genome.fa.s7861.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007861.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110226_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  673920

Tables:   1   2   3   4   5   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
131578--131616	14	2.8	14	84	0	51	35	0	17	46	1.49
131714--131758	20	2.2	20	92	0	72	42	20	20	17	1.90
131752--131801	14	3.0	17	75	24	61	48	18	22	12	1.80
132155--132208	24	2.2	24	86	0	72	24	16	18	40	1.90
134695--134749	14	3.6	14	73	21	56	45	20	20	14	1.85
134681--134803	33	3.7	33	96	0	219	45	18	22	13	1.84
134685--134807	19	7.3	18	67	25	90	45	18	23	12	1.83
134803--134879	19	4.3	19	76	20	85	12	15	24	46	1.81
134818--134944	33	3.8	33	90	2	184	13	18	21	46	1.83
134886--134944	19	3.4	17	73	22	52	15	20	18	45	1.85
135051--135087	14	2.6	15	87	12	60	48	21	0	29	1.50
136476--136559	42	2.0	42	83	0	105	22	16	38	22	1.93
136777--136961	91	2.0	90	90	6	291	47	18	12	22	1.82
138653--138713	20	3.1	19	80	13	70	47	16	22	13	1.81
138716--138776	19	3.5	19	65	28	53	37	22	22	16	1.93
138681--138796	33	3.5	33	92	3	180	40	21	24	13	1.89
138838--138892	20	2.8	20	81	13	78	12	20	21	45	1.84
139396--139524	20	6.6	20	84	6	122	20	20	20	38	1.93
139414--139524	41	2.8	39	82	5	127	19	20	18	40	1.92
139493--139527	17	2.1	17	94	0	61	20	17	20	42	1.89
139517--139566	21	2.4	22	76	6	59	38	18	24	20	1.93
139827--139883	24	2.3	25	84	3	80	40	1	1	56	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
141216--141240	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
150408--150462	23	2.4	23	96	0	101	18	10	18	52	1.73
154053--154207	79	2.0	79	93	1	267	48	12	3	35	1.59
165154--165218	23	2.8	23	80	0	94	30	26	26	16	1.97
170138--170206	23	3.0	23	80	0	84	33	26	23	17	1.96
175120--175189	23	3.0	23	80	0	95	30	25	25	18	1.98
193743--193831	32	2.8	32	79	3	99	25	17	16	39	1.91
196659--196778	63	1.9	64	85	1	170	25	16	20	36	1.94
200745--200798	22	2.5	22	81	0	72	25	20	18	35	1.95
204341--204374	3	11.3	3	100	0	68	0	35	0	64	0.94
205434--205475	21	2.0	21	86	9	59	35	0	23	40	1.55
216457--216523	34	2.0	34	90	0	107	56	5	31	5	1.47
217663--217714	15	3.5	15	97	0	95	5	17	69	7	1.33
218095--218182	40	2.2	40	95	2	160	21	10	3	64	1.39
218495--218538	19	2.3	19	84	0	52	54	9	0	36	1.32
219370--219499	64	2.0	64	98	0	251	37	8	21	32	1.84
219776--219827	25	2.2	25	82	6	63	48	0	1	50	1.12
219788--219836	23	2.0	25	84	7	66	51	0	2	46	1.12
219882--219933	20	2.6	19	79	8	59	65	1	0	32	1.04
219793--220019	119	1.9	117	83	7	289	45	8	7	38	1.62
220123--220154	14	2.3	14	100	0	64	71	0	0	28	0.86
220114--220154	3	14.3	3	85	10	59	70	0	2	26	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
221926--222647	113	6.6	110	90	6	1058	27	20	14	36	1.93
221926--222293	110	3.3	112	94	2	643	27	20	15	36	1.93
222195--222393	97	2.1	97	97	0	380	28	22	15	34	1.94
223081--223136	23	2.5	22	82	5	76	37	12	12	37	1.81
224428--224598	76	2.3	76	83	1	209	32	23	13	30	1.93
230773--230811	15	2.7	15	88	4	53	51	12	15	20	1.76
230765--230820	14	3.9	14	79	4	58	55	8	12	23	1.65
233049--233090	20	2.2	19	86	4	57	64	2	0	33	1.07
232957--233186	120	1.9	119	82	6	279	45	8	6	39	1.62
233281--233323	13	3.1	14	83	10	61	69	0	4	25	1.07
233281--233323	3	14.3	3	80	9	52	69	0	4	25	1.07
233281--233345	12	5.2	12	72	20	53	66	1	4	27	1.20
234653--234697	23	2.0	23	86	4	65	68	4	0	26	1.08
234638--234688	19	2.7	19	78	0	57	64	1	0	33	1.05
