genome.fa.s7978.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007978.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110415_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1479011

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1330--1392	15	4.1	15	78	15	67	68	0	1	30	0.99
1381--1426	24	2.0	23	83	12	58	52	6	2	39	1.40
1400--1489	36	2.6	38	77	13	104	50	3	3	43	1.35
1450--1685	115	2.1	115	88	9	358	42	6	4	46	1.50
1613--1703	33	2.8	32	79	15	89	48	7	4	39	1.52
1472--1724	115	2.2	115	80	12	263	44	6	4	44	1.50
1629--1775	72	2.1	69	80	10	154	48	8	3	39	1.51
2418--2966	84	6.6	84	80	3	642	24	20	24	30	1.99
2422--3039	249	2.5	249	82	2	720	24	21	24	29	1.99
2350--2966	333	1.9	333	91	1	1031	24	20	24	30	1.99
7928--7957	15	1.9	16	93	6	53	73	6	3	16	1.18
8101--8162	26	2.3	26	83	8	72	70	1	6	20	1.17
9378--9429	17	3.1	16	81	10	59	75	0	1	23	0.91
9385--9426	23	1.9	21	90	9	66	73	0	2	23	0.94
9576--9642	26	2.6	25	72	11	64	49	7	1	41	1.40
9447--9626	34	5.1	35	75	9	150	46	6	3	43	1.48
9522--9756	130	1.8	129	95	2	429	43	6	3	46	1.47
9658--9815	36	4.3	36	77	9	106	45	6	3	43	1.49
9696--9857	36	4.4	37	75	16	126	46	7	3	42	1.47
9729--9859	36	3.5	38	78	11	130	47	7	3	41	1.50
13566--13702	60	2.3	60	80	7	136	32	14	15	37	1.88
25653--25702	26	1.9	26	87	0	73	32	18	4	46	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26755--26816	31	2.0	31	100	0	124	12	19	22	45	1.84
32407--32539	60	2.2	59	81	4	142	33	14	15	36	1.87
34185--34229	21	2.1	21	87	0	63	31	28	24	15	1.96
35913--35979	22	3.0	22	95	2	116	19	26	28	25	1.99
39106--39150	21	2.1	21	87	0	63	31	28	24	15	1.96
40839--40905	22	3.0	22	95	2	116	19	26	28	25	1.99
44044--44088	21	2.1	21	87	0	63	31	28	24	15	1.96
45781--45847	22	3.0	22	95	2	116	19	26	28	25	1.99
48354--48420	23	3.0	23	85	8	86	53	14	14	16	1.73
49113--49139	13	2.1	13	100	0	54	37	14	25	22	1.93
49459--49490	15	2.1	16	94	5	57	62	3	0	34	1.11
52043--52106	29	2.4	25	76	18	74	15	32	28	23	1.95
52051--52114	29	2.2	29	91	0	101	15	35	25	23	1.94
53639--53672	17	2.0	17	88	11	52	41	0	0	58	0.98
58016--58091	36	2.1	36	85	7	100	47	1	3	47	1.29
58237--58274	20	1.9	20	88	0	58	18	26	13	42	1.87
58668--58704	2	18.5	2	100	0	74	51	0	0	48	1.00
60239--60419	73	2.5	73	85	0	227	29	12	11	46	1.76
63043--63127	30	2.7	31	83	3	100	18	15	28	37	1.91
63304--63377	21	3.3	21	70	17	67	17	8	28	45	1.77
63316--63401	26	3.5	26	73	15	101	16	4	29	50	1.65
63304--63425	47	2.6	47	92	0	199	16	8	29	45	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71103--71162	7	8.6	7	79	0	66	23	0	30	46	1.52
71103--71164	14	4.4	14	85	0	79	24	0	30	45	1.54
71102--71162	21	3.0	20	87	4	86	24	0	29	45	1.53
81470--81523	19	2.7	20	74	8	56	42	3	1	51	1.30
82656--82729	38	2.0	38	83	2	96	51	13	8	27	1.69
83893--83996	52	2.0	52	92	0	172	34	17	15	32	1.91
84865--84904	2	20.5	2	94	5	73	50	0	0	50	1.00
87403--87447	21	2.1	21	83	0	54	46	6	17	28	1.73
87627--87674	10	4.8	10	84	0	60	39	0	16	43	1.48
87625--87679	14	3.8	14	86	9	83	40	0	16	43	1.48
87620--87678	16	3.8	16	80	8	77	38	0	16	44	1.48
99961--99992	2	16.5	2	93	6	57	50	0	0	50	1.00
103696--103720	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
107754--107811	31	1.9	29	86	6	80	51	8	17	22	1.72
117133--117169	2	18.5	2	100	0	74	48	0	0	51	1.00
124241--124269	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
