genome.fa.s7770.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007770.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110050_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1450453

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1798--1845	19	2.5	20	89	3	71	50	6	12	31	1.65
5040--5095	22	2.6	21	77	2	58	53	0	7	39	1.28
7607--8532	466	2.0	461	91	2	1516	28	15	18	37	1.92
8142--10660	849	3.0	841	90	4	3840	28	15	18	37	1.92
14677--14735	26	2.3	26	100	0	118	23	30	20	25	1.98
15749--15794	12	3.6	12	81	16	56	45	17	19	17	1.85
15755--15795	12	3.1	13	80	19	57	46	14	17	21	1.84
18085--18124	21	1.9	21	94	0	71	30	15	7	47	1.72
18119--18215	31	3.0	32	89	7	144	32	7	15	44	1.74
18201--18255	13	4.2	13	75	13	58	34	3	12	49	1.59
18649--18704	15	3.6	15	79	9	67	32	12	12	42	1.80
18668--18701	18	1.9	18	94	5	61	38	11	11	38	1.79
18795--18826	16	2.0	17	88	11	50	43	21	21	12	1.86
18800--18852	21	2.5	21	100	0	106	33	24	26	15	1.95
28558--28615	27	2.1	27	93	0	98	15	36	5	43	1.69
29931--30199	125	2.2	125	94	0	475	27	19	13	39	1.89
30699--30746	3	16.0	3	85	8	62	39	0	0	60	0.97
41298--41461	54	3.0	55	77	8	167	41	12	18	27	1.87
41828--41878	22	2.4	22	90	3	77	37	11	11	39	1.79
42239--42569	113	2.9	113	89	1	506	37	15	20	26	1.93
42630--42693	19	3.3	19	65	26	53	46	7	26	18	1.76
42629--42696	22	3.3	22	66	26	67	48	7	26	17	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
42617--42716	39	2.6	39	98	0	191	46	9	24	21	1.79
42658--42720	20	3.2	20	62	20	51	41	9	23	25	1.85
42651--43000	138	2.5	140	84	6	446	39	14	19	26	1.90
43216--43255	3	13.0	3	94	5	71	35	0	0	65	0.93
44327--44352	5	5.2	5	100	0	52	23	0	0	76	0.78
49334--49392	24	2.4	25	78	13	70	61	1	0	37	1.07
50423--50496	32	2.5	28	74	16	76	43	4	6	45	1.49
51027--51083	27	2.0	29	86	6	82	21	33	36	8	1.84
52570--52616	20	2.4	20	92	3	78	21	0	12	65	1.25
52584--52623	20	2.0	20	90	0	62	27	2	10	60	1.42
54254--54295	21	2.0	21	95	0	75	59	14	7	19	1.57
55265--55327	28	2.2	28	83	5	74	33	4	7	53	1.51
56314--56455	58	2.4	58	81	6	153	45	3	17	33	1.66
56672--56733	30	2.1	30	93	0	106	38	20	8	32	1.82
60436--60465	15	2.0	15	93	0	51	46	13	10	30	1.75
61581--61639	29	2.0	29	100	0	118	49	13	13	23	1.78
66241--66299	29	2.0	29	96	0	109	49	15	11	23	1.77
73198--73233	17	2.1	17	89	0	54	27	22	8	41	1.82
75200--75338	67	2.1	67	89	2	208	48	7	14	29	1.70
78554--78771	108	2.0	108	81	3	251	44	7	7	40	1.61
78828--78866	17	2.3	16	86	8	51	51	2	0	46	1.14
80301--80355	3	18.0	3	78	10	58	65	1	0	32	1.03
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80318--80365	25	2.0	24	84	12	62	72	2	0	25	0.95
80317--80361	21	2.1	22	91	4	74	73	2	0	24	0.95
80660--81456	113	7.1	112	90	3	1215	27	20	15	36	1.93
81863--81917	22	2.5	22	87	0	83	36	14	14	34	1.87
82283--82436	54	2.9	54	94	0	254	22	24	16	37	1.94
84337--84898	114	4.9	114	90	1	849	31	18	15	34	1.92
86972--87013	9	5.1	8	83	8	50	2	14	0	83	0.75
86997--87050	26	2.0	26	96	3	99	3	14	11	70	1.29
90648--90702	14	3.9	14	80	0	56	58	7	10	23	1.57
92361--92401	18	2.3	18	86	0	55	75	0	2	21	0.92
92899--93130	108	2.1	108	82	5	272	44	7	8	39	1.63
93171--93268	25	4.1	23	66	22	58	56	1	2	40	1.18
94703--94758	3	18.3	3	78	10	60	66	1	0	32	1.03
94703--94764	21	2.9	22	85	4	74	67	1	0	30	1.00
94721--94768	25	2.0	24	84	12	62	72	2	0	25	0.95
98314--98563	43	5.8	44	78	6	210	37	19	17	26	1.93
