genome.fa.s7846.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007846.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110202_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  846497

Tables:   1   2   3   4   

This is table  1  of  4  ( 396 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3208--3241	16	2.1	16	94	0	59	32	26	8	32	1.87
20247--20271	10	2.5	10	100	0	50	72	20	8	0	1.10
21991--22508	258	2.0	258	98	0	1000	27	15	17	39	1.90
22757--22881	57	2.2	57	94	0	214	47	10	23	19	1.80
24449--24479	15	2.1	15	93	0	53	45	0	0	54	0.99
31220--31359	30	4.6	30	81	2	163	25	15	12	46	1.81
31223--31343	45	2.7	45	85	2	163	23	15	11	48	1.78
31220--31337	15	7.9	15	82	0	128	25	16	11	47	1.79
32608--32671	33	1.9	33	93	0	110	28	40	0	31	1.57
32656--32767	6	17.7	6	74	15	75	22	44	0	32	1.59
32622--32761	39	3.4	38	87	7	172	23	43	0	32	1.59
32622--32768	45	3.4	43	85	11	203	23	43	0	31	1.59
34577--34602	13	2.0	13	100	0	52	15	7	38	38	1.76
35004--35069	33	2.0	32	82	8	80	56	3	1	39	1.24
38497--38531	18	1.9	18	88	0	52	20	2	0	77	0.90
43048--43096	19	2.7	17	84	9	53	26	20	28	24	1.99
43068--43227	65	2.5	65	86	5	209	26	20	23	30	1.98
43068--43268	65	3.1	65	73	16	193	25	19	24	30	1.98
51683--51731	19	2.7	17	84	9	53	26	20	28	24	1.99
51703--51862	65	2.5	65	86	5	209	26	20	23	30	1.98
51703--51912	65	3.2	64	77	14	202	25	19	24	30	1.98
53472--53506	6	5.8	6	96	0	61	17	71	0	11	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61182--61222	18	2.3	18	86	0	55	7	31	0	60	1.24
69484--69541	16	3.3	18	72	25	52	43	5	15	36	1.69
75760--75937	60	3.0	60	76	4	148	33	21	3	41	1.72
76065--76180	60	1.9	60	82	6	146	41	3	24	31	1.71
77997--78082	25	3.5	25	90	6	140	53	4	13	27	1.60
78014--78092	23	3.3	23	92	3	122	64	3	11	20	1.41
78185--78367	40	4.6	40	74	8	165	32	6	14	46	1.70
78371--78481	40	2.7	41	72	12	102	32	17	12	37	1.87
91980--92028	23	2.1	24	88	3	73	40	2	4	53	1.32
95581--95729	35	4.2	35	88	4	210	32	5	18	43	1.73
95617--95677	21	3.2	21	63	29	55	31	6	21	40	1.78
96133--96165	16	2.1	16	94	0	57	33	6	27	33	1.81
96915--96947	15	2.1	16	94	5	59	51	18	24	6	1.68
100227--100373	35	4.2	35	90	4	224	31	4	19	44	1.71
100193--100356	70	2.3	71	86	7	219	32	6	17	42	1.76
100263--100323	21	3.2	21	61	29	55	32	4	19	42	1.73
107377--107417	14	2.9	14	96	0	73	7	34	34	24	1.83
109145--109176	6	5.3	6	100	0	64	31	53	0	15	1.43
110485--110526	14	2.8	16	75	10	52	19	21	16	42	1.89
116239--116273	18	1.9	18	94	0	61	17	34	31	17	1.93
117120--117159	20	2.0	20	100	0	80	40	35	0	25	1.56
118316--118522	69	3.0	69	83	4	265	30	7	16	45	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
125127--125186	22	2.6	24	81	10	79	35	15	26	23	1.94
125904--125968	23	2.6	26	88	7	91	32	30	21	15	1.94
135321--135396	28	2.7	29	83	4	100	30	11	11	46	1.77
139267--139304	15	2.6	15	87	4	51	39	0	5	55	1.23
139662--139823	59	2.7	60	77	7	168	36	15	15	32	1.89
139662--139819	60	2.6	59	77	10	160	35	15	15	33	1.89
144565--144604	15	2.7	15	84	0	62	30	17	35	17	1.93
163834--163863	15	1.9	16	93	6	53	73	0	0	26	0.84
164455--164488	17	1.9	17	88	5	50	44	0	0	55	0.99
169088--169114	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
184630--184711	21	3.9	21	76	10	78	25	34	24	15	1.95
186968--187033	33	2.0	33	100	0	132	42	0	33	24	1.55
188174--188254	35	2.3	32	77	20	83	27	7	9	55	1.59
192140--192176	19	2.0	19	89	5	58	27	24	29	18	1.98
202051--203220	91	12.9	91	89	1	1780	24	22	15	37	1.93
