genome.fa.s7912.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007912.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110313_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1361188

Tables:   1   2   3   4   5   6   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2913--2980	26	2.5	27	76	4	75	19	14	8	57	1.63
5397--5453	5	12.6	5	78	17	63	82	0	17	0	0.67
5397--5453	17	3.2	18	83	16	82	82	0	17	0	0.67
5398--5463	9	7.3	9	82	16	75	80	0	16	3	0.84
6983--7040	28	2.1	28	93	6	100	24	24	29	22	1.99
8337--8963	40	15.9	40	90	1	809	29	16	12	41	1.85
8516--8579	20	3.2	20	62	16	51	31	15	10	42	1.82
8669--8737	23	3.3	23	61	23	60	30	14	15	39	1.88
8775--8838	20	3.2	20	64	16	51	23	15	12	48	1.79
8893--9131	133	1.8	132	81	2	300	26	18	13	41	1.88
9092--9416	61	5.4	61	77	10	328	31	16	13	39	1.86
9135--9213	28	2.8	29	84	11	117	29	15	16	39	1.89
9150--9204	13	4.2	13	74	19	51	30	10	16	41	1.83
9779--10364	136	4.3	136	90	2	872	33	17	22	26	1.96
15972--16017	23	2.0	23	88	12	69	17	10	4	67	1.37
28250--28295	23	2.0	23	88	12	69	15	13	4	67	1.38
29090--29119	11	2.6	12	94	5	53	26	6	0	66	1.16
30185--30250	13	4.9	13	83	3	69	22	22	13	40	1.89
30182--30251	27	2.6	26	84	4	86	21	24	15	38	1.92
35093--35131	2	19.5	2	94	0	69	53	0	0	46	1.00
36805--36850	3	16.0	3	88	8	69	30	0	0	69	0.89
37050--37101	25	2.1	25	96	0	95	23	34	25	17	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37507--37554	21	2.3	21	92	3	80	22	8	39	29	1.83
39721--39770	3	17.0	3	91	4	84	66	0	2	32	1.03
40292--40675	193	2.0	198	94	4	690	46	11	11	30	1.74
40852--40893	22	1.9	23	85	9	61	54	7	2	35	1.41
41235--41268	17	2.0	17	100	0	68	41	17	0	41	1.50
42160--42537	165	2.3	168	80	5	424	36	13	17	32	1.88
59393--59438	22	2.1	22	91	0	74	36	2	10	50	1.50
59588--59709	61	1.9	61	82	9	147	28	17	27	27	1.97
64451--64514	24	2.7	24	82	4	76	18	15	21	43	1.87
64473--64530	24	2.4	24	85	0	71	20	13	18	46	1.83
70926--70968	20	2.2	20	87	8	61	32	20	13	32	1.92
73762--73804	20	2.2	20	91	0	68	34	18	13	32	1.90
78306--78427	49	2.6	46	79	11	138	40	7	20	31	1.80
87356--87401	22	2.1	22	83	0	56	36	2	10	50	1.50
95307--95368	21	2.8	22	74	16	65	12	20	1	64	1.36
102795--102866	30	2.4	30	100	0	144	30	13	11	44	1.79
104281--104350	20	3.5	20	88	5	90	37	21	5	35	1.77
112904--112932	14	2.1	14	100	0	58	6	20	51	20	1.70
119380--119424	7	6.6	7	84	5	65	28	26	26	17	1.98
119380--119417	20	1.9	20	94	0	67	28	26	26	18	1.98
119452--119494	19	2.2	20	87	4	61	20	27	32	18	1.96
119452--119509	20	3.0	20	82	7	57	27	24	31	17	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
121357--121438	21	3.9	21	72	10	60	31	19	19	29	1.96
125212--125275	20	3.2	20	86	0	92	35	18	10	34	1.86
125639--125749	51	2.1	52	86	6	154	39	16	9	34	1.81
126039--126071	17	1.9	17	100	0	66	60	12	6	21	1.53
132151--132215	24	2.8	22	80	17	69	9	20	4	66	1.38
144495--144519	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
146933--147014	29	2.8	29	96	1	146	31	14	13	40	1.85
157140--157194	12	4.7	12	84	4	67	80	10	9	0	0.92
168033--168087	12	4.7	11	82	12	58	0	9	12	78	0.97
168033--168078	13	3.6	13	94	2	76	0	10	13	76	1.03
184315--184357	12	3.6	12	84	9	52	0	6	11	81	0.87
200627--200782	85	1.8	84	79	8	181	32	17	17	32	1.94
200789--200842	13	4.2	13	87	0	81	37	9	24	29	1.86
200796--200851	26	2.2	26	90	0	85	39	12	21	26	1.89
202259--202284	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
