genome.fa.s7953.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007953.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110378_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  794529

Tables:   1   2   3   4   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1655--1685	16	1.9	16	93	0	53	35	0	9	54	1.33
2241--2288	21	2.3	21	100	0	96	18	33	16	31	1.94
2822--2855	16	2.1	16	100	0	68	35	17	29	17	1.93
3785--4362	287	2.0	285	95	1	1032	35	21	17	25	1.95
12673--12736	23	2.8	23	82	0	83	26	23	26	23	2.00
12752--12969	103	2.1	103	93	0	382	35	24	13	26	1.93
13234--13278	22	1.9	24	82	13	58	24	20	11	44	1.83
13721--13941	64	3.5	64	84	7	254	28	18	19	33	1.95
18493--18556	23	2.8	23	87	0	92	26	25	28	20	1.99
18564--18791	105	2.2	103	91	4	377	35	25	13	25	1.92
19527--19747	64	3.5	64	84	7	254	28	18	19	33	1.96
22856--22894	17	2.3	17	100	0	78	53	17	10	17	1.71
30637--30691	20	2.8	20	94	0	101	25	18	21	34	1.96
38536--38575	18	2.2	19	90	4	64	47	10	2	40	1.50
39299--39366	35	1.9	35	90	0	109	47	8	1	42	1.43
43567--43609	19	2.3	18	92	4	68	65	0	0	34	0.93
43817--43896	37	2.1	37	84	11	101	67	1	8	22	1.25
44903--44979	35	2.3	35	82	6	97	41	1	0	57	1.07
45553--45604	22	2.3	23	80	6	61	61	5	1	30	1.30
46650--46703	27	2.0	28	88	3	83	48	18	3	29	1.65
52470--52509	20	2.0	20	85	9	55	45	0	5	50	1.23
62847--62888	16	2.6	16	92	0	75	40	7	28	23	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78451--78508	20	2.7	20	86	10	71	27	22	18	31	1.97
81493--81543	12	4.1	12	74	18	50	66	9	9	13	1.44
86695--86727	17	1.9	17	93	0	57	15	12	3	69	1.30
86997--87143	74	2.0	74	97	0	276	36	7	12	42	1.72
87150--87235	35	2.5	35	88	0	118	44	11	9	34	1.73
87129--87235	17	6.2	17	73	9	74	44	9	9	36	1.69
92465--92504	15	2.5	17	80	19	50	22	7	0	70	1.12
92484--92510	12	2.2	12	100	0	54	22	14	0	62	1.31
92709--92738	5	5.8	5	92	7	51	16	0	0	83	0.65
92782--92855	16	4.7	15	74	12	51	28	6	0	64	1.18
102097--102155	27	2.2	27	81	0	64	23	1	16	57	1.48
102425--102470	24	2.0	23	83	12	58	26	8	10	54	1.64
109168--109200	14	2.4	14	94	0	57	66	3	0	30	1.06
109251--109342	12	7.7	12	75	11	57	39	0	5	55	1.23
109264--109442	5	34.8	5	71	18	102	39	1	5	54	1.30
109270--109333	14	4.8	13	80	17	60	43	0	4	51	1.22
109256--109439	16	11.0	17	72	20	106	39	1	4	54	1.29
109395--109443	3	17.3	3	81	12	59	36	0	2	61	1.08
109385--109443	14	4.3	14	81	10	68	37	0	1	61	1.07
109392--109465	31	2.3	34	81	6	91	37	1	1	59	1.14
109860--110318	226	2.0	230	97	2	881	45	18	15	20	1.85
131559--131589	15	2.1	15	100	0	62	35	12	19	32	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
134114--134410	155	1.9	156	81	8	365	35	15	17	30	1.92
137184--137226	20	2.1	21	91	4	70	48	2	2	46	1.27
137625--137668	19	2.3	19	92	0	70	47	4	4	43	1.44
138294--138321	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
141307--141392	44	1.9	45	88	6	131	40	4	15	39	1.68
145498--145566	31	2.2	31	86	2	93	43	8	14	33	1.76
145563--145796	81	2.9	80	90	2	353	35	14	8	41	1.76
155569--155605	19	1.9	19	88	0	56	51	5	5	37	1.48
155865--155966	50	2.1	50	88	1	152	19	31	27	21	1.97
155879--155989	50	2.2	50	88	3	161	18	32	24	25	1.97
158381--158512	49	2.6	50	82	8	144	20	28	33	18	1.96
158906--158930	12	2.1	12	100	0	50	48	0	24	28	1.52
162036--162239	2	105.5	2	68	22	107	39	1	5	52	1.37
162036--162248	23	9.0	23	70	21	131	38	1	5	53	1.35
