genome.fa.s7741.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007741.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110004_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1550271

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
764090--764201	12	9.3	12	88	0	143	19	33	8	38	1.83
764090--764188	6	16.5	6	80	0	99	20	33	9	37	1.84
764867--764998	66	2.0	66	100	0	264	25	25	12	36	1.91
765702--766666	196	4.9	199	95	3	1717	31	17	15	36	1.91
765702--766666	393	2.5	393	95	3	1725	31	17	15	36	1.91
766764--766824	19	3.3	18	88	2	59	52	11	1	34	1.47
766776--766824	19	2.6	19	96	0	89	55	10	2	32	1.45
768583--768648	33	2.0	33	87	0	96	22	46	0	30	1.52
768692--768744	21	2.5	21	90	0	88	15	30	9	45	1.77
773867--773912	2	23.5	2	95	4	85	47	0	0	52	1.00
773937--774031	39	2.5	38	84	3	136	38	14	2	44	1.57
775171--775225	27	2.0	27	100	0	110	10	32	3	52	1.54
778553--778643	39	2.4	39	84	1	130	46	2	14	37	1.57
779970--780009	21	1.9	21	94	0	71	12	25	37	25	1.91
780310--780371	30	2.1	30	93	0	106	25	29	4	40	1.76
782605--782666	23	2.7	22	85	5	79	20	25	32	20	1.98
782605--782649	23	2.0	23	95	0	81	22	26	31	20	1.98
791944--791986	20	2.3	19	84	15	54	32	11	25	30	1.91
792448--792517	15	4.7	15	71	7	61	28	7	21	42	1.79
792620--792671	23	2.3	23	82	0	68	26	21	17	34	1.95
792629--792677	23	2.1	23	88	0	71	22	22	24	30	1.99
797205--797244	19	2.1	19	100	0	80	27	10	47	15	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
798647--798716	15	4.7	15	74	0	68	31	4	22	41	1.73
798650--798714	30	2.2	30	82	0	76	30	4	24	40	1.75
798828--798897	23	3.0	23	78	0	77	22	22	24	30	1.99
798819--798918	46	2.1	47	82	8	116	23	24	21	32	1.98
804763--804788	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
805447--805538	28	3.2	29	79	13	84	53	21	4	20	1.63
805469--805542	26	2.7	27	83	12	80	50	25	2	21	1.62
806106--806194	28	3.0	31	76	17	80	60	1	2	35	1.16
809059--809111	20	2.6	21	84	3	72	32	9	22	35	1.86
811124--811177	20	2.8	19	83	13	74	35	9	18	37	1.83
813180--813464	70	4.1	70	77	6	211	27	26	17	28	1.98
813627--813939	51	6.2	51	79	3	281	42	21	9	27	1.83
813924--813973	26	1.9	26	91	0	82	42	22	12	24	1.87
813663--813981	153	2.1	153	80	4	340	42	20	9	26	1.83
814706--814758	15	3.8	14	80	11	56	62	5	0	32	1.19
814728--814802	20	3.7	20	78	10	64	56	5	2	36	1.36
814843--814882	17	2.3	18	86	4	55	57	5	2	35	1.34
814950--815080	65	2.0	65	98	0	253	37	25	11	25	1.89
816051--816090	19	2.1	19	85	4	53	45	20	0	35	1.51
816779--816827	17	2.8	17	87	3	62	36	12	10	40	1.77
816785--816837	17	3.1	16	81	10	61	39	13	7	39	1.73
818333--818378	8	5.6	8	80	14	58	84	0	8	6	0.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
818332--818384	25	2.1	25	100	0	106	81	0	7	11	0.88
820489--820539	17	3.0	17	82	5	59	39	13	7	39	1.74
842172--842235	21	3.0	21	83	4	83	23	37	25	14	1.92
842174--842254	21	3.8	21	75	18	69	23	38	24	13	1.91
845774--845820	24	2.0	24	100	0	94	34	12	10	42	1.78
847691--847729	17	2.4	16	83	8	53	46	0	0	53	1.00
847928--847998	31	2.5	28	77	22	76	45	2	0	52	1.15
848319--848362	20	2.2	20	84	15	56	50	4	0	45	1.22
849061--849122	29	2.1	30	82	8	74	45	4	0	50	1.23
852459--852515	20	2.8	20	76	10	53	26	8	7	57	1.54
852758--852857	3	34.0	3	77	4	105	65	0	7	28	1.19
853761--853815	16	3.4	16	92	0	92	18	25	14	41	1.88
854085--854131	14	3.7	14	71	26	50	44	0	4	51	1.21
854084--854133	23	2.1	24	96	3	93	48	0	4	48	1.20
