genome.fa.s7963.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007963.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110392_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1627826

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   

This is table  1  of  7  ( 819 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
979--1014	2	19.5	2	83	16	51	44	0	0	55	0.99
979--1014	14	2.7	13	91	8	63	44	0	0	55	0.99
978--1012	9	4.1	9	85	14	56	42	0	0	57	0.99
1024--1185	6	25.3	6	67	20	53	17	6	1	74	1.09
1024--1157	20	6.5	20	67	17	78	18	5	0	75	1.00
1023--1175	9	15.7	9	69	16	67	18	6	0	74	1.03
1024--1175	18	8.6	18	70	17	79	18	6	0	75	1.02
1029--1175	17	8.6	17	68	16	65	18	6	0	74	1.03
1217--1279	2	33.0	2	72	15	53	47	3	0	49	1.17
1371--1434	5	12.4	5	78	8	58	23	4	0	71	1.04
2747--2771	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
3296--3351	18	3.1	18	78	14	62	0	30	23	46	1.53
17165--17239	2	38.5	2	74	15	50	56	0	5	38	1.22
17269--17327	24	2.5	24	78	13	68	76	1	6	15	1.07
17284--17353	21	3.1	23	80	15	67	74	0	7	18	1.04
17284--17335	24	2.1	24	82	10	61	75	0	7	17	1.03
17437--17496	3	19.7	3	96	3	111	66	0	0	33	0.92
21509--21558	12	4.1	12	76	21	50	14	8	10	68	1.40
27110--27324	45	4.8	45	88	1	308	26	23	6	44	1.76
27564--28286	55	13.3	55	88	1	845	27	18	19	34	1.96
29408--29454	7	6.7	7	78	7	51	65	0	2	31	1.04
29648--29703	26	2.2	25	78	12	60	35	8	0	55	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29741--29771	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
39618--39666	19	2.7	17	84	9	53	26	18	30	24	1.98
39618--39797	64	2.8	62	75	11	177	28	16	26	29	1.97
39744--39794	19	2.7	19	85	8	70	29	15	31	23	1.95
39808--39847	21	1.9	21	89	0	62	22	17	30	30	1.97
42195--42233	16	2.5	16	87	4	53	30	23	10	35	1.88
47610--47652	21	2.0	21	86	8	61	46	0	0	53	1.00
47774--49161	45	30.8	45	95	0	2488	33	19	23	23	1.97
49828--49906	22	3.6	22	76	17	74	37	13	12	35	1.83
51083--51149	18	4.1	18	73	26	60	49	0	0	50	1.00
51769--51822	18	3.0	18	94	0	99	11	35	27	25	1.90
52827--52891	32	2.0	32	100	0	130	49	20	9	21	1.76
54551--54577	9	3.0	9	100	0	54	22	33	0	44	1.53
55621--55696	21	3.6	21	69	13	66	26	42	0	31	1.56
56023--56057	18	1.9	18	94	0	61	62	17	11	8	1.52
56153--56196	23	1.9	23	81	9	54	43	2	11	43	1.53
56229--56255	14	1.9	14	100	0	54	59	18	14	7	1.58
65763--65803	21	2.0	21	95	0	73	34	19	19	26	1.96
70416--70496	33	2.5	33	95	0	144	23	4	49	22	1.69
70612--70664	15	3.5	15	81	0	61	13	3	67	15	1.35
70654--70814	36	4.2	42	71	18	109	18	5	57	18	1.60
70686--70809	36	3.5	36	80	6	137	18	5	57	18	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70612--70814	111	1.8	111	80	0	244	17	5	59	17	1.56
70696--70808	33	3.3	33	80	7	127	18	6	57	17	1.60
77869--77931	3	21.0	3	86	0	63	25	3	41	30	1.71
78113--78243	69	1.9	69	83	0	172	29	7	10	52	1.63
100740--100793	21	2.6	21	77	14	58	37	1	38	22	1.65
110127--110158	13	2.6	12	95	5	55	37	0	6	56	1.25
112563--112695	65	2.1	64	92	1	221	29	18	22	29	1.98
113037--113070	12	2.8	12	86	4	50	44	5	5	44	1.52
114780--114813	13	2.6	13	95	0	59	41	5	17	35	1.74
114828--114874	20	2.3	21	85	10	62	63	14	0	21	1.30
114861--114903	20	2.2	20	83	4	52	39	9	2	48	1.48
114871--114913	19	2.2	20	95	4	79	41	9	4	44	1.57
115298--115340	15	2.9	15	89	0	68	4	11	34	48	1.60
115664--115722	16	3.7	16	81	0	73	13	15	22	49	1.79
126279--126307	15	1.9	15	100	0	58	13	44	27	13	1.82
