genome.fa.s7799.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007799.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110109_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1433344

Tables:   1   2   3   4   5   6   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3537--3570	6	5.5	6	86	6	50	17	26	17	38	1.92
6457--6487	14	2.1	15	94	5	55	51	0	0	48	1.00
7389--7442	2	27.0	2	100	0	108	50	0	0	50	1.00
9226--9389	46	3.6	46	96	0	285	23	23	9	44	1.81
9226--9395	20	7.3	25	73	22	165	23	22	8	45	1.80
9876--9925	20	2.5	19	84	15	66	72	0	6	22	1.07
9949--10068	38	3.1	38	80	7	125	46	10	5	37	1.62
9976--10094	38	3.0	39	74	14	102	42	9	5	42	1.61
10146--10218	36	2.0	37	89	5	112	39	15	5	39	1.70
14105--14176	19	3.7	19	96	1	126	18	26	25	30	1.98
14105--14176	9	7.6	9	80	11	81	18	26	25	30	1.98
14180--14218	17	2.3	17	100	0	78	17	46	23	12	1.83
21402--21491	10	9.3	9	72	12	63	17	26	27	27	1.98
21431--21489	19	3.1	19	95	0	100	18	23	30	27	1.98
21488--21530	22	2.0	22	95	0	77	18	46	23	11	1.82
23254--23386	60	2.2	59	81	12	148	36	19	4	39	1.72
32932--32966	4	8.8	4	100	0	70	25	0	0	74	0.82
36121--36161	20	2.0	20	85	0	55	53	2	0	43	1.13
44287--44327	8	5.2	8	82	5	57	34	0	29	36	1.58
44289--44334	23	2.0	24	91	4	76	32	0	28	39	1.57
44398--45150	128	5.9	128	94	2	1295	22	25	19	32	1.98
44398--45150	255	3.0	256	94	2	1295	22	25	19	32	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
45551--45651	34	3.0	34	86	0	148	38	3	3	53	1.38
46171--46264	21	4.5	21	92	5	145	20	27	34	18	1.95
46268--46315	21	2.3	21	85	0	60	22	12	39	25	1.89
48041--48115	31	2.4	33	77	11	84	60	1	0	38	1.06
48038--48126	34	2.7	31	81	6	97	59	2	0	38	1.10
49199--49322	63	2.0	63	91	0	203	33	8	11	46	1.71
49715--49838	63	2.0	63	91	0	203	33	8	11	46	1.71
48948--49981	516	2.0	517	99	0	2061	33	12	12	41	1.80
53207--53244	18	2.1	18	100	0	76	34	23	10	31	1.89
53492--53568	31	2.5	31	84	2	100	15	27	29	27	1.96
54794--54840	16	2.9	16	75	9	51	44	0	4	51	1.21
54780--54835	16	3.6	16	78	7	53	39	0	5	55	1.23
55220--55330	37	3.2	36	65	23	92	30	9	11	48	1.70
55157--55425	68	4.0	68	83	7	372	28	11	11	48	1.74
55157--55425	130	2.0	135	86	5	379	28	11	11	48	1.74
56149--56517	20	18.5	20	84	4	440	34	26	18	20	1.96
57200--57246	24	2.0	24	87	8	69	25	14	21	38	1.92
57421--57445	12	2.1	12	100	0	50	72	0	28	0	0.86
59727--60050	33	9.5	34	81	14	254	46	18	20	13	1.83
59755--60028	52	5.2	52	92	4	423	47	17	21	13	1.82
59813--60050	85	2.8	85	89	6	351	46	18	21	14	1.83
60057--60158	19	5.6	19	85	12	151	14	23	17	44	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60265--60301	14	2.6	14	91	0	65	45	21	0	32	1.52
62282--62338	14	3.7	14	77	20	60	45	22	21	10	1.82
62263--62351	33	2.7	33	94	0	160	47	21	20	11	1.81
62226--62351	19	7.1	19	76	17	119	46	23	18	11	1.81
62356--62484	19	7.3	19	75	17	125	8	17	28	45	1.77
62356--62447	33	2.8	33	93	3	150	7	18	28	45	1.76
62516--62982	93	5.0	93	99	0	918	46	19	12	21	1.83
62516--62982	185	2.5	186	99	0	918	46	19	12	21	1.83
64689--64778	14	5.7	14	74	23	81	42	23	25	8	1.83
64681--64795	33	3.5	33	95	0	212	45	20	24	9	1.81
64688--64800	19	6.8	18	72	23	88	43	22	24	9	1.83
64812--64866	14	3.6	14	73	21	56	9	25	23	41	1.83
64796--64866	33	2.2	33	94	0	124	8	22	25	43	1.81
64807--64888	33	2.5	33	89	2	119	9	25	21	42	1.84
