genome.fa.s7770.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007770.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110050_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1450453

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
644726--644855	25	5.3	25	71	18	103	3	18	2	75	1.06
644737--644833	48	2.0	50	89	4	153	3	20	0	76	0.92
644736--644828	41	2.3	39	83	10	107	3	19	0	77	0.90
644737--644855	49	2.5	48	86	6	143	3	19	2	74	1.07
644818--644869	26	2.0	26	92	3	88	3	15	11	69	1.32
644762--644858	7	12.4	7	71	22	61	3	17	3	76	1.05
650736--650777	20	2.2	19	86	4	57	64	2	0	33	1.07
652380--652426	13	3.7	13	77	5	51	59	0	0	40	0.97
652388--652432	19	2.4	19	81	7	56	55	0	0	44	0.99
652893--652955	31	2.0	31	100	0	126	28	28	26	15	1.96
667218--667261	21	2.1	21	100	0	88	27	27	13	31	1.94
670910--670987	36	2.2	36	90	2	122	35	20	25	17	1.95
670910--671001	35	2.6	36	86	5	107	34	20	23	20	1.96
673685--673735	27	1.9	27	84	11	70	52	5	1	39	1.37
673760--673884	33	3.7	33	78	17	130	44	5	4	45	1.48
673870--673899	15	1.9	16	93	6	53	53	6	0	40	1.27
673917--674000	34	2.3	36	76	15	84	42	7	5	44	1.56
673963--674054	25	3.8	25	70	21	77	46	5	4	43	1.46
673769--674141	120	3.1	119	90	8	596	44	6	5	43	1.52
674011--674202	35	5.4	35	77	8	151	44	7	4	43	1.52
674027--674226	106	1.9	104	79	8	224	45	7	4	42	1.52
674812--675567	84	9.2	81	78	6	781	23	21	25	29	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
674809--675609	333	2.4	328	86	4	1108	23	21	25	29	1.99
674749--675567	165	5.0	165	85	3	1092	23	21	24	30	1.99
682096--682146	27	1.9	27	84	11	70	52	5	1	39	1.37
682341--682407	36	1.9	34	87	6	98	43	7	5	43	1.57
682399--682428	15	1.9	16	93	6	53	53	6	0	40	1.27
682415--682617	37	5.4	37	78	10	191	44	6	4	44	1.51
682179--682542	128	3.0	126	90	8	564	44	6	5	43	1.53
682482--682639	74	2.2	71	82	7	183	46	7	3	43	1.48
682514--682640	37	3.5	34	77	11	101	47	7	3	41	1.48
684572--684639	29	2.3	29	87	0	100	36	7	25	30	1.83
689263--689308	24	1.9	25	86	8	69	30	4	4	60	1.35
689263--689314	24	2.2	24	83	10	63	30	3	3	61	1.32
692186--692292	47	2.3	47	81	10	116	24	19	28	27	1.99
698152--698203	8	6.1	9	73	13	56	63	1	1	32	1.16
698149--698201	16	3.2	17	84	10	65	66	1	1	30	1.13
698155--698204	17	3.0	17	91	2	75	60	4	2	34	1.27
711704--711743	21	1.9	21	90	10	64	30	5	7	57	1.48
717164--717246	40	2.0	42	90	6	134	37	6	7	49	1.55
729656--729722	8	8.2	8	71	21	50	23	0	2	73	0.97
729651--729722	14	5.1	14	73	20	69	23	0	2	73	0.96
729650--729743	26	3.5	26	73	9	82	26	0	2	71	0.97
729652--729743	3	29.7	3	75	14	55	26	0	2	71	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
729651--729745	44	2.2	42	80	12	104	25	0	2	72	0.95
729753--729802	20	2.4	21	90	10	84	44	22	12	22	1.85
729762--729804	20	2.2	20	100	0	86	41	23	16	18	1.89
732105--732207	25	4.2	25	77	17	101	37	18	0	43	1.50
732530--732630	30	3.4	30	81	1	132	29	17	28	23	1.97
733105--733749	234	2.8	229	83	4	763	35	23	15	25	1.94
743924--743959	3	12.0	3	88	11	56	30	0	2	66	1.06
744476--744555	37	2.2	37	81	0	88	35	38	7	18	1.79
745599--745663	31	2.1	32	94	2	114	26	4	16	52	1.63
745664--745711	2	24.0	2	100	0	96	50	0	0	50	1.00
745599--745678	31	2.5	30	86	9	81	30	3	13	52	1.58
750507--750542	2	18.0	2	100	0	72	50	0	50	0	1.00
755671--755755	38	2.2	38	85	4	109	21	29	8	41	1.82
755923--755972	26	2.0	25	88	4	73	52	4	14	30	1.59
760836--760919	22	4.0	22	74	10	68	25	20	26	28	1.99
