genome.fa.s7959.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007959.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110386_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1044826

Tables:   1   2   3   4   5   

This is table  4  of  5  ( 509 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
787444--787523	24	3.3	24	77	6	90	50	16	13	20	1.78
793163--793209	24	1.9	25	86	4	69	36	21	19	23	1.95
799970--800021	17	3.1	17	74	0	59	32	26	25	15	1.95
808286--808329	10	4.7	9	79	20	54	77	2	20	0	0.88
808286--808329	4	10.5	4	83	16	54	77	2	20	0	0.88
808286--808329	15	2.6	17	82	17	56	77	2	20	0	0.88
808300--808329	11	2.6	11	94	5	51	80	0	20	0	0.72
808301--808347	15	3.2	15	81	3	60	76	0	19	4	0.95
816567--816591	12	2.1	12	100	0	50	24	40	0	36	1.55
821050--821097	22	2.2	21	85	3	60	83	2	10	4	0.87
826663--826689	14	1.9	14	100	0	54	29	22	3	44	1.70
830374--830398	12	2.1	12	100	0	50	24	40	0	36	1.55
834816--834872	10	5.5	10	76	17	55	82	0	10	7	0.84
834816--834872	23	2.8	19	76	23	62	82	0	10	7	0.84
834818--834867	22	2.3	21	89	6	73	86	0	8	6	0.72
840421--840454	7	4.9	7	85	0	50	29	17	2	50	1.61
844089--844113	12	2.1	12	100	0	50	24	40	0	36	1.55
850026--850069	15	3.1	14	83	3	52	86	0	4	9	0.70
862411--862456	15	3.1	15	78	15	51	80	2	13	4	0.95
862434--862459	11	2.4	11	100	0	52	84	0	7	7	0.77
866492--866531	21	1.9	21	89	0	62	10	25	40	25	1.86
866512--866574	20	2.9	21	79	9	65	15	25	34	23	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
870385--870427	21	2.0	22	86	13	63	34	11	4	48	1.60
875855--875897	22	2.0	22	90	4	70	25	27	20	25	1.99
876095--876154	29	2.0	31	90	6	97	41	16	6	35	1.75
877387--877433	19	2.4	20	82	3	60	27	12	6	53	1.63
878292--878361	34	2.1	32	89	5	104	21	31	15	31	1.95
878645--878686	21	2.0	21	95	0	75	26	28	21	23	1.99
878819--878878	29	2.0	31	90	6	97	41	16	6	35	1.75
883921--883956	18	2.0	18	88	0	54	19	8	27	44	1.79
891045--891538	199	2.4	199	83	7	566	23	10	20	45	1.82
894285--894448	85	1.9	85	81	4	197	33	18	17	30	1.94
894429--894476	13	3.6	13	86	5	69	35	16	18	29	1.93
895168--895222	25	2.2	24	81	12	67	36	10	3	49	1.56
896668--896819	29	5.2	29	87	4	207	31	3	19	44	1.69
896841--896885	22	2.0	22	86	0	63	26	28	17	26	1.98
903984--904021	17	2.2	18	90	4	60	18	47	21	13	1.82
904035--904179	29	5.0	29	89	5	213	33	2	18	45	1.64
904035--904175	28	4.9	28	88	7	194	33	2	17	46	1.63
906433--906535	35	2.8	34	76	16	91	71	4	4	18	1.22
906433--906486	18	3.1	16	80	15	63	74	3	1	20	1.07
906586--906610	13	1.9	13	100	0	50	76	0	0	24	0.80
906807--906864	2	30.0	2	93	6	102	51	0	0	48	1.00
906879--907010	72	1.9	70	81	12	162	70	4	5	19	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
908503--909116	84	7.4	84	74	8	406	24	19	23	32	1.98
908500--908872	165	2.2	167	82	6	425	24	18	23	33	1.97
908634--909114	243	2.0	242	91	0	773	24	20	23	31	1.98
914223--914278	18	3.1	18	75	17	53	73	3	1	21	1.08
914230--914285	15	3.2	16	78	17	51	71	5	3	19	1.21
914369--914397	10	3.0	10	95	5	51	82	0	0	17	0.66
914367--914399	12	2.7	13	86	13	52	78	0	0	21	0.75
914615--914653	2	19.5	2	100	0	78	51	0	0	48	1.00
917284--917328	24	1.9	23	86	4	63	11	17	15	55	1.68
919525--919627	30	3.5	29	82	4	125	62	13	10	13	1.55
919524--919654	29	4.4	30	79	8	117	62	11	12	13	1.55
919510--919679	30	5.6	30	75	9	78	58	12	12	16	1.64
920239--920282	23	2.0	23	81	4	54	50	11	2	36	1.51
926158--926220	23	3.0	21	81	6	74	23	34	25	15	1.95
928460--928529	35	2.0	35	97	0	131	42	0	32	24	1.55
