genome.fa.s7912.2.7.7.80.10.50.1000.3.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007912.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110313_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1361188

Tables:   1   2   3   4   5   6   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
664802--664925	40	3.2	39	84	6	162	30	30	14	24	1.95
665227--665275	24	2.0	24	92	0	80	42	12	12	32	1.79
671183--671227	7	6.4	7	81	0	54	55	20	2	22	1.54
671194--671227	14	2.4	14	100	0	68	55	23	0	20	1.43
671285--671394	40	2.8	40	88	5	161	32	26	13	27	1.94
671285--671411	40	3.2	39	80	14	143	31	25	13	29	1.94
671712--671763	24	2.1	25	96	3	97	42	7	13	36	1.73
672471--672506	11	3.4	11	92	3	56	16	11	19	52	1.73
675062--675110	18	2.7	18	93	0	80	22	22	16	38	1.92
679728--679771	19	2.3	19	88	0	61	56	4	20	18	1.58
687573--687610	18	2.1	19	85	5	51	52	2	7	36	1.45
693286--693353	2	34.0	2	100	0	136	50	0	0	50	1.00
697108--697246	61	2.4	59	80	9	160	27	21	20	30	1.98
698298--698354	29	2.0	29	100	0	114	35	0	17	47	1.48
699460--699561	23	4.4	23	77	2	107	19	19	26	34	1.96
699452--699548	46	2.1	46	90	0	149	20	20	23	35	1.96
699452--699561	46	2.4	47	83	6	145	19	20	25	34	1.96
699676--699740	6	10.8	6	79	0	76	43	3	21	32	1.68
699675--699740	18	3.7	18	91	4	98	42	3	22	31	1.69
699676--699759	12	7.2	12	74	12	59	41	2	22	33	1.67
699716--699768	27	2.0	27	84	0	70	43	0	22	33	1.54
701992--702301	156	2.0	157	85	4	421	37	29	11	21	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
702353--702401	24	2.0	24	92	0	80	38	18	22	20	1.93
708137--708193	28	2.0	28	89	0	87	43	28	5	22	1.75
715840--715950	55	2.0	55	94	0	195	37	10	17	34	1.84
719299--719373	35	2.1	35	92	0	123	44	22	0	33	1.53
719368--719445	35	2.2	34	82	6	93	39	0	19	41	1.51
720174--720323	51	2.9	51	98	0	291	36	22	15	26	1.93
721597--721629	3	11.0	3	100	0	66	66	0	0	33	0.92
721710--721840	69	1.9	69	92	1	219	34	5	10	49	1.60
723883--723942	22	2.7	22	80	12	68	75	0	8	16	1.04
723899--723990	5	17.0	5	71	17	51	73	2	6	17	1.14
723851--723911	17	3.5	17	73	20	54	70	1	9	18	1.23
723872--723922	14	3.6	14	74	12	50	72	1	9	15	1.19
723902--723990	11	8.1	11	69	16	51	74	2	6	16	1.14
724111--724140	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
725396--725431	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
725425--726082	75	8.7	76	87	9	881	45	5	3	44	1.45
725417--726082	38	17.5	39	82	12	743	45	5	3	45	1.45
726639--726710	35	2.1	35	91	0	117	40	13	9	36	1.78
731476--731520	13	3.4	14	85	11	51	77	4	15	2	1.02
731489--731539	16	3.2	15	80	5	57	82	5	11	0	0.83
731489--731523	14	2.5	14	90	0	52	82	5	11	0	0.82
731498--731551	17	3.3	16	80	12	65	81	5	12	0	0.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
732849--733098	76	3.3	75	82	8	278	31	15	10	42	1.80
732812--733098	76	3.8	75	81	6	271	31	15	11	41	1.83
732945--733051	36	2.9	36	70	8	99	31	15	10	42	1.81
733102--733323	39	5.7	39	88	2	261	29	18	16	35	1.93
733305--733466	65	2.5	65	83	8	213	31	21	11	35	1.89
733350--733568	102	2.2	101	81	7	257	29	20	12	37	1.89
733265--734132	167	5.2	166	89	1	1265	29	20	12	37	1.89
733453--733633	65	2.8	64	81	5	211	29	19	12	38	1.89
733517--733735	102	2.2	102	88	2	325	29	21	12	36	1.90
733624--733800	65	2.7	65	89	2	275	31	20	11	35	1.89
733108--734233	36	32.9	35	69	19	434	29	20	13	37	1.90
733751--733815	21	3.4	20	68	27	52	26	26	12	35	1.91
733770--733823	19	3.0	18	70	24	51	22	24	16	37	1.94
