genome.fa.s7894.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007894.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110279_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1425917

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3223--3282	14	3.9	14	80	19	75	20	36	28	15	1.92
3230--3274	19	2.4	19	92	0	72	15	37	31	15	1.89
3211--3282	33	2.2	33	92	0	117	18	34	29	18	1.94
7000--7034	18	1.9	18	88	0	52	28	17	0	54	1.43
8186--8235	19	2.6	19	90	0	73	16	36	28	20	1.93
8210--8243	14	2.4	14	90	0	50	17	38	26	17	1.92
23713--23915	95	2.1	95	96	1	370	41	13	14	31	1.84
26183--26240	29	2.0	29	89	3	89	41	5	18	34	1.73
26189--26240	15	3.5	15	76	5	61	42	5	17	34	1.73
26405--26478	19	3.9	19	72	13	64	47	1	1	50	1.18
26415--26461	17	2.6	18	80	19	53	46	2	0	51	1.13
26407--26461	18	2.9	18	77	22	60	50	1	0	47	1.11
26407--26466	21	3.0	21	75	22	67	51	1	0	46	1.10
26471--26533	33	2.0	31	87	9	92	44	0	3	52	1.17
26621--26722	28	3.5	29	78	17	106	52	1	0	44	1.18
26621--26720	27	3.5	27	75	16	78	53	2	1	44	1.19
26674--26774	27	3.6	27	75	13	87	49	0	0	48	1.14
26970--27080	42	2.6	42	91	0	168	47	18	16	18	1.83
27927--28008	32	2.6	32	82	7	112	12	8	37	41	1.73
28581--28627	18	2.7	18	86	3	60	29	23	8	38	1.84
30583--30633	19	2.6	20	78	12	61	43	3	5	47	1.46
36856--36917	31	2.0	31	90	6	99	24	17	20	37	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37627--37721	43	2.2	43	83	3	111	28	12	17	41	1.86
37688--37754	33	2.0	33	85	0	89	31	7	14	46	1.73
37947--38015	27	2.6	27	90	2	104	40	11	14	33	1.82
42046--42082	13	2.8	13	100	0	74	54	0	45	0	1.00
42264--42344	29	2.7	30	78	16	96	33	11	2	53	1.50
44651--44689	14	3.1	14	72	27	50	7	15	25	51	1.70
44638--44699	24	2.6	24	89	5	90	11	14	20	53	1.72
44657--44712	24	2.3	24	87	0	76	14	10	17	57	1.65
45784--45858	10	7.7	10	67	21	52	9	12	22	56	1.64
45790--45854	16	4.1	16	93	0	112	7	12	24	55	1.63
45924--45956	16	2.1	16	100	0	66	6	12	24	57	1.57
47394--47484	29	3.1	29	68	12	78	35	4	6	53	1.47
57526--57610	34	2.5	33	80	16	93	25	8	8	57	1.56
60598--60712	51	2.3	51	86	3	151	23	28	33	14	1.94
60601--60727	51	2.5	50	82	7	139	22	28	34	14	1.93
66950--67019	36	1.9	36	85	5	97	25	27	22	24	2.00
68407--68477	35	2.0	35	100	0	142	36	2	16	43	1.63
70693--70981	84	3.4	83	89	3	429	32	9	34	22	1.87
70693--71032	84	4.0	82	87	4	403	31	10	35	23	1.88
75533--75591	29	2.0	29	90	0	91	40	3	11	44	1.58
77949--78024	31	2.5	31	91	0	125	27	19	11	40	1.87
81076--81113	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86074--86152	29	2.6	32	92	6	128	15	34	27	22	1.94
86213--86253	14	2.9	14	100	0	82	7	34	36	21	1.82
96756--96955	53	3.8	53	90	2	305	20	26	22	31	1.98
97321--97413	40	2.3	41	83	10	111	37	23	16	22	1.93
97322--97532	42	5.2	42	69	18	128	33	22	17	27	1.96
97459--97547	42	2.2	41	92	6	146	31	21	23	23	1.98
97641--97764	42	3.0	40	75	6	113	28	23	21	26	1.99
97658--97764	42	2.6	41	83	2	142	28	22	22	26	1.99
97877--97978	42	2.5	41	79	3	123	29	23	23	23	1.99
97492--98090	214	2.8	213	94	1	1019	30	18	16	34	1.93
112354--112380	4	6.8	4	100	0	54	48	0	0	51	1.00
114245--114305	28	2.2	28	93	0	104	26	18	21	34	1.96
115013--115095	42	2.0	42	92	4	141	31	20	18	30	1.96
118683--118758	32	2.3	33	80	13	95	40	2	6	50	1.42
128460--128517	3	19.3	3	85	7	82	39	0	0	60	0.97
133980--134011	15	2.1	15	94	0	55	28	18	6	46	1.73
