genome.fa.s7739.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007739.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00109999_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  642700

Tables:   1   2   3   4   

This is table  2  of  4  ( 373 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
107044--107096	27	1.9	28	92	3	90	54	16	0	28	1.43
107040--107104	27	2.4	28	82	12	89	52	15	0	32	1.43
107609--107673	33	1.9	34	96	3	123	21	13	40	24	1.90
109468--109665	98	2.0	98	96	2	360	22	28	16	32	1.96
109882--109917	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
114054--114111	15	3.9	14	82	8	62	32	27	22	17	1.96
117087--117181	46	2.1	46	100	0	190	29	8	18	43	1.80
122153--122219	29	2.2	31	86	5	102	58	1	11	28	1.43
124267--124291	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
124448--124499	24	2.2	24	82	0	59	50	17	11	21	1.77
124471--124565	24	4.0	24	87	5	113	41	20	15	23	1.90
124526--124578	12	4.5	11	78	21	63	41	20	16	20	1.90
124507--124578	24	3.0	24	83	16	89	41	20	16	20	1.90
131986--132027	17	2.3	19	80	8	52	35	0	21	42	1.53
132942--133010	21	3.3	21	91	0	111	17	8	30	43	1.79
133555--133590	18	2.1	17	89	5	54	50	5	0	44	1.25
137476--137522	2	24.0	2	95	4	87	48	0	0	51	1.00
139130--139177	3	15.7	3	91	4	78	0	37	0	62	0.95
140678--140771	32	3.0	31	80	7	109	32	15	20	30	1.94
141998--142038	21	2.0	21	85	0	55	26	17	29	26	1.97
142158--142237	42	1.9	42	86	0	115	25	20	21	33	1.97
141830--142250	218	1.9	220	87	2	625	33	14	18	33	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
142153--142773	255	2.4	253	87	2	906	30	15	19	33	1.93
143092--143214	44	2.8	45	84	1	158	26	17	16	39	1.90
143069--143262	89	2.2	90	85	3	259	24	15	17	41	1.89
143063--143272	45	4.7	45	79	4	212	25	15	18	40	1.89
143226--143388	50	3.2	49	79	9	168	23	22	15	38	1.93
143226--143409	50	3.6	49	79	8	167	24	20	16	38	1.93
144061--144443	134	2.9	133	85	5	486	29	17	19	33	1.95
144612--144652	21	2.0	20	95	4	73	19	0	2	78	0.87
148057--148083	2	13.5	2	100	0	54	51	48	0	0	1.00
148697--148809	56	2.0	56	84	3	147	19	24	27	28	1.99
157784--157827	22	2.0	21	86	4	61	50	6	0	43	1.29
163724--163791	34	2.1	32	86	5	91	41	1	2	54	1.24
163777--163804	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
164316--164353	19	2.0	20	84	5	51	57	0	0	42	0.98
166636--166685	18	2.8	18	87	0	73	36	14	26	24	1.93
166865--166916	19	2.7	19	96	0	95	40	3	13	42	1.62
169082--169142	15	3.9	15	77	12	68	60	14	4	19	1.52
169082--169118	18	2.1	18	94	0	65	64	21	0	13	1.27
171281--171310	13	2.2	14	94	5	53	20	26	13	40	1.89
176721--177438	55	13.3	55	88	3	1014	28	29	14	27	1.95
176721--177438	107	6.7	109	89	3	1008	28	29	14	27	1.95
176721--177438	161	4.4	163	90	2	1006	28	29	14	27	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
179918--179985	5	12.4	5	80	16	73	0	25	0	75	0.81
179917--179973	12	5.1	11	78	19	64	0	22	0	77	0.77
179920--179985	17	3.9	17	90	4	98	0	25	0	74	0.82
179918--179985	22	3.1	21	82	16	84	0	25	0	75	0.81
182541--182700	21	7.7	21	84	8	184	16	21	20	40	1.91
186081--186171	31	3.0	31	96	3	168	42	17	6	32	1.75
193407--193468	26	2.4	26	81	5	72	20	0	3	75	0.94
193854--194227	185	2.0	188	97	2	718	21	16	21	39	1.92
195440--195469	3	10.0	3	92	0	51	30	3	33	33	1.74
195612--195650	19	2.1	19	85	0	51	33	0	7	58	1.26
195690--195722	17	1.9	17	93	0	57	15	3	6	75	1.11
196325--196394	35	2.0	35	86	5	97	32	14	25	27	1.94
197122--197208	42	2.1	42	82	0	102	28	16	19	35	1.93