854298--854367	21	3.3	21	79	0	77	21	0	32	45	1.52
854298--854367	7	10.0	7	77	0	59	21	0	32	45	1.52
854316--854354	14	2.8	14	100	0	78	20	0	28	51	1.48
854300--854367	14	4.9	14	87	0	73	20	0	32	47	1.51
856087--856472	46	8.4	46	90	0	583	24	22	13	40	1.89
862262--862604	46	7.5	46	87	0	479	23	21	13	41	1.88
862500--862571	23	3.1	22	66	15	56	20	20	9	48	1.78
866688--867021	165	2.0	167	98	1	654	31	17	20	30	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
877451--877578	48	2.8	46	81	5	159	25	17	10	46	1.80
877540--877685	27	6.0	27	71	20	133	25	20	8	45	1.80
877492--877652	74	2.2	75	90	2	254	25	21	9	44	1.82
877595--877672	20	3.5	20	75	21	84	21	26	8	42	1.83
877566--877685	47	2.6	47	95	0	213	24	21	9	45	1.81
877455--877685	121	1.9	121	90	2	367	25	19	9	45	1.81
883129--883182	18	3.0	18	83	5	74	37	11	11	40	1.76
886328--886475	20	6.7	20	71	19	107	23	24	9	42	1.83
886280--886426	68	2.2	68	90	1	224	23	23	8	44	1.81
886348--886489	47	3.0	47	94	0	248	25	21	9	42	1.83
891035--891083	21	2.3	21	85	0	62	32	30	16	20	1.94
891217--891309	21	4.4	21	94	0	159	29	22	9	38	1.86
891330--891421	43	2.1	43	100	0	184	52	5	6	35	1.51
891701--891752	20	2.5	20	81	6	59	26	26	19	26	1.99
891736--891879	54	2.6	54	82	5	157	28	21	18	31	1.97
891850--891903	20	2.7	21	82	5	67	29	29	12	27	1.94
897589--897622	14	2.4	14	90	0	50	0	11	2	85	0.71
898422--898537	51	2.3	51	85	8	148	48	8	5	37	1.56
903521--903596	35	2.2	35	92	0	125	46	10	17	26	1.80
904371--904409	20	2.0	20	89	0	60	25	17	17	38	1.92
907588--907694	51	2.1	51	92	0	178	46	2	20	29	1.65
908320--908360	14	2.9	14	85	0	64	26	26	21	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
909859--909926	23	3.0	23	75	0	73	20	26	23	29	1.99
910296--910327	7	4.6	7	96	0	55	53	0	15	31	1.43
916420--916786	131	2.8	131	84	5	483	39	15	11	32	1.84
919098--919806	132	5.3	132	83	4	839	30	15	22	31	1.95
919098--919806	269	2.7	266	82	5	899	30	15	22	31	1.95
919597--919794	45	4.5	44	70	12	109	26	16	23	33	1.95
923307--923344	18	2.1	18	90	0	58	15	7	0	76	1.01
923305--923354	24	2.1	24	85	7	66	14	14	0	72	1.14
923372--925581	257	8.7	259	83	4	2614	33	17	16	32	1.92
924201--924252	19	2.6	21	67	14	56	25	28	19	26	1.98
924605--925685	239	4.4	239	80	8	978	34	17	15	32	1.91
945747--945787	20	2.0	20	90	0	64	39	19	17	24	1.92
947337--947365	13	2.2	13	100	0	58	34	20	10	34	1.87
948826--948859	17	2.0	17	100	0	68	23	11	0	64	1.26
948959--949000	21	2.0	21	95	0	75	50	16	4	28	1.66
951092--951148	14	4.2	12	75	20	51	49	1	1	47	1.22
951077--951143	29	2.3	28	85	10	91	52	0	1	46	1.09
951077--951132	27	2.0	29	89	6	89	51	0	1	46	1.11
951077--951143	15	4.6	15	82	12	86	52	0	1	46	1.09
952420--952454	17	2.1	17	100	0	70	48	5	11	34	1.63
952622--952705	28	3.0	28	98	0	159	34	11	21	32	1.90
956419--956455	2	18.5	2	100	0	74	51	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
964252--964608	131	2.7	131	87	1	493	39	16	11	32	1.84
966708--966739	3	10.7	3	100	0	64	68	0	0	31	0.90
967404--967450	21	2.2	22	88	3	69	31	17	10	40	1.83
975925--975990	29	2.3	29	84	7	82	19	19	4	56	1.59
979096--979161	31	2.2	31	94	2	116	37	13	10	37	1.80
982653--982678	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
984940--984994	26	2.2	26	84	9	71	47	3	16	32	1.64
985205--985288	41	2.0	43	81	9	102	47	3	8	40	1.51
985260--985462	38	5.5	36	82	7	212	47	1	7	43	1.40
985339--985507	35	4.7	34	75	17	132	47	1	5	45	1.34

Tables:   1   2   3   4   5   6   7