genome.fa.s7775.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007775.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110056_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  599510

Tables:   1   2   3   4   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2405--2547	58	2.4	60	90	4	236	38	10	12	38	1.78
11482--11532	20	2.5	20	100	0	102	33	27	23	15	1.95
12240--12320	22	3.7	22	94	0	135	24	20	25	28	1.99
17567--17630	32	2.0	32	90	0	101	42	21	20	15	1.89
27866--27892	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
29515--29740	30	7.6	30	76	4	190	18	15	10	56	1.66
29499--29740	59	4.2	59	74	11	189	18	15	10	56	1.67
29500--29735	89	2.7	88	81	7	250	18	14	9	56	1.65
32072--32521	36	12.6	35	74	17	313	46	4	6	42	1.50
32072--32477	73	5.7	73	81	9	394	46	4	6	42	1.50
32108--32523	73	5.8	68	78	14	267	45	4	6	43	1.50
32548--32610	11	5.9	11	78	21	64	38	1	0	60	1.07
32543--32628	25	3.5	24	72	23	72	38	1	1	59	1.13
35095--35412	165	1.9	163	96	2	593	34	10	16	38	1.82
40871--41363	201	2.5	200	79	3	533	31	19	21	27	1.97
41802--42223	38	11.2	37	78	12	371	45	5	7	41	1.54
42159--42189	16	1.9	16	93	0	53	41	6	3	48	1.45
42273--42326	7	7.4	7	78	14	56	35	0	0	64	0.94
42272--42328	20	2.6	22	84	15	75	36	0	0	63	0.95
43642--43668	7	3.9	7	100	0	54	14	0	0	85	0.61
48368--48436	30	2.2	30	85	15	95	34	5	17	42	1.73
48377--48436	30	2.0	30	93	6	104	33	6	16	43	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
48516--48614	21	4.8	20	84	10	128	22	36	20	21	1.95
48547--48614	13	4.9	14	73	18	54	22	35	20	22	1.96
49987--50034	19	2.5	20	82	3	62	52	6	12	29	1.63
51295--51363	30	2.2	30	85	15	95	36	5	15	42	1.72
51304--51363	29	2.0	30	93	6	104	35	6	15	43	1.72
51443--51500	21	2.8	21	86	0	89	25	37	13	22	1.91
51485--51527	22	1.9	23	85	4	61	25	32	18	23	1.97
51962--52031	34	2.1	32	86	5	95	31	15	30	22	1.95
52818--52845	14	2.0	14	100	0	56	57	7	28	7	1.52
53076--53196	42	2.9	42	92	2	199	38	17	8	36	1.80
56214--56247	2	17.0	2	93	0	59	50	2	0	47	1.16
57864--57910	24	1.9	24	86	4	67	29	8	21	40	1.83
58559--58605	24	2.0	24	87	4	69	38	17	12	31	1.87
60647--60708	29	2.1	29	96	0	115	58	17	11	12	1.63
61091--61137	18	2.6	18	93	0	85	14	27	25	31	1.95
73323--73452	60	2.2	60	80	5	147	34	16	18	30	1.93
73336--73467	60	2.2	60	81	5	142	32	16	17	33	1.93
88426--88493	18	3.8	18	84	1	84	38	5	27	27	1.80
88918--88946	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
89155--89259	37	2.8	37	86	0	147	40	15	14	30	1.87
89744--89795	17	2.9	17	74	8	50	28	1	0	69	0.99
89963--90018	22	2.5	22	80	13	69	30	3	0	66	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89987--90054	14	4.8	13	72	21	57	27	1	0	70	0.96
89983--90053	22	3.3	19	81	15	61	26	1	0	71	0.94
89986--90038	13	4.4	13	71	23	53	28	0	0	71	0.86
90136--90182	22	2.0	24	84	8	62	21	12	0	65	1.25
91167--91194	4	7.0	4	100	0	56	25	0	0	75	0.81
94168--94607	106	4.2	106	90	0	666	35	25	17	21	1.95
94168--95423	212	6.0	212	87	4	1757	34	25	17	22	1.96
94520--94694	87	2.0	87	94	0	305	34	25	17	22	1.96
94607--95423	106	7.7	106	91	1	1219	33	25	18	22	1.96
96655--96697	12	3.1	14	80	19	54	30	0	0	69	0.88
96902--96926	11	2.3	11	100	0	50	20	8	0	72	1.10
96947--97001	22	2.3	24	78	12	60	32	3	0	63	1.12
96944--97022	25	3.3	25	76	15	69	30	3	0	65	1.10
97120--97175	19	2.9	19	75	19	62	23	8	1	66	1.30
97853--97907	21	2.6	21	94	2	92	56	3	0	40	1.17
