genome.fa.s7724.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007724.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00109971_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1221931

Tables:   1   2   3   4   5   6   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
641257--641359	42	2.5	42	96	0	188	40	11	6	40	1.68
641475--641526	7	7.4	7	78	8	52	23	0	32	44	1.54
641473--641526	14	3.9	14	87	0	72	24	0	33	42	1.55
641474--641526	21	2.5	21	84	6	72	22	0	33	43	1.54
641580--641864	2	148.0	2	65	20	92	45	3	3	47	1.38
641639--641837	105	2.0	103	86	8	284	45	4	4	45	1.42
646236--646288	21	2.5	21	100	0	106	26	7	20	45	1.78
653864--654068	90	2.3	87	85	6	266	32	19	13	35	1.90
655444--655491	7	6.9	7	80	0	51	45	33	0	20	1.52
655449--655488	21	1.9	21	90	10	64	50	27	0	22	1.50
655444--655491	14	3.4	14	79	0	60	45	33	0	20	1.52
656022--656059	17	2.2	17	86	9	51	57	5	15	21	1.57
656157--656197	16	2.4	17	88	8	57	58	14	2	24	1.49
656827--656856	3	10.0	3	100	0	60	66	0	0	33	0.92
658667--658706	11	3.6	11	89	0	62	25	20	25	30	1.99
659424--659528	41	2.5	43	79	10	103	36	15	19	29	1.92
661528--661624	42	2.3	41	85	1	122	23	22	22	30	1.99
661368--662205	274	3.1	274	92	0	1381	29	16	20	34	1.94
662253--662339	36	2.4	36	86	7	113	35	18	8	37	1.80
665372--665410	21	1.9	20	89	5	60	43	7	10	38	1.67
667620--667649	14	2.1	14	93	0	51	66	3	16	13	1.37
668915--669409	248	2.0	242	89	4	762	36	21	16	26	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
677480--677662	96	1.9	96	83	4	235	33	24	17	24	1.96
678935--679055	57	2.1	57	90	0	188	19	21	23	34	1.96
678935--679073	57	2.4	57	83	2	181	19	20	23	35	1.95
684629--684732	31	3.3	31	91	1	154	26	33	27	11	1.91
686646--686699	28	2.0	27	85	10	74	22	12	16	48	1.80
686661--686716	27	2.0	27	82	3	67	26	14	14	44	1.83
686668--686735	27	2.4	28	76	11	68	23	11	13	51	1.73
687301--687338	15	2.6	15	87	4	51	26	21	23	28	1.99
689611--689654	20	2.2	20	92	8	72	52	4	18	25	1.64
691135--691189	24	2.3	24	96	0	101	34	16	10	38	1.84
697302--697343	22	1.9	22	85	0	57	26	21	16	35	1.94
699867--699916	2	24.5	2	95	4	91	48	2	0	50	1.12
702217--702268	22	2.4	22	80	3	61	57	3	1	36	1.28
704000--704076	37	2.1	37	85	4	102	48	1	3	46	1.28
707357--707401	17	2.6	17	85	3	63	31	0	8	60	1.28
714036--714083	14	3.4	14	82	0	51	29	16	25	29	1.97
719204--719278	39	1.9	39	91	0	123	44	12	6	37	1.68
725989--726041	22	2.4	22	93	6	90	35	9	24	30	1.87
732722--732772	24	2.0	24	85	7	66	0	15	9	74	1.06
733212--733276	3	21.7	3	93	0	112	64	1	1	32	1.12
733593--734150	113	4.9	113	88	4	813	30	18	12	37	1.88
734791--735264	83	5.7	83	89	4	736	36	21	13	28	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
736321--736368	21	2.2	22	96	3	89	8	8	0	83	0.82
736305--736370	22	2.9	23	84	8	91	6	12	0	81	0.85
736321--736375	21	2.5	21	91	8	76	7	10	0	81	0.86
749156--749223	3	22.7	3	93	0	118	64	1	1	32	1.11
753148--753259	35	3.2	35	85	0	134	36	0	22	40	1.60
757718--757751	13	2.7	13	90	4	52	0	14	0	85	0.60
764020--764087	22	3.2	21	68	16	59	26	19	22	32	1.97
764007--764136	42	3.1	41	85	5	179	25	20	23	30	1.98
764171--764340	54	3.2	53	86	3	234	31	22	25	20	1.98
769576--769615	14	2.6	16	80	15	57	35	7	5	52	1.51
773573--773615	19	2.3	19	87	0	59	34	2	0	62	1.08
775317--776034	216	3.3	215	92	1	1172	50	8	10	30	1.65
776134--776283	2	74.0	2	72	17	114	48	3	2	46	1.30
776131--776501	22	17.9	21	66	22	164	46	4	3	45	1.41
