genome.fa.s7951.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007951.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110374_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  657610

Tables:   1   2   3   4   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
899--939	3	13.7	3	94	0	73	34	29	34	2	1.71
4796--4922	51	2.5	50	83	3	141	19	32	29	18	1.96
8206--8240	15	2.5	14	86	13	54	37	20	20	22	1.95
9855--9918	31	2.1	31	87	0	92	51	10	9	28	1.68
11202--11236	18	1.9	18	94	0	61	25	31	22	20	1.98
11756--11910	64	2.4	65	82	4	190	28	17	20	34	1.95
17675--17714	21	1.9	21	89	0	62	10	25	40	25	1.86
26464--26515	22	2.4	22	96	0	95	28	26	26	17	1.97
27022--27176	64	2.4	65	83	4	199	28	18	18	34	1.94
31246--31299	27	2.0	28	85	10	76	66	3	0	29	1.09
34533--34822	144	2.0	144	95	0	517	31	20	34	14	1.92
36589--36624	16	2.2	16	100	0	72	5	36	25	33	1.79
37737--37846	47	2.2	49	81	12	129	31	20	21	26	1.98
37837--37931	41	2.3	41	100	0	190	14	36	31	16	1.90
37899--38026	51	2.5	50	80	6	141	20	32	32	15	1.94
42016--42065	20	2.5	20	80	6	57	56	4	0	40	1.18
42794--42860	25	3.0	22	69	14	64	32	13	8	44	1.75
45991--46051	3	20.0	3	77	9	52	59	3	3	34	1.30
69806--69833	10	2.8	10	100	0	56	21	17	10	50	1.77
69931--70030	45	2.2	45	92	0	173	26	22	26	26	2.00
72329--72406	21	3.8	20	80	9	77	21	24	16	37	1.94
72329--72416	20	4.3	20	74	16	72	23	23	17	35	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72381--72444	20	3.2	20	79	16	62	31	15	20	32	1.94
72411--72458	20	2.4	20	100	0	96	31	20	18	29	1.97
75795--75867	20	3.6	20	72	17	78	35	24	16	23	1.95
75861--75954	33	2.8	33	90	0	143	45	18	22	13	1.84
75841--75919	19	4.4	19	69	16	60	45	18	20	15	1.85
75861--75959	19	5.7	18	65	24	52	46	18	22	13	1.83
75965--76062	19	5.7	19	62	22	63	12	24	18	44	1.84
75969--76062	33	2.8	33	93	0	161	12	24	18	44	1.84
76012--76062	17	3.1	17	69	25	54	13	23	17	45	1.84
76169--76205	14	2.6	14	91	0	65	45	21	0	32	1.52
77554--77620	21	3.2	21	68	4	55	19	20	35	23	1.95
78100--78166	19	3.5	19	85	4	89	49	17	22	10	1.77
78224--78280	20	2.9	19	82	5	78	12	17	15	54	1.71
78372--78747	94	4.1	94	92	4	586	47	18	12	21	1.81
80425--80497	19	4.1	19	77	16	93	46	19	23	10	1.81
80509--80565	14	3.7	14	72	20	51	10	22	22	43	1.84
80493--80583	33	2.8	33	91	0	137	10	21	23	43	1.84
80523--80610	19	4.8	19	71	14	87	12	23	20	43	1.86
81150--81244	20	4.7	20	81	5	127	20	20	20	40	1.92
81150--81244	42	2.3	40	87	3	127	20	20	20	40	1.92
81241--81281	21	2.0	21	90	0	64	39	17	26	17	1.91
85823--85873	21	2.5	21	81	9	61	49	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86979--87029	2	25.5	2	100	0	102	50	0	0	49	1.00
88185--88296	56	2.0	56	100	0	224	26	16	12	44	1.83
88200--88317	56	2.1	55	82	6	139	29	19	11	39	1.86
99376--99423	20	2.3	20	96	3	87	43	18	27	10	1.82
101391--101434	18	2.4	18	88	11	72	0	31	4	63	1.14
106447--106556	37	3.0	37	90	1	168	40	13	13	31	1.84
107150--107224	2	37.5	2	86	5	62	37	1	1	60	1.14
107222--107261	17	2.3	18	83	12	57	22	2	0	75	0.93
107237--107397	12	12.6	12	68	17	67	18	7	0	73	1.09
110405--110466	14	4.5	13	78	15	54	79	6	12	1	1.00
112250--112478	115	2.0	116	88	2	345	33	26	16	23	1.96
112567--112852	36	8.1	36	71	13	220	26	18	13	42	1.87
112567--112817	138	1.8	135	86	4	360	26	17	12	42	1.86
114171--114238	36	1.9	35	90	3	109	32	2	1	63	1.18