197229--197280	23	2.2	23	83	10	61	19	11	25	44	1.84
201403--201459	24	2.4	24	85	5	71	71	8	15	3	1.24
204509--204557	3	16.7	3	95	4	91	67	0	0	32	0.91
206250--206274	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
207374--207417	21	2.1	21	91	0	70	38	6	0	54	1.27
213633--213670	20	1.9	19	89	5	58	47	13	2	36	1.56
214262--214315	19	2.9	19	84	12	69	20	33	29	16	1.95
215537--215583	19	2.4	20	82	3	60	53	6	12	27	1.63
216165--216199	18	2.0	18	94	5	63	34	22	11	31	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
216998--217095	20	4.9	20	81	6	103	21	30	28	19	1.97
217073--217121	26	1.9	25	83	4	62	14	51	22	12	1.75
220039--220086	19	2.6	18	78	12	53	56	0	4	39	1.19
222369--222404	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
226200--226355	64	2.5	64	78	9	167	27	17	19	35	1.94
229203--229300	49	2.0	49	97	0	187	47	0	11	40	1.39
229275--229303	3	9.7	3	100	0	58	68	0	0	31	0.89
229501--229553	18	2.9	18	97	0	97	30	11	15	43	1.81
231871--231921	22	2.3	22	83	6	59	47	19	9	23	1.79
244765--244789	12	2.1	12	100	0	50	20	16	24	40	1.91
249260--249288	10	2.9	10	100	0	58	41	10	41	6	1.66
258391--258417	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
261970--262010	21	1.9	22	90	5	66	36	0	2	60	1.10
261971--262017	22	2.2	22	88	3	69	34	0	2	63	1.06
265938--265984	23	2.0	23	84	8	60	40	2	6	51	1.39
266273--266309	2	19.0	2	94	5	67	51	0	0	48	1.00
266294--266368	28	2.7	29	80	16	86	60	0	2	37	1.11
266353--266382	14	2.1	15	93	6	53	70	3	0	26	1.03
267908--267960	27	1.9	27	84	3	70	35	7	0	56	1.28
274810--274883	31	2.4	33	82	10	86	51	5	6	36	1.51
274827--274883	30	1.9	30	85	7	80	50	3	7	38	1.46
275008--275082	26	2.6	31	69	20	79	52	0	8	40	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
275017--275078	26	2.3	26	88	2	97	51	0	6	41	1.27
275288--275325	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
276447--276473	14	1.9	14	100	0	54	59	3	0	37	1.15
279139--279229	32	2.9	31	77	8	94	32	21	18	26	1.97
279139--279259	31	3.9	31	81	4	127	30	20	20	28	1.98
284116--284236	31	3.9	31	88	6	156	33	19	19	28	1.96
284116--284236	63	1.9	63	86	6	174	33	19	19	28	1.96
288303--288329	4	6.8	4	100	0	54	77	0	0	22	0.76
290349--291616	638	2.0	633	89	2	1943	31	14	15	38	1.88
294809--294849	10	4.0	10	83	3	55	12	0	9	78	0.98
295257--295314	23	2.4	23	82	8	62	41	3	6	48	1.47
298943--299006	14	4.6	14	94	1	103	9	17	14	59	1.60
301333--301840	38	13.7	38	69	10	266	31	17	14	36	1.90
301332--301506	74	2.4	74	89	1	262	30	17	14	38	1.89
301459--301523	22	3.2	22	60	28	52	33	18	15	32	1.92
301488--301852	74	4.9	74	90	1	570	32	17	14	35	1.90
301856--302061	59	3.5	59	89	0	295	29	28	13	29	1.94
303069--303093	11	2.3	11	100	0	50	84	0	16	0	0.63
303915--304067	30	5.1	30	79	5	103	19	14	7	58	1.59
303919--304067	60	2.5	60	82	2	156	18	14	7	59	1.57
304009--304060	15	3.5	15	71	10	52	13	7	9	69	1.37
303955--304072	60	2.0	60	89	0	182	18	12	7	61	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
303955--304077	30	4.1	30	79	5	133	17	12	7	62	1.51
304366--304406	10	4.0	10	83	3	55	12	0	9	78	0.98
306288--307559	639	2.0	636	89	2	1951	31	14	15	38	1.88
312704--312763	19	3.0	20	73	9	61	6	16	1	75	1.10
324580--324722	79	1.8	76	81	10	173	41	9	4	44	1.57
329783--329834	27	1.9	27	84	0	68	23	36	13	26	1.92
329781--329840	27	2.2	27	75	0	66	20	35	18	26	1.95
340297--340363	18	3.8	18	69	11	57	41	0	1	56	1.08
347390--347414	4	6.2	4	100	0	50	76	0	0	24	0.80
347410--347463	3	18.0	3	84	7	74	61	0	0	38	0.96

Tables:   1   2   3   4