103415--103499	28	3.2	28	91	6	133	62	3	10	23	1.43
104169--104199	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
105126--105158	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
105384--105415	2	16.5	2	93	6	57	50	0	0	50	1.00
106835--106869	18	1.9	18	88	0	52	60	20	2	17	1.49
109026--109084	24	2.5	24	100	0	118	49	16	6	27	1.71
113815--113875	24	2.5	24	97	0	113	49	14	8	27	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
116352--116392	17	2.4	17	91	0	64	29	31	26	12	1.92
117925--117966	14	2.9	15	79	13	52	30	0	2	66	1.04
124311--124355	20	2.2	20	88	0	63	35	17	15	31	1.92
126773--126905	44	3.0	45	92	1	214	20	22	27	30	1.98
127349--127481	69	1.9	69	87	3	196	48	5	9	36	1.57
127594--127620	14	1.9	14	100	0	54	18	7	14	59	1.58
127612--127766	66	2.3	68	82	9	187	32	5	9	52	1.56
127748--127794	20	2.3	20	96	0	85	44	4	6	44	1.49
127797--127826	15	2.0	15	93	0	51	10	33	6	50	1.62
128772--128823	25	2.1	24	85	3	68	38	3	25	32	1.74
133426--133835	131	3.1	133	85	5	582	33	14	12	40	1.83
135774--135805	17	1.9	16	93	6	55	53	6	3	37	1.42
138331--138373	18	2.4	18	88	7	61	32	11	30	25	1.91
138896--139911	199	5.1	197	83	10	1186	33	13	13	39	1.83
139316--139911	186	3.1	189	86	8	738	32	13	13	39	1.84
140177--140926	177	4.1	176	78	11	792	30	15	13	40	1.86
140532--140570	20	2.0	20	94	0	69	30	10	17	41	1.83
140355--140748	198	2.0	197	94	0	689	30	15	13	40	1.85
140158--141123	375	2.6	372	89	2	1427	30	15	13	40	1.86
141105--141218	20	5.7	20	73	2	84	24	13	17	44	1.84
141105--141178	20	3.7	20	83	5	87	24	14	17	43	1.87
153101--153137	18	2.1	17	90	5	56	13	32	0	54	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
153799--153996	103	1.9	102	85	8	276	35	14	21	28	1.93
153812--154024	103	2.0	103	82	8	254	35	14	20	29	1.92
162720--162774	20	2.7	21	85	5	76	30	18	20	30	1.96
162761--162832	30	2.4	30	97	0	135	30	29	16	23	1.96
172781--172840	29	2.1	28	96	3	111	48	10	13	28	1.74
174607--174649	18	2.4	18	84	7	52	51	4	6	37	1.50
178467--178504	20	1.9	20	88	0	58	47	21	10	21	1.80
179955--180015	22	2.8	22	75	25	58	21	6	4	67	1.33
180005--180146	42	3.6	38	73	19	105	30	2	1	64	1.16
180014--180128	50	2.5	44	77	20	128	33	1	1	63	1.15
180086--180151	30	2.1	32	86	8	91	27	4	0	68	1.09
180187--180216	15	1.9	16	93	6	53	3	10	0	86	0.67
180203--180257	23	2.5	22	80	14	67	16	7	1	74	1.12
180221--180283	32	2.0	30	82	11	74	15	9	3	71	1.25
180316--180345	15	2.0	15	100	0	60	20	20	0	60	1.37
182761--182799	8	5.0	8	84	6	53	10	17	12	58	1.61
183983--184034	9	5.3	9	84	11	59	86	3	9	0	0.69
183981--184040	16	3.8	17	74	17	65	83	5	11	0	0.80
183983--184041	5	10.0	6	75	23	54	84	3	11	0	0.73
183989--184033	12	3.8	12	83	16	58	86	4	8	0	0.69
183974--184050	31	2.5	31	76	6	84	79	5	15	0	0.91
183983--184051	23	3.0	22	77	10	66	82	4	13	0	0.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
184639--184682	22	2.0	22	86	8	63	38	20	11	29	1.87
185643--185905	36	7.4	36	77	9	254	27	18	13	40	1.88
185648--185912	73	3.7	72	76	12	296	27	17	13	40	1.88
185685--185869	102	1.8	102	89	2	291	28	16	14	41	1.87
185578--185968	138	2.8	138	84	1	491	29	18	12	39	1.88
185863--186036	67	2.6	65	83	5	215	33	21	9	35	1.85
186634--187083	105	4.3	105	92	2	703	32	27	18	22	1.97
188127--188200	22	3.5	22	75	23	61	20	5	4	70	1.24
188152--188202	23	2.3	22	83	10	59	21	5	3	68	1.27
188188--188332	39	3.7	39	75	14	129	30	2	1	65	1.15

Tables:   1   2   3   4