202878--203020	39	3.5	39	70	23	132	20	23	14	41	1.89
203602--203710	36	3.0	36	79	1	128	38	12	20	28	1.89
203911--203988	22	3.7	21	73	14	63	29	24	20	25	1.99
203907--204014	42	2.6	42	85	4	148	28	24	21	25	1.99
204237--204469	36	6.2	38	87	4	264	35	16	21	26	1.94
204237--204471	72	3.1	74	85	5	303	35	17	20	26	1.95
204521--204631	36	3.0	36	72	10	125	40	11	14	33	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
204474--204631	74	2.1	75	94	1	273	41	10	15	33	1.80
204487--204604	36	3.1	37	70	10	105	38	10	16	34	1.83
208784--208905	35	3.4	35	72	22	126	37	8	20	33	1.82
208745--208912	73	2.3	73	94	2	291	37	9	20	32	1.85
218885--218919	15	2.3	15	95	0	61	8	42	2	45	1.49
218882--218923	18	2.3	18	83	0	57	14	40	2	42	1.58
221063--221537	21	22.8	21	74	13	378	21	19	24	34	1.96
221054--221537	42	11.6	42	84	6	494	21	19	23	34	1.96
221063--221509	63	7.1	63	85	7	590	21	19	25	34	1.96
222395--222738	42	8.4	42	84	6	429	35	22	18	23	1.96
222465--222664	61	3.3	60	72	14	185	33	23	19	24	1.97
222395--222763	204	1.8	204	91	0	612	34	23	18	23	1.96
222395--222757	21	17.7	20	72	10	247	34	23	18	23	1.96
224034--224148	60	1.9	61	87	5	171	31	22	5	40	1.76
239398--239454	30	1.9	30	85	7	80	36	22	24	15	1.94
239446--239604	30	5.4	30	86	6	218	31	21	23	23	1.98
249095--249168	27	2.7	27	97	0	139	48	4	8	39	1.52
250011--250150	64	2.3	63	77	10	146	36	7	9	46	1.65
253797--253827	6	5.2	6	100	0	62	16	0	51	32	1.44
255850--255884	15	2.2	16	95	5	63	34	34	17	14	1.90
255996--256046	23	2.1	26	89	10	81	29	23	5	41	1.78
257230--257290	29	2.1	29	100	0	122	36	21	3	39	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
257236--257302	29	2.3	29	92	0	107	37	22	4	35	1.75
261669--261786	41	3.0	38	83	10	139	29	3	22	44	1.69
261768--261808	21	2.0	20	85	4	55	41	0	19	39	1.52
262853--262877	2	12.5	2	100	0	50	52	48	0	0	1.00
263783--263824	19	2.3	19	84	8	52	30	21	28	19	1.97
263803--264011	65	3.2	63	79	11	194	26	17	22	33	1.96
265894--265919	13	2.0	13	100	0	52	53	0	0	46	1.00
265997--266090	47	2.0	47	100	0	188	38	21	10	29	1.87
266373--266424	20	2.6	20	96	0	95	17	23	28	30	1.97
266411--266473	23	2.8	24	73	20	64	20	23	23	31	1.98
270337--270557	117	1.9	118	79	4	250	28	13	8	48	1.72
271878--271926	19	2.6	19	87	9	66	28	18	28	24	1.98
271896--272020	47	2.7	47	82	4	157	31	16	20	32	1.94
277670--277898	20	11.4	20	80	5	221	37	25	17	19	1.93
278591--278637	24	2.0	24	87	8	69	25	14	21	38	1.92
278812--278836	12	2.1	12	100	0	50	72	0	28	0	0.86
281098--281263	33	4.8	34	82	10	192	46	19	21	13	1.83
281131--281340	72	2.9	72	87	4	291	45	17	22	14	1.84
281117--281334	53	4.1	52	88	10	311	46	17	22	13	1.83
281311--281426	53	2.2	52	86	3	160	18	23	18	38	1.93
281349--281436	19	4.8	19	82	14	123	13	22	15	47	1.81
281527--281563	14	2.6	14	91	0	65	45	21	0	32	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
283484--283656	19	9.6	19	75	12	123	47	23	17	10	1.78
283559--283651	33	2.8	33	86	0	132	50	21	17	10	1.76
283652--283729	19	4.4	19	81	15	103	7	16	28	47	1.74
283668--283694	14	1.9	14	100	0	54	7	14	29	48	1.71
283652--283761	52	2.1	53	87	1	159	9	17	27	46	1.78
283859--284172	93	3.4	92	97	1	585	44	19	13	22	1.85
285857--285920	20	3.2	20	74	12	76	50	15	21	12	1.77
285855--285919	21	3.1	21	74	12	80	50	15	23	10	1.75
285904--285960	14	3.7	14	70	20	51	45	22	22	8	1.80
285855--285977	33	3.5	33	88	8	156	48	18	21	10	1.78

Tables:   1   2   3   4