genome.fa.s7775.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007775.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110056_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  599510

Tables:   1   2   3   4   

This is table  2  of  4  ( 398 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
188211--188332	41	3.0	39	73	14	113	31	3	0	64	1.15
188259--188326	32	2.1	32	89	8	102	27	4	0	67	1.09
188481--188511	16	2.0	16	93	6	55	19	19	0	61	1.35
194242--194301	26	2.3	26	82	2	77	73	20	1	5	1.11
198145--198177	15	2.3	15	94	5	59	75	0	0	24	0.80
198145--198177	7	4.6	7	92	7	57	75	0	0	24	0.80
198828--198938	49	2.3	49	93	0	195	35	16	14	34	1.89
198834--198910	23	3.2	23	65	22	59	33	15	15	35	1.89
198842--198919	24	3.2	24	65	22	63	37	15	12	34	1.86
200042--200083	22	1.9	22	85	9	59	50	4	0	45	1.23
203223--203259	15	2.5	15	100	0	74	16	29	29	24	1.96
204701--204758	28	2.1	28	100	0	116	27	13	31	27	1.94
208283--208327	17	2.5	18	85	7	56	55	26	11	6	1.59
208270--208327	19	3.2	19	78	9	66	50	31	13	5	1.64
208329--208358	9	3.3	9	95	0	51	6	10	13	70	1.34
209877--209906	15	2.0	15	100	0	60	0	26	0	73	0.84
213174--213231	21	2.9	21	82	5	57	72	0	1	25	0.94
213467--213491	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
213489--213524	18	2.1	18	89	5	56	66	2	5	25	1.27
213416--213536	63	1.9	63	85	10	165	61	1	3	33	1.22
213885--213986	37	2.8	37	84	0	123	30	13	13	42	1.83
214532--215162	105	6.0	105	88	3	862	21	17	26	34	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
215362--215437	36	2.1	36	87	0	107	40	14	21	23	1.90
215337--215656	106	3.1	104	89	4	470	36	11	20	30	1.89
215795--215902	36	3.0	36	70	11	96	44	10	15	29	1.80
215741--215902	72	2.2	75	84	8	208	40	12	18	28	1.88
216964--217500	183	2.9	183	94	0	923	31	20	20	27	1.97
223160--223227	27	2.5	27	75	15	68	73	1	1	23	1.00
223479--223521	18	2.5	17	85	7	61	67	2	4	25	1.22
223403--223522	66	1.9	63	83	10	156	61	1	4	32	1.25
223866--223970	37	2.8	37	85	0	138	29	14	14	41	1.85
225615--225649	15	2.4	15	90	4	54	60	0	0	40	0.97
226374--226412	19	2.1	19	85	4	53	33	12	20	33	1.91
235627--235896	38	7.2	39	83	7	271	43	2	8	45	1.49
240965--241013	13	3.7	13	78	5	53	32	0	0	67	0.91
242309--242378	36	1.9	36	82	5	88	24	8	1	65	1.29
247852--248768	201	4.6	199	79	5	870	33	19	19	28	1.96
247985--248835	401	2.1	401	80	5	927	33	19	19	27	1.96
249144--249418	36	7.5	36	83	9	256	43	2	8	46	1.46
249155--249249	38	2.5	37	82	11	113	46	3	6	44	1.44
249429--249498	3	22.3	3	72	13	52	31	0	0	68	0.90
249429--249506	28	2.9	27	79	7	86	29	0	0	70	0.87
249429--249506	17	4.4	17	77	13	77	29	0	0	70	0.87
250592--250649	28	2.0	29	83	3	73	15	8	5	70	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
252058--252119	32	2.0	32	87	3	90	41	8	1	48	1.42
252112--252183	29	2.5	28	80	8	83	40	6	2	50	1.44
252133--252196	28	2.2	29	83	8	78	37	9	1	51	1.44
252194--252274	24	3.3	23	70	23	58	37	8	2	51	1.46
252156--252314	30	5.7	29	71	17	77	37	9	1	51	1.45
252194--252306	51	2.1	54	82	9	135	37	9	1	51	1.45
252239--252314	31	2.5	31	82	4	102	38	7	0	53	1.30
252239--252309	29	2.4	29	85	4	97	36	8	0	54	1.31
252382--252421	11	3.7	11	86	6	55	65	0	7	27	1.20
252382--252421	21	1.9	21	89	0	62	65	0	7	27	1.20
252439--252510	24	2.8	26	73	12	69	52	0	8	38	1.32
256677--256742	26	2.5	26	78	9	62	16	18	4	60	1.52
259127--259173	17	2.8	17	87	6	60	38	10	12	38	1.78
