genome.fa.s7922.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007922.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110327_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  874983

Tables:   1   2   3   4   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70--113	22	2.0	22	95	0	79	20	45	15	18	1.85
361--399	20	2.0	20	89	0	60	12	15	20	51	1.76
1689--1733	18	2.5	18	88	0	72	26	44	15	13	1.83
2215--2281	20	3.4	20	81	2	73	38	23	22	14	1.92
2270--2327	14	3.9	14	79	16	71	48	24	17	10	1.78
2254--2344	32	2.8	33	94	3	166	47	21	18	12	1.81
2345--2388	13	3.6	13	85	14	67	9	13	31	45	1.75
2378--2442	19	3.5	19	82	4	87	15	23	23	38	1.92
2390--2442	18	2.8	19	88	5	81	16	24	22	35	1.95
4303--4338	14	2.6	14	90	0	54	30	0	22	47	1.52
4455--4522	19	3.8	19	85	14	101	47	17	22	13	1.82
4541--4582	20	2.1	20	90	0	66	19	23	19	38	1.93
5057--5095	20	1.9	21	84	5	53	23	46	7	23	1.78
5634--5687	24	2.2	24	90	0	81	24	16	20	38	1.92
8174--8266	33	2.8	33	96	1	170	43	19	24	12	1.86
8174--8270	19	5.7	19	68	23	81	43	19	24	12	1.86
8266--8326	19	3.2	19	79	9	70	16	19	21	42	1.89
8275--8327	19	2.8	19	88	8	81	13	20	20	45	1.84
8433--8468	13	2.6	14	86	8	56	47	25	0	27	1.52
9859--9942	42	2.0	42	85	0	114	22	16	39	21	1.92
11933--12065	20	7.1	19	78	13	114	42	21	21	13	1.87
12637--12689	20	2.7	20	93	0	88	26	20	28	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12658--12752	41	2.3	41	80	3	102	21	20	23	35	1.96
12862--12931	19	3.7	19	96	0	122	22	21	28	27	1.99
13362--13417	25	2.2	25	87	9	78	41	10	1	46	1.49
19524--19563	21	1.9	21	94	0	71	60	0	0	40	0.97
21783--21819	18	2.1	18	100	0	74	21	48	16	13	1.80
24297--24387	24	3.8	24	82	2	112	25	18	18	37	1.94
24465--24539	35	2.1	35	90	0	114	10	25	29	34	1.90
31178--31217	18	2.4	16	84	12	53	37	2	2	57	1.26
31214--31255	12	3.6	12	81	15	52	64	0	0	35	0.94
31214--31264	22	2.4	22	83	9	70	60	0	0	39	0.97
34463--34493	16	1.9	16	93	0	53	9	0	9	80	0.90
45888--46017	65	2.0	65	100	0	260	30	20	16	32	1.95
50254--50309	2	28.0	2	100	0	112	50	0	0	50	1.00
50496--50541	2	23.0	2	100	0	92	50	0	0	50	1.00
57798--57855	29	2.0	29	83	6	73	72	3	8	15	1.23
57786--57835	21	2.4	20	81	15	57	78	2	4	16	1.00
58909--58939	16	2.0	15	93	6	53	12	25	41	19	1.87
59094--59148	4	13.8	4	81	7	67	70	0	3	25	1.03
59093--59148	24	2.3	24	81	6	78	69	0	3	26	1.04
59152--59486	35	9.2	35	79	10	257	48	7	2	42	1.43
59152--59480	73	4.5	70	79	10	293	48	6	2	42	1.43
59160--59486	38	8.9	37	81	8	312	48	7	2	42	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59231--59539	35	8.6	34	76	12	221	47	7	2	42	1.45
59424--59530	36	2.9	37	83	6	110	48	7	3	40	1.49
60082--60961	84	10.7	81	78	6	849	23	21	26	28	1.99
60079--60961	165	5.4	165	85	3	978	24	21	26	28	1.99
66201--66293	15	6.0	15	70	20	50	73	3	4	19	1.14
66250--66319	29	2.4	28	83	9	79	72	2	7	17	1.19
67367--67397	16	2.0	15	93	6	53	12	25	41	19	1.87
67552--67613	4	15.5	4	80	6	72	70	0	3	25	1.02
67551--67613	24	2.6	24	82	5	83	69	0	3	26	1.03
67610--67931	35	9.0	36	78	11	238	49	7	2	40	1.44
67650--67989	35	9.6	35	76	11	239	49	7	2	40	1.46
68073--68112	20	2.0	20	85	0	53	52	0	0	47	1.00
69063--69111	6	8.2	6	95	0	89	18	16	32	32	1.93
73355--73387	16	2.1	16	88	11	50	15	9	0	75	1.03
73357--73387	11	2.8	11	95	0	53	16	9	0	74	1.07
75987--76051	18	3.6	18	95	0	112	20	52	18	9	1.72
