genome.fa.s7724.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007724.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00109971_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1221931

Tables:   1   2   3   4   5   6   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
851179--851244	20	3.3	19	84	15	89	27	33	15	24	1.95
856970--857077	23	4.8	23	72	13	91	25	25	20	28	1.99
858621--858679	27	2.2	27	93	0	109	18	30	25	25	1.98
867177--867207	16	1.9	16	93	0	53	38	6	0	54	1.26
869070--869248	60	3.0	60	79	6	177	41	6	19	32	1.76
869898--869949	21	2.5	21	81	3	61	38	19	25	17	1.93
869935--870012	41	1.9	41	89	0	120	39	21	15	23	1.91
869938--870032	20	4.7	20	78	2	82	35	24	15	24	1.94
870220--870263	22	2.0	22	100	0	88	22	45	13	18	1.84
870527--870564	20	1.9	20	88	0	58	13	15	21	50	1.78
871881--871925	18	2.5	18	88	0	72	26	44	15	13	1.83
872409--872464	20	2.8	20	81	2	69	39	21	23	16	1.92
872490--872627	19	7.8	19	75	15	100	13	21	22	43	1.86
872512--872569	14	3.9	14	79	16	71	10	17	24	48	1.78
872495--872585	32	2.8	33	94	3	166	12	18	21	47	1.81
872570--872624	20	2.8	19	89	5	83	16	25	23	34	1.95
876011--876181	19	9.1	19	83	10	190	43	22	21	12	1.85
876011--876181	39	4.6	38	79	10	163	43	22	21	12	1.85
876177--876257	19	4.5	19	74	16	73	11	17	24	46	1.80
876775--876868	20	4.7	20	80	2	89	24	17	24	34	1.96
876857--876949	20	4.5	21	78	4	100	17	24	18	39	1.91
876796--876930	41	3.3	41	84	4	148	20	20	20	38	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
876857--876949	41	2.3	41	100	0	186	17	24	18	39	1.91
877583--877703	61	2.0	60	81	10	140	39	4	19	36	1.73
878287--878330	20	2.1	21	84	16	56	56	29	0	13	1.38
878266--878381	7	16.9	7	77	8	78	50	33	0	16	1.46
880079--880112	16	2.1	16	88	0	50	14	2	20	61	1.46
887479--887615	60	2.3	60	82	5	168	34	27	5	32	1.81
887755--887848	29	3.2	30	73	11	104	39	6	21	32	1.79
887764--887866	31	3.4	31	75	5	120	38	5	24	31	1.79
887721--887868	60	2.5	60	84	3	201	34	5	25	34	1.79
891673--891793	32	3.8	32	81	6	129	28	12	20	38	1.89
892752--892823	36	2.0	37	83	8	94	30	15	13	40	1.86
892652--892916	87	3.1	87	92	0	424	32	18	13	36	1.89
892849--892935	37	2.4	37	84	1	104	25	20	14	39	1.91
892825--893060	102	2.3	102	88	1	339	29	19	12	38	1.88
893102--893201	36	2.7	37	93	3	175	30	21	15	34	1.93
893188--893257	29	2.4	29	97	0	131	38	18	5	37	1.75
893248--893365	37	3.2	36	81	10	150	26	18	13	41	1.88
893248--893365	36	3.2	36	81	10	150	26	18	13	41	1.88
893351--893439	37	2.4	37	86	1	126	39	22	7	30	1.82
894823--894868	21	2.1	23	84	8	60	23	6	2	67	1.25
894836--894897	32	2.0	31	81	12	74	29	8	0	62	1.23
894888--894937	2	25.5	2	91	4	84	46	2	0	52	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
900286--900408	8	16.8	8	72	20	51	35	8	3	52	1.47
900286--900455	22	7.8	22	70	18	101	35	10	2	51	1.48
900300--900344	20	2.2	20	85	11	65	40	4	2	53	1.33
900422--900471	14	3.5	14	77	20	50	36	6	0	58	1.23
900987--901034	23	2.0	23	84	8	60	37	6	2	54	1.38
900989--901054	31	2.1	31	86	5	89	39	6	3	51	1.42
901129--901173	24	1.9	23	82	13	56	51	0	13	35	1.41
900483--901997	512	2.9	516	90	4	2338	47	6	12	33	1.67
902616--902684	31	2.2	31	97	0	129	26	33	21	18	1.97
917425--917480	28	2.0	29	82	10	71	46	1	0	51	1.11
917544--917678	67	2.1	64	84	6	173	45	0	4	49	1.27
929312--929352	19	2.2	19	86	0	55	51	12	9	26	1.70
934020--934060	21	2.0	21	85	0	55	31	14	19	34	1.92
940634--940691	21	2.8	21	97	0	107	20	39	18	20	1.92