206977--207157	85	2.2	83	83	6	213	29	14	20	35	1.92
207114--207169	13	4.3	13	93	0	85	30	14	23	32	1.94
208048--208228	85	2.2	83	83	6	213	29	14	20	35	1.92
208185--208245	13	4.7	13	93	0	95	32	13	21	32	1.91
208178--208245	26	2.6	25	81	9	82	33	13	20	32	1.91
213224--213355	40	3.3	40	84	2	167	28	21	16	34	1.95
213690--213931	40	5.9	41	78	8	190	27	19	16	37	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
213690--213936	80	3.0	81	79	4	230	27	18	15	37	1.92
213813--213972	84	1.9	82	81	6	187	29	18	13	38	1.89
213978--214074	39	2.5	38	81	5	104	36	20	9	34	1.85
218596--218629	13	2.5	13	95	4	59	0	11	8	79	0.94
218609--218648	8	5.0	8	87	9	55	0	5	12	82	0.82
218586--218647	11	5.2	12	80	14	51	0	6	11	82	0.84
218588--218648	16	3.9	17	74	24	62	0	6	13	80	0.90
228268--228371	40	2.6	39	76	8	93	31	10	14	43	1.79
228338--228428	40	2.3	40	84	0	110	28	18	13	39	1.88
241855--241888	16	2.2	16	90	10	54	32	20	11	35	1.89
243636--243954	45	7.1	45	84	2	363	30	22	8	38	1.84
244373--244425	22	2.5	20	85	11	79	24	28	16	30	1.97
244466--244521	22	2.7	21	83	8	78	26	25	16	32	1.96
244373--244594	94	2.3	95	87	2	304	26	25	16	31	1.96
250651--250977	45	7.3	45	83	3	363	29	20	9	39	1.85
251400--251454	22	2.7	20	89	10	92	25	30	14	29	1.95
251400--251622	95	2.3	95	83	3	270	27	23	15	33	1.95
261479--261503	13	1.9	13	100	0	50	40	8	12	40	1.72
264752--264808	20	2.6	22	89	8	82	22	19	19	38	1.93
273483--273562	14	5.7	14	78	8	83	23	20	31	25	1.98
273483--273546	28	2.3	28	86	0	92	21	21	29	26	1.99
281577--281619	19	2.3	19	84	8	52	2	4	11	81	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
281570--281625	29	2.0	26	83	10	67	1	5	14	78	1.00
281577--281626	21	2.3	21	82	3	55	2	4	14	80	0.95
283199--283287	44	2.0	45	88	2	135	43	6	0	49	1.29
283953--284018	30	2.2	30	88	0	96	68	1	7	22	1.24
284621--284653	15	2.1	16	88	5	50	66	3	9	21	1.33
285630--286276	325	2.0	332	86	2	914	34	11	18	35	1.87
291739--291777	14	2.9	14	84	3	53	2	17	0	79	0.84
296141--296304	14	12.4	13	70	20	67	57	1	1	39	1.20
296141--296254	8	13.8	8	78	12	70	58	0	0	41	0.98
296153--296219	17	3.9	17	69	11	55	62	0	0	37	0.95
296215--296253	2	19.5	2	100	0	78	51	0	0	48	1.00
297942--298043	39	2.6	40	87	1	143	33	26	15	24	1.95
300218--300292	31	2.5	31	86	2	116	30	33	25	10	1.90
307725--307813	30	2.9	30	96	1	160	37	32	4	25	1.76
308611--308739	45	2.8	46	90	1	188	27	21	20	30	1.98
308902--309143	4	60.2	4	99	0	475	50	24	0	24	1.50
309499--309551	20	2.6	21	84	6	72	41	18	16	22	1.90
311412--311469	24	2.4	24	97	0	107	34	6	20	37	1.80
325555--325611	27	2.2	26	81	9	62	19	5	24	50	1.68
325561--325613	26	2.0	27	85	10	74	16	3	28	50	1.62
325623--325692	27	2.6	27	78	10	81	27	5	15	51	1.66
328145--328202	27	2.1	27	83	0	71	41	6	15	36	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
328153--328206	27	2.0	27	96	0	99	37	5	16	40	1.72
332073--332117	24	1.9	23	81	4	54	26	8	13	51	1.70
332315--333787	187	8.0	187	89	4	2273	43	11	7	36	1.70
332315--333787	364	4.0	366	89	5	2115	43	11	7	36	1.70
332315--333787	552	2.7	549	93	2	2458	43	11	7	36	1.70
348543--348801	138	1.9	138	87	4	380	40	16	13	29	1.87
349444--349493	21	2.5	20	90	9	75	34	24	12	30	1.91
358790--358949	65	2.5	65	83	6	191	30	23	18	28	1.97
358927--358969	19	2.4	19	84	7	54	23	27	20	27	1.99
358791--358969	65	2.8	63	80	9	157	28	24	18	28	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6