114118--114233	46	2.6	44	79	12	114	31	4	2	62	1.28
114162--114249	36	2.5	35	83	9	106	29	3	1	65	1.16
114173--114287	40	2.8	42	79	11	114	25	4	1	68	1.17
114231--114312	24	3.4	23	79	12	85	17	4	1	76	1.02
114196--114311	4	29.2	4	74	14	53	21	4	1	72	1.11
114207--114312	39	2.8	37	76	10	106	21	4	0	72	1.08
114341--114405	27	2.4	27	75	10	69	20	6	3	70	1.22
115185--115222	3	12.7	3	86	10	51	60	0	0	39	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
115149--115222	12	5.3	13	71	24	53	55	0	0	44	0.99
115601--115669	22	3.3	22	70	12	72	28	20	21	28	1.98
115598--115694	41	2.3	42	89	5	151	28	23	20	26	1.99
115741--115826	42	2.0	42	81	0	100	30	17	20	31	1.96
115612--115855	130	1.9	129	85	0	335	31	19	18	29	1.96
117053--117309	54	4.8	53	83	5	293	26	23	13	35	1.92
117718--118073	119	3.0	118	89	4	515	28	21	15	34	1.94
119462--119512	7	7.1	7	78	12	59	0	17	0	82	0.67
119462--119512	15	3.5	15	81	10	70	0	17	0	82	0.67
119895--119936	20	2.2	20	87	8	61	7	21	0	71	1.09
125452--125491	18	2.2	18	86	8	55	70	2	2	25	1.13
126201--126231	15	2.1	15	100	0	62	32	25	22	19	1.97
126590--126633	18	2.5	17	82	17	54	56	2	0	40	1.11
129977--130020	12	3.8	12	93	3	72	13	9	45	31	1.75
130039--130102	24	2.6	24	85	7	85	46	0	0	53	1.00
130969--131116	78	1.9	78	85	2	208	35	8	10	45	1.69
131325--131397	30	2.5	29	78	6	76	46	6	21	24	1.76
133169--133252	37	2.3	36	84	8	107	34	3	16	45	1.65
137705--137805	15	5.4	20	63	30	62	30	4	18	45	1.71
137697--137815	35	3.3	36	91	5	188	32	5	18	43	1.72
141188--141217	14	2.1	14	93	0	51	56	0	6	36	1.26
141985--142035	27	1.9	26	84	4	66	49	0	5	45	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
143692--143740	2	24.5	2	100	0	98	51	0	0	48	1.00
144076--144101	3	8.7	3	100	0	52	65	0	0	34	0.93
145284--145340	3	19.0	3	85	7	71	63	0	0	36	0.95
145284--145339	23	2.5	23	85	2	78	62	0	0	37	0.95
145500--145609	19	5.4	19	73	15	76	36	4	26	32	1.77
145838--145877	5	7.6	5	91	2	53	0	20	52	27	1.46
146016--146114	41	2.4	41	81	3	110	20	14	22	43	1.87
146107--146147	21	2.0	21	85	0	55	36	19	19	24	1.95
146681--146977	113	2.6	113	90	2	472	27	19	15	38	1.91
146561--146977	112	3.6	112	83	7	466	27	18	15	39	1.90
146918--147017	40	2.5	40	98	0	191	21	23	10	46	1.81
146806--147124	153	2.1	149	91	4	518	24	20	15	40	1.90
147521--147571	22	2.4	22	90	3	77	41	11	9	37	1.75
151072--151106	17	2.1	17	100	0	70	31	22	11	34	1.90
154522--154607	43	2.0	43	90	0	136	34	24	10	30	1.89
155337--155366	14	2.2	13	94	5	51	80	0	3	16	0.85
156898--156931	3	11.7	3	87	6	52	70	0	0	29	0.87
158091--158161	3	24.0	3	77	8	65	61	1	0	36	1.05
160808--160944	68	2.0	68	97	0	256	47	22	4	25	1.70
165307--165353	10	4.6	10	86	5	58	68	8	0	23	1.17
165318--165351	10	3.4	10	95	0	59	64	11	0	23	1.26
165425--165489	29	2.2	30	78	13	73	52	1	4	41	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
165903--165928	10	2.6	10	100	0	52	57	0	0	42	0.98
172691--172848	53	3.0	53	88	0	235	30	19	8	41	1.82
174042--174096	27	2.0	28	85	3	76	36	10	20	32	1.87
174422--174452	15	2.1	15	100	0	62	19	0	74	6	1.03
174824--174873	24	2.1	24	85	7	66	56	6	14	24	1.60
181763--181797	11	3.1	11	87	4	52	14	0	22	62	1.31
183350--183384	18	1.9	18	94	0	61	54	0	2	42	1.15
183525--183580	21	2.7	22	78	18	66	30	33	10	25	1.90
186141--186185	23	2.0	23	82	8	56	42	2	8	46	1.47
186490--186546	29	2.0	29	86	6	80	52	3	0	43	1.18

Tables:   1   2   3   4