genome.fa.s7739.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007739.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00109999_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  642700

Tables:   1   2   3   4   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8166--8199	8	4.2	8	92	0	59	38	2	0	58	1.13
15456--15525	35	2.0	34	91	2	113	27	10	10	52	1.66
18489--18539	19	2.7	19	96	0	93	25	29	21	23	1.99
18633--18685	20	2.7	20	87	0	79	26	26	20	26	1.99
18875--18916	22	1.9	22	90	0	66	23	38	16	21	1.93
19181--19237	20	2.8	20	83	0	60	19	17	19	43	1.88
19374--19428	25	2.2	24	78	15	58	20	9	18	52	1.71
20554--20598	18	2.5	18	88	0	72	26	44	15	13	1.83
21080--21145	20	3.4	19	77	6	69	40	24	19	15	1.90
21119--21211	19	5.4	19	65	23	71	49	22	16	11	1.78
21135--21192	14	3.8	14	73	20	53	50	25	15	8	1.73
21119--21210	33	2.8	33	93	0	157	50	22	16	10	1.76
21227--21317	14	5.9	14	72	20	74	10	16	23	49	1.77
21222--21333	33	3.4	33	95	1	199	11	17	22	48	1.79
21243--21333	18	5.4	18	68	24	81	13	17	20	48	1.81
21318--21373	20	2.8	19	84	7	67	16	26	23	33	1.95
23247--23282	14	2.6	14	90	0	54	30	0	22	47	1.52
23409--23462	14	3.5	14	75	22	54	50	20	18	11	1.77
23418--23467	14	2.9	18	72	27	63	50	18	20	12	1.78
23389--23467	33	2.4	34	89	2	115	45	21	18	13	1.84
23486--23563	20	3.9	20	73	6	77	17	19	21	41	1.91
23474--23561	40	2.4	36	83	12	108	15	20	21	42	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23761--23810	20	2.5	20	80	0	73	22	18	22	38	1.94
23837--23888	20	2.5	21	87	3	70	21	23	17	38	1.93
24673--24726	24	2.2	24	86	0	72	24	16	18	40	1.90
24901--24925	12	2.1	12	100	0	50	72	0	28	0	0.86
27216--27307	19	5.4	19	66	24	78	44	19	19	16	1.87
27217--27316	33	3.0	33	87	11	143	43	19	19	19	1.89
27318--27367	19	2.6	19	96	0	91	12	22	20	46	1.83
27477--27513	14	2.6	14	91	0	65	45	24	0	29	1.53
28869--29074	42	4.9	41	73	9	164	22	17	36	22	1.95
28869--28935	21	3.2	21	68	4	55	19	20	35	23	1.95
28899--29074	84	2.1	84	98	0	343	23	17	38	21	1.93
29293--29477	91	2.0	90	91	6	300	47	18	12	21	1.82
31160--31309	19	8.1	19	79	11	150	42	21	23	12	1.87
31160--31304	37	3.9	37	77	11	154	43	21	22	12	1.86
31305--31352	20	2.5	19	80	12	62	12	16	25	45	1.82
31864--31916	20	2.7	20	90	0	79	26	18	28	26	1.98
31925--31978	20	2.7	20	97	0	99	25	18	24	31	1.97
31865--31981	61	1.9	61	85	0	162	23	17	24	34	1.96
31865--31999	61	2.2	62	79	7	143	23	18	24	33	1.97
32049--32089	21	2.0	21	85	0	55	34	31	17	17	1.93
33947--33987	14	2.9	14	86	10	57	34	7	24	34	1.83
34007--34032	13	2.0	13	100	0	52	38	7	23	30	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
35070--35122	27	1.9	28	92	3	90	56	3	0	39	1.17
36385--36455	33	2.2	33	94	0	124	47	16	23	11	1.79
36833--36984	20	7.6	20	88	2	207	19	19	27	33	1.96
37383--37416	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
37896--37943	23	2.1	23	100	0	96	45	4	0	50	1.21
38483--38551	23	3.0	23	89	6	104	47	8	24	18	1.77
39582--39607	10	2.6	10	100	0	52	61	7	0	30	1.24
43354--43426	22	3.3	22	90	1	101	24	16	20	38	1.93
48582--48654	22	3.3	22	92	1	119	24	20	20	34	1.97
53420--53477	16	3.6	16	88	0	89	56	22	12	8	1.62
54517--54561	24	1.9	23	95	4	81	53	22	11	13	1.71
55233--55305	22	3.3	22	82	1	83	21	16	21	39	1.92
57283--57337	24	2.3	25	93	6	96	41	7	7	43	1.60
57893--58499	225	2.7	224	88	1	912	39	14	15	31	1.87