162086--162365	5	54.0	5	71	23	124	37	1	5	55	1.34
162042--162350	19	16.3	19	69	20	152	37	2	6	54	1.38
162035--162358	21	16.0	21	70	21	128	37	2	6	54	1.38
162657--162719	5	12.2	5	78	18	51	39	0	3	57	1.15
162657--162735	16	5.1	16	73	17	60	40	0	3	55	1.18
162677--162736	18	3.2	20	77	13	65	40	0	3	56	1.16
162675--162735	13	4.6	14	78	17	67	40	0	3	55	1.16
164532--164561	15	2.0	15	93	0	51	30	0	0	70	0.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
165606--165648	18	2.3	19	80	15	54	53	2	6	37	1.41
165640--165671	15	2.1	16	88	11	50	34	6	6	53	1.51
166138--166194	18	3.2	18	68	9	53	47	1	7	43	1.40
175553--175842	39	7.6	38	88	5	358	43	2	8	44	1.48
175728--175781	28	1.9	28	84	0	72	44	0	7	48	1.31
175805--175871	29	2.3	29	89	2	109	52	0	5	41	1.26
175772--175908	68	2.0	66	86	5	186	49	0	7	42	1.35
175843--175934	38	2.4	38	81	13	118	44	0	6	48	1.28
177156--177187	16	1.9	17	93	6	57	18	0	0	81	0.70
177794--177847	5	10.8	5	100	0	108	59	0	0	40	0.98
181701--181876	92	1.9	92	97	0	334	40	17	14	27	1.88
188232--188302	15	4.7	15	80	0	88	50	4	2	42	1.36
189446--189483	18	2.1	18	90	0	58	2	7	10	78	1.04
189445--189491	24	2.0	24	87	4	69	2	8	14	74	1.15
190068--190149	3	28.0	3	86	4	114	64	1	2	31	1.14
190325--190368	21	2.1	21	100	0	88	34	25	13	27	1.93
193443--193604	64	2.5	64	82	4	193	24	24	19	32	1.97
194273--194323	24	2.1	24	100	0	102	41	11	7	39	1.71
195749--195857	31	3.5	31	91	0	173	19	18	20	42	1.90
195749--195873	62	2.0	62	89	3	189	20	17	21	40	1.92
195749--195873	31	4.0	31	87	2	171	20	17	21	40	1.92
201442--201467	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
216595--216651	17	3.4	17	69	26	57	45	28	1	24	1.63
216578--216653	34	2.2	34	97	0	143	46	25	3	25	1.70
217651--217691	2	20.5	2	100	0	82	48	0	0	51	1.00
218605--218635	3	10.7	3	93	6	55	67	0	0	32	0.91
221459--221491	16	2.1	16	100	0	66	57	24	12	6	1.57
221557--221631	10	7.7	10	69	21	61	57	21	12	9	1.62
221561--221625	16	4.1	16	95	0	121	56	23	12	7	1.61
222663--222707	14	3.3	14	93	6	83	48	28	15	6	1.70
222664--222704	13	3.1	13	96	3	73	48	29	14	7	1.71
224210--224268	3	18.0	3	89	10	73	32	0	0	67	0.91
224211--224265	13	4.1	13	88	11	76	30	0	0	69	0.89
225454--225488	17	2.1	17	89	5	54	28	0	0	71	0.86
225607--225657	27	1.9	27	84	11	70	47	3	1	47	1.32
227405--227454	2	26.0	2	78	15	52	48	2	2	48	1.24
227630--227690	24	2.5	23	79	10	68	40	0	0	59	0.98
229699--229759	21	2.8	21	70	25	54	47	3	13	36	1.59
231464--231497	17	2.1	16	88	5	50	14	8	0	76	1.01
241713--241759	21	2.2	21	77	7	51	19	8	2	70	1.24
244257--244354	21	4.8	20	76	6	79	37	22	18	21	1.94
244257--244354	42	2.4	41	75	14	103	37	22	18	21	1.94
244321--244494	20	8.6	20	78	6	154	37	24	18	19	1.94
244340--244498	60	2.6	61	78	5	178	37	23	18	20	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
244877--244947	33	2.2	33	92	0	115	11	22	18	47	1.80
245027--245136	21	5.8	20	74	17	108	45	18	24	11	1.83
245020--245136	41	3.1	38	81	14	145	46	17	25	11	1.81
245087--245143	14	3.7	14	75	20	60	43	22	24	8	1.81
245079--245148	33	2.1	33	100	0	140	47	20	24	8	1.78
245156--245236	19	4.7	18	72	21	75	9	24	22	43	1.83
245178--245250	14	4.7	14	75	21	74	8	26	23	42	1.82
245161--245236	33	2.2	34	95	4	136	9	23	22	44	1.81
245175--245250	16	4.8	16	79	17	88	7	26	23	42	1.81
246952--247325	92	4.1	93	97	1	718	21	12	19	45	1.83

Tables:   1   2   3   4