	4	52	1.22
219224--219265	13	3.0	14	79	10	50	45	0	4	50	1.23
219528--219875	173	2.0	173	89	3	542	53	13	11	21	1.70
232891--232977	33	2.6	33	81	3	104	24	0	25	50	1.49
232989--233037	3	16.0	3	91	4	80	63	0	2	34	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
233578--233629	21	2.5	21	81	3	61	38	19	25	17	1.93
233618--233711	20	4.7	20	80	7	91	31	25	19	23	1.98
233922--233977	27	2.1	27	100	0	112	42	35	3	17	1.67
234255--234290	14	2.6	14	95	0	63	30	0	25	44	1.54
234492--234584	19	5.4	19	66	23	80	17	20	19	43	1.89
234493--234583	33	2.7	34	89	5	141	16	20	19	42	1.89
237076--237129	24	2.2	24	90	0	81	38	20	16	24	1.92
237675--237715	22	1.9	21	90	5	64	26	9	43	19	1.82
239685--239727	20	2.2	20	91	4	70	32	25	25	16	1.96
240209--240253	18	2.5	18	88	0	72	13	15	44	26	1.83
241564--241606	20	2.2	20	86	0	59	48	20	18	11	1.79
241884--241927	22	2.0	22	86	8	63	18	11	43	27	1.84
242116--242167	20	2.6	20	90	0	77	26	19	28	25	1.98
242203--242273	21	3.4	21	76	3	90	16	23	16	42	1.89
242217--242290	20	3.7	20	74	3	76	18	24	17	39	1.92
242199--242293	41	2.3	41	94	1	163	18	25	16	38	1.92
249557--249603	16	3.0	16	87	3	60	34	19	10	36	1.86
249896--249986	20	4.6	20	87	5	112	35	19	19	25	1.96
249949--250009	20	3.0	20	87	0	77	29	27	16	26	1.97
250821--250867	24	2.0	24	91	0	76	27	23	14	34	1.94
256721--256764	19	2.3	19	100	0	88	29	22	13	34	1.93
263492--263600	43	2.5	44	90	1	175	24	22	23	29	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
265204--265314	38	2.9	39	90	2	170	45	15	5	33	1.69
265186--265325	39	3.6	39	86	1	183	43	13	6	36	1.70
265339--265583	58	4.2	58	86	3	305	40	12	9	37	1.75
265871--265964	46	2.1	46	89	2	145	34	14	10	40	1.81
265734--265984	45	5.7	44	71	14	149	37	14	10	36	1.81
276550--276595	21	2.2	21	96	3	85	54	8	19	17	1.68
278757--278808	22	2.3	24	74	12	56	38	5	1	53	1.36
280530--280568	20	1.9	21	89	5	62	23	23	28	25	1.99
285954--286000	20	2.3	20	100	0	94	38	25	8	27	1.85
287610--287645	18	1.9	18	88	5	54	47	0	0	52	1.00
287673--287727	23	2.3	23	84	9	67	50	1	0	47	1.11
287684--287739	23	2.5	22	82	11	60	48	1	0	50	1.11
287728--287785	20	2.6	23	71	18	59	44	5	1	48	1.35
287699--287794	49	2.0	49	81	8	115	43	4	1	51	1.28
287921--287975	23	2.4	21	77	16	56	52	3	0	43	1.18
287937--287983	21	2.1	23	84	7	62	48	0	0	51	1.00
288120--288162	19	2.4	18	82	14	54	44	0	4	51	1.22
289235--289269	13	2.6	13	90	4	52	74	0	8	17	1.06
289382--289438	30	1.9	30	88	0	87	54	7	10	28	1.60
290718--290816	38	2.6	37	87	3	126	42	10	4	43	1.57
290718--290818	37	2.6	38	80	10	118	42	9	3	43	1.56
290807--290865	2	32.0	2	79	16	56	45	1	0	52	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
290835--290892	25	2.4	25	85	8	75	48	1	0	50	1.11
298516--298561	18	2.6	17	83	12	58	80	0	2	17	0.81
299647--299703	16	3.6	16	79	15	57	59	3	0	36	1.14