131823--131858	19	1.9	19	88	5	56	41	0	8	50	1.33
145014--145074	19	3.3	19	75	17	65	24	0	1	73	0.92
145018--145060	16	2.7	16	88	0	59	25	0	2	72	0.97
145951--146039	29	3.1	29	85	0	124	17	40	28	13	1.88
146054--146130	10	7.6	10	72	13	59	22	46	18	12	1.82
146050--146151	51	2.0	51	100	0	204	23	45	17	13	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
146119--146184	33	2.0	33	93	0	114	27	37	19	15	1.92
146375--146410	11	3.2	11	84	7	54	22	22	19	36	1.95
146698--146759	28	2.4	25	83	8	70	35	1	16	46	1.56
146949--146988	21	1.9	21	100	0	80	27	0	15	57	1.38
147163--147236	30	2.4	30	78	14	80	39	1	9	50	1.44
149539--149576	14	2.7	14	95	0	67	50	15	0	34	1.45
149553--149633	21	3.5	22	69	19	67	51	9	0	38	1.35
149538--150024	60	8.1	60	89	6	695	45	13	0	40	1.46
149596--150024	120	3.6	119	96	1	772	45	14	0	40	1.47
153065--153118	23	2.2	24	87	6	83	57	12	0	29	1.36
153095--153143	21	2.3	21	85	3	71	53	16	0	30	1.43
153784--153941	30	5.0	30	78	13	181	11	17	47	23	1.80
153860--153945	10	8.7	10	76	19	67	10	16	50	23	1.76
153848--153926	39	2.0	39	100	0	158	12	16	48	22	1.80
153800--153945	69	2.1	70	92	1	240	10	17	47	23	1.79
153922--154039	57	2.0	60	86	6	170	12	25	42	19	1.87
153949--154036	29	3.1	29	81	3	115	13	27	40	18	1.88
155175--155266	30	3.1	30	62	22	75	28	3	45	22	1.68
155136--155266	60	2.2	60	92	0	217	25	6	47	21	1.73
159316--159345	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
161755--161839	29	2.9	28	84	6	107	17	41	25	15	1.89
162037--162117	29	2.8	29	86	0	126	9	23	34	32	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
163083--163131	21	2.5	20	83	9	64	26	4	0	69	1.06
169648--169702	25	2.2	25	96	3	103	38	14	12	34	1.84
175255--175288	17	2.0	17	100	0	68	41	0	23	35	1.55
175830--175855	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
175962--176156	51	3.8	51	80	2	212	24	13	14	47	1.80
183243--183274	3	10.7	3	100	0	64	68	0	0	31	0.90
187264--187302	2	19.5	2	100	0	78	48	0	0	51	1.00
189778--190227	226	2.0	223	89	2	695	32	17	14	35	1.91
191582--191629	23	2.1	23	88	0	69	35	12	18	33	1.89
192020--192082	23	2.7	23	90	0	90	38	19	6	36	1.77
192445--192507	23	2.7	23	90	0	90	38	19	6	36	1.77
191741--192788	425	2.5	423	97	1	1963	39	12	8	39	1.73
192787--192852	25	2.6	25	80	0	87	42	13	9	34	1.76
197110--197187	3	26.0	3	74	0	66	23	34	6	35	1.80
197111--197199	42	2.1	42	89	0	133	21	34	7	35	1.82
197110--197187	18	4.3	18	76	0	75	23	34	6	35	1.80
197118--197202	21	4.6	18	68	22	59	20	35	8	36	1.82
197114--197202	6	14.3	6	74	6	61	20	34	7	37	1.82
198653--200215	198	7.9	198	98	0	2954	31	15	15	37	1.89
200334--200382	19	2.6	19	93	0	80	57	10	2	30	1.43
202171--202236	33	2.0	33	90	0	105	22	48	0	28	1.51
202270--202334	21	3.1	21	80	6	69	15	29	15	40	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
204558--204603	20	2.5	17	81	18	65	17	15	10	56	1.67
204563--204608	20	2.4	19	92	7	83	15	17	10	56	1.67
204730--204775	20	2.3	20	89	10	76	17	17	10	54	1.70
204841--205287	227	2.0	226	94	2	790	39	7	8	45	1.61
208420--208499	32	2.5	32	93	0	142	30	33	12	23	1.92
209035--209067	15	2.2	15	94	0	57	6	9	69	15	1.34
221850--221904	26	2.1	26	89	0	83	29	9	16	45	1.78
224433--224461	14	2.0	15	93	6	51	41	13	10	34	1.79
224556--224598	22	1.9	23	85	4	61	48	4	0	46	1.22
224884--225005	17	7.4	18	65	20	54	49	1	3	45	1.28

Tables:   1   2   3   4   5   6   7