776139--776272	11	12.4	10	71	17	54	47	2	2	47	1.30
776269--776306	20	1.9	19	94	5	67	47	15	2	34	1.60
776163--776502	192	1.8	182	83	9	452	45	5	4	45	1.44
776353--776410	11	5.5	11	76	17	61	50	1	3	44	1.29
776416--776475	17	3.5	17	80	6	68	45	0	3	51	1.17
776617--776703	42	2.1	40	89	4	129	41	11	8	39	1.71
776637--776730	20	4.4	20	72	21	75	39	10	9	40	1.73
776727--776761	18	1.9	18	88	0	52	45	5	2	45	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
776745--776795	20	2.5	20	72	12	50	43	9	1	45	1.48
776740--776798	27	2.3	27	82	5	68	40	8	5	45	1.56
777408--777470	21	3.0	21	85	0	81	26	25	20	26	1.99
778183--778252	36	2.0	35	83	8	88	21	25	20	32	1.97
778842--778893	3	17.3	3	100	0	104	65	0	34	0	0.93
779568--779661	44	2.1	44	88	0	134	27	22	4	45	1.71
784443--784524	21	3.9	21	85	0	101	30	26	18	24	1.98
786164--786224	20	3.2	18	73	13	50	44	3	6	45	1.46
786159--786310	18	7.8	20	71	15	77	44	6	7	41	1.58
786271--786318	18	2.7	18	83	0	60	39	8	10	41	1.69
786362--786411	24	2.1	24	88	7	75	40	6	10	44	1.63
786426--786485	27	2.2	28	79	8	70	41	10	3	45	1.54
786531--786587	27	2.2	25	87	6	78	47	7	5	40	1.53
786531--786603	25	2.9	26	82	10	80	47	6	4	41	1.49
786611--786790	18	9.2	18	66	24	73	42	9	10	38	1.71
786649--786677	11	2.6	11	100	0	58	48	10	6	34	1.64
786728--786796	33	2.2	32	92	5	113	44	8	7	39	1.63
786767--786847	24	3.2	24	78	13	76	41	6	7	44	1.57
786813--786847	18	1.9	18	88	0	52	45	5	2	45	1.41
786958--787009	27	2.0	27	92	3	88	46	1	0	51	1.12
786990--787027	15	2.6	15	80	19	53	44	5	0	50	1.24
786200--786967	405	1.9	404	89	5	1146	44	8	6	40	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
787087--787131	15	3.1	15	80	3	56	40	6	6	46	1.56
787133--787166	13	2.6	13	90	0	50	55	5	2	35	1.39
787138--787359	33	6.6	33	73	16	163	44	7	6	42	1.57
787199--787356	55	3.0	53	89	8	245	43	7	6	42	1.58
787151--787323	18	9.9	18	69	15	121	43	6	6	42	1.58
787414--787551	61	2.3	61	89	2	215	45	7	10	36	1.67
787779--787979	102	2.0	103	83	6	257	31	29	5	33	1.80
788159--788198	6	6.7	6	88	0	53	45	47	5	2	1.38
788159--788235	18	4.2	18	68	3	55	42	42	6	7	1.59
788220--788275	18	3.1	18	76	0	58	42	33	8	14	1.77
791017--791061	23	2.0	22	91	4	72	24	11	26	37	1.89
791294--791331	13	2.8	13	82	17	51	60	0	2	36	1.11
797919--797994	23	3.1	24	92	5	118	42	27	0	30	1.56
797919--798001	26	3.4	24	90	5	105	42	26	0	31	1.56
804388--804479	21	4.3	21	79	9	89	28	26	20	25	1.99
807234--807282	19	2.6	19	84	9	57	24	28	20	26	1.99
819073--819121	19	2.7	17	84	9	53	26	20	28	24	1.99
819138--819188	18	2.7	19	93	6	95	21	21	29	27	1.99
819155--819320	65	2.6	65	76	12	173	24	18	24	32	1.97
819619--819677	25	2.4	25	100	0	118	44	3	11	40	1.58
819619--819677	13	4.7	13	80	19	72	44	3	11	40	1.58
819631--819675	12	3.7	12	83	16	65	42	4	11	42	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
820845--820925	24	3.5	24	69	16	64	27	20	27	24	1.99
826506--826666	65	2.5	65	84	3	200	28	19	21	30	1.97
832099--832138	21	1.9	21	89	0	62	40	5	0	55	1.22
832528--832583	28	2.0	27	82	3	67	44	0	5	50	1.25
834065--834107	21	2.0	21	95	0	77	39	0	0	60	0.97
834150--834191	20	2.1	20	90	0	66	71	4	4	19	1.22
835558--835916	132	2.7	132	86	0	493	40	16	10	31	1.83
838063--838159	3	32.3	3	100	0	194	65	0	0	34	0.93
838402--838471	3	23.3	3	100	0	140	67	0	0	32	0.91
845561--845661	35	2.9	35	88	7	150	31	6	16	44	1.74

Tables:   1   2   3   4   5   6