103216--103491	41	6.8	41	73	7	204	36	15	17	30	1.91
103215--103509	162	1.8	164	81	4	373	35	16	17	30	1.92
108350--108410	18	3.2	20	78	19	69	65	1	0	32	1.02
109251--109288	13	2.9	13	92	0	67	2	28	23	44	1.67
109741--109820	3	26.7	3	75	9	74	60	0	0	40	0.97
109743--109819	21	3.8	20	80	16	88	58	0	0	41	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
109741--109820	24	3.2	25	82	8	101	60	0	0	40	0.97
109952--110310	76	4.7	76	88	3	490	33	21	21	23	1.97
110253--110354	45	2.3	44	91	1	159	33	22	22	21	1.97
110164--110430	121	2.2	121	89	4	394	34	21	22	22	1.97
110289--110659	76	4.9	77	93	2	594	35	21	21	22	1.96
110602--110703	45	2.3	44	91	1	159	32	22	22	22	1.98
110072--110830	273	2.8	270	84	6	890	35	21	21	22	1.96
109948--110830	349	2.5	349	92	3	1497	34	21	21	22	1.97
110647--110830	76	2.4	76	87	6	275	35	21	19	23	1.95
110514--110779	120	2.2	121	88	4	383	33	21	21	23	1.97
110438--110827	196	2.0	199	88	5	585	34	22	20	23	1.97
111509--111563	22	2.5	22	87	0	83	38	12	12	36	1.82
114172--114602	114	3.8	114	95	0	738	33	21	14	30	1.93
114505--114784	93	3.0	92	92	1	436	37	20	13	28	1.90
116882--116913	16	2.1	15	94	5	55	0	21	0	78	0.76
122273--122361	11	8.2	11	68	21	55	61	2	0	35	1.08
123167--123204	13	2.9	13	92	0	67	2	28	23	44	1.67
123657--123737	3	26.7	3	77	7	74	59	0	0	40	0.98
124553--124614	28	2.2	28	94	5	108	33	12	16	37	1.87
124565--124647	28	3.0	28	81	10	73	34	16	12	36	1.86
129026--129060	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
135217--135268	24	2.2	24	92	0	86	19	3	17	59	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
136379--136450	36	2.0	36	86	5	101	22	19	23	34	1.96
136848--136943	21	4.6	21	82	0	93	1	40	19	38	1.59
138861--138915	23	2.4	23	87	0	74	65	0	1	32	1.03
141083--141425	41	8.4	41	82	3	298	31	19	21	27	1.97
141620--141659	21	1.9	21	89	0	62	45	10	12	32	1.75
144305--144372	27	2.5	27	97	2	127	22	5	30	41	1.77
147732--147760	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
150545--150606	14	4.7	14	74	9	51	46	0	1	51	1.10
158984--159015	13	2.5	13	94	0	55	34	18	15	31	1.93
159626--159687	23	2.8	22	80	2	79	38	20	14	25	1.91
159688--159730	22	2.0	22	85	0	59	27	20	20	30	1.98
160185--160251	33	2.0	33	85	0	89	31	13	28	26	1.94
162929--162964	18	2.0	18	88	0	54	19	13	16	50	1.79
163183--163273	22	4.1	22	81	2	110	31	23	18	26	1.97
163183--163273	45	2.0	44	89	2	137	31	23	18	26	1.97
163297--163361	33	1.9	34	90	6	105	26	24	21	27	1.99
163729--163800	33	2.2	33	84	2	90	34	12	29	23	1.92
171952--173885	968	2.0	968	100	0	3868	33	16	24	24	1.96
176605--176702	21	4.7	21	89	2	128	44	18	21	15	1.86
176944--176978	6	5.8	6	87	12	54	17	17	17	48	1.81
179319--179365	24	2.0	24	86	0	67	76	0	17	6	0.98
179359--179388	16	1.9	16	93	6	53	66	0	20	13	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
180651--180956	124	2.4	123	90	3	468	34	16	25	22	1.96
181678--181943	36	7.4	36	85	6	281	36	23	19	20	1.95
181676--181943	72	3.7	72	83	6	310	36	23	19	20	1.95
181678--181943	108	2.5	108	83	3	354	36	23	19	20	1.95
182325--182731	51	7.8	51	86	5	494	32	19	24	23	1.97
182708--183043	53	6.2	53	83	5	349	30	14	27	27	1.95
182731--182996	108	2.5	108	87	1	374	29	14	28	27	1.95
182697--183042	108	3.2	106	80	7	346	30	15	26	27	1.96
187528--187571	22	2.0	22	100	0	88	31	9	18	40	1.81
199797--199831	16	2.3	15	90	9	54	51	0	0	48	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8