941895--941942	24	2.0	24	100	0	96	29	20	25	25	1.99
942103--942150	19	2.5	20	82	3	62	52	6	12	29	1.63
943232--943271	21	1.9	21	89	0	62	30	10	10	50	1.69
943526--943578	20	2.7	20	93	0	88	16	24	24	33	1.96
943681--943720	20	1.9	22	90	10	66	37	32	12	17	1.87
944253--944281	13	2.2	13	100	0	58	27	13	44	13	1.82
950087--950146	21	2.8	22	79	5	77	25	31	25	18	1.97
950798--950845	21	2.3	21	100	0	96	18	27	14	39	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
952061--952128	28	2.4	28	100	0	136	22	0	29	48	1.51
953917--953974	23	2.5	23	94	0	98	17	24	15	43	1.87
954556--954594	18	2.2	18	85	0	51	41	2	5	51	1.38
954946--954979	16	2.1	16	94	0	59	32	14	29	23	1.94
956520--956677	30	5.2	30	97	0	298	34	23	18	23	1.97
959717--959743	14	1.9	14	100	0	54	37	7	3	51	1.48
959954--960001	25	1.9	25	83	8	62	68	8	4	18	1.31
960368--960444	28	2.8	28	77	9	79	50	1	0	48	1.09
964092--964129	13	2.9	13	92	0	58	26	21	18	34	1.96
964293--964327	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
966672--966735	19	3.4	19	100	0	128	26	20	31	21	1.98
966708--966889	65	2.8	64	81	7	199	28	18	24	29	1.98
966730--966939	65	3.2	64	80	4	208	27	18	23	30	1.97
975590--975642	20	2.6	21	75	6	63	41	13	18	26	1.87
980160--980226	20	3.3	20	77	8	82	41	23	14	19	1.89
980132--980227	40	2.4	40	84	6	124	40	21	16	20	1.91
980134--980312	19	9.1	20	76	10	127	40	20	12	26	1.89
981051--981084	12	2.8	12	90	0	50	55	26	0	17	1.42
983819--983858	20	2.0	20	100	0	80	40	25	20	15	1.90
985471--985568	21	4.7	21	72	5	81	20	17	34	27	1.95
987688--987750	20	3.2	20	95	2	110	46	23	19	11	1.82
988240--988438	20	10.0	20	82	8	219	19	15	23	42	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
988429--988466	20	1.9	20	100	0	76	21	10	26	42	1.85
988432--988478	20	2.3	20	88	0	67	19	17	27	36	1.93
988470--988519	20	2.5	20	80	0	64	26	10	34	30	1.89
993645--993829	7	26.6	7	76	3	88	48	28	3	20	1.65
993725--993885	28	5.6	27	74	18	112	50	24	0	24	1.53
993756--993871	7	16.6	7	73	16	53	51	23	0	25	1.48
993750--993885	14	9.7	14	69	16	86	51	25	0	23	1.48
995929--995967	17	2.3	17	100	0	78	23	17	30	28	1.97
995952--996110	11	13.6	11	70	11	102	27	25	23	23	2.00
995961--996027	12	5.8	12	78	7	84	35	22	20	20	1.96
996032--996099	13	5.5	13	68	25	58	19	29	26	25	1.98
995946--996110	46	3.5	47	88	3	217	26	24	24	24	2.00
995946--996134	24	8.0	24	93	1	215	26	24	23	24	2.00
998134--998158	12	2.1	12	100	0	50	48	8	16	28	1.74
1005904--1006004	2	52.0	2	74	16	79	48	3	0	46	1.27
1005903--1006003	39	2.6	39	81	7	107	48	4	0	45	1.30
1006441--1006487	22	2.1	23	88	4	69	44	2	0	53	1.12
1006435--1006514	32	2.5	32	80	14	92	47	2	0	50	1.14
1006477--1006527	23	2.2	23	86	6	68	54	1	0	43	1.11
1006453--1006550	29	3.6	29	71	15	82	51	1	0	47	1.07
1006604--1006672	19	3.6	18	71	21	52	49	1	1	47	1.19
1006567--1006652	27	3.1	27	71	18	70	46	1	2	50	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1006639--1006711	23	3.1	22	80	5	65	52	4	0	43	1.20
1006752--1006815	32	2.0	33	90	9	105	53	1	0	45	1.10
1007048--1007103	29	2.0	28	89	3	85	32	16	5	46	1.69
1007050--1007108	14	4.1	14	75	12	57	35	16	5	42	1.71
1010934--1010973	19	2.0	21	85	9	57	67	2	0	30	1.04
1012800--1013353	98	5.4	100	80	6	542	20	20	25	33	1.97
1012787--1013353	203	2.8	203	88	2	800	20	20	25	34	1.96
1013359--1013480	43	2.8	43	89	0	181	22	17	31	29	1.96
1014221--1014258	20	1.9	20	94	0	67	0	18	5	76	0.97
1025052--1025095	21	2.0	23	82	8	56	65	2	0	31	1.05

Tables:   1   2   3   4   5   6