76033--76079	8	6.5	8	77	22	59	14	38	25	21	1.92
76028--76072	13	3.3	13	90	6	63	15	42	24	17	1.88
76049--76080	7	4.4	7	92	7	55	12	34	28	25	1.92
76033--76079	15	3.3	15	91	5	71	14	38	25	21	1.92
77376--77411	18	2.0	18	88	0	54	52	0	16	30	1.44
78556--78638	23	3.6	23	82	8	96	24	16	20	38	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78571--78645	24	3.2	24	88	1	116	25	17	21	36	1.95
80816--80880	18	3.6	18	95	0	112	20	52	18	9	1.72
80862--80908	8	6.5	8	77	22	59	14	38	25	21	1.92
80857--80901	13	3.3	13	90	6	63	15	42	24	17	1.88
80878--80909	7	4.4	7	92	7	55	12	34	28	25	1.92
80862--80908	15	3.3	15	91	5	71	14	38	25	21	1.92
82206--82241	18	2.0	18	88	0	54	52	0	16	30	1.44
83385--83467	23	3.6	23	82	8	96	24	16	20	38	1.93
83400--83474	24	3.2	24	88	1	116	25	17	21	36	1.95
86599--86643	21	2.1	21	84	8	56	42	2	2	53	1.25
99142--99258	59	2.0	60	81	6	141	38	11	6	43	1.67
104478--104529	2	27.0	2	76	7	54	51	0	0	48	1.00
104488--104619	43	2.9	47	83	11	168	46	0	0	53	1.05
104478--104589	44	2.8	40	82	14	126	47	0	0	52	1.00
104631--104665	12	2.9	12	91	0	52	11	22	45	20	1.82
105507--105586	28	2.8	30	79	12	87	48	0	1	50	1.08
105531--105587	10	5.9	10	80	15	59	50	0	0	49	1.00
110230--110281	20	2.5	21	82	14	56	40	3	0	55	1.18
111532--111746	107	2.0	107	98	1	416	28	13	15	42	1.85
113375--113450	36	2.1	36	85	7	100	47	1	3	47	1.29
117034--117404	183	2.0	183	86	5	516	16	23	16	42	1.88
117748--117873	33	4.0	33	79	18	169	55	19	3	22	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
117739--117856	59	2.0	59	100	0	236	52	20	3	23	1.61
124241--124338	36	2.8	35	84	6	117	41	24	1	32	1.62
124807--125099	148	2.0	148	87	1	426	45	9	7	37	1.67
125281--125377	35	2.8	34	82	6	113	29	2	24	43	1.66
125928--125970	6	7.0	6	80	15	52	44	2	0	53	1.13
125918--125970	18	2.9	18	81	10	63	45	1	0	52	1.11
125928--125970	19	2.3	18	88	11	61	44	2	0	53	1.13
125928--125983	18	3.1	18	84	7	51	41	3	0	55	1.17
129064--129107	18	2.4	18	92	0	70	50	13	18	18	1.79
130397--130554	21	7.8	20	72	7	86	38	25	17	18	1.92
130521--130770	20	12.5	20	85	3	236	38	24	17	19	1.93
131668--131692	12	2.1	12	100	0	50	72	0	28	0	0.86
133987--134197	33	6.2	33	75	16	193	46	18	20	13	1.83
134054--134108	14	3.6	14	76	21	56	47	20	21	10	1.80
134001--134203	19	11.7	19	75	20	212	46	18	20	14	1.84
133987--134197	52	4.1	52	81	11	267	46	18	20	13	1.83
134193--134309	53	2.2	53	98	1	227	13	23	17	44	1.85
134212--134309	19	5.4	19	84	13	143	14	22	17	45	1.84
134416--134452	14	2.6	14	91	0	65	45	21	0	32	1.52
137287--137319	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
146704--146747	22	2.0	22	82	8	54	61	0	6	31	1.22
150196--150268	16	4.6	16	85	0	101	43	12	13	30	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
159552--159580	2	14.5	2	100	0	58	51	0	48	0	1.00
166034--166083	14	3.5	15	83	10	68	52	0	4	44	1.20
166059--166109	3	18.0	3	80	11	63	60	0	1	37	1.08
166062--166109	11	4.5	11	79	10	64	60	0	2	37	1.09
166058--166109	14	3.5	14	82	14	68	59	0	1	38	1.08
166027--166110	20	4.4	19	74	15	75	53	1	3	41	1.26
166043--166116	14	5.5	13	77	18	62	54	0	2	43	1.14
166311--166915	52	11.7	52	96	0	1068	29	26	16	28	1.97
166342--166422	24	3.2	24	63	13	63	25	29	13	30	1.94
166911--167190	55	5.1	55	90	1	456	28	28	15	28	1.96

Tables:   1   2   3   4