genome.fa.s7959.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007959.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110386_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1044826

Tables:   1   2   3   4   5   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5355--5625	131	2.1	132	97	0	517	24	16	19	39	1.92
15896--15940	14	3.0	15	80	9	56	68	8	4	17	1.32
16733--16773	21	2.0	21	85	9	57	0	17	2	80	0.82
16732--16776	17	2.6	18	83	13	58	0	17	2	80	0.82
17267--17305	11	3.8	10	86	10	53	41	0	2	56	1.13
17301--17387	3	29.7	3	83	4	115	60	1	2	35	1.17
17694--18563	110	7.8	110	83	7	1044	29	19	13	37	1.90
17707--18563	446	1.9	444	90	3	1364	29	19	13	37	1.90
19371--19736	165	2.2	165	93	1	619	36	21	13	29	1.91
19371--19736	82	4.4	83	91	2	603	36	21	13	29	1.91
20469--20515	18	2.7	18	90	6	71	55	8	6	29	1.55
20839--20908	9	8.4	8	76	14	61	1	15	0	82	0.73
20840--20908	20	3.5	20	83	15	90	1	14	0	84	0.70
20840--20892	9	5.4	10	80	10	65	0	11	0	88	0.51
20843--20907	13	4.9	13	80	14	71	1	15	0	83	0.73
20848--20907	25	2.3	25	82	5	75	1	15	0	83	0.73
20841--20905	28	2.3	27	84	10	76	1	13	0	84	0.69
20840--20892	1	53.0	1	76	0	52	0	11	0	88	0.51
33545--33585	11	3.8	10	87	9	55	41	0	2	56	1.13
33581--33714	3	44.7	3	92	0	223	62	0	3	33	1.13
35484--35520	18	2.1	18	90	10	58	43	10	8	37	1.69
36110--36149	19	2.2	18	90	4	62	50	7	0	42	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39149--39215	31	2.2	31	94	0	116	28	11	10	49	1.73
49043--49209	85	2.0	84	90	1	262	29	17	19	32	1.95
53571--53641	27	2.7	27	91	2	108	25	33	0	40	1.56
60496--60615	23	5.3	23	80	5	122	31	21	19	27	1.97
61252--61346	46	2.1	46	100	0	190	49	12	12	25	1.76
61356--61455	21	4.8	20	82	12	121	23	37	19	21	1.95
63850--63897	20	2.3	20	89	3	69	45	6	8	39	1.59
63937--63975	21	1.9	21	89	5	62	33	7	10	48	1.66
64198--64273	21	3.6	21	90	0	116	19	35	19	25	1.95
66311--66369	23	2.7	21	77	15	57	32	15	10	42	1.80
67691--67913	95	2.3	95	82	0	266	33	15	24	26	1.95
68350--68655	45	6.8	44	82	3	276	38	9	20	31	1.84
68312--68655	90	3.8	89	80	4	343	37	9	22	30	1.86
68395--68649	135	1.9	135	86	3	361	38	9	20	31	1.85
68349--68656	135	2.3	134	81	3	341	39	9	20	30	1.84
75115--75376	45	5.8	46	82	4	293	39	9	20	31	1.84
79815--79855	18	2.3	18	91	0	64	0	31	21	46	1.52
81407--81489	22	3.7	22	82	4	96	16	22	34	25	1.95
92707--93199	54	9.1	54	91	1	776	37	17	12	32	1.88
95790--97395	815	2.0	815	81	5	1877	38	17	16	27	1.91
106736--106774	3	13.0	3	100	0	78	33	0	0	66	0.92
107736--107788	24	2.2	24	93	0	88	24	20	18	35	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
113172--113223	13	4.0	13	87	0	77	32	17	23	26	1.96
116304--116349	23	2.0	23	91	0	74	30	10	10	47	1.73
116345--116496	60	2.5	59	76	6	142	31	16	5	46	1.71
125956--126148	92	2.1	92	95	0	341	49	6	9	34	1.60
130381--130464	44	1.9	44	82	4	107	26	11	25	36	1.90
130605--130708	45	2.3	45	83	3	120	28	8	21	41	1.82
130632--130730	45	2.2	45	87	0	135	21	10	28	40	1.85
133626--133710	27	3.1	27	86	0	107	45	4	12	36	1.64
136720--136795	35	2.2	35	90	4	118	23	25	19	31	1.98
137175--137203	15	1.9	15	100	0	58	27	10	27	34	1.89
144187--144219	16	2.1	16	88	11	50	63	0	0	36	0.95
147226--147276	3	17.0	3	91	0	84	31	0	3	64	1.11
149337--149643	129	2.4	129	80	3	314	32	11	14	41	1.81
153288--153487	99	2.0	99	89	1	303	35	14	16	34	1.89
156040--156156	20	5.7	20	65	11	58	25	24	21	28	1.99
