genome.fa.s7978.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007978.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110415_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1479011

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
742435--742481	20	2.3	20	96	0	85	36	27	21	14	1.93
742587--742636	25	2.0	25	92	0	82	28	8	20	44	1.79
743016--743067	24	2.2	24	82	6	61	36	5	11	46	1.64
743026--743076	24	2.1	24	81	0	57	35	9	9	45	1.71
743093--743135	20	2.2	20	95	0	77	44	23	18	13	1.86
743249--743389	61	2.2	63	85	8	180	51	16	0	31	1.50
744692--744781	21	4.3	21	75	8	76	22	20	33	24	1.97
747232--747282	22	2.3	22	89	0	75	25	13	39	21	1.90
747410--747477	20	3.4	20	95	0	118	20	19	23	36	1.95
747410--747510	40	2.5	41	83	12	122	20	18	22	37	1.94
756838--756862	10	2.5	10	100	0	50	64	8	8	20	1.46
759036--759076	22	1.9	22	90	5	66	31	0	0	68	0.90
759161--759193	17	1.9	17	93	0	57	21	30	18	30	1.97
761113--761242	50	2.6	51	78	11	133	18	31	27	22	1.97
766867--767189	110	2.9	110	95	1	585	44	11	7	36	1.68
767319--767358	10	4.1	10	83	6	55	40	0	30	30	1.57
767479--767599	50	2.4	50	78	5	145	21	26	35	16	1.94
767616--767678	29	2.1	29	82	8	74	30	14	26	28	1.95
768895--768990	27	3.6	27	97	0	174	53	0	9	37	1.34
768895--769010	27	4.3	27	90	4	164	56	0	8	35	1.30
770376--770434	26	2.3	26	88	2	84	35	5	3	55	1.38
770320--770607	143	2.0	143	99	0	567	34	7	8	50	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
789128--789177	20	2.5	20	96	0	91	12	0	10	78	0.98
789132--789209	9	8.4	9	73	16	61	8	3	8	78	1.08
798058--798112	24	2.3	24	84	3	67	47	18	21	12	1.82
798343--798372	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
801482--801582	40	2.5	41	78	15	104	52	1	0	44	1.19
801848--801881	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
802507--802583	23	3.3	23	78	7	84	15	19	14	50	1.78
805104--805257	78	2.0	80	85	5	215	42	8	9	39	1.68
805683--805717	15	2.3	15	95	0	61	42	5	0	51	1.25
806416--806449	17	1.9	17	88	5	50	29	2	5	61	1.34
808319--808625	153	2.0	153	98	0	587	27	19	28	24	1.99
814193--814267	3	24.0	3	89	5	89	40	0	0	60	0.97
815420--815496	20	4.1	20	71	25	69	20	36	25	16	1.94
815608--815649	21	2.0	21	95	0	75	23	16	28	30	1.96
815679--815718	20	1.9	21	85	10	55	37	37	10	15	1.80
818360--818434	20	4.0	20	74	22	81	21	34	28	16	1.94
818547--818588	21	2.0	21	95	0	75	23	21	28	26	1.99
818871--818940	34	2.1	32	84	5	86	31	15	28	24	1.96
820146--820198	22	2.4	21	81	9	52	43	5	0	50	1.25
826094--826154	23	2.7	23	89	0	95	26	27	26	19	1.99
826265--826300	18	2.0	18	100	0	72	33	33	22	11	1.89
826161--826839	121	5.6	121	93	0	1133	36	23	14	25	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
826386--826421	18	2.0	18	100	0	72	33	33	22	11	1.89
826170--826839	244	2.8	242	94	0	1169	36	23	14	25	1.93
826751--826786	18	2.0	18	100	0	72	33	33	22	11	1.89
828157--828200	21	2.1	21	86	0	61	15	27	27	29	1.96
831007--831177	75	2.3	75	87	2	236	29	16	25	28	1.97
832502--832571	3	24.0	3	71	11	56	44	0	0	55	0.99
832524--832566	17	2.8	15	80	16	52	41	0	0	58	0.98
832503--832575	18	4.1	18	81	12	80	46	0	0	53	1.00
832522--832571	14	3.7	13	79	15	57	42	0	0	58	0.98
834222--834254	2	16.5	2	93	0	57	51	0	0	48	1.00
838000--838038	17	2.4	17	95	4	71	43	0	5	51	1.24
838768--838798	16	1.9	16	93	0	53	41	0	6	51	1.27
838911--838965	24	2.3	24	80	0	65	40	18	21	20	1.92
838923--838969	24	2.0	24	95	0	85	29	25	23	21	1.99
838950--838988	17	2.3	17	90	0	60	25	30	25	17	1.97
