genome.fa.s7894.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007894.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110279_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1425917

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
671801--671845	22	2.0	22	100	0	90	42	8	13	35	1.75
673664--673878	107	2.0	107	99	0	421	30	16	30	22	1.96
673951--673977	6	4.5	6	100	0	54	51	0	0	48	1.00
682324--682353	4	7.5	4	100	0	60	76	0	0	23	0.78
686025--686054	2	14.5	2	93	6	51	50	0	3	46	1.18
688648--688679	12	2.6	13	85	14	50	50	3	0	46	1.17
703840--703913	37	2.0	36	84	7	96	47	4	1	47	1.29
706140--706426	30	9.6	30	82	7	318	38	4	19	37	1.72
706140--706426	59	4.8	56	85	8	313	38	4	19	37	1.72
706140--706426	89	3.2	87	84	8	364	38	4	19	37	1.72
708389--708425	2	18.5	2	88	0	56	48	0	2	48	1.15
713078--713121	19	2.3	19	88	0	61	40	0	0	59	0.98
713245--713283	5	7.8	5	100	0	78	38	0	0	61	0.96
713289--713360	25	2.7	27	74	6	76	50	0	0	50	1.00
713288--713324	16	2.3	17	81	13	51	51	0	0	48	1.00
713299--713357	31	1.9	31	82	6	75	45	0	0	54	0.99
713901--713934	17	2.0	17	94	0	59	38	11	5	44	1.65
717078--717142	29	2.2	29	86	0	94	30	26	24	18	1.98
721740--721805	32	2.1	32	91	0	105	16	31	25	25	1.96
722817--722903	35	2.5	34	80	12	97	54	10	8	27	1.62
725983--726028	18	2.5	19	80	13	53	69	2	4	23	1.17
734496--734535	20	2.0	21	85	5	55	22	0	7	70	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
735095--735160	32	2.1	32	85	2	89	51	3	1	43	1.26
735320--735352	16	2.1	16	100	0	66	57	24	12	6	1.57
735421--735481	16	3.8	16	91	0	104	54	22	14	8	1.67
736570--736625	24	2.3	24	93	0	94	55	19	12	12	1.68
736577--736632	14	4.3	14	73	17	57	53	23	12	10	1.69
737571--737742	76	2.3	76	97	0	326	31	13	11	43	1.79
739989--740021	14	2.4	14	94	0	57	24	39	30	6	1.79
740004--740055	23	2.3	23	89	0	77	25	26	38	9	1.86
740102--740128	13	2.1	13	100	0	54	22	40	22	14	1.90
740150--740239	33	2.7	33	91	0	135	8	36	27	26	1.86
742445--742481	13	2.6	15	87	8	51	40	0	2	56	1.13
742906--742944	18	2.2	18	86	9	53	35	5	5	53	1.45
748155--748189	2	17.5	2	93	0	61	48	2	0	48	1.16
748482--748600	58	2.1	58	100	0	238	36	3	8	51	1.49
749395--749423	6	4.8	6	100	0	58	51	34	0	13	1.42
756534--756716	99	1.9	98	89	1	285	26	18	21	33	1.96
760080--760332	66	3.8	65	88	3	344	28	15	13	42	1.85
761079--761897	214	3.9	212	86	6	1091	50	8	11	29	1.67
761097--761873	202	3.7	204	85	8	1003	50	8	11	29	1.68
761920--762019	2	50.0	2	73	15	82	46	2	4	48	1.32
761920--762045	22	5.7	22	73	14	82	46	2	4	46	1.37
762113--762150	11	3.5	11	88	0	58	50	2	2	44	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
761929--762160	20	11.2	20	66	14	89	46	5	5	43	1.49
762257--762287	14	2.3	14	94	5	55	25	0	19	54	1.44
762295--762370	20	3.5	20	77	16	71	40	7	1	50	1.40
762309--762355	13	3.6	13	78	18	53	38	6	2	53	1.39
762307--762371	23	3.0	22	77	20	73	36	7	1	53	1.39
762295--762365	22	3.2	23	75	18	69	40	7	1	50	1.38
762325--762471	33	4.5	33	81	13	146	42	8	4	44	1.54
762365--762416	13	3.6	13	75	22	50	46	9	5	38	1.61
762431--762546	2	56.0	2	66	19	51	43	6	2	46	1.44
762486--762545	20	3.0	20	85	4	77	45	5	1	48	1.34
762398--762563	53	3.0	55	82	6	203	43	7	3	45	1.50
762625--762842	18	12.1	18	71	15	157	45	6	6	41	1.56
762647--762845	58	3.7	52	81	11	224	44	7	6	41	1.57
762714--762831	33	3.8	33	74	17	135	44	7	6	41	1.59
762639--762845	109	1.9	112	88	4	321	44	6	6	42	1.56