733776--733965	66	2.9	64	81	8	226	29	20	13	36	1.91
733683--733902	102	2.2	101	86	4	309	30	21	12	36	1.90
733941--734197	66	3.9	67	81	7	285	28	21	13	36	1.91
733949--734197	132	1.9	132	90	3	403	27	22	12	37	1.91
734081--734297	102	2.1	103	84	4	296	26	20	13	39	1.90
734162--734297	36	3.9	37	69	23	105	25	20	13	40	1.89
735170--735220	23	2.2	23	100	0	102	11	0	45	43	1.40
737891--737944	21	2.6	21	100	0	108	44	22	11	22	1.84
739953--739998	12	3.9	12	91	8	69	58	0	41	0	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
741127--741170	19	2.3	19	88	0	70	11	6	31	50	1.65
744633--745088	201	2.3	202	87	1	657	41	14	11	32	1.82
744910--745269	180	2.0	181	88	4	541	40	14	11	33	1.83
744709--745407	381	1.8	381	89	1	1089	40	13	12	33	1.83
746144--746235	36	2.5	37	82	7	107	31	14	14	40	1.85
746175--746244	36	1.9	37	91	8	117	27	15	15	41	1.88
746711--747334	109	5.9	109	84	5	602	22	20	25	32	1.97
747913--748071	67	2.4	67	86	4	214	33	11	22	32	1.89
747946--748422	36	13.9	36	65	17	192	36	12	21	29	1.90
748124--748422	37	8.6	37	68	17	219	38	13	20	27	1.90
748013--748404	102	3.9	102	93	0	660	37	12	20	29	1.89
749919--749965	20	2.3	20	88	0	67	2	10	6	80	0.96
749920--749981	33	1.9	31	84	12	81	3	11	4	80	0.98
749936--749977	19	2.2	20	86	4	59	2	11	4	80	0.95
753399--753470	36	2.0	37	89	8	112	29	15	15	40	1.88
754223--754267	18	2.5	18	81	0	54	26	26	6	40	1.81
759582--759640	19	3.1	19	95	0	100	54	16	16	11	1.71
759582--759669	38	2.3	38	82	0	95	52	14	15	17	1.75
760679--760912	55	4.3	55	92	2	371	34	16	17	31	1.93
768171--768203	16	2.1	16	94	0	57	30	15	6	48	1.69
769049--769078	6	5.0	6	95	0	51	30	16	3	50	1.62
769075--769110	12	2.8	14	80	20	51	47	0	0	52	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
769306--769443	2	66.0	2	71	13	82	39	6	0	53	1.32
769318--769363	7	6.6	7	79	16	51	32	10	0	56	1.34
768962--769645	266	2.6	272	80	13	780	36	11	8	43	1.71
769573--769647	2	38.0	2	73	21	61	41	5	0	53	1.24
769576--769648	25	2.9	25	86	11	96	41	6	0	52	1.28
769620--769751	33	3.8	35	75	20	125	38	15	0	46	1.46
769572--769684	60	1.9	60	83	7	149	39	9	0	50	1.35
774003--774102	45	2.2	44	92	1	164	31	2	17	50	1.57
777240--777551	91	3.5	91	84	6	395	24	20	16	38	1.93
778026--778068	21	2.1	20	82	4	50	46	18	18	16	1.84
778018--778390	102	3.6	102	78	9	317	38	15	18	27	1.91
778115--778357	36	6.9	36	74	18	172	38	14	18	28	1.90
778018--778591	78	7.9	71	78	12	327	37	16	18	28	1.92
778195--778602	39	10.8	39	90	1	426	36	16	18	28	1.93
778185--778789	78	8.0	78	80	6	466	37	15	17	29	1.91
778477--778750	77	3.6	76	76	10	240	39	14	14	31	1.87
778704--778805	39	2.6	39	85	6	134	38	19	13	28	1.90
778724--778799	39	1.9	39	94	5	136	39	19	14	26	1.90
783470--783512	18	2.4	17	88	7	59	67	0	4	27	1.10
787280--787345	3	22.7	3	83	6	82	59	0	3	37	1.13
787280--787347	20	3.3	20	81	2	91	58	0	2	38	1.13
787280--787346	14	4.9	14	78	15	59	58	0	2	38	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
787485--787533	20	2.5	20	82	0	62	28	14	26	30	1.95
787604--787652	20	2.5	20	82	0	62	30	12	26	30	1.92
787470--787873	119	3.4	119	93	0	666	31	18	16	33	1.93
787718--787771	20	2.7	20	80	5	56	31	20	18	29	1.96
790943--791012	9	7.7	9	82	7	79	0	17	0	82	0.66
790923--790974	19	2.7	20	80	17	56	3	15	0	80	0.85
790943--791015	5	15.2	5	72	17	57	0	17	0	82	0.68
790927--791011	18	4.7	18	76	16	68	2	17	0	80	0.83
790944--791013	23	3.1	21	79	16	70	0	17	0	82	0.66
799819--799874	19	2.9	19	84	5	78	0	23	16	60	1.35

Tables:   1   2   3   4   5   6