genome.fa.s7937.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007937.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110347_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  820613

Tables:   1   2   3   4   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
532--565	12	2.8	12	100	0	68	35	5	17	41	1.74
647--772	59	2.1	60	88	7	186	35	7	9	46	1.66
953--998	17	2.8	17	78	18	53	60	0	2	36	1.09
9241--9284	13	3.4	13	80	0	52	54	0	0	45	0.99
13244--13480	126	1.9	128	87	5	354	43	10	9	36	1.71
15161--15215	20	2.8	20	75	10	67	25	14	29	30	1.95
16370--16417	23	2.1	23	88	0	69	35	12	18	33	1.89
16890--16985	23	4.2	23	91	0	147	38	21	4	35	1.73
17351--17409	23	2.6	23	88	0	82	40	16	5	37	1.71
17839--17897	23	2.6	23	91	0	91	38	18	5	37	1.73
18064--18151	23	3.8	23	95	0	140	37	20	6	35	1.79
18317--18380	22	2.8	23	83	4	85	39	17	6	37	1.75
18688--18727	21	2.0	21	85	5	55	50	7	12	30	1.68
18731--18800	21	3.2	23	86	10	101	38	22	5	32	1.78
18569--19495	484	1.9	487	93	2	1600	40	11	7	40	1.70
19210--19282	23	3.3	21	70	19	58	39	19	5	35	1.75
19225--19287	23	2.7	23	87	0	90	38	19	4	38	1.73
19636--19686	20	2.5	20	78	15	59	43	21	1	33	1.64
19641--19710	23	3.2	22	82	10	81	40	22	4	32	1.74
17659--20973	912	3.6	920	90	4	5008	39	11	7	40	1.71
20137--20199	23	2.7	23	90	0	90	41	15	4	38	1.69
19479--20407	489	1.9	483	93	2	1610	40	10	7	40	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20567--20629	23	2.7	23	92	0	99	38	20	4	36	1.74
19961--20837	430	2.0	430	95	0	1594	39	11	8	40	1.72
20976--21037	25	2.5	25	97	0	115	35	12	11	40	1.80
21759--22901	200	5.7	200	96	1	2057	30	18	14	36	1.90
23008--23068	19	3.3	18	88	2	59	52	11	1	34	1.47
23020--23068	19	2.6	19	96	0	89	55	10	2	32	1.45
24844--24904	32	1.9	32	89	0	95	22	47	0	29	1.52
24938--25002	21	3.1	21	86	0	85	15	30	10	43	1.81
27209--27254	20	2.3	19	82	10	65	19	17	10	52	1.74
27389--27435	20	2.3	20	89	10	78	17	17	10	55	1.69
27573--27632	20	3.1	18	73	17	57	18	16	11	53	1.72
27715--28208	228	2.2	228	95	1	893	39	7	7	44	1.62
29961--29990	7	4.3	7	100	0	60	46	0	0	53	1.00
34274--34358	23	3.7	23	76	9	73	58	9	11	20	1.60
34437--34497	28	2.2	28	100	0	122	37	18	0	44	1.50
34654--34737	14	5.6	14	75	18	62	60	13	9	16	1.58
35274--35333	25	2.4	25	91	0	93	26	18	35	20	1.95
35525--35591	30	2.2	30	84	5	82	35	19	11	32	1.88
35535--35593	30	1.9	31	86	3	84	35	16	11	35	1.86
36027--36084	30	1.9	30	86	6	82	18	24	6	50	1.72
41201--41253	24	2.2	24	83	6	63	35	0	1	62	1.06
46424--46475	24	2.2	24	82	0	59	50	17	11	21	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
46444--46562	24	5.0	24	88	6	161	40	19	17	22	1.91
51159--51324	14	11.3	15	70	19	84	39	7	0	51	1.35
51169--51349	14	12.7	14	69	22	69	39	7	0	51	1.35
51190--51312	22	5.5	23	80	9	116	38	9	0	52	1.35
51278--51366	2	45.0	2	75	14	78	42	3	2	51	1.30
52420--52455	18	2.0	18	100	0	72	22	33	5	38	1.77
55161--55189	2	15.0	2	92	7	51	51	0	0	48	1.00
57577--57669	46	2.0	46	93	4	161	34	12	10	41	1.78
64459--64544	44	2.0	44	86	4	120	31	25	17	25	1.97
64468--64544	21	3.6	22	68	22	56	33	24	18	23	1.96
65233--65278	22	2.0	22	83	12	56	52	13	2	32	1.52
68944--69026	1	83.0	1	78	0	58	0	4	9	85	0.73
68944--69025	7	11.7	7	80	11	89	0	4	9	85	0.73
68936--69025	21	4.2	21	87	4	119	0	5	11	83	0.80
68936--69027	22	4.3	22	86	6	127	0	5	11	82	0.82
