genome.fa.s7844.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007844.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110198_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2094103

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3017--3056	20	2.0	20	85	0	53	42	7	0	50	1.30
4301--4343	12	3.8	12	78	12	54	44	2	0	53	1.13
4306--4363	22	2.5	22	81	13	73	39	5	0	55	1.22
18591--18632	21	2.0	20	86	4	57	64	2	0	33	1.07
19240--19313	33	2.2	33	92	0	130	44	6	13	35	1.70
35504--35715	101	2.1	101	93	1	363	37	22	16	23	1.94
36981--37020	20	2.0	20	90	0	62	22	22	10	45	1.82
37536--37563	14	2.0	14	100	0	56	7	7	7	78	1.09
39210--39306	35	2.8	36	69	9	83	42	2	4	51	1.32
42271--42297	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
45522--45582	22	2.8	21	95	5	104	42	0	4	52	1.23
46590--46627	12	3.1	13	85	14	62	26	15	18	39	1.91
46590--46637	24	2.0	24	88	8	71	27	14	16	41	1.87
47061--47100	17	2.3	18	83	12	57	30	42	5	22	1.75
47070--47104	17	2.1	17	100	0	70	22	48	5	22	1.72
47743--47770	10	2.8	10	100	0	56	0	39	17	42	1.50
49422--49466	21	2.1	21	87	0	63	31	28	24	15	1.96
50051--50085	18	1.9	18	88	11	54	54	5	17	22	1.64
50410--50435	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
50979--51075	32	3.1	32	78	14	128	28	17	18	35	1.94
50978--51078	31	3.2	31	81	10	125	28	18	18	33	1.95
51066--51159	30	3.1	30	89	3	136	20	21	25	32	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65833--65873	2	20.5	2	100	0	82	51	0	0	48	1.00
73379--73473	47	2.0	47	100	0	190	21	23	24	31	1.98
74504--74544	18	2.3	18	95	0	73	12	36	17	34	1.87
79019--79120	51	2.0	52	90	3	161	37	6	5	50	1.54
83869--83893	13	1.9	13	100	0	50	0	44	0	56	0.99
85734--85773	20	2.0	20	85	0	53	55	7	12	25	1.63
88498--88526	14	2.1	14	100	0	58	44	6	20	27	1.77
88808--88904	29	3.4	28	67	23	67	35	19	2	43	1.63
94383--94515	60	2.2	58	81	7	160	51	2	11	35	1.50
94821--94863	22	2.0	22	85	0	59	44	0	2	53	1.13
101245--101316	25	3.1	23	82	11	101	62	0	31	5	1.18
101269--101313	10	4.3	10	81	10	54	62	0	31	6	1.21
101748--101821	33	2.2	32	82	15	89	54	0	2	43	1.14
107401--107486	45	1.9	45	95	0	154	18	24	34	22	1.96
113649--113689	21	2.0	21	95	0	73	21	17	2	58	1.50
115603--116051	182	2.5	181	90	2	670	27	13	13	45	1.81
115922--116605	112	6.1	112	90	0	1050	25	14	13	46	1.81
115944--116605	223	3.0	223	91	0	1065	25	14	13	46	1.81
115922--116605	335	2.0	334	90	0	1082	25	14	13	46	1.81
120201--120271	34	2.1	34	91	0	115	36	15	11	36	1.83
121189--121250	10	5.9	10	76	16	54	69	3	3	24	1.18
121189--121238	22	2.3	21	89	3	73	72	2	4	22	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
121183--121260	31	2.5	31	84	12	90	69	2	3	24	1.18
121752--121835	33	2.7	28	76	18	78	45	1	3	50	1.27
121843--121954	43	2.6	43	91	4	183	57	0	1	41	1.09
121832--121912	13	6.0	13	70	17	58	55	0	1	43	1.07
121854--121948	20	4.7	19	69	23	61	56	0	2	41	1.11
127190--127521	120	2.8	120	83	3	398	43	19	13	23	1.87
130928--130984	28	2.0	29	93	6	98	63	3	7	26	1.36
132896--132953	30	1.9	31	82	3	73	46	3	0	50	1.18
132936--132966	3	10.3	3	100	0	62	32	0	0	67	0.91
138414--138456	20	2.0	21	86	13	61	58	2	0	39	1.11
138629--138680	25	2.0	26	92	3	88	51	5	3	38	1.44
138997--139065	23	3.0	23	84	2	84	57	21	13	7	1.59
143608--144098	229	2.1	228	93	1	833	45	7	7	39	1.62
144381--144427	20	2.4	19	82	10	67	53	10	17	19	1.72