128826--128884	29	2.0	29	100	0	118	49	13	13	23	1.78
133235--133293	29	2.0	29	96	0	109	47	13	15	23	1.81
135151--135188	19	2.0	20	89	5	60	36	0	2	60	1.11
138904--138983	37	2.2	37	97	2	153	36	12	16	35	1.86
149790--149819	15	2.0	15	100	0	60	46	0	6	46	1.29
149778--149979	35	5.8	34	78	6	199	47	4	7	40	1.53
149778--150041	72	3.7	70	78	8	241	45	4	9	40	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
149778--149979	34	5.8	35	78	8	198	47	4	7	40	1.53
151490--151518	13	2.1	14	93	6	51	31	0	0	68	0.89
153603--153903	35	8.4	36	74	9	215	46	4	10	39	1.58
153603--153903	72	4.2	70	78	9	279	46	4	10	39	1.58
153603--153836	34	6.7	35	77	11	196	46	3	8	41	1.54
153636--153824	104	1.8	104	87	2	281	45	4	9	40	1.56
155322--155350	13	2.1	14	93	6	51	31	0	0	68	0.89
166630--166701	34	2.2	33	87	7	101	20	30	15	33	1.94
167135--167219	33	2.5	34	90	5	136	18	27	34	20	1.96
167185--167245	21	3.0	21	88	7	90	14	29	36	19	1.92
169191--169228	3	13.0	3	86	5	51	2	28	0	68	1.03
170570--170609	21	1.9	21	84	0	53	27	27	22	22	1.99
170724--170807	33	2.5	33	92	3	132	19	27	33	20	1.96
170773--170833	21	3.0	21	88	7	90	14	29	36	19	1.92
172252--172377	32	3.6	35	74	9	123	46	6	7	39	1.57
172252--172410	69	2.3	67	80	9	158	46	5	8	40	1.55
172489--172527	3	12.7	3	94	5	69	33	0	0	66	0.92
174268--174324	20	2.7	22	83	8	73	33	14	19	33	1.91
174643--175055	57	7.3	57	91	1	652	35	10	19	33	1.87
174643--175049	169	2.4	168	91	2	627	35	11	19	33	1.87
175608--175695	45	2.0	45	83	0	113	47	7	20	23	1.76
178712--179044	167	2.0	166	95	4	600	35	13	25	25	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
179398--179765	57	6.5	57	88	5	539	37	10	19	33	1.85
179398--179759	170	2.1	169	89	4	539	37	10	19	33	1.86
180367--180455	45	2.0	45	84	0	115	47	7	21	23	1.77
181595--181623	13	2.1	14	93	6	51	31	0	0	68	0.89
183511--183573	32	2.0	32	100	0	126	31	25	14	28	1.95
183549--183596	24	2.0	23	96	4	87	35	29	8	27	1.86
183739--183776	19	2.0	20	89	5	60	50	0	0	50	1.00
192032--192310	72	3.9	72	85	5	386	21	5	18	54	1.64
192847--193056	65	3.2	66	80	8	220	31	23	18	26	1.97
193028--193076	19	2.6	19	84	9	57	24	28	20	26	1.99
200400--200443	21	2.1	21	82	0	52	9	38	15	36	1.80
200778--200806	14	2.0	15	93	6	51	6	3	27	62	1.37
204559--204648	40	2.2	40	96	4	162	31	21	7	40	1.81
205887--205949	23	2.7	24	95	2	110	25	22	30	22	1.99
205887--205969	23	3.5	24	82	9	91	27	21	28	21	1.99
209688--209727	21	1.9	21	89	0	62	30	7	5	57	1.48
210170--210201	15	2.0	17	88	11	50	0	43	9	46	1.35
222998--223057	22	2.7	22	81	2	75	25	33	26	15	1.95
225647--225698	21	2.4	21	96	3	95	17	44	23	15	1.86
238208--238271	3	21.0	3	84	9	85	65	0	0	34	0.93
238472--238708	120	1.9	122	84	6	320	26	19	15	39	1.91
238616--238876	113	2.3	113	87	0	378	29	18	16	35	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
238786--238949	73	2.2	73	100	0	328	34	15	18	31	1.93
238696--239062	186	2.0	186	96	0	671	32	17	17	32	1.93
238859--239251	113	3.5	113	97	0	743	29	18	17	35	1.94
238616--239175	299	1.9	299	93	0	958	30	18	17	34	1.93
239551--239655	52	2.0	52	98	0	201	33	16	13	37	1.87
241655--241719	6	9.9	7	76	14	59	0	16	0	83	0.66
241655--241716	19	3.3	18	84	8	79	0	16	0	83	0.64
241661--241718	22	2.6	22	89	5	91	0	15	0	84	0.62
241655--241715	26	2.5	24	80	15	79	0	16	0	83	0.64
241657--241719	33	2.0	31	87	9	92	0	17	0	82	0.67

Tables:   1   2   3   4   5   6   7