931035--931068	17	2.0	17	94	0	59	73	0	0	26	0.83
931448--931523	28	2.7	28	91	0	116	28	0	22	48	1.51
931506--931686	21	8.3	21	66	19	84	24	0	30	44	1.54
931473--931558	28	3.1	28	85	6	95	24	0	30	45	1.54
931506--931621	7	16.6	7	72	10	76	23	0	31	44	1.53
931520--931652	56	2.4	56	93	2	223	24	0	30	45	1.54
931484--931586	35	2.9	35	80	0	134	24	0	30	45	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
931576--931684	35	3.1	35	77	7	123	25	0	28	45	1.54
931520--931677	56	2.8	56	89	3	203	24	0	29	45	1.54
932735--933091	180	2.0	180	91	2	583	32	17	20	30	1.95
933594--933677	11	7.5	11	78	7	80	28	20	23	27	1.99
933594--933677	23	3.7	23	87	3	118	28	20	23	27	1.99
939336--939377	17	2.5	17	92	0	66	30	14	19	35	1.91
941672--941707	15	2.4	15	90	0	54	8	16	66	8	1.42
942200--942241	19	2.0	20	82	13	50	47	28	2	21	1.63
942375--942704	177	1.9	177	93	1	572	35	11	14	37	1.83
948034--948088	3	18.3	3	96	0	101	67	0	1	30	1.01
948371--948668	134	2.2	133	85	2	407	32	17	18	32	1.94
948687--949101	67	6.5	66	77	12	341	32	18	21	27	1.97
948813--948902	29	3.2	29	70	17	80	32	18	21	27	1.97
948799--948884	27	3.1	27	72	11	84	37	18	16	27	1.92
948799--949143	56	5.8	56	75	14	312	33	18	20	27	1.96
948855--949092	66	3.7	66	79	12	298	31	17	22	28	1.96
948743--949143	122	3.3	123	90	1	626	32	18	21	27	1.97
949060--949143	27	3.0	29	75	7	100	33	22	16	27	1.96
949045--949130	27	3.1	27	78	6	109	37	20	13	27	1.91
950515--950564	9	5.3	9	79	9	55	14	26	30	30	1.94
957768--957813	9	4.8	9	84	10	56	13	19	30	36	1.90
957835--957866	9	3.6	9	91	0	55	25	53	21	0	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
957862--957913	7	7.6	7	73	4	52	17	25	25	32	1.97
980256--980309	19	2.8	19	85	0	72	31	0	1	66	1.02
980258--980309	22	2.4	22	86	0	68	32	0	1	65	1.04
980257--980309	3	19.0	3	81	14	60	32	0	1	66	1.03
982890--982927	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
985122--985205	43	2.0	43	88	4	125	32	11	23	32	1.91
993330--993851	113	4.7	113	84	4	637	39	13	18	29	1.88
993332--993851	222	2.3	225	83	3	663	39	13	18	29	1.88
993912--993957	19	2.4	19	100	0	92	50	17	23	8	1.74
994205--994259	16	3.5	16	76	11	60	30	0	1	67	1.01
994204--994282	22	3.6	22	81	3	79	36	0	1	62	1.04
994201--994280	19	4.4	19	76	7	69	36	0	1	62	1.03
994205--994260	3	20.0	3	82	14	66	32	0	1	66	1.03
1000406--1000445	3	13.7	3	94	5	73	65	0	0	35	0.93
1000408--1000442	17	2.1	17	100	0	70	65	0	0	34	0.93
1000406--1000446	20	2.0	20	100	0	82	63	0	0	36	0.95
1000773--1001038	137	1.9	137	87	1	390	30	18	17	33	1.94
1001040--1001776	123	6.0	122	85	3	951	32	17	19	29	1.95
1001243--1001328	27	3.1	27	67	6	73	36	16	16	31	1.91
1001380--1001606	29	7.7	29	66	20	103	32	18	18	31	1.95
1001370--1001455	27	3.1	26	70	18	75	33	17	17	31	1.93
1001370--1001726	56	6.0	56	72	14	257	32	17	18	31	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1001620--1001695	29	2.7	27	80	7	89	35	19	13	31	1.90
1001612--1001695	27	3.0	27	77	6	105	35	19	14	30	1.91
1001943--1001972	15	1.9	16	93	6	53	43	0	23	33	1.54
1002080--1002140	30	2.0	30	100	0	122	31	16	9	42	1.81
1009031--1009078	19	2.5	19	100	0	96	58	14	8	18	1.61
1009675--1009706	16	2.0	16	93	0	55	18	21	31	28	1.97
1010889--1010939	24	2.2	22	93	6	84	62	1	0	35	1.06
1019460--1020349	136	6.6	136	86	3	1089	26	22	16	33	1.96
1019460--1020348	271	3.3	271	88	2	1198	26	22	16	33	1.96
1023678--1023742	12	5.1	12	75	23	53	0	24	0	75	0.81

Tables:   1   2   3   4   5