156038--156140	42	2.5	41	84	3	134	26	23	21	29	1.99
162971--163070	42	2.4	42	81	3	123	27	23	20	30	1.98
163206--163343	41	3.3	42	79	4	181	23	23	21	31	1.98
163865--163939	3	24.7	3	97	2	141	33	0	0	66	0.92
164457--164625	55	3.1	55	95	0	302	36	15	15	32	1.90
164647--164955	130	2.4	130	83	0	375	30	10	16	43	1.81
173879--173929	19	2.7	19	93	3	86	23	15	19	41	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
174568--174626	24	2.5	23	82	12	75	72	5	0	22	1.03
174790--174843	22	2.3	23	78	6	56	53	1	3	40	1.29
175321--175351	9	3.3	9	95	4	53	19	0	0	80	0.71
175321--175351	10	3.2	10	90	9	55	19	0	0	80	0.71
178898--178971	37	2.0	37	84	5	96	48	1	5	44	1.34
192918--192950	17	2.0	17	88	5	50	21	3	42	33	1.68
213826--213948	47	2.7	47	85	2	169	31	17	20	30	1.96
214314--214499	61	3.1	60	84	5	225	29	25	6	38	1.81
215558--215591	16	2.1	16	94	0	59	32	8	26	32	1.87
220129--220210	29	2.8	29	94	1	137	32	14	9	42	1.79
221836--221985	60	2.5	60	90	0	219	44	8	10	36	1.69
222862--222974	60	1.9	60	84	0	154	35	12	16	35	1.87
223693--223748	16	3.5	16	81	13	62	69	3	0	26	1.04
223692--223742	8	6.7	7	79	18	50	70	3	0	25	1.04
223693--223744	15	3.3	15	86	10	61	71	3	0	25	1.03
223693--223748	9	7.0	8	80	15	62	69	3	0	26	1.04
223692--223744	24	2.2	24	90	3	81	69	3	0	26	1.05
223731--223773	22	2.0	23	86	9	63	55	4	0	39	1.20
226026--226071	18	2.9	15	79	17	56	47	10	13	28	1.76
226029--226063	18	2.0	18	94	5	63	42	11	11	34	1.77
226052--226081	14	2.1	14	93	0	51	56	13	10	20	1.65
226123--226226	33	3.2	33	94	1	174	44	16	7	31	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
226221--226262	21	2.0	21	95	0	75	47	7	14	30	1.71
228623--228647	13	1.9	13	100	0	50	48	16	16	20	1.82
228684--228740	29	2.0	29	83	13	73	29	15	14	40	1.87
233067--233094	2	14.0	2	100	0	56	0	50	0	50	1.00
234240--234270	16	1.9	16	93	0	53	61	0	3	35	1.12
235794--235844	20	2.5	21	81	12	61	29	3	3	62	1.31
236073--236135	24	2.4	27	84	10	78	52	9	6	31	1.59
236200--236324	46	2.8	45	79	9	128	44	18	8	29	1.78
237895--237937	21	2.0	21	81	0	50	30	30	25	13	1.94
237917--238067	67	2.2	68	90	2	234	27	28	26	17	1.98
238368--238439	29	2.5	29	88	0	99	37	9	15	37	1.80
238453--238529	30	2.5	30	91	2	118	40	5	23	31	1.76
238740--238798	22	2.6	23	94	2	102	18	27	30	23	1.98
242747--242963	43	5.0	43	77	4	177	38	17	18	24	1.93
244574--244850	140	2.0	140	92	0	464	43	14	14	27	1.84
245783--246098	41	7.6	41	84	2	337	37	18	17	25	1.93
247284--247343	28	2.1	28	90	0	93	21	6	48	23	1.74
247831--248580	223	3.3	222	86	5	1010	28	11	17	42	1.83
249876--249923	15	3.3	15	75	18	57	52	2	39	6	1.39
253419--253466	15	3.3	15	75	18	57	52	2	39	6	1.39
253775--253909	67	2.0	67	100	0	270	14	29	13	42	1.84
258774--258843	18	3.7	18	76	14	77	20	22	31	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
260395--260454	23	2.7	23	76	10	70	21	21	5	51	1.66
260940--260986	2	23.0	2	95	4	85	48	0	2	48	1.13
265010--265108	10	10.0	9	77	16	72	16	26	26	31	1.96
265031--265121	19	4.7	19	77	16	89	14	27	28	29	1.95
265011--265108	41	2.4	39	91	6	160	15	26	26	31	1.96
265011--265121	9	11.3	9	78	14	78	15	27	27	30	1.96
265117--265189	17	4.3	17	96	0	137	17	45	23	13	1.84
267576--267604	11	2.6	11	100	0	58	27	6	31	34	1.83
272373--272438	10	6.8	9	75	16	60	18	27	25	28	1.98
272373--272431	20	2.9	21	85	7	86	18	27	23	30	1.98

Tables:   1   2   3   4   5