767578--767619	22	1.9	22	90	0	66	28	21	23	26	1.99
782989--783027	15	2.6	16	84	12	55	61	5	5	28	1.39
784182--784221	19	2.0	20	85	4	55	42	15	17	25	1.88
789282--789315	17	1.9	18	88	5	52	44	11	5	38	1.65
789323--789384	27	2.4	26	89	7	92	37	16	17	29	1.92
796805--796914	56	2.0	56	98	0	211	24	13	33	28	1.93
797596--797662	11	6.7	10	72	14	50	44	2	1	50	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
797604--797650	20	2.3	21	85	3	60	42	0	2	55	1.12
797577--797635	28	2.1	27	81	9	66	47	1	3	47	1.29
798614--798724	28	3.9	28	78	11	127	39	9	0	50	1.36
798597--798745	58	2.6	58	79	6	167	39	9	0	51	1.35
798597--798741	57	2.5	57	79	11	168	39	9	0	51	1.35
798754--798838	31	2.9	29	84	6	116	63	4	1	30	1.22
803080--803121	16	2.6	16	84	0	57	11	19	26	42	1.85
803670--803721	21	2.5	21	81	3	61	38	19	25	17	1.93
803710--803823	20	5.7	20	81	6	104	31	25	17	25	1.97
803707--803823	61	1.9	61	83	0	153	33	24	17	24	1.96
804342--804408	19	3.5	19	83	2	89	50	23	16	8	1.73
804404--804602	19	11.1	19	77	13	140	11	22	22	44	1.84
804404--804493	39	2.3	38	90	1	135	11	20	22	46	1.81
804517--804553	14	2.6	14	100	0	74	8	27	24	40	1.83
804466--804539	33	2.2	33	82	0	94	10	20	27	41	1.85
804485--804577	47	2.0	48	91	2	152	10	23	25	39	1.87
806650--806716	21	3.2	21	66	6	55	23	35	20	19	1.95
806607--806716	42	2.6	42	80	7	107	23	34	20	21	1.97
808074--808109	14	2.6	14	95	0	63	30	0	25	44	1.54
808288--808438	19	8.7	19	63	21	71	15	21	19	42	1.89
808293--808418	33	3.8	32	85	8	173	15	21	19	43	1.88
808285--808417	66	2.0	66	94	0	230	17	21	18	42	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
810712--810736	12	2.1	12	100	0	50	0	28	0	72	0.86
810911--810964	24	2.2	24	90	0	81	38	20	16	24	1.92
812021--812058	20	1.9	20	94	0	67	39	23	21	15	1.92
812077--812144	19	3.8	19	85	12	92	14	20	17	47	1.83
812058--812172	52	2.2	52	80	0	122	20	20	20	38	1.94
812261--812297	14	2.6	14	86	0	56	48	21	0	29	1.50
814164--814231	20	3.5	19	82	6	82	38	23	23	14	1.92
814220--814277	14	3.9	14	79	16	71	48	24	17	10	1.78
814204--814389	32	5.4	33	83	15	234	44	23	20	11	1.84
814161--814389	107	2.2	104	94	3	395	43	23	20	12	1.85
814327--814384	14	3.9	14	79	16	71	48	25	17	8	1.75
814396--814477	18	4.6	19	76	14	95	13	21	19	45	1.85
814462--814505	20	2.3	19	84	11	54	20	25	18	36	1.95
814998--815042	18	2.5	18	88	0	72	13	15	44	26	1.83
816362--816399	20	1.9	20	88	0	58	50	21	15	13	1.78
816663--816706	22	2.0	22	95	0	79	18	15	45	20	1.85
816894--817007	20	5.7	20	80	6	113	25	17	26	30	1.97
816874--817009	41	3.3	41	77	6	150	25	16	25	33	1.96
816997--817089	20	4.5	21	78	4	100	17	24	18	39	1.91
816936--817070	41	3.3	41	82	4	139	19	21	21	37	1.94
816997--817089	41	2.3	41	100	0	186	17	24	18	39	1.91
829581--829702	63	2.0	62	81	4	147	44	8	5	41	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
831129--831158	15	2.0	15	93	0	51	40	10	13	36	1.78
830736--831520	407	1.9	407	97	0	1498	33	17	12	36	1.87
832087--832134	15	3.5	15	67	21	50	33	20	4	41	1.72
832082--832133	26	2.0	26	100	0	104	38	19	3	38	1.70
833723--834047	167	2.0	167	91	1	528	45	10	4	40	1.59
834184--834283	6	16.7	6	90	0	119	19	9	31	41	1.82
834184--834274	18	5.1	18	90	0	137	17	8	31	41	1.80
834822--834895	3	24.7	3	100	0	148	33	0	66	0	0.92
836296--836357	27	2.3	27	86	5	90	48	25	14	11	1.77
836449--836566	43	2.8	43	80	8	127	22	23	16	37	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8