68936--69027	42	2.2	42	88	5	132	0	5	11	82	0.82
69872--69917	22	2.0	22	83	12	56	52	13	2	32	1.52
70941--70967	9	3.0	9	100	0	54	55	11	11	22	1.66
71235--71286	21	2.5	21	96	0	95	30	21	9	38	1.85
71735--71788	20	2.7	19	82	5	63	31	22	16	29	1.96
74864--75061	98	2.0	98	94	0	342	32	23	11	32	1.90
75896--75968	35	2.1	35	84	5	94	34	26	27	12	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76050--76136	24	3.7	23	86	7	113	36	19	17	26	1.94
77270--77305	18	2.0	18	88	0	54	30	16	0	52	1.44
78624--78657	15	2.3	15	94	0	59	26	26	32	14	1.95
78652--78692	18	2.3	18	91	0	64	14	21	46	17	1.84
78646--78710	31	2.1	31	88	5	96	18	20	44	16	1.87
78670--78706	13	2.8	13	87	0	56	16	21	45	16	1.84
80676--80748	35	2.1	35	89	0	110	32	28	27	10	1.91
80830--80916	24	3.7	23	84	4	111	37	19	17	25	1.93
82045--82085	18	2.3	18	86	0	55	29	17	2	51	1.58
83395--83429	7	4.7	7	89	10	52	25	28	31	14	1.95
83386--83429	15	2.8	15	89	6	61	25	29	31	13	1.94
84789--84837	21	2.3	21	89	0	71	32	28	12	26	1.92
84972--85022	21	2.4	21	93	0	84	33	21	3	41	1.72
85488--85553	20	3.2	21	70	21	68	28	30	10	30	1.90
85584--85619	14	2.6	14	90	0	63	19	19	25	36	1.95
89811--89873	26	2.4	26	100	0	126	39	3	17	39	1.66
90090--90331	38	6.4	37	78	14	219	44	3	9	42	1.54
90090--90260	74	2.3	76	86	7	242	45	3	9	41	1.55
90252--90360	56	1.9	57	82	12	136	43	3	7	45	1.49
91743--91780	9	4.3	9	86	6	51	23	2	0	73	0.95
91743--91776	4	8.0	4	90	9	50	23	2	0	73	0.97
91743--91776	17	2.0	17	94	0	59	23	2	0	73	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92875--92917	21	2.0	21	86	0	59	20	2	4	72	1.14
95595--95716	24	5.1	24	81	0	136	35	27	13	23	1.92
110121--110186	23	2.9	23	79	0	78	18	24	24	33	1.97
112199--112505	38	8.3	35	76	16	259	44	4	8	42	1.55
112501--112550	22	2.3	22	82	6	66	46	4	4	46	1.40
112583--112635	12	4.5	11	79	13	52	26	1	1	69	1.09
112598--112644	24	1.9	25	83	12	62	21	4	2	72	1.12
113950--114001	21	2.4	23	78	18	67	23	5	0	71	1.07
113950--114002	25	2.1	26	83	16	67	22	5	0	71	1.06
121043--121111	32	2.2	32	97	0	129	27	2	14	55	1.54
122635--122760	59	2.1	59	92	2	209	39	14	4	41	1.67
122802--122868	31	2.1	32	83	8	84	56	0	1	41	1.08
122878--122902	13	1.9	13	100	0	50	72	4	0	24	1.02
124056--124202	71	2.1	70	91	3	242	57	4	8	29	1.46
124188--124219	4	8.0	4	92	0	55	71	0	0	28	0.86
127278--127323	24	1.9	24	100	0	92	41	15	13	30	1.85
127853--127917	29	2.2	30	78	8	71	29	23	6	41	1.78
128526--128580	22	2.5	22	91	2	85	38	7	3	50	1.48
128631--128691	30	2.0	30	100	0	122	37	36	3	22	1.71
130432--130472	21	2.0	21	85	9	57	31	12	21	34	1.91
147943--147991	24	2.1	23	88	3	71	26	24	26	22	2.00
147964--148006	17	2.5	17	88	0	68	25	30	18	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
150710--150770	11	5.7	11	72	14	56	39	1	1	57	1.18
155127--155169	20	2.2	20	100	0	86	44	13	18	23	1.86
165868--165956	42	2.2	40	84	9	117	30	17	10	41	1.83
165869--165940	20	3.5	20	70	12	65	31	18	11	38	1.85
165896--165956	20	3.0	21	80	9	72	27	18	9	44	1.81
175148--175198	15	3.4	15	86	0	66	11	66	13	7	1.43
185728--185762	10	3.5	10	100	0	70	40	31	0	28	1.57
189080--189185	44	2.4	44	90	0	167	27	21	23	27	1.99
189053--189185	22	6.0	22	88	1	151	27	21	23	27	1.99
189654--189685	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00

Tables:   1   2   3   4