141332--141384	15	3.7	14	85	10	72	83	0	16	0	0.66
141328--141385	14	4.1	14	82	17	75	79	0	20	0	0.74
141329--141384	28	2.0	28	93	6	96	82	0	17	0	0.68
141334--141384	17	3.1	17	78	18	63	84	0	15	0	0.63
142744--143286	92	5.9	92	97	0	1014	27	15	22	35	1.93
143984--144657	113	5.8	113	83	5	753	38	13	19	28	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
143982--144674	229	3.0	229	83	4	831	38	14	18	28	1.90
144467--144757	124	2.4	123	86	4	394	41	15	19	24	1.89
144899--144953	3	18.3	3	81	7	67	41	0	0	58	0.98
146072--146114	2	21.5	2	95	0	77	53	0	0	46	1.00
153871--153897	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
162247--162331	24	3.6	24	85	3	118	37	18	18	24	1.94
166944--167051	24	4.5	24	76	2	74	42	17	12	26	1.86
174327--174382	29	1.9	29	89	7	87	42	10	10	35	1.74
174332--174393	29	2.1	29	85	5	81	40	12	11	35	1.80
178127--178168	21	2.0	20	86	4	57	45	4	4	45	1.45
178647--178686	18	2.2	18	95	0	71	25	5	22	47	1.71
186076--186120	19	2.4	19	84	0	63	17	26	33	22	1.96
186124--186170	18	2.7	18	90	3	69	19	46	19	14	1.84
186167--186195	14	2.1	14	100	0	58	20	24	20	34	1.97
187919--187969	24	2.2	23	89	3	75	43	19	15	21	1.88
187902--188034	70	1.9	70	95	0	239	43	19	14	22	1.87
187989--188044	24	2.2	26	84	9	71	46	21	14	17	1.84
191789--191861	36	2.0	36	97	0	137	42	8	20	28	1.81
193619--193727	24	4.5	24	73	6	80	22	13	14	49	1.78
201352--201425	37	2.0	37	94	0	130	39	9	9	41	1.70
206840--206967	60	2.1	59	83	8	152	32	14	19	33	1.91
213748--213787	21	1.9	21	84	0	53	35	15	5	45	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
215386--215461	31	2.5	31	95	0	134	23	26	10	39	1.87
215501--215548	21	2.3	21	77	0	51	27	37	16	18	1.92
218011--218050	21	1.9	21	90	10	64	40	10	12	37	1.77
218195--218248	21	2.6	21	79	2	65	42	7	3	46	1.49
219222--219261	21	1.9	21	89	0	62	17	22	17	42	1.89
219217--219269	21	2.5	21	78	0	61	20	24	18	35	1.95
220145--220198	24	2.2	24	93	0	90	20	18	20	40	1.91
221322--221370	18	2.7	18	96	0	89	42	26	2	28	1.66
221583--221637	19	2.8	19	83	2	65	38	21	21	18	1.94
221628--221715	14	5.6	14	67	23	50	44	18	25	12	1.84
221610--221736	33	3.8	33	95	0	227	44	18	24	12	1.84
221590--221740	19	8.7	18	68	22	92	43	19	24	12	1.85
221736--221810	19	4.2	18	74	19	59	13	17	24	45	1.84
221767--221811	19	2.4	19	92	0	72	13	17	20	48	1.80
221778--221819	19	2.2	19	86	0	57	16	19	19	45	1.86
221919--221955	14	2.6	14	91	0	65	45	21	0	32	1.52
224515--224551	2	19.5	2	89	10	60	51	0	0	48	1.00
226013--226065	26	2.0	27	88	3	81	43	18	11	26	1.84
227028--227066	3	13.0	3	100	0	78	33	0	0	66	0.92
239854--239881	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
241413--241455	9	4.4	10	86	13	63	62	0	0	37	0.95
241420--241456	3	12.3	3	88	11	58	64	0	0	35	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
241420--241453	17	1.9	18	94	5	61	64	0	0	35	0.94
245421--245528	50	2.2	50	89	0	162	39	7	13	38	1.73
251454--251495	22	2.0	20	86	13	59	59	9	9	21	1.57
253304--253381	32	2.4	32	95	0	138	41	15	5	38	1.69
260394--260429	17	2.1	18	90	10	58	25	22	16	36	1.94
262580--262735	41	3.8	41	78	1	170	31	17	17	33	1.93
262596--262757	20	8.0	20	76	5	137	32	17	18	30	1.95
262595--262755	81	2.0	81	96	0	295	32	17	18	31	1.94
262751--262861	40	2.8	40	81	2	143	38	24	18	18	1.93
262762--262863	20	5.1	20	79	0	123	40	22	17	19	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7