genome.fa.s7908.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007908.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110302_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  529382

Tables:   1   2   3   

This is table  1  of  3  ( 305 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
4393--4475	29	2.8	29	92	1	139	43	9	14	32	1.78
6184--6318	60	2.3	59	81	3	155	31	20	5	42	1.74
7206--7383	60	3.0	59	78	6	169	41	5	18	34	1.74
8697--8735	19	2.1	19	90	0	60	66	5	7	20	1.36
9598--9642	20	2.3	20	85	11	58	46	6	2	44	1.42
9952--9983	13	2.4	14	94	5	57	78	6	0	15	0.95
9950--9984	14	2.5	15	86	13	56	77	5	0	17	0.96
10050--10096	21	2.3	20	92	7	78	61	0	8	29	1.25
10876--11314	226	2.0	223	93	3	756	45	7	7	39	1.61
13794--13858	21	3.1	21	80	6	69	40	15	29	15	1.88
13892--13957	33	2.0	33	90	0	105	28	0	48	22	1.51
15749--15796	19	2.6	19	93	3	80	31	2	10	56	1.45
15915--17083	198	5.9	199	97	0	2166	37	15	15	31	1.90
15915--17083	397	2.9	397	97	0	2182	37	15	15	31	1.90
18543--18604	18	3.4	18	79	0	79	37	9	35	17	1.83
18543--18634	6	15.3	6	79	0	67	36	7	34	20	1.81
18558--18638	3	27.0	3	75	0	72	35	6	34	23	1.80
18546--18622	36	2.1	36	90	0	118	35	9	35	20	1.85
18546--18634	12	7.4	12	84	0	88	35	7	34	21	1.82
18543--18634	18	5.1	18	77	0	76	36	7	34	20	1.81
20107--20815	183	3.9	183	97	0	1294	36	14	16	33	1.88
23282--23346	25	2.6	25	80	0	85	35	9	13	41	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23634--23697	23	2.8	23	87	0	92	35	6	20	37	1.78
23634--23706	23	3.2	23	82	7	85	34	5	20	39	1.76
23973--24023	25	2.0	25	92	0	84	33	7	19	39	1.81
24318--24354	18	2.1	18	89	0	56	32	5	10	51	1.60
24310--24356	24	2.0	24	86	0	67	34	4	14	46	1.64
24613--24699	39	2.2	39	95	0	156	48	20	13	17	1.81
25038--25087	21	2.4	22	76	10	59	40	12	10	38	1.76
27893--27923	6	5.2	6	92	0	53	32	12	19	35	1.90
28004--28051	21	2.3	21	85	0	60	25	25	22	27	2.00
29737--29761	9	2.8	9	100	0	50	12	0	44	44	1.41
31378--31417	17	2.4	17	100	0	80	20	42	27	10	1.83
31971--32028	15	3.9	15	78	10	57	60	0	0	39	0.97
31978--32049	20	3.9	21	66	28	63	61	0	0	38	0.96
31973--32049	34	2.3	34	84	8	95	59	0	0	40	0.97
35977--36094	60	2.0	60	94	3	211	38	17	17	25	1.92
40550--40911	109	3.2	111	88	3	512	28	16	23	31	1.96
40842--41818	66	14.8	66	95	0	1728	31	17	20	30	1.96
42984--43033	21	2.3	23	89	6	77	4	18	0	78	0.91
43023--43059	13	2.8	14	84	16	60	13	24	0	62	1.31
43023--43057	12	2.7	13	91	8	54	14	22	0	62	1.31
46575--46635	25	2.3	27	83	8	72	70	1	6	21	1.19
52558--52594	19	1.9	19	88	0	56	51	13	5	29	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54812--54904	21	4.6	20	78	4	96	38	18	24	18	1.92
54809--54904	41	2.3	41	98	0	183	39	17	23	18	1.92
54812--54904	20	4.6	20	78	4	96	38	18	24	18	1.92
54831--54965	41	3.3	41	81	6	123	37	20	21	20	1.94
54893--54986	20	4.7	20	80	2	89	34	24	18	23	1.96
55508--55574	19	3.5	19	83	2	80	49	23	16	10	1.77
55570--55734	19	9.1	19	73	15	134	13	24	19	43	1.87
55575--55709	33	3.9	33	87	5	144	12	24	20	42	1.87
55688--55734	20	2.3	20	75	13	51	14	25	12	46	1.80
57723--57845	42	2.9	42	79	7	115	23	35	17	22	1.95
57779--57845	21	3.2	21	66	6	55	23	35	20	19	1.95
59198--59233	14	2.6	14	95	0	63	30	0	25	44	1.54
59412--59529	19	6.7	19	66	19	67	13	23	19	43	1.87
59416--59509	33	2.8	33	96	0	170	12	24	18	44	1.84
61794--61818	12	2.1	12	100	0	50	0	28	0	72	0.86