259120--259197	17	4.6	16	79	10	59	38	10	17	33	1.84
259751--259783	2	17.0	2	87	6	50	54	0	0	45	0.99
265617--265646	5	6.0	5	96	0	51	43	20	16	20	1.88
265659--265763	2	53.0	2	74	19	87	53	4	0	41	1.22
265647--265746	18	5.5	16	77	16	65	56	4	0	40	1.18
265659--265769	31	3.8	29	76	15	97	53	4	0	42	1.21
265659--265769	18	6.2	18	76	16	99	53	4	0	42	1.21
265647--265763	20	5.8	19	80	14	101	53	5	0	41	1.23
265663--265780	38	3.1	38	81	11	111	51	4	0	44	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
267192--267240	23	2.1	23	100	0	98	38	18	12	30	1.87
269160--269208	19	2.6	19	78	12	55	69	0	6	24	1.11
281684--281742	19	3.1	19	80	4	66	71	0	5	23	1.06
281684--281733	19	2.5	20	87	6	75	72	0	6	22	1.07
292231--292268	20	1.9	20	94	0	67	34	15	34	15	1.90
292821--293250	57	7.5	57	91	1	639	32	12	19	36	1.88
293375--293735	57	6.3	57	91	0	560	30	11	21	36	1.89
299874--299968	20	4.8	20	93	0	154	28	14	40	16	1.88
299874--299981	20	5.4	20	89	2	101	30	13	37	17	1.89
299874--299981	40	2.7	40	86	2	119	30	13	37	17	1.89
300618--301050	57	7.6	57	94	0	731	32	12	20	34	1.90
302264--302369	46	2.3	46	79	6	108	26	16	9	47	1.77
302378--302708	81	4.1	81	94	0	545	32	19	11	35	1.88
303897--304471	282	2.0	282	95	1	1044	28	20	10	40	1.85
305851--305887	3	12.3	3	100	0	74	67	0	0	32	0.91
306090--306124	3	11.7	3	100	0	70	68	0	0	31	0.90
310989--311034	21	2.2	21	96	0	83	32	6	32	28	1.83
311003--311052	10	4.9	10	78	4	55	36	4	32	28	1.76
315023--315075	22	2.4	22	81	6	63	26	28	22	22	1.99
315539--315564	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
321260--321314	22	2.5	22	85	8	69	27	27	21	23	1.99
321773--321810	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
324624--324677	5	10.6	5	80	11	65	77	0	16	5	0.94
324647--324678	9	3.4	9	91	8	55	78	0	21	0	0.76
324631--324678	19	2.5	20	89	3	71	75	0	18	6	1.01
325382--325414	17	1.9	17	100	0	66	78	3	0	18	0.87
327818--327852	17	2.1	17	89	5	54	14	14	0	71	1.15
335650--335719	18	3.7	18	76	14	77	20	22	31	25	1.98
347362--347407	20	2.2	21	96	3	85	50	13	6	30	1.66
351188--351238	21	2.6	19	84	9	59	74	0	0	25	0.82
351188--351238	17	2.9	17	82	2	57	74	0	0	25	0.82
352704--352763	31	1.9	32	83	10	79	50	3	6	40	1.45
353221--353630	86	4.8	86	80	2	423	24	17	20	37	1.94
353218--353630	172	2.4	172	83	3	512	24	17	20	37	1.94
353705--354335	309	2.0	309	90	0	974	25	13	23	37	1.92
354305--354727	64	6.6	64	90	0	630	30	13	19	35	1.91
354548--354651	34	3.2	34	60	10	81	25	11	23	39	1.88
358572--358622	4	12.8	4	87	8	59	68	0	0	31	0.90
364577--364665	23	4.0	23	83	2	119	24	25	24	24	2.00
364544--364665	44	2.8	43	83	7	131	26	26	22	24	2.00
367104--367175	26	2.8	26	97	0	135	23	23	20	31	1.98
367296--367352	21	2.7	21	94	0	96	24	28	29	17	1.97
369010--369050	19	2.1	20	95	4	75	19	12	51	17	1.76
370138--370162	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
373992--374089	2	49.5	2	92	2	153	55	0	0	44	0.99
374563--374711	37	4.0	37	95	0	262	31	14	14	40	1.85
375828--376111	110	2.6	110	91	0	469	26	16	21	35	1.95
376651--376738	32	2.8	32	92	0	140	31	21	13	32	1.92
380809--380894	36	2.4	38	75	15	92	72	1	4	22	1.10
380860--380902	13	3.6	12	81	9	52	74	2	2	20	1.04
380900--380974	2	38.5	2	81	5	55	60	2	1	36	1.20
381013--381080	24	2.9	23	73	6	64	66	5	4	23	1.32
381476--381587	37	3.0	37	92	0	188	33	12	13	41	1.82
381978--382035	23	2.6	23	84	13	68	43	5	1	50	1.35

Tables:   1   2   3   4