762631--762866	109	2.1	112	81	8	302	46	6	5	41	1.53
762811--762875	20	3.1	21	75	23	57	50	4	1	43	1.32
762904--763044	61	2.3	61	85	2	194	52	4	6	36	1.49
765812--765872	23	2.5	24	80	17	65	42	6	3	47	1.45
765946--765983	13	2.8	13	82	17	51	60	0	2	36	1.11
765962--766051	18	4.8	18	72	12	65	57	2	4	35	1.31
765962--766007	19	2.5	18	79	6	56	56	0	8	34	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
765999--766056	18	3.1	19	74	18	66	56	3	0	39	1.16
775103--775203	50	2.0	50	94	0	175	24	19	17	37	1.94
783621--783727	32	3.5	31	77	20	118	38	8	14	39	1.76
783810--783914	31	3.6	29	82	6	122	37	10	12	40	1.77
786232--786279	18	2.7	19	78	12	57	47	4	8	39	1.53
811957--811996	20	2.0	20	90	0	62	20	35	25	20	1.96
818598--818701	31	3.3	31	80	6	86	15	25	27	31	1.95
818623--818701	31	2.5	31	89	6	115	15	25	25	34	1.95
821649--821781	68	2.0	68	89	0	203	24	22	17	35	1.95
824714--824770	29	2.0	29	83	13	73	31	8	10	49	1.68
833636--833679	18	2.4	18	85	7	54	22	27	15	34	1.95
837487--837555	27	2.6	27	100	0	138	53	0	2	43	1.15
837801--837865	2	32.5	2	96	0	121	47	0	0	52	1.00
841196--841233	20	2.0	19	90	10	60	21	21	10	47	1.80
864581--866031	301	4.9	302	78	5	1302	28	15	20	35	1.93
864585--865949	604	2.3	598	79	5	1439	28	15	20	35	1.93
877681--878264	280	2.1	280	86	1	812	35	22	15	26	1.94
880003--880043	2	20.5	2	94	0	73	51	0	0	48	1.00
884999--885023	12	2.1	12	100	0	50	24	24	44	8	1.80
887365--887495	19	6.9	19	71	10	88	39	22	7	30	1.82
887364--887495	38	3.5	38	89	0	201	39	22	7	30	1.82
894151--894773	158	3.9	158	80	6	649	28	16	4	50	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
894151--894755	316	1.9	317	81	8	743	27	16	4	50	1.65
899425--899526	45	2.3	45	81	6	134	44	15	12	27	1.83
901818--901865	26	1.9	24	83	8	60	45	2	2	50	1.25
901953--902031	26	3.0	25	75	12	70	45	1	5	48	1.32
902142--902181	14	2.9	14	88	0	62	32	12	5	50	1.62
904471--904503	3	11.0	3	93	0	57	30	0	36	33	1.58
944562--944602	18	2.3	18	100	0	82	53	14	9	21	1.70
947082--948264	248	4.8	248	92	0	1900	31	25	19	24	1.98
947082--948264	497	2.4	497	91	0	1922	31	25	19	24	1.98
948820--948864	22	2.2	20	84	8	54	40	2	2	55	1.24
950020--950048	12	2.4	12	100	0	58	31	0	0	68	0.89
950018--950082	19	3.3	19	76	4	58	24	4	1	69	1.16
950184--950229	23	2.0	22	87	4	65	2	8	6	82	0.91
950332--950405	21	3.6	21	82	12	91	31	21	1	45	1.60
953167--953205	17	2.4	17	95	4	71	43	0	5	51	1.24
953862--953922	31	2.0	31	86	0	86	37	4	11	45	1.62
954470--954582	14	8.8	14	66	21	68	55	0	1	41	1.16
954503--954609	12	8.7	12	69	19	69	58	1	0	38	1.15
954449--954605	64	2.5	64	94	4	275	57	1	1	39	1.18
954505--954586	24	3.2	26	78	13	91	56	1	1	41	1.15
958135--958182	24	2.0	24	100	0	96	37	0	8	54	1.31
958306--958348	16	2.4	19	85	11	56	48	2	6	41	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
975441--975499	31	1.9	31	92	0	100	40	6	10	42	1.65
975524--975566	22	2.0	22	95	0	77	48	13	2	34	1.56
975526--975574	22	2.2	22	85	3	62	53	14	2	30	1.52
975514--975822	54	5.6	54	80	7	361	52	12	0	34	1.42
975546--975978	32	15.4	31	71	24	306	52	12	0	34	1.41
975578--975620	22	2.0	22	95	0	77	51	11	0	37	1.39
975580--975628	22	2.2	22	85	3	62	55	12	0	32	1.37
975583--975897	80	3.8	80	86	12	465	53	13	0	33	1.40
975636--975713	26	3.0	26	72	12	70	55	16	0	28	1.42
975706--975759	14	3.6	14	72	18	54	57	5	0	37	1.22

Tables:   1   2   3   4   5   6   7