63293--63329	14	2.6	14	86	0	56	48	21	0	29	1.50
63780--63834	20	2.8	19	83	8	65	16	23	23	36	1.94
64306--64350	18	2.5	18	85	0	63	15	15	42	26	1.87
65666--65703	20	1.9	20	88	0	58	50	21	15	13	1.78
65967--66010	22	2.0	22	95	0	79	18	15	45	20	1.85
66198--66291	20	4.7	20	80	2	89	23	18	24	34	1.96
66218--66353	41	3.3	42	78	5	118	20	20	20	38	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66178--66292	20	5.7	20	78	5	88	23	17	23	35	1.95
66281--66373	21	4.6	20	79	4	105	18	23	18	39	1.92
66281--66376	41	2.3	41	96	0	174	18	22	17	40	1.91
71338--71389	22	2.4	22	93	3	88	21	36	23	19	1.95
75492--75550	21	2.8	21	76	5	66	45	16	33	3	1.64
76051--76295	43	5.8	43	82	4	223	30	24	16	28	1.97
76867--76897	2	15.5	2	93	0	53	48	0	0	51	1.00
81975--82021	19	2.5	19	96	0	85	19	38	6	36	1.77
88167--88214	24	2.0	23	84	4	60	14	12	25	47	1.79
92574--92612	19	2.1	19	85	0	51	51	0	7	41	1.31
93091--93147	24	2.4	24	84	0	78	36	21	21	21	1.95
93136--93225	23	3.9	23	79	4	92	35	24	18	21	1.96
93168--93237	23	3.0	23	74	15	72	34	24	21	20	1.97
93136--93225	46	2.0	46	84	0	117	35	24	18	21	1.96
103956--103981	13	2.0	13	100	0	52	46	23	7	23	1.78
104801--105386	200	2.9	199	88	1	845	39	14	13	32	1.85
108282--108332	6	8.5	6	88	0	75	29	11	3	54	1.54
110559--110602	20	2.2	21	88	12	74	22	22	13	40	1.89
110565--110605	20	2.0	20	100	0	82	24	24	9	41	1.85
114685--115397	247	2.9	247	90	0	1097	42	16	15	26	1.87
117359--117821	256	1.8	256	89	3	736	39	12	13	34	1.83
117731--118194	224	2.1	226	85	2	619	33	14	14	37	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
119589--119713	60	2.1	60	79	5	146	31	13	19	36	1.90
119933--119981	26	1.9	25	83	4	62	59	8	8	24	1.54
120544--121033	244	2.0	244	100	0	980	38	15	11	34	1.84
123375--123431	29	2.0	29	85	0	78	31	21	3	43	1.69
125296--125360	26	2.5	26	97	0	121	38	20	18	23	1.93
127337--127376	10	3.9	10	86	3	53	67	2	5	25	1.23
128536--128562	11	2.5	11	100	0	54	29	0	0	70	0.88
128623--128681	10	5.7	10	80	7	64	23	6	3	66	1.32
128623--128679	21	2.8	19	80	15	60	22	7	3	66	1.31
140293--140331	19	2.1	19	85	9	53	48	2	23	25	1.63
141900--141927	11	2.5	11	100	0	56	46	0	46	7	1.30
147336--147375	21	1.9	21	89	0	62	55	7	7	30	1.56
151159--151262	21	4.7	23	77	14	112	29	22	21	26	1.99
151159--151255	45	2.2	43	89	7	142	29	20	21	27	1.98
153201--153248	15	3.3	14	81	16	53	20	2	20	56	1.53
154870--154913	22	2.0	22	82	8	54	27	9	9	54	1.62
155916--156144	45	5.1	45	83	4	257	30	20	8	41	1.82
155938--156143	90	2.3	90	87	1	288	29	20	8	41	1.82
156130--156312	78	2.4	78	91	4	291	30	22	10	36	1.89
156652--156805	20	7.7	20	88	1	227	38	18	20	22	1.93
156792--156838	20	2.3	20	92	0	76	31	27	19	21	1.97
157680--157733	24	2.2	24	93	0	90	20	18	20	40	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
160169--160243	20	3.8	20	94	0	132	34	25	22	17	1.96
160157--160243	40	2.2	40	91	4	140	34	25	22	17	1.96
160215--160311	34	2.9	34	90	0	140	43	20	22	13	1.87
160248--160316	20	3.8	20	69	21	69	47	18	20	13	1.81
160327--160410	33	2.5	33	88	1	114	14	21	17	46	1.84
160527--160563	14	2.6	14	86	0	56	48	21	0	29	1.50
161941--162022	21	3.9	21	75	0	83	21	20	35	21	1.96
162472--162583	20	5.9	20	83	10	139	19	20	20	39	1.93
164514--164601	20	4.4	21	84	7	96	43	23	17	15	1.87
164928--164993	22	3.0	22	90	0	105	22	13	37	25	1.91

Tables:   1   2   3