58497--58845	131	2.7	129	82	4	391	32	13	12	41	1.81
58708--59576	199	4.4	199	87	1	1141	33	15	13	37	1.86
58730--59576	397	2.1	398	85	2	1135	34	15	13	37	1.86
61127--61169	20	2.2	20	86	0	59	30	13	23	32	1.93
73594--73623	15	2.0	15	93	0	51	50	13	6	30	1.67
76266--76323	15	3.8	15	83	2	80	41	20	0	37	1.53
81057--81130	20	3.7	19	75	10	67	32	10	13	43	1.79
82985--83697	4	178.8	4	99	0	1403	25	0	49	24	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83833--83883	21	2.4	21	86	0	75	23	21	31	23	1.98
84620--84818	15	14.0	15	66	17	79	47	4	4	43	1.44
84620--84818	29	7.1	28	69	18	85	47	4	4	43	1.44
84849--84888	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
85707--85833	2	64.5	2	74	12	111	45	0	4	48	1.28
86022--86065	10	4.3	10	82	2	52	47	11	0	40	1.39
86149--86227	14	5.6	14	79	5	79	50	27	0	21	1.49
86153--86216	21	3.0	21	74	19	62	48	26	0	25	1.51
86162--86222	21	2.9	22	83	9	83	50	27	0	21	1.49
86927--86986	21	2.9	22	78	9	63	53	26	0	20	1.46
87306--87335	9	3.3	9	100	0	60	36	0	0	63	0.95
87341--87427	2	43.0	2	70	11	52	43	4	6	44	1.51
87502--87574	7	10.4	7	75	0	56	54	28	0	16	1.42
87517--87574	14	4.2	14	82	6	66	55	25	0	18	1.43
87502--87582	21	3.8	20	73	9	63	54	29	0	16	1.42
87659--87704	20	2.3	20	96	0	83	47	13	13	26	1.78
87667--87710	20	2.2	20	87	0	61	52	13	11	22	1.72
88063--88105	16	2.7	16	89	7	61	46	6	16	30	1.73
95148--95218	17	4.4	17	78	18	62	32	0	1	66	1.01
95138--95187	26	2.0	26	84	4	66	26	0	4	70	1.05
95138--95223	25	3.5	24	69	13	59	29	0	2	68	1.02
95611--95647	19	2.0	20	89	10	60	35	10	0	54	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97190--97259	29	2.4	29	95	0	122	18	41	21	18	1.91
97581--97625	23	2.0	23	82	8	56	64	0	28	6	1.19
100506--100579	35	2.1	34	83	11	89	48	13	0	37	1.43
100821--100884	14	4.6	14	75	11	51	45	9	3	42	1.52
100915--100990	25	3.2	25	73	21	90	48	13	0	38	1.42
100924--101003	24	3.4	24	69	19	78	51	10	0	38	1.36
100912--101011	46	2.2	46	96	0	191	51	11	0	38	1.38
100921--101000	21	3.6	22	76	20	94	51	10	0	38	1.36
100941--101067	24	5.3	24	68	21	88	49	8	0	41	1.33
101004--101042	11	3.2	12	82	10	53	43	12	0	43	1.42
101408--101519	60	1.9	59	88	1	170	49	8	0	41	1.38
101459--101501	21	2.0	21	86	8	61	58	6	0	34	1.25
100556--101600	536	2.0	530	88	5	1577	43	11	5	39	1.66
101566--101783	103	2.1	107	89	5	336	39	16	11	33	1.84
101089--102738	598	2.7	606	94	1	2816	42	13	6	38	1.70
101988--102121	59	2.3	60	88	2	200	47	10	0	41	1.43
102075--102155	24	3.3	24	70	14	58	48	8	0	43	1.34
102090--102182	11	8.6	11	67	25	56	45	12	1	40	1.50
102163--102204	16	2.6	16	100	0	84	50	19	0	30	1.48
102536--102570	14	2.5	14	100	0	70	37	11	0	51	1.38
102550--102633	41	2.0	41	83	2	105	40	11	2	45	1.54
102536--102609	14	5.3	14	83	0	58	39	10	1	48	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
102552--102640	42	2.1	42	81	4	99	41	11	2	44	1.52
102598--102730	59	2.5	49	74	21	149	43	11	0	44	1.45
102670--102762	21	4.6	21	67	22	63	48	6	0	45	1.28
102606--102814	60	3.6	60	89	3	311	45	9	0	44	1.40
102709--102876	11	14.0	12	65	23	61	45	10	0	43	1.43
103208--103294	21	4.3	21	69	16	67	45	12	0	41	1.42
103159--103355	60	3.3	60	93	2	326	46	9	0	43	1.40
103185--103347	18	8.3	20	67	15	81	47	10	0	42	1.38
102283--103531	553	2.3	556	93	0	2128	42	12	5	39	1.67
106511--106549	20	2.0	19	85	14	53	58	7	0	33	1.26

Tables:   1   2   3   4