299662--299704	11	3.6	12	84	9	61	60	2	0	37	1.10
299662--299709	13	3.9	13	83	8	57	58	2	2	37	1.22
299673--299715	13	3.0	14	86	13	61	55	4	2	37	1.33
299659--299724	29	2.2	28	79	15	71	53	3	1	42	1.25
299736--300008	34	7.7	34	73	14	174	43	7	3	45	1.48
299720--300048	36	9.1	36	72	13	196	43	7	3	44	1.49
307321--307379	29	2.1	30	87	12	90	47	3	16	32	1.64
308301--308359	30	1.9	31	86	3	84	49	11	11	27	1.74
310264--310320	19	3.1	18	78	16	62	31	1	0	66	1.02
310240--310336	3	33.0	3	74	15	87	34	1	0	64	1.00
310379--310428	19	2.7	19	90	3	75	54	38	2	6	1.37
315833--315864	15	2.1	15	100	0	64	25	18	6	50	1.70
321186--321223	18	2.1	18	95	0	67	21	7	36	34	1.82
327636--327673	18	2.1	18	90	0	58	21	10	36	31	1.87
327782--327810	12	2.5	12	94	5	51	34	10	24	31	1.89
331048--331102	12	4.7	11	78	10	56	80	1	14	3	0.94
331052--331082	16	1.9	16	93	0	53	83	0	9	6	0.79
332366--332423	22	2.6	22	94	0	98	31	17	12	39	1.86
332615--333064	112	3.8	112	81	12	480	39	13	19	27	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
332749--333064	123	2.6	124	91	2	521	41	12	18	27	1.87
333431--333495	3	22.0	3	79	20	75	32	1	0	66	1.01
335332--335374	2	22.0	2	95	4	79	51	0	0	48	1.00
335459--335533	33	2.2	32	81	11	80	36	1	1	61	1.13
339822--339863	16	2.8	15	83	16	52	21	0	11	66	1.23
341105--341145	2	20.5	2	100	0	82	51	0	0	48	1.00
343108--343175	33	2.1	33	100	0	136	25	11	17	45	1.82
343660--343701	20	2.1	20	90	0	66	40	7	14	38	1.73
343713--343746	15	2.4	15	90	9	54	50	5	2	41	1.42
343822--343893	14	5.1	14	70	6	56	45	33	0	20	1.52
344262--344297	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
344380--344440	7	8.7	7	88	0	86	45	36	0	18	1.49
344444--344483	16	2.5	16	88	8	55	37	7	12	42	1.71
344673--344730	15	3.7	16	81	11	66	31	1	18	48	1.59
344689--344740	23	2.3	23	86	3	70	30	1	17	50	1.57
344688--344730	8	5.6	8	83	8	54	32	0	16	51	1.45
345031--345091	24	2.5	24	100	0	122	32	44	4	18	1.71
346228--346402	14	11.9	16	69	19	64	54	1	8	36	1.37
346230--346378	22	6.9	22	80	11	132	54	1	8	36	1.38
346230--346401	44	3.9	43	78	12	156	54	1	8	36	1.38
346227--346401	65	2.7	64	83	11	207	54	1	8	36	1.37
346286--346406	14	8.4	14	72	23	76	54	1	7	36	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
347322--347354	10	3.3	10	100	0	66	66	0	0	33	0.92
349089--349159	24	3.0	24	79	2	81	50	19	11	18	1.76
349089--349194	24	4.5	24	70	15	51	49	16	13	20	1.79
355703--355740	20	1.9	20	94	0	67	23	34	26	15	1.95
355703--355746	20	2.2	20	88	4	63	22	29	31	15	1.95
360142--360179	19	2.1	19	85	9	53	31	13	10	44	1.77
363024--363061	18	2.0	20	85	10	53	52	0	5	42	1.24
364373--364469	50	1.9	50	89	0	149	17	29	29	22	1.97
364584--364623	10	4.0	10	84	12	55	32	27	0	40	1.57
364749--364970	111	2.0	111	93	0	381	36	8	10	44	1.69

Tables:   1   2   3   4   5   6