238458--238546	38	2.4	38	87	7	128	13	11	38	37	1.81
241109--241139	3	10.0	3	93	6	53	64	0	0	35	0.94
241237--241341	37	2.8	37	90	5	167	40	11	12	36	1.79
241724--241762	19	2.1	19	85	9	53	25	2	5	66	1.25
241798--241866	22	3.3	20	70	20	54	20	14	0	65	1.27
242018--242062	3	15.3	3	90	4	74	31	0	2	66	1.04
242058--242097	14	2.8	14	96	3	71	20	7	0	72	1.08
242053--242115	23	2.6	24	82	9	67	19	9	0	71	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
242107--242151	19	2.4	18	82	13	56	13	15	0	71	1.15
242217--242270	3	19.3	3	78	14	62	33	1	0	64	1.04
242214--242266	14	3.6	14	80	9	61	35	1	0	62	1.06
247750--247796	15	3.1	15	96	0	85	25	19	10	44	1.82
250077--250129	26	2.0	26	100	0	106	45	24	18	11	1.82
256822--257301	123	3.9	123	93	1	811	40	15	19	25	1.90
256710--257301	245	2.5	240	87	4	822	39	15	18	26	1.90
257633--257704	3	25.0	3	75	13	71	31	2	1	63	1.17
257642--257702	30	2.0	30	84	6	79	31	3	1	63	1.20
257633--257716	33	2.6	33	81	7	93	33	2	2	61	1.21
259547--259583	19	1.9	19	94	0	65	32	29	16	21	1.95
259673--259741	20	3.5	20	97	0	129	39	17	21	21	1.93
259755--259898	20	7.1	20	80	9	166	29	27	21	22	1.99
259730--259898	61	2.8	61	94	0	284	30	27	21	21	1.98
259730--259898	41	4.2	39	77	10	151	30	27	21	21	1.98
260697--260750	24	2.2	24	90	0	81	20	20	18	40	1.91
262995--263025	12	2.6	12	94	0	53	48	29	6	16	1.70
263207--263461	20	13.7	20	73	14	161	36	21	20	21	1.95
263212--263368	54	2.9	54	91	0	233	38	21	20	20	1.94
263266--263469	74	2.8	73	83	5	250	38	21	19	21	1.93
263611--263661	25	2.0	25	96	0	93	52	15	1	29	1.54
265054--265156	42	2.5	42	75	0	107	25	17	33	23	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
266016--266052	19	1.9	19	88	0	56	32	27	16	24	1.96
266159--266223	20	3.2	20	95	0	112	26	27	20	26	1.99
266362--266435	22	3.3	22	84	3	103	20	39	14	25	1.91
269806--269943	65	2.2	63	80	5	143	34	17	20	27	1.95
269955--269992	20	1.9	20	88	0	58	34	18	21	26	1.96
270763--270814	18	2.9	18	94	0	95	17	21	32	28	1.96
273859--274000	65	2.2	64	83	7	173	33	18	23	25	1.97
274008--274045	20	1.9	20	94	0	67	31	23	21	23	1.98
274819--274870	18	2.9	18	88	11	88	17	23	32	26	1.96
278222--278282	22	2.8	22	94	0	104	11	18	22	47	1.80
278378--278644	43	6.2	43	90	0	392	28	20	26	24	1.99
282078--282304	41	5.3	41	71	16	129	33	20	14	32	1.92
301972--302009	17	2.2	17	100	0	76	60	18	15	5	1.53
302859--302962	36	2.9	36	86	2	156	51	14	5	27	1.65
304819--304873	25	2.2	25	90	3	85	36	14	20	29	1.92
305232--305263	14	2.3	14	100	0	64	46	9	6	37	1.61
307290--307763	235	2.0	238	98	1	927	35	22	11	30	1.90
308320--308422	30	3.4	30	84	7	138	61	10	5	22	1.50
309106--309177	22	3.4	22	73	11	78	18	16	25	40	1.91
309129--309196	19	3.4	19	71	11	64	19	16	22	42	1.89
309106--309199	41	2.3	41	94	0	170	19	17	23	40	1.91
309124--309192	22	3.3	21	68	13	61	17	15	21	44	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
309938--309990	22	2.4	22	90	0	88	35	24	20	18	1.95
309979--310019	21	2.0	21	90	0	64	26	26	12	34	1.92
310022--310104	40	2.0	41	95	2	150	37	22	20	19	1.94
310022--310084	21	3.1	21	72	9	76	33	25	19	22	1.97
310033--310119	20	4.3	20	79	4	104	41	21	21	14	1.90
310468--310505	18	2.1	18	90	0	58	63	7	0	28	1.23
310669--310700	12	2.6	13	90	9	50	40	0	0	59	0.97
327029--327068	3	13.7	3	84	5	55	37	2	0	60	1.11
340802--340861	8	6.8	9	73	16	54	75	1	13	10	1.13
340828--340861	10	3.4	10	84	15	52	79	0	8	11	0.94

Tables:   1   2   3   4   5