64819--64907	20	4.8	20	72	19	75	12	24	19	43	1.85
64993--65063	33	2.2	33	92	0	115	47	18	22	11	1.80
65244--65298	22	2.5	22	81	0	74	20	16	40	23	1.91
65444--65636	20	9.6	20	82	5	219	19	19	25	35	1.95
65444--65636	60	3.2	60	83	0	251	19	19	25	35	1.95
65692--65743	20	2.6	20	96	0	95	21	13	26	38	1.90
70031--70111	37	2.2	36	82	8	99	48	0	3	48	1.19
79101--79127	2	13.5	2	100	0	54	0	48	0	51	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79527--79975	229	2.0	227	94	0	790	45	8	7	39	1.61
80026--80083	19	3.0	19	80	10	64	51	15	15	17	1.76
80206--80252	20	2.4	19	79	10	58	55	8	17	19	1.67
82555--82620	33	2.0	33	87	0	96	28	1	45	24	1.62
84416--84473	19	3.1	19	97	0	107	32	3	10	53	1.52
84560--85782	200	6.1	200	95	0	2179	36	14	15	32	1.88
84560--85782	398	3.1	398	99	0	2376	36	14	15	32	1.88
87245--87306	18	3.4	18	88	0	88	38	6	33	20	1.79
87245--87306	6	10.3	6	83	0	61	38	6	33	20	1.79
87260--87310	3	17.0	3	83	0	66	37	3	33	25	1.74
87248--87310	12	5.2	12	90	0	81	36	6	33	23	1.80
89112--89169	23	2.5	23	91	0	89	36	6	18	37	1.78
89112--89179	23	3.0	23	86	4	84	35	5	19	39	1.76
89539--89601	23	2.7	23	90	0	90	36	6	19	38	1.77
89539--89611	23	3.2	23	86	3	85	35	5	19	39	1.75
90254--90304	16	3.2	16	72	8	50	29	3	3	62	1.31
90787--90856	29	2.4	29	88	4	97	47	18	1	32	1.58
97337--97363	2	13.5	2	100	0	54	0	0	48	51	1.00
98490--98514	2	12.5	2	100	0	50	0	52	0	48	1.00
99580--99612	11	3.3	10	88	12	50	84	9	0	6	0.76
99580--99612	10	3.2	11	91	8	52	84	9	0	6	0.76
102997--103063	29	2.3	29	92	0	107	22	5	44	26	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
103133--103173	22	2.0	20	85	9	55	26	2	7	63	1.33
107227--107251	10	2.5	10	100	0	50	44	8	48	0	1.32
109569--109608	16	2.7	14	78	14	53	7	15	32	45	1.74
109772--109823	25	2.1	25	96	0	95	38	30	17	13	1.88
110720--110761	21	2.0	21	100	0	84	47	19	0	33	1.49
119342--119376	11	3.2	11	87	0	52	42	14	8	34	1.76
125806--125835	14	2.2	14	94	5	53	46	6	0	46	1.29
128357--128439	40	2.0	41	90	4	132	30	31	14	24	1.94
137004--137044	21	2.1	18	86	13	55	31	0	0	68	0.90
137031--137166	14	10.8	12	72	19	91	44	0	1	54	1.09
137033--137109	26	3.0	26	80	14	90	46	0	1	51	1.09
137030--137166	63	2.2	64	95	2	258	43	0	1	54	1.09
137062--137163	37	2.6	40	77	17	108	44	0	1	53	1.11
137161--137222	19	3.3	19	78	15	58	37	1	0	61	1.06
137678--137737	31	1.9	31	86	0	84	46	6	5	41	1.52
144891--144934	15	2.9	15	89	3	70	13	31	29	25	1.94
144971--145039	15	4.3	16	75	10	61	17	28	31	21	1.96
144983--145039	15	3.7	15	77	9	69	15	29	33	21	1.94
144971--145039	32	2.2	32	91	0	111	17	28	31	21	1.96
150939--150996	29	2.0	30	82	3	73	29	10	1	58	1.41
151845--151947	24	4.3	24	91	3	163	22	20	9	47	1.79
151829--151931	48	2.1	49	90	3	163	23	19	8	48	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
151845--151947	48	2.1	48	94	3	181	22	20	9	47	1.79
154590--154636	21	2.2	21	100	0	94	44	4	0	51	1.21
154602--154662	26	2.3	26	88	5	88	42	3	1	52	1.27
158299--158372	21	3.1	26	85	14	90	40	2	1	55	1.22
158287--158354	21	3.2	21	93	0	118	42	2	0	54	1.15
162659--162743	2	44.0	2	83	6	113	45	3	1	49	1.26
164766--164819	25	2.2	25	96	0	99	29	11	14	44	1.80
172000--172667	334	2.0	333	94	0	1176	33	16	20	29	1.95
180389--180413	2	12.5	2	100	0	50	0	48	0	52	1.00
183022--183053	12	2.7	12	100	0	64	56	21	9	12	1.64

Tables:   1   2   3   4   5   6