144390--144432	20	2.3	19	88	11	63	51	11	16	20	1.75
146641--146683	20	2.1	21	86	4	61	39	11	32	16	1.84
146716--146780	32	2.0	33	87	3	96	29	0	49	21	1.50
148565--148611	19	2.6	19	90	6	71	31	2	10	55	1.46
149144--149853	198	3.7	197	90	5	1072	35	14	18	32	1.91
151285--151376	6	15.3	6	79	0	67	38	9	33	18	1.84
151300--151380	3	27.0	3	76	0	63	37	8	33	20	1.84
151288--151346	12	4.9	12	89	0	91	37	10	33	18	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
151285--151376	18	5.1	18	78	0	85	38	9	33	18	1.84
152561--152594	16	2.1	16	88	0	50	47	8	20	23	1.78
152954--153020	23	3.0	23	73	18	68	35	4	19	40	1.72
153369--153441	23	3.2	23	88	0	101	34	4	21	39	1.73
152758--155057	421	5.4	425	91	6	3621	41	7	12	38	1.71
154215--154276	21	2.8	23	82	7	83	35	4	22	37	1.76
154215--154285	23	3.2	23	80	13	85	35	4	21	39	1.73
154221--154290	21	3.2	22	79	15	74	34	4	21	40	1.73
152758--155057	843	2.7	852	91	6	3733	41	7	12	38	1.71
154634--154706	23	3.2	23	88	0	101	34	5	20	39	1.76
156074--156149	30	2.5	30	77	14	75	43	2	1	52	1.23
157198--157282	31	2.7	31	88	0	116	42	5	10	41	1.64
164792--164827	15	2.4	15	90	0	54	33	8	16	41	1.78
164822--164873	15	3.5	15	73	5	61	46	7	11	34	1.69
165202--165272	19	3.6	19	70	10	54	47	1	1	49	1.18
165315--165392	31	2.6	28	78	15	75	47	1	1	50	1.17
165344--165393	8	6.5	8	76	15	52	52	0	0	48	1.00
165344--165385	22	1.9	22	90	0	66	52	0	0	47	1.00
165608--165702	42	2.3	42	90	0	145	48	17	14	18	1.81
165913--166667	295	2.6	292	94	3	1321	23	25	17	33	1.96
175477--175501	3	8.3	3	100	0	50	36	0	32	32	1.58
177582--177611	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
187160--187198	7	5.6	7	100	0	78	25	43	0	30	1.55
187632--187667	17	2.1	17	100	0	72	30	5	22	41	1.76
194033--194280	130	1.9	130	93	0	424	35	14	13	36	1.85
194047--194311	130	2.0	129	81	4	309	38	12	13	34	1.83
194738--194774	15	2.4	16	86	13	51	59	5	2	32	1.34
194774--194831	30	1.9	30	82	6	73	44	6	1	46	1.40
194894--194936	21	2.0	21	100	0	86	39	0	13	46	1.44
194905--194990	35	2.5	35	84	0	100	37	1	20	40	1.61
202755--202820	33	2.0	33	100	0	132	21	18	27	33	1.96
203007--203078	2	36.5	2	95	2	128	47	1	0	51	1.09
203368--203411	5	8.8	5	82	9	54	18	2	2	77	0.98
203362--203409	25	1.9	25	87	8	71	18	2	4	75	1.07
206688--206739	23	2.2	23	83	10	61	46	11	3	38	1.59
206721--206887	59	2.8	59	90	0	253	44	8	11	34	1.72
206721--206917	59	3.4	57	86	7	236	44	8	10	36	1.69
207799--207823	13	1.9	13	100	0	50	72	8	0	20	1.10
207959--208015	14	3.9	15	80	11	57	31	0	3	64	1.10
208374--208484	31	3.6	31	71	0	105	43	3	8	45	1.51
210782--210837	27	2.0	28	82	3	69	53	5	1	39	1.34
212050--212113	15	4.4	15	79	11	71	34	0	3	62	1.11
212366--212404	20	1.9	21	84	5	53	17	15	43	23	1.87
214753--214778	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
216094--216157	15	4.4	15	79	11	71	34	0	3	62	1.11
216503--216584	30	2.8	29	76	14	87	42	3	2	51	1.32
216502--216602	31	3.3	31	75	5	98	42	2	5	48	1.42
220438--220474	17	2.1	18	85	14	51	24	10	10	54	1.67
222721--222843	60	2.1	59	83	4	149	43	14	8	33	1.77
223177--223232	22	2.3	25	77	22	66	55	5	0	39	1.23
224527--224578	26	2.1	26	86	13	74	53	5	0	40	1.25
225034--225286	129	2.0	129	100	0	506	30	25	14	30	1.95
237893--237973	40	2.0	40	97	0	153	28	8	29	33	1.87
238567--238595	13	2.1	14	93	6	51	20	6	0	72	1.07

Tables:   1   2   3   4   5   6   7