genome.fa.s7891.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007891.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110273_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  893409

Tables:   1   2   3   4   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1231--1762	55	9.7	55	88	1	746	34	18	9	37	1.84
2117--2171	19	2.7	20	86	8	67	30	20	16	32	1.94
4417--4526	51	2.2	50	81	6	132	24	13	6	55	1.61
7048--7079	13	2.5	13	89	0	55	21	31	6	40	1.78
8359--8410	18	2.9	18	83	11	63	78	0	19	1	0.84
8359--8407	25	2.0	25	84	8	64	77	0	20	2	0.87
10305--10663	102	3.4	103	84	9	399	31	10	17	40	1.83
10325--10684	52	6.8	54	69	16	227	30	10	18	40	1.84
10989--11348	39	9.3	39	89	1	521	31	15	16	35	1.91
10989--11348	77	4.6	77	89	2	533	31	15	16	35	1.91
11865--12057	96	2.0	96	92	2	325	44	36	8	11	1.71
13387--13604	110	2.0	110	85	1	296	25	17	14	43	1.86
20792--20825	16	2.1	17	88	5	52	41	11	2	44	1.56
21512--21665	31	5.0	31	89	0	236	38	20	16	24	1.93
22933--23001	31	2.3	31	82	12	81	33	18	8	39	1.82
24691--24757	8	8.6	8	73	26	56	11	10	0	77	0.99
24690--24750	10	6.6	9	83	16	72	11	9	0	78	0.96
24695--24735	21	1.9	21	95	5	73	12	12	0	75	1.05
24709--24987	140	2.0	138	88	7	411	18	18	7	55	1.64
24867--24926	7	8.1	7	83	10	66	1	18	0	80	0.80
24853--24933	24	3.4	23	79	14	85	4	17	0	77	0.93
24738--25026	140	2.0	143	79	6	311	20	19	8	51	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27855--28070	31	7.0	31	92	1	344	37	21	17	24	1.94
29301--29485	31	6.0	31	88	3	266	38	22	16	22	1.92
30373--30398	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
32159--32219	2	30.5	2	100	0	122	49	0	0	50	1.00
32335--32389	22	2.4	23	87	9	85	47	1	3	47	1.30
39712--39767	22	2.5	21	80	8	58	75	0	8	16	1.05
39719--39861	22	6.6	21	67	17	55	76	1	7	14	1.08
39712--39830	36	3.2	36	77	15	111	74	0	7	17	1.04
39729--39851	9	13.3	9	72	16	65	75	1	6	16	1.08
39754--39868	31	3.7	31	73	15	85	77	2	6	13	1.07
39822--39869	21	2.2	21	88	3	69	83	6	4	6	0.91
39780--39868	21	4.2	21	72	12	65	78	3	6	11	1.05
40173--40213	18	2.3	18	86	0	55	73	2	14	9	1.19
40284--40374	3	29.3	3	70	16	53	68	3	3	25	1.20
40324--40375	18	2.9	18	85	2	70	71	1	1	25	1.07
40236--40358	64	1.9	65	81	8	153	67	3	3	26	1.21
41430--41460	14	2.2	14	94	0	53	54	0	3	41	1.16
42052--42343	123	2.5	116	83	8	337	25	17	23	33	1.96
42252--42409	66	2.4	66	90	0	235	24	18	22	34	1.96
42504--42878	143	2.7	136	79	11	432	27	14	20	37	1.92
43817--44029	101	2.1	99	84	7	279	31	16	15	35	1.91
47731--47807	35	2.2	36	81	11	88	74	1	9	15	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
47750--47802	18	2.8	19	80	11	65	71	0	11	16	1.13
47776--47833	14	4.1	14	81	14	66	72	0	10	17	1.11
47746--47855	48	2.4	47	83	10	138	73	0	10	16	1.08
48125--48181	16	3.6	16	72	9	55	66	1	8	22	1.29
48269--48363	3	31.3	3	72	16	54	69	3	2	25	1.14
48269--48374	28	3.8	28	70	18	69	67	2	3	25	1.21
48287--48351	16	3.9	17	70	23	57	73	4	0	21	1.00
48255--48374	48	2.8	44	73	20	112	66	2	3	27	1.20
48942--48986	22	2.0	23	91	4	74	24	0	4	71	1.05
48949--49023	19	4.0	19	76	6	64	37	0	1	61	1.05
48952--49001	22	2.3	22	82	0	64	32	0	2	66	1.03
48952--49001	3	18.0	3	80	15	54	32	0	2	66	1.03
50364--50403	20	2.0	20	85	9	55	30	7	2	60	1.38
50581--50692	16	6.8	16	65	18	52	49	1	0	48	1.18
57671--57891	114	1.9	113	87	0	325	33	14	20	30	1.93