842079--842125	23	2.0	23	83	0	58	23	10	8	57	1.60
842084--842796	375	1.9	375	87	4	1060	19	11	16	52	1.74
843703--843774	19	3.8	19	77	14	69	34	1	2	61	1.19
843787--843811	12	2.1	12	100	0	50	60	0	0	40	0.97
846006--846092	44	2.0	44	100	0	174	40	16	13	29	1.87
846012--846085	25	3.2	25	60	21	61	39	16	13	31	1.87
856173--856247	37	2.0	38	97	2	143	42	17	10	29	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
864394--864468	30	2.5	30	84	2	98	30	44	0	25	1.55
865161--865228	20	3.3	20	74	22	77	48	2	2	45	1.32
865151--865238	42	2.1	42	100	0	176	47	4	2	45	1.35
871625--871655	16	1.9	16	93	0	53	12	35	12	38	1.82
877999--878054	2	28.0	2	100	0	112	50	0	0	50	1.00
878228--879022	76	10.5	76	97	0	1500	35	21	19	22	1.96
879470--879546	22	3.5	22	87	3	111	38	12	14	33	1.84
889745--889820	11	6.5	11	68	25	50	63	3	3	28	1.30
891207--891232	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
907711--907748	11	3.6	11	79	13	53	15	21	5	57	1.57
907709--907755	20	2.3	20	100	0	94	12	25	4	57	1.54
915073--915189	21	5.7	19	74	15	108	21	20	23	34	1.97
915082--915189	42	2.6	42	92	0	180	21	21	23	34	1.97
915279--915317	12	3.4	12	86	10	55	20	61	17	0	1.34
915961--916014	21	2.6	21	96	0	99	22	22	25	29	1.99
923476--923650	3	58.3	3	86	2	145	0	21	34	44	1.57
923468--923650	21	9.0	21	83	7	234	0	20	34	44	1.56
923482--923644	18	8.4	18	80	15	182	0	20	33	45	1.56
923468--923650	39	4.5	39	85	8	240	0	20	34	44	1.56
930827--930884	13	4.3	13	88	4	80	15	43	22	18	1.88
932156--932196	18	2.3	18	82	0	55	51	0	17	31	1.46
933337--933411	24	3.1	23	75	7	60	21	14	17	46	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
933374--933443	12	5.8	12	71	6	52	20	11	17	51	1.75
933351--933445	24	4.0	24	76	2	84	22	12	16	48	1.80
935488--935512	13	1.9	13	100	0	50	16	56	24	4	1.57
935487--935530	18	2.4	18	92	0	70	15	54	20	9	1.68
935508--935545	13	2.9	13	96	0	67	15	44	15	23	1.85
936842--936882	18	2.3	18	82	0	55	51	0	17	31	1.46
938039--938132	48	2.0	48	82	4	118	22	13	14	48	1.79
938036--938132	24	4.0	24	72	2	79	22	13	15	48	1.80
938087--938128	12	3.5	12	84	9	50	16	14	14	54	1.71
940216--940260	13	3.3	13	84	6	54	17	42	22	17	1.89
940193--940254	18	3.3	18	93	4	97	17	46	22	12	1.82
941543--941578	18	2.0	18	88	0	54	52	0	16	30	1.44
942719--942829	24	4.6	24	71	6	82	20	12	16	50	1.77
942733--942825	12	7.8	12	67	9	55	20	12	17	49	1.79
945177--945223	21	2.2	22	88	11	71	21	4	2	72	1.12
945301--945335	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
945477--945514	14	2.7	14	84	12	51	28	2	0	68	1.03
956819--957384	105	5.4	105	93	1	946	33	24	18	23	1.97
957890--957951	2	31.0	2	96	0	115	50	1	0	48	1.10
959052--959098	21	2.2	22	88	11	71	21	4	2	72	1.12
959328--959365	14	2.7	14	84	12	51	28	2	0	68	1.03
960339--960417	13	6.5	13	71	17	53	60	0	1	37	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
960378--960455	17	4.6	17	72	20	58	60	0	1	38	1.05
962223--962276	2	27.0	2	96	0	99	48	0	0	51	1.00
965234--965277	22	2.1	21	83	8	54	47	6	0	45	1.29
970709--970788	31	2.8	28	81	10	106	40	6	10	43	1.63
972292--972348	28	2.0	28	96	0	105	50	14	10	24	1.73
975078--975413	162	2.1	161	88	3	489	41	13	16	29	1.86
978889--978993	34	3.0	35	91	5	169	13	20	12	53	1.72
980482--980523	20	2.2	19	86	4	57	33	23	0	42	1.55
980649--980870	111	2.0	111	93	0	381	36	8	9	45	1.66
982377--982411	18	1.9	18	94	0	61	31	22	20	25	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7