58071--58129	31	1.9	31	96	0	109	33	15	16	33	1.91
60457--60511	22	2.5	22	87	0	83	34	14	14	36	1.87
60943--62896	113	17.3	113	95	0	3398	36	15	20	28	1.93
63239--63283	22	2.0	23	91	4	74	24	0	4	71	1.05
63246--63322	19	4.1	19	75	6	68	37	0	1	61	1.05
63249--63298	22	2.3	22	82	0	64	32	0	2	66	1.03
63249--63298	3	18.0	3	80	15	54	32	0	2	66	1.03
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63750--63774	7	3.6	7	100	0	50	56	44	0	0	0.99
64659--64705	22	2.2	22	85	7	62	44	6	0	48	1.28
64847--64891	20	2.2	20	84	0	54	33	0	0	66	0.92
64855--64893	20	2.0	20	89	0	60	30	0	0	69	0.89
64753--64987	120	2.0	116	82	6	285	38	7	6	46	1.59
68103--68137	17	2.1	17	89	10	54	65	0	0	34	0.93
77593--77663	22	3.3	22	86	7	101	33	30	11	23	1.90
77605--77685	20	4.0	20	88	3	108	30	28	11	29	1.91
77631--77701	20	3.5	20	88	0	70	29	26	11	32	1.91
86239--86273	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
86892--86965	30	2.5	30	81	0	94	24	21	20	33	1.97
93907--93967	23	2.7	23	92	0	104	27	22	19	29	1.98
95548--95660	59	1.9	59	92	1	192	24	15	23	36	1.93
96018--96044	9	3.0	9	100	0	54	77	0	0	22	0.76
99424--99542	58	2.0	59	85	4	161	28	16	21	32	1.96
100981--101066	31	2.7	31	82	8	95	46	10	3	39	1.55
102873--102934	21	2.9	21	95	2	106	40	19	17	22	1.91
105950--105990	16	2.6	15	88	7	55	36	2	0	60	1.10
108540--108583	20	2.2	20	100	0	88	18	13	11	56	1.66
111355--111402	17	2.8	17	77	0	51	39	0	4	56	1.19
112277--112387	51	2.2	52	88	4	163	43	3	5	47	1.43
112607--112636	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
113078--113133	21	2.6	22	80	8	53	51	3	3	41	1.36
113139--113261	63	2.0	63	88	3	185	47	13	2	36	1.57
123602--123640	20	2.0	20	84	0	51	23	7	23	46	1.78
123815--123876	20	2.9	21	80	9	63	16	25	35	22	1.94
129252--129289	20	2.0	19	90	10	60	13	23	42	21	1.88
129960--130020	20	3.1	19	77	11	68	27	36	24	11	1.90
135576--135693	29	4.0	29	85	5	148	34	6	1	56	1.36
135631--135766	70	1.9	72	83	7	179	36	8	1	54	1.39
135769--135994	30	7.6	29	73	10	159	50	2	6	40	1.41
135769--135992	58	3.7	59	77	8	184	50	2	6	41	1.41
136608--137061	109	4.3	102	81	10	524	31	3	10	54	1.53
136930--136968	18	2.1	18	85	4	51	33	0	10	56	1.33
136849--137096	100	2.5	96	83	9	322	32	3	10	53	1.51
139484--139613	27	4.8	27	80	3	145	36	20	6	36	1.78
139489--139613	54	2.3	54	84	2	171	36	21	6	36	1.79
142092--142127	2	19.0	2	88	11	58	50	0	0	50	1.00
142092--142120	15	1.9	15	100	0	58	48	0	0	51	1.00
142092--142127	17	2.1	17	94	0	63	50	0	0	50	1.00
142609--142677	29	2.4	28	83	11	77	50	7	1	40	1.39
144203--144244	22	1.9	22	90	9	68	14	11	4	69	1.34
144561--144586	11	2.4	11	100	0	52	92	7	0	0	0.39
146151--146192	22	1.9	22	90	9	68	14	11	4	69	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
146685--146776	45	2.0	45	100	0	184	26	13	19	41	1.88
150790--150834	11	4.1	11	85	5	56	15	11	2	71	1.24
152022--152079	21	2.6	22	83	10	73	32	31	18	17	1.94
158308--158350	19	2.2	19	83	4	50	20	2	6	69	1.23
160345--160404	21	2.7	23	76	12	70	30	33	16	20	1.94
160445--160495	19	2.7	19	87	0	75	29	31	21	17	1.96
163592--163656	32	2.0	32	96	0	121	32	23	9	35	1.86
173981--174993	503	2.0	502	97	0	1891	37	17	14	30	1.90
181226--181312	17	5.1	17	74	13	72	79	0	18	2	0.84
181225--181295	25	2.6	27	87	12	94	80	0	